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Propionibacterium MUTB 'Propionibacterium freudenreichii' 'NCIB 9885' ? ? ? ? 'Propionibacterium freudenreichii subsp. shermanii' 1752 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 Escherichia MUTB ? ? ? ? K38 ? ? ? ? ? ? CYTOPLASM PLASMID ? ? ? PMEX1 ? 'THE 2 GENES ARE COEXPRESSED FROM THE SAME PLASMID;' 2 1 sample ? ? ? ? Propionibacterium MUTA 'Propionibacterium freudenreichii' 'NCIB 9885' ? ? ? ? 'Propionibacterium freudenreichii subsp. shermanii' 1752 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 Escherichia MUTA ? ? ? ? K38 ? ? ? ? ? ? CYTOPLASM PLASMID ? ? ? PMEX1 ? 'THE 2 GENES ARE COEXPRESSED FROM THE SAME PLASMID' # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform 1 UNP MUTB_PROFR 1 ? ? P11653 ? 2 UNP MUTA_PROFR 2 ? ? P11652 ? # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7REQ A 1 ? 727 ? P11653 1 ? 727 ? 2 728 2 2 7REQ B 1 ? 637 ? P11652 1 ? 637 ? 2 638 3 1 7REQ C 1 ? 727 ? P11653 1 ? 727 ? 2 728 4 2 7REQ D 1 ? 637 ? P11652 1 ? 637 ? 2 638 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 2 7REQ GLY B 202 ? UNP P11652 ALA 203 'SEE REMARK 999' 203 1 4 7REQ GLY D 202 ? UNP P11652 ALA 203 'SEE REMARK 999' 203 2 2 7REQ GLU B 329 ? UNP P11652 ASP 330 'SEE REMARK 999' 330 3 4 7REQ GLU D 329 ? UNP P11652 ASP 330 'SEE REMARK 999' 330 4 2 7REQ LEU B 330 ? UNP P11652 VAL 331 'SEE REMARK 999' 331 5 4 7REQ LEU D 330 ? UNP P11652 VAL 331 'SEE REMARK 999' 331 6 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight 2CP non-polymer . '2-CARBOXYPROPYL-COENZYME A' ? 'C25 H42 N7 O18 P3 S' 853.623 ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 B12 non-polymer . COBALAMIN ? 'C62 H89 Co N13 O14 P 2' 1330.356 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 GOL non-polymer . GLYCEROL 'GLYCERIN; PROPANE-1,2,3-TRIOL' 'C3 H8 O3' 92.094 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 HOH non-polymer . WATER ? 'H2 O' 18.015 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.entry_id 7REQ _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' _exptl.crystals_number 1 # _exptl_crystal.id 1 _exptl_crystal.density_meas ? _exptl_crystal.density_Matthews 2.74 _exptl_crystal.density_percent_sol 48.0 _exptl_crystal.description ? # _exptl_crystal_grow.crystal_id 1 _exptl_crystal_grow.method ? _exptl_crystal_grow.temp ? _exptl_crystal_grow.temp_details ? _exptl_crystal_grow.pH 7.50 _exptl_crystal_grow.pdbx_details 'pH 7.50' _exptl_crystal_grow.pdbx_pH_range . # _diffrn.id 1 _diffrn.ambient_temp 95.0 _diffrn.ambient_temp_details ? _diffrn.crystal_id 1 # _diffrn_detector.diffrn_id 1 _diffrn_detector.detector 'IMAGE PLATE' _diffrn_detector.type MARRESEARCH _diffrn_detector.pdbx_collection_date 1996-06-01 _diffrn_detector.details