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EMD-24486 'other EM volume' EMDB 'Complex III2 from Candida albicans, inhibitor free, Rieske head domain in b position' EMD-24483 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 7RJB _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2021-07-20 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Di Trani, J.M.' 1 0000-0003-4764-4009 'Rubinstein, J.L.' 2 0000-0003-0566-2209 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Structure _citation.journal_id_ASTM STRUE6 _citation.journal_id_CSD 2005 _citation.journal_id_ISSN 0969-2126 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 30 _citation.language ? _citation.page_first 129 _citation.page_last ? _citation.title 'Rieske head domain dynamics and indazole-derivative inhibition of Candida albicans complex III.' _citation.year 2022 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1016/j.str.2021.08.006 _citation.pdbx_database_id_PubMed 34525326 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Di Trani, J.M.' 1 ? primary 'Liu, Z.' 2 ? primary 'Whitesell, L.' 3 ? primary 'Brzezinski, P.' 4 ? primary 'Cowen, L.E.' 5 ? primary 'Rubinstein, J.L.' 6 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer nat 'Ubiquinol--cytochrome-c reductase subunit' 48004.805 1 ? ? ? ? 2 polymer nat 'Cytochrome b' 43738.457 1 ? ? ? ? 3 polymer nat 'Ubiquinol--cytochrome-c reductase catalytic subunit' 32261.389 1 ? ? ? ? 4 polymer nat 'Cytochrome b-c1 complex subunit 7' 14440.710 1 ? ? ? ? 5 polymer nat 'Ubiquinol--cytochrome-c reductase subunit 8' 11125.672 1 ? ? ? ? 6 polymer nat 'Ubiquinol--cytochrome-c reductase subunit 6' 16042.014 1 ? ? ? ? 7 polymer nat 'Ubiquinol--cytochrome-c reductase subunit 9' 7518.448 1 ? ? ? 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;MSFFRDLLESVVPTAYAEEPVEDVEVEQPEDAPEEEVSEETVEEEEEDDEDDDEDDEEEEETADPLDTLREECTKTAACK PFDHHFHECIERVTKEQEEPDYEHKHYKEDCIEEFFHLQHCVNDCVAPRLFNRLK ; ;MSFFRDLLESVVPTAYAEEPVEDVEVEQPEDAPEEEVSEETVEEEEEDDEDDDEDDEEEEETADPLDTLREECTKTAACK PFDHHFHECIERVTKEQEEPDYEHKHYKEDCIEEFFHLQHCVNDCVAPRLFNRLK ; H ? 7 'polypeptide(L)' no no MLTVLGRLLERNSIYVATIFGGAFAFQGFFDVAVNKWWEEHNKAKLWKNVKGKFLEGEGEEEDDE MLTVLGRLLERNSIYVATIFGGAFAFQGFFDVAVNKWWEEHNKAKLWKNVKGKFLEGEGEEEDDE I ? 8 'polypeptide(L)' no no ;MLSRASIRAYSSIPNSVKIAAKESATDLTKLSVIINNAGSKTGKSGVSHLLSKFTFLNNGAKSALRFTRESELLGGTFES KVTRDALILNTTFLKQDLPYYVEALGNVVSNTQFAPHEFNEIVLPTANAETKLANANPAFKGVEKLHEITFRRGLGNPLF YNESTPIKLEEVAQFSKEQFSGENISIVAEGANEEDLTKFVSESAFCYLPSSSSNGAKALPTNTFTGQEARVPSSGASSA LIGIPVKPADFGKYEVLSAAIGTSTLPSTSTPLAQIPGATSHLYKYQDAGLFVISVSGEASQVAQGIKQAKSVAESVSSS ALSEAVKAAELSVALQSTVDSPLNVKVVAEEAPISKFNYVAVGDLDVLPYADEL ; ;MLSRASIRAYSSIPNSVKIAAKESATDLTKLSVIINNAGSKTGKSGVSHLLSKFTFLNNGAKSALRFTRESELLGGTFES 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_entity_src_nat.pdbx_organ _entity_src_nat.pdbx_organelle _entity_src_nat.pdbx_cell _entity_src_nat.pdbx_plasmid_name _entity_src_nat.pdbx_plasmid_details _entity_src_nat.details 1 1 sample 1 439 Yeast 'Candida albicans (strain SC5314 / ATCC MYA-2876)' 237561 ? ? 