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'Ubiquitin-like protein GDX' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;GHMAASVEDEFEDAPDVEPLEPTLKNIIEQKSLKWIFVGGKGGVGKTTCSCSLAVQLAAVRESVLIISTNPAHNISDAFD QKFSKVPTKVKGYDNLFAMEIDPSLGVAELPDEFFEEDNMLSMGKKMMQEAMSAFPGIDEAMSYAEVMRLVKGMNFSVVV FDTAPTGHTLRLLNFPTIVERGLGRLMQIKNQISPFISQMCNMLGLGDMNADQLASKLEETLPVIRSVSEQFKDPEQTTF ICVCIAEFLSLYETERLIQELAKCRIDTHNIIVNQLVFPDNERPCKMCEARHKIQSKYLDQMEDLYEDFHIVKLPLLPHE VRGADKVNTFSKQLLEPYSPPKK ; ;GHMAASVEDEFEDAPDVEPLEPTLKNIIEQKSLKWIFVGGKGGVGKTTCSCSLAVQLAAVRESVLIISTNPAHNISDAFD QKFSKVPTKVKGYDNLFAMEIDPSLGVAELPDEFFEEDNMLSMGKKMMQEAMSAFPGIDEAMSYAEVMRLVKGMNFSVVV FDTAPTGHTLRLLNFPTIVERGLGRLMQIKNQISPFISQMCNMLGLGDMNADQLASKLEETLPVIRSVSEQFKDPEQTTF ICVCIAEFLSLYETERLIQELAKCRIDTHNIIVNQLVFPDNERPCKMCEARHKIQSKYLDQMEDLYEDFHIVKLPLLPHE VRGADKVNTFSKQLLEPYSPPKK ; A,B ? 2 'polypeptide(L)' no no ;GPLGSTMAAAAAMAEQESARNGGRNRGGVQRVEGKLRASVEKGDYYEAHQMYRTLFFRYMSQSKHTEARELMYSGALLFF SHGQQNSAADLSMLVLESLEKAEVEVADELLENLAKVFSLMDPNSPERVTFVSRALKWSSGGSGKLGHPRLHQLLALTLW KEQNYCESRYHFLHSADGEGCANMLVEYSTSRGFRSEVDMFVAQAVLQFLCLKNKSSASVVFTTYTQKHPSIEDGPPFVE PLLNFIWFLLLAVDGGKLTVFTVLCEQYQPSLRRDPMYNEYLDRIGQLFFGVPPKQTSSYGGLLGNLLTSLMGSSEQEDG EESPSDGSPIELD ; ;GPLGSTMAAAAAMAEQESARNGGRNRGGVQRVEGKLRASVEKGDYYEAHQMYRTLFFRYMSQSKHTEARELMYSGALLFF SHGQQNSAADLSMLVLESLEKAEVEVADELLENLAKVFSLMDPNSPERVTFVSRALKWSSGGSGKLGHPRLHQLLALTLW KEQNYCESRYHFLHSADGEGCANMLVEYSTSRGFRSEVDMFVAQAVLQFLCLKNKSSASVVFTTYTQKHPSIEDGPPFVE PLLNFIWFLLLAVDGGKLTVFTVLCEQYQPSLRRDPMYNEYLDRIGQLFFGVPPKQTSSYGGLLGNLLTSLMGSSEQEDG EESPSDGSPIELD ; C,F ? 3 'polypeptide(L)' no no ;GPGSAETEPWAAAVPPEWVPIIQQDIQSQRKVKPQPPLSDAYLSGMPAKRRKTMQGEGPQLLLSEAVSRAAKAAGARPLT SPESLSRDLEAPEVQESYRQQLRSDIQKRLQEDPNYSPQRFPNAQRAFADDP ; ;GPGSAETEPWAAAVPPEWVPIIQQDIQSQRKVKPQPPLSDAYLSGMPAKRRKTMQGEGPQLLLSEAVSRAAKAAGARPLT SPESLSRDLEAPEVQESYRQQLRSDIQKRLQEDPNYSPQRFPNAQRAFADDP ; D,G ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MQLTVKALQGRECSLQVPEDELVSTLKQLVSEKLNVPVRQQRLLFKGKALADGKRLSDYSIGPNSKLNLVVKPLEKVLLE EGEAQRLADSPPPQVWQLISKVLARHFSAADASRVLEQLQRDYERSLSRLTLDDIERLASRFLHPEVTETMEKGFSKGSE NLYFQ ; ;MQLTVKALQGRECSLQVPEDELVSTLKQLVSEKLNVPVRQQRLLFKGKALADGKRLSDYSIGPNSKLNLVVKPLEKVLLE