MIRROR # _diffrn_radiation.diffrn_id 1 _diffrn_radiation.wavelength_id 1 _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l M _diffrn_radiation.monochromator 'DOUBLE SI' _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol 'SINGLE WAVELENGTH' _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type x-ray # _diffrn_radiation_wavelength.id 1 _diffrn_radiation_wavelength.wavelength 1.24 _diffrn_radiation_wavelength.wt 1.0 # _diffrn_source.diffrn_id 1 _diffrn_source.source SYNCHROTRON _diffrn_source.type 'ELETTRA BEAMLINE 5.2R' _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ELETTRA _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline 5.2R _diffrn_source.pdbx_wavelength 1.24 _diffrn_source.pdbx_wavelength_list ? # _reflns.entry_id 7REQ _reflns.observed_criterion_sigma_I 3.500 _reflns.observed_criterion_sigma_F ? _reflns.d_resolution_low 20.000 _reflns.d_resolution_high 2.200 _reflns.number_obs 160294 _reflns.number_all ? _reflns.percent_possible_obs 97.0 _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs 0.1070000 _reflns.pdbx_Rsym_value 0.1070000 _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI 11.0000 _reflns.B_iso_Wilson_estimate 32.00 _reflns.pdbx_redundancy 4.500 _reflns.R_free_details ? _reflns.limit_h_max ? _reflns.limit_h_min ? _reflns.limit_k_max ? _reflns.limit_k_min ? _reflns.limit_l_max ? _reflns.limit_l_min ? _reflns.observed_criterion_F_max ? _reflns.observed_criterion_F_min ? _reflns.pdbx_ordinal 1 _reflns.pdbx_diffrn_id 1 # _reflns_shell.d_res_high 2.20 _reflns_shell.d_res_low 2.32 _reflns_shell.percent_possible_all 94.0 _reflns_shell.Rmerge_I_obs 0.1650000 _reflns_shell.pdbx_Rsym_value 0.1650000 _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs 6.000 _reflns_shell.pdbx_redundancy 3.20 _reflns_shell.percent_possible_obs ? _reflns_shell.number_unique_all ? 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B N N 2 ? C N N 1 ? D N N 2 ? E N N 3 ? F N N 4 ? G N N 5 ? H N N 5 ? I N N 3 ? J N N 4 ? K N N 5 ? L N N 5 ? M N N 6 ? N N N 6 ? O N N 6 ? P N N 6 ? # loop_ _struct_biol.id _struct_biol.details _struct_biol.pdbx_parent_biol_id 1 ;THE ASYMMETRIC UNIT OF THE CRYSTAL CONTAINS TWO HETERODIMERIC MOLECULES, EACH WITH AN ALPHA CHAIN (CHAINS A AND C, CORRESPONDING TO GENE MUTB) AND A BETA CHAIN (CHAINS B AND D, CORRESPONDING TO GENE MUTA). MOLECULE 1 CONSISTS OF CHAINS A (ALPHA), B (BETA), WITH GLYCEROL (RESIDUES 3001 & 3002) AND WATERS (1-666). MOLECULE 2 CONSISTS OF CHAINS C (ALPHA), D (BETA), WITH GLYCEROL (RESIDUES 3003 & 3004) AND WATERS (667-1329). CHAINS A AND C INCLUDE COENZYME B12 (RESIDUES 1800 & 2800), AND THE INHIBITOR 2-CARBOXYPROPYL-COA (RESIDUE 1801 & 2801) ; ? 2 ? ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 1 ALA A 20 ? ALA A 31 ? ALA A 21 ALA A 32 1 ? 12 HELX_P HELX_P2 2 GLU A 51 ? TYR A 54 ? GLU A 52 TYR A 55 5 ? 4 HELX_P HELX_P3 3 MET A 77 ? PHE A 80 ? MET A 78 PHE A 81 1 ? 4 HELX_P HELX_P4 4 ALA A 94 ? ALA A 106 ? 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O LEU B 595 N GLY B 614 ? N GLY B 615 G 1 2 O LEU C 112 ? O LEU C 113 N SER C 163 ? N SER C 164 G 2 3 O VAL C 162 ? O VAL C 163 N ALA C 192 ? N ALA C 193 H 1 2 O ILE C 237 ? O ILE C 238 N SER C 284 ? N SER C 285 H 2 3 O PHE C 285 ? O PHE C 286 N HIS C 327 ? N HIS C 328 H 3 4 O SER C 328 ? O SER C 329 N SER C 361 ? N SER C 362 I 1 2 O ASP C 626 ? O ASP C 627 N ILE C 599 ? N ILE C 600 I 2 3 O LEU C 600 ? O LEU C 601 N VAL C 650 ? N VAL C 651 I 3 4 O VAL C 651 ? O VAL C 652 N LEU C 680 ? N LEU C 681 I 4 5 O ILE C 681 ? O ILE C 682 N VAL C 701 ? N VAL C 702 J 1 2 O ALA D 110 ? O ALA D 111 N SER D 134 ? N SER D 135 J 2 3 O LEU D 135 ? O LEU D 136 N LYS D 162 ? N LYS D 163 K 1 2 O VAL D 233 ? O VAL D 234 N ASN D 280 ? N ASN D 281 K 2 3 O PHE D 281 ? O PHE D 282 N ASN D 322 ? N ASN D 323 K 3 4 O ALA D 323 ? O ALA D 324 N SER D 356 ? N SER D 357 L 1 2 O VAL D 544 ? O VAL D 545 N LEU D 514 ? N LEU D 515 L 2 3 O PHE D 513 ? O PHE D 514 N ASP D 565 ? N ASP D 566 L 3 4 O ALA D 564 ? O ALA D 565 N ALA D 591 ? N ALA D 592 L 4 5 O LEU D 594 ? O LEU D 595 N GLY D 614 ? N GLY D 615 # loop_ _struct_site.id _struct_site.pdbx_evidence_code _struct_site.pdbx_auth_asym_id _struct_site.pdbx_auth_comp_id _struct_site.pdbx_auth_seq_id _struct_site.pdbx_auth_ins_code _struct_site.pdbx_num_residues _struct_site.details AC1 Software A 2CP 1801 ? 39 'BINDING SITE FOR RESIDUE 2CP A 1801' AC2 Software C 2CP 2801 ? 40 'BINDING SITE FOR RESIDUE 2CP C 2801' AC3 Software A B12 1800 ? 47 'BINDING SITE FOR RESIDUE B12 A 1800' AC4 Software C B12 2800 ? 49 'BINDING SITE FOR RESIDUE B12 C 2800' AC5 Software B GOL 3001 ? 2 'BINDING SITE FOR RESIDUE GOL B 3001' AC6 Software B GOL 3002 ? 7 'BINDING SITE FOR RESIDUE GOL B 3002' AC7 Software D GOL 3003 ? 2 'BINDING SITE FOR RESIDUE GOL D 3003' AC8 Software D GOL 3004 ? 4 'BINDING SITE FOR RESIDUE GOL D 3004' # loop_ _struct_site_gen.id _struct_site_gen.site_id _struct_site_gen.pdbx_num_res _struct_site_gen.label_comp_id _struct_site_gen.label_asym_id _struct_site_gen.label_seq_id _struct_site_gen.pdbx_auth_ins_code _struct_site_gen.auth_comp_id _struct_site_gen.auth_asym_id _struct_site_gen.auth_seq_id _struct_site_gen.label_atom_id _struct_site_gen.label_alt_id _struct_site_gen.symmetry _struct_site_gen.details 1 AC1 39 TYR A 74 ? 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CD1 C PHE 287 ? ? 127.65 120.80 6.85 0.70 N 145 1 OE1 C GLU 297 ? ? CD C GLU 297 ? ? OE2 C GLU 297 ? ? 115.74 123.30 -7.56 1.20 N 146 1 NE C ARG 305 ? ? CZ C ARG 305 ? ? NH2 C ARG 305 ? ? 