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'SC5314 / ATCC MYA-2876' ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 9 1 sample 1 213 Yeast 'Candida albicans (strain SC5314 / ATCC MYA-2876)' 237561 ? ? 'SC5314 / ATCC MYA-2876' ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP A0A1D8PP59_CANAL A0A1D8PP59 ? 1 ;MIRGSSALKSLTSRRLYSTGVKYTTLSNGVTVATETNPAAKTSSVGLFFGAGSRSEHSHSNGISALTTNVLASQSAKGSL LTAKNDREFNGIIAQTTNDNITEAGKLIASIASNAVDIVEKTDLTKHKQYLSAQASAVEADPKSKVLSHLYSSAFQGYSL ALPTLGTTESVENLENQDSLRHLAKHLVNNNTVIAASGNFDHDKLADAIEANLKIAEGVKPEIKPASFLGSEVRMRDDTL PKAYISIAVHGEGLNSPNYYLAKVAAAIYGDFYLHSTIAKFTSPKLASIVQEYNIVESYNHYSKSFSDTGIWGYYAEIAD KFTVDDFTHFSLKEWNRLSISISEAEVARAKAQVKTALAKELANSFAVTSDIAEKVLLVGHRQSLREAFEKIDAIKVNDV KEWGKSKVWDRDIVISGTGLIEDLLDYNRNRNEMAMMRW ; 1 2 UNP CYB_CANAL P0C8L0 ? 2 ;MPTRKSNTYLSLVNSYLIDSPQPSSINYWWNLGSLLGLCLVIQIASGVFLAMHYSSNIELAFDSVEHIMRDVNAGWLIRY IHANGASFFFICMYLHIGKALYYGSYKQPRVMLWVIGVVIFILTMAIAFMGYCLVYGQMSHWGATVITNLLSAIPFIGND IVPFIWGGFSVSNPTIQRFFALHFLLPFILAALVCMHLMALHVHGSSNPVGITGNIDRLPMHPYFIFKDLITVFVFLLIF SLFVFYSPNTLGHPDNYIPGNPMVTPPSIVPEWYLLPFYAILRSIPDKLGGVIAMFGAILILLSLPYTDRSIIRGNSFKV LSKLAFYLFVFNFILLGNLGQLHVEVPYIQLGQFATAYYFAHYIIVVPVISTLENILYYIGTQTRVK ; 1 3 UNP A0A1D8PHA3_CANAL A0A1D8PHA3 ? 3 ;MFRTAYKTMNQSMVQKFIAGGVGVTGLTASYLLYQDSMTADAMTAAEHGLHPPAYNWPHNGMFETFDHASIRRGFQVYRE VCAACHSLDRIAWRNLVGVSHTTSEAKAMAEELEYDDEPDDEGKPRKRPGKLADYIPGPYENEQAARAANQGAYPPDLSL IVKARHGGSDYIFSLLTGYPDEPPAGVVLPEGSNYNPYFPGGAIAMGRVLFDDLVEYEDGTPATTSQMAKDVSTFLNWAS EPEHDDRKKWGLKALVVLSSLYLLSIWVKRFKWTPIKNRKFRFDPPKK ; 1 4 UNP Q5ABS1_CANAL Q5ABS1 ? 4 ;MVQSMTSVVKAANFILARPTLSKIITPLAQKFTAYAGYREMGLKFNDLLLEETPIMQTAIKRLPSELNYSRNFRILTAHQ LALSHQLLPAEKAVKPEEDDNYLIPYILEAEKEAFEKAELDNIEVKA ; 1 5 UNP A0A1D8PHA2_CANAL A0A1D8PHA2 ? 5 ;MAGAPHPHTYMGWWGSLGSPKQKYITQYTISPYAAKPLKGAAYNAVFNTFRRTKNQFLYVAIPFVVVWSIWTRARDYNEY LYTKEGREELERVNV ; 1 6 UNP A0A1D8PJT8_CANAL A0A1D8PJT8 ? 6 ;MSFFRDLLESVVPTAYAEEPVEDVEVEQPEDAPEEEVSEETVEEEEDDDEDDDEDDEEEEETADPLDTLREECTKTAACK PFDHHFHECIERVTKEQEEPDYEHKHYKEDCIEEFFHLQHCVNDCVAPRLFNRLK ; 1 7 UNP A0A1D8PLP3_CANAL A0A1D8PLP3 ? 7 MLTVLGRLLERNSIYVATIFGGAFAFQGFFDVAVNKWWEEHNKAKLWKNVKGKFLEGEGEEEDDE 1 8 UNP QCR2_CANAL P83782 ? 8 ;MLSRASIRAYSSIPNSVKIAAKESATDLTKLSVIINNAGSKTGKSGVSHLLSKFTFLNNGAKSALRFTRESELLGGTFES KVTRDALILNTTFLKQDLPYYVEALGNVVSNTQFAPHEFNEIVLPTANAETKLANANPAFKGVEKLHEITFRRGLGNPLF YNESTPIKLEEVAQFSKEQFSGENISIVAEGANEEDLTKFVSESAFCYLPSSSSNGAKALPTNTFTGQEARVPSSGASSA LIGIPVKPADFGKYEVLSAAIGTSTLPSTSTPLAQIPGATSHLYKYQDAGLFVISVSGEASQVAQGIKQAKSVAESVSSS ALSEAVKAAELSVALQSTVDSPLNVKVVAEEAPISKFNYVAVGDLDVLPYADEL ; 1 9 UNP A0A1D8PJX3_CANAL A0A1D8PJX3 ? 9 ;MSSLAFRTLRNGLGLKSSVRALSTTTTTLSNYQQPDYSSYLNNKSGQGSRNFTYFMVGSMGLLSAAGAKSTVEAFLSSFA ASADVLAMAKVEVKLGAIPEGKNVIIKWQGKPVFIRHRTADEIEEANQVDIKTLRDPQNDADRVKKPEWLIMLGICTHLG CVPIGEAGDFGGWFCPCHGSHYDISGRIRKGPAPLNLEIPEYDFTDDETLLVG ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7RJB A 1 ? 439 ? 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A0A1D8PJX3 1 ? 213 ? 1 213 # _struct_ref_seq_dif.align_id 6 _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code 7RJB _struct_ref_seq_dif.mon_id GLU _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id H _struct_ref_seq_dif.seq_num 47 _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code ? _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name UNP _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code A0A1D8PJT8 _struct_ref_seq_dif.db_mon_id ASP _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num 47 _struct_ref_seq_dif.details conflict _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num 47 _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 FES non-polymer . 'FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER' ? 'Fe2 S2' 175.820 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HEC non-polymer . 'HEME C' ? 'C34 H34 Fe N4 O4' 618.503 HEM non-polymer . 'PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE' HEME 'C34 H32 Fe N4 O4' 616.487 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 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THR A 323 SER A 339 1 ? 17 HELX_P HELX_P19 AC1 SER A 343 ? LEU A 362 ? SER A 343 LEU A 362 1 ? 20 HELX_P HELX_P20 AC2 ASN A 364 ? VAL A 379 ? ASN A 364 VAL A 379 1 ? 16 HELX_P HELX_P21 AC3 SER A 384 ? ALA A 394 ? SER A 384 ALA A 394 1 ? 11 HELX_P HELX_P22 AC4 LYS A 396 ? VAL A 408 ? LYS A 396 VAL A 408 1 ? 13 HELX_P HELX_P23 AC5 LEU A 420 ? LEU A 424 ? LEU A 420 LEU A 424 5 ? 5 HELX_P HELX_P24 AC6 ASP A 426 ? GLU A 433 ? ASP A 426 GLU A 433 1 ? 8 HELX_P HELX_P25 AC7 PRO B 2 ? ASN B 7 ? PRO K 2 ASN K 7 1 ? 6 HELX_P HELX_P26 AC8 ASN B 7 ? ILE B 18 ? ASN K 7 ILE K 18 1 ? 12 HELX_P HELX_P27 AC9 TYR B 28 ? TRP B 30 ? TYR K 28 TRP K 30 5 ? 3 HELX_P HELX_P28 AD1 ASN B 31 ? MET B 52 ? ASN K 31 MET K 52 1 ? 22 HELX_P HELX_P29 AD2 LEU B 60 ? ASP B 71 ? LEU K 60 ASP K 71 1 ? 12 HELX_P HELX_P30 AD3 ALA B 74 ? TYR B 103 ? ALA K 74 TYR K 103 1 ? 30 HELX_P HELX_P31 AD4 LYS B 107 ? PRO B 109 ? LYS K 107 PRO K 109 5 ? 3 HELX_P HELX_P32 AD5 ARG B 110 ? TYR B 136 ? 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