EGEAQRLADSPPPQVWQLISKVLARHFSAADASRVLEQLQRDYERSLSRLTLDDIERLASRFLHPEVTETMEKGFSKGSE NLYFQ ; H ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 5 "ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" ATP 6 'MAGNESIUM ION' MG 7 'ZINC ION' ZN # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 GLY n 1 2 HIS n 1 3 MET n 1 4 ALA n 1 5 ALA n 1 6 SER n 1 7 VAL n 1 8 GLU n 1 9 ASP n 1 10 GLU n 1 11 PHE n 1 12 GLU n 1 13 ASP n 1 14 ALA n 1 15 PRO n 1 16 ASP n 1 17 VAL n 1 18 GLU n 1 19 PRO n 1 20 LEU n 1 21 GLU n 1 22 PRO n 1 23 THR n 1 24 LEU n 1 25 LYS n 1 26 ASN n 1 27 ILE n 1 28 ILE n 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Q6IQE5 1 ? 341 ? 1 341 2 1 7RUC B 3 ? 343 ? Q6IQE5 1 ? 341 ? 1 341 3 2 7RUC C 7 ? 333 ? Q7L5D6 1 ? 327 ? 1 327 4 3 7RUC D 4 ? 132 ? P46379 1004 ? 1132 ? 1004 1132 5 2 7RUC F 7 ? 333 ? Q7L5D6 1 ? 327 ? 1 327 6 3 7RUC G 4 ? 132 ? P46379 1004 ? 1132 ? 1004 1132 7 4 7RUC H 1 ? 157 ? P11441 1 ? 157 ? 1 157 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 7RUC GLY A 1 ? UNP Q6IQE5 ? ? 'expression tag' -1 1 1 7RUC HIS A 2 ? UNP Q6IQE5 ? ? 'expression tag' 0 2 1 7RUC ASN A 70 ? UNP Q6IQE5 ASP 68 'engineered mutation' 68 3 2 7RUC GLY B 1 ? UNP Q6IQE5 ? ? 'expression tag' -1 4 2 7RUC HIS B 2 ? UNP Q6IQE5 ? ? 'expression tag' 0 5 2 7RUC ASN B 70 ? UNP Q6IQE5 ASP 68 'engineered mutation' 68 6 3 7RUC GLY C 1 ? UNP Q7L5D6 ? ? 'expression tag' -5 7 3 7RUC PRO C 2 ? UNP Q7L5D6 ? ? 'expression tag' -4 8 3 7RUC LEU C 3 ? UNP Q7L5D6 ? ? 'expression tag' -3 9 3 7RUC GLY C 4 ? UNP Q7L5D6 ? ? 'expression tag' -2 10 3 7RUC SER C 5 ? UNP Q7L5D6 ? ? 'expression tag' -1 11 3 7RUC THR C 6 ? UNP Q7L5D6 ? ? 'expression tag' 0 12 4 7RUC GLY D 1 ? UNP P46379 ? ? 'expression tag' 1001 13 4 7RUC PRO D 2 ? UNP P46379 ? ? 'expression tag' 1002 14 4 7RUC GLY D 3 ? UNP P46379 ? ? 'expression tag' 1003 15 5 7RUC GLY F 1 ? UNP Q7L5D6 ? ? 'expression tag' -5 16 5 7RUC PRO F 2 ? UNP Q7L5D6 ? ? 'expression tag' -4 17 5 7RUC LEU F 3 ? UNP Q7L5D6 ? ? 'expression tag' -3 18 5 7RUC GLY F 4 ? UNP Q7L5D6 ? ? 'expression tag' -2 19 5 7RUC SER F 5 ? UNP Q7L5D6 ? ? 'expression tag' -1 20 5 7RUC THR F 6 ? UNP Q7L5D6 ? ? 'expression tag' 0 21 6 7RUC GLY G 1 ? UNP P46379 ? ? 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'expression tag' 165 32 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details heptameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 7 # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 22070 ? 1 MORE -176 ? 1 'SSA (A^2)' 58950 ? # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support immunoprecipitation _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 LEU A 24 ? 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ALA B 132 PRO B 134 5 ? 3 HELX_P HELX_P16 AB7 GLY B 137 ? MET B 154 ? GLY B 135 MET B 152 1 ? 18 HELX_P HELX_P17 AB8 PRO B 165 ? GLN B 192 ? PRO B 163 GLN B 190 1 ? 28 HELX_P HELX_P18 AB9 GLN B 213 ? ASP B 234 ? GLN B 211 ASP B 232 1 ? 22 HELX_P HELX_P19 AC1 GLU B 247 ? ARG B 265 ? GLU B 245 ARG B 263 1 ? 19 HELX_P HELX_P20 AC2 CYS B 285 ? TYR B 306 ? CYS B 283 TYR B 304 1 ? 22 HELX_P HELX_P21 AC3 GLY B 323 ? GLU B 336 ? GLY B 321 GLU B 334 1 ? 14 HELX_P HELX_P22 AC4 ARG C 26 ? GLY C 43 ? ARG C 20 GLY C 37 1 ? 18 HELX_P HELX_P23 AC5 ASP C 44 ? GLN C 62 ? ASP C 38 GLN C 56 1 ? 19 HELX_P HELX_P24 AC6 LYS C 64 ? HIS C 82 ? LYS C 58 HIS C 76 1 ? 19 HELX_P HELX_P25 AC7 GLN C 84 ? ALA C 102 ? GLN C 78 ALA C 96 1 ? 19 HELX_P HELX_P26 AC8 ALA C 107 ? MET C 121 ? ALA C 101 MET C 115 1 ? 15 HELX_P HELX_P27 AC9 PRO C 126 ? SER C 139 ? PRO C 120 SER C 133 1 ? 14 HELX_P HELX_P28 AD1 HIS C 148 ? GLU C 162 ? HIS C 142 GLU C 156 1 ? 15 HELX_P HELX_P29 AD2 ASN C 164 ? SER C 175 ? ASN C 158 SER C 169 1 ? 12 HELX_P HELX_P30 AD3 ASP C 177 ? ARG C 192 ? ASP C 171 ARG C 186 1 ? 16 HELX_P HELX_P31 AD4 PHE C 194 ? SER C 196 ? PHE C 188 SER C 190 5 ? 3 HELX_P HELX_P32 AD5 GLU C 197 ? LEU C 212 ? GLU C 191 LEU C 206 1 ? 16 HELX_P HELX_P33 AD6 ASN C 214 ? HIS C 229 ? ASN C 208 HIS C 223 1 ? 16 HELX_P HELX_P34 AD7 GLU C 240 ? GLY C 256 ? GLU C 234 GLY C 250 1 ? 17 HELX_P HELX_P35 AD8 LYS C 257 ? TYR C 268 ? LYS C 251 TYR C 262 1 ? 12 HELX_P HELX_P36 AD9 TYR C 268 ? ARG C 273 ? TYR C 262 ARG C 267 1 ? 6 HELX_P HELX_P37 AE1 PRO C 276 ? GLY C 291 ? PRO C 270 GLY C 285 1 ? 16 HELX_P HELX_P38 AE2 PRO D 9 ? VAL D 14 ? PRO D 1009 VAL D 1014 1 ? 6 HELX_P HELX_P39 AE3 PRO D 15 ? GLU D 17 ? PRO D 1015 GLU D 1017 5 ? 3 HELX_P HELX_P40 AE4 TRP D 18 ? ARG D 30 ? TRP D 1018 ARG D 1030 1 ? 13 HELX_P HELX_P41 AE5 SER D 39 ? SER D 44 ? SER D 1039 SER D 1044 1 ? 6 HELX_P HELX_P42 AE6 GLY E 27 ? GLY E 43 ? GLY F 21 GLY F 37 1 ? 17 HELX_P HELX_P43 AE7 ASP E 44 ? SER E 63 ? ASP F 38 SER F 57 1 ? 20 HELX_P HELX_P44 AE8 LYS E 64 ? GLY E 83 ? LYS F 58 GLY F 77 1 ? 20 HELX_P HELX_P45 AE9 GLN E 84 ? GLU E 103 ? GLN F 78 GLU F 97 1 ? 20 HELX_P HELX_P46 AF1 ALA E 107 ? MET E 121 ? ALA F 101 MET F 115 1 ? 15 HELX_P HELX_P47 AF2 SER E 125 ? SER E 139 ? SER F 119 SER F 133 1 ? 15 HELX_P HELX_P48 AF3 HIS E 148 ? GLU E 162 ? HIS F 142 GLU F 156 1 ? 15 HELX_P HELX_P49 AF4 ASN E 164 ? SER E 175 ? ASN F 158 SER F 169 1 ? 12 HELX_P HELX_P50 AF5 GLY E 178 ? GLY E 193 ? GLY F 172 GLY F 187 1 ? 16 HELX_P HELX_P51 AF6 PHE E 194 ? SER E 196 ? PHE F 188 SER F 190 5 ? 3 HELX_P HELX_P52 AF7 GLU E 197 ? LEU E 212 ? GLU F 191 LEU F 206 1 ? 16 HELX_P HELX_P53 AF8 ASN E 214 ? HIS E 229 ? ASN F 208 HIS F 223 1 ? 16 HELX_P HELX_P54 AF9 GLU E 240 ? ASP E 254 ? GLU F 234 ASP F 248 1 ? 15 HELX_P HELX_P55 AG1 LYS E 257 ? TYR E 268 ? LYS F 251 TYR F 262 1 ? 12 HELX_P HELX_P56 AG2 TYR E 268 ? ARG E 273 ? TYR F 262 ARG F 267 1 ? 6 HELX_P HELX_P57 AG3 ASP E 275 ? PHE E 290 ? ASP F 269 PHE F 284 1 ? 16 HELX_P HELX_P58 AG4 GLU F 17 ? VAL F 32 ? GLU G 1017 VAL G 1032 1 ? 16 HELX_P HELX_P59 AG5 SER F 39 ? SER F 44 ? SER G 1039 SER G 1044 1 ? 6 HELX_P HELX_P60 AG6 LEU F 62 ? GLY F 75 ? LEU G 1062 GLY G 1075 1 ? 14 HELX_P HELX_P61 AG7 SER F 81 ? LEU F 89 ? SER G 1081 LEU G 1089 1 ? 9 HELX_P HELX_P62 AG8 PRO F 92 ? GLN F 111 ? PRO G 1092 GLN G 1111 1 ? 20 HELX_P HELX_P63 AG9 GLN G 94 ? PHE G 107 ? GLN H 94 PHE H 107 1 ? 14 HELX_P HELX_P64 AH1 SER G 108 ? LEU G 130 ? SER H 108 LEU H 130 1 ? 23 HELX_P HELX_P65 AH2 ASP G 133 ? SER G 140 ? ASP H 133 SER H 140 1 ? 8 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role metalc1 metalc ? ? 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