123.57 120.30 3.27 0.50 N 147 1 O C HIS 313 ? ? C C HIS 313 ? ? N C GLN 314 ? ? 112.76 122.70 -9.94 1.60 Y 148 1 CD C ARG 384 ? ? NE C ARG 384 ? ? CZ C ARG 384 ? ? 134.56 123.60 10.96 1.40 N 149 1 NE C ARG 398 ? ? CZ C ARG 398 ? ? NH1 C ARG 398 ? ? 123.64 120.30 3.34 0.50 N 150 1 CB C TYR 408 ? ? CG C TYR 408 ? ? CD2 C TYR 408 ? ? 125.58 121.00 4.58 0.60 N 151 1 CB C TYR 408 ? ? CG C TYR 408 ? ? CD1 C TYR 408 ? ? 117.38 121.00 -3.62 0.60 N 152 1 O C GLU 438 ? ? C C GLU 438 ? ? N C LYS 439 ? ? 111.92 122.70 -10.78 1.60 Y 153 1 C C LYS 439 ? ? N C GLY 440 ? ? CA C GLY 440 ? ? 137.69 122.30 15.39 2.10 Y 154 1 NE C ARG 445 ? ? CZ C ARG 445 ? ? NH2 C ARG 445 ? ? 116.09 120.30 -4.21 0.50 N 155 1 CD C ARG 452 ? ? NE C ARG 452 ? ? CZ C ARG 452 ? ? 137.23 123.60 13.63 1.40 N 156 1 NE C ARG 452 ? ? CZ C ARG 452 ? ? NH1 C ARG 452 ? ? 125.72 120.30 5.42 0.50 N 157 1 NE C ARG 452 ? ? CZ C ARG 452 ? ? NH2 C ARG 452 ? ? 111.59 120.30 -8.71 0.50 N 158 1 NE C ARG 471 ? ? CZ C ARG 471 ? ? NH1 C ARG 471 ? ? 124.87 120.30 4.57 0.50 N 159 1 CB C ASP 484 ? ? CG C ASP 484 ? ? OD1 C ASP 484 ? ? 126.43 118.30 8.13 0.90 N 160 1 NE C ARG 500 ? ? CZ C ARG 500 ? ? NH2 C ARG 500 ? ? 115.36 120.30 -4.94 0.50 N 161 1 NE C ARG 503 ? ? CZ C ARG 503 ? ? NH2 C ARG 503 ? ? 117.04 120.30 -3.26 0.50 N 162 1 CB C ASP 504 ? ? CG C ASP 504 ? ? OD1 C ASP 504 ? ? 124.27 118.30 5.97 0.90 N 163 1 O C GLY 520 ? ? C C GLY 520 ? ? N C ASN 521 ? ? 113.10 122.70 -9.60 1.60 Y 164 1 N C PRO 527 ? ? CA C PRO 527 ? ? CB C PRO 527 ? ? 110.72 103.30 7.42 1.20 N 165 1 NE C ARG 529 ? ? CZ C ARG 529 ? ? NH2 C ARG 529 ? ? 116.47 120.30 -3.83 0.50 N 166 1 O C ARG 540 ? ? C C ARG 540 ? ? N C ALA 541 ? ? 112.43 122.70 -10.27 1.60 Y 167 1 O C ALA 541 ? ? C C ALA 541 ? ? N C MET 542 ? ? 112.13 122.70 -10.57 1.60 Y 168 1 C C ALA 541 ? ? N C MET 542 ? ? CA C MET 542 ? ? 137.20 121.70 15.50 2.50 Y 169 1 NE C ARG 564 ? ? CZ C ARG 564 ? ? NH2 C ARG 564 ? ? 117.14 120.30 -3.16 0.50 N 170 1 CD C ARG 596 ? ? NE C ARG 596 ? ? CZ C ARG 596 ? ? 143.21 123.60 19.61 1.40 N 171 1 CD C ARG 597 ? ? NE C ARG 597 ? ? CZ C ARG 597 ? ? 142.65 123.60 19.05 1.40 N 172 1 NE C ARG 597 ? ? CZ C ARG 597 ? ? NH1 C ARG 597 ? ? 126.20 120.30 5.90 0.50 N 173 1 NE C ARG 597 ? ? CZ C ARG 597 ? ? NH2 C ARG 597 ? ? 116.62 120.30 -3.68 0.50 N 174 1 CD C ARG 599 ? ? NE C ARG 599 ? ? CZ C ARG 599 ? ? 133.72 123.60 10.12 1.40 N 175 1 CB C PHE 634 ? ? CG C PHE 634 ? ? CD1 C PHE 634 ? ? 115.90 120.80 -4.90 0.70 N 176 1 O C PRO 637 ? ? C C PRO 637 ? ? N C GLU 638 ? ? 110.56 122.70 -12.14 1.60 Y 177 1 CB C PHE 693 ? ? CG C PHE 693 ? ? CD1 C PHE 693 ? ? 125.56 120.80 4.76 0.70 N 178 1 NE C ARG 723 ? ? CZ C ARG 723 ? ? NH1 C ARG 723 ? ? 123.58 120.30 3.28 0.50 N 179 1 C C ASP 727 ? ? 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