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EMD-24710 'other EM volume' EMDB 'AP2 bound to heparin in the bowl conformation' EMD-24711 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 7RW9 _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2021-08-19 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Baker, R.W.' 1 0000-0003-1136-6000 'Hollopeter, G.' 2 0000-0002-6409-0530 'Partlow, E.A.' 3 0000-0001-5513-088X # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country US _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Nat.Struct.Mol.Biol. _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 1545-9985 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 29 _citation.language ? _citation.page_first 339 _citation.page_last 347 _citation.title 'Structural basis of an endocytic checkpoint that primes the AP2 clathrin adaptor for cargo internalization.' _citation.year 2022 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s41594-022-00749-z _citation.pdbx_database_id_PubMed 35347313 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Partlow, E.A.' 1 ? primary 'Cannon, K.S.' 2 ? primary 'Hollopeter, G.' 3 ? primary 'Baker, R.W.' 4 ? # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 7RW9 _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7RW9 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'AP-2 complex subunit alpha-2' 70573.320 1 ? ? ? 'Expressed as a C-terminal GST fusion and the tag was removed with Prescission protease' 2 polymer man 'AP-2 complex subunit beta' 66953.195 1 ? ? ? ? 3 polymