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'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7RQ6 _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 7RQ6 _struct.title ;Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike in complex with non-neutralizing NTD-directed CV3-13 Fab isolated from convalescent individual ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7RQ6 _struct_keywords.text ;human non-neutralizing mAb, NTD-directed antibody, ADCC, novel NTD epitope, SARS-CoV-2, spike, N-terminal domain, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex ; _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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D ASN 657 ND2 ? ? ? 1_555 EA NAG . C1 ? ? B ASN 657 B NAG 2007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale21 covale one ? D ASN 709 ND2 ? ? ? 1_555 FA NAG . C1 ? ? B ASN 709 B NAG 2008 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? N-Glycosylation covale22 covale one ? D ASN 717 ND2 ? ? ? 1_555 GA NAG . C1 ? ? B ASN 717 B NAG 2009 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.434 ? N-Glycosylation covale23 covale one ? D ASN 801 ND2 ? ? ? 1_555 HA NAG . C1 ? ? B ASN 801 B NAG 2010 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.434 ? N-Glycosylation covale24 covale one ? D ASN 1074 ND2 ? ? ? 1_555 IA NAG . C1 ? ? B ASN 1074 B NAG 2011 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.432 ? N-Glycosylation covale25 covale one ? D ASN 1098 ND2 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? B ASN 1098 G NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale26 covale one ? D ASN 1134 ND2 ? ? ? 1_555 JA NAG . C1 ? ? B ASN 1134 B NAG 2012 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale27 covale one ? G ASN 61 ND2 ? ? ? 1_555 KA NAG . C1 ? ? C ASN 61 C NAG 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? 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The complex peak was harvested, concentrated to 0.50 mg/mL in the SEC buffer and immediately used for CryoEM grid preparation. ; _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # _pdbx_audit_support.funding_organization 'Other government' _pdbx_audit_support.country 'United States' _pdbx_audit_support.grant_number 'Start-up funds from the Uniformed Services University of the Health Sciences' _pdbx_audit_support.ordinal 1 # loop_ _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.hetero J 4 NAG 1 F NAG 1 A NAG 2012 n J 4 NAG 2 F NAG 2 A NAG 2013 n K 4 NAG 1 G NAG 1 B NAG 2012 n K 4 NAG 2 G NAG 2 B NAG 2013 n L 4 NAG 1 I NAG 1 C NAG 2012 n L 4 NAG 2 I NAG 2 C NAG 2013 n # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version _pdbx_chem_comp_identifier.identifier NAG 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DGlcpNAcb NAG 'COMMON NAME' GMML 1.0 N-acetyl-b-D-glucopyranosamine NAG 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-GlcpNAc NAG 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 GlcNAc # _pdbx_entity_branch.entity_id 4 _pdbx_entity_branch.type oligosaccharide # loop_ _pdbx_entity_branch_descriptor.ordinal _pdbx_entity_branch_descriptor.entity_id _pdbx_entity_branch_descriptor.descriptor _pdbx_entity_branch_descriptor.type _pdbx_entity_branch_descriptor.program _pdbx_entity_branch_descriptor.program_version 1 4 DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 2 4 'WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 3 4 '[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}' LINUCS PDB-CARE ? # _pdbx_entity_branch_link.link_id 1 _pdbx_entity_branch_link.entity_id 4 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 2 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 NAG _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 C1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 O1 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 NAG _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 O4 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 HO4 _pdbx_entity_branch_link.value_order sing _pdbx_entity_branch_link.details ? # loop_ _pdbx_entity_branch_list.entity_id _pdbx_entity_branch_list.comp_id _pdbx_entity_branch_list.num _pdbx_entity_branch_list.hetero 4 NAG 1 n 4 NAG 2 n # _pdbx_entity_nonpoly.entity_id 5 _pdbx_entity_nonpoly.name 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose _pdbx_entity_nonpoly.comp_id NAG # loop_ _pdbx_initial_refinement_model.id _pdbx_initial_refinement_model.type _pdbx_initial_refinement_model.source_name _pdbx_initial_refinement_model.accession_code 1 'experimental model' PDB 6VXX 2 'experimental model' PDB 7C2L # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'gel filtration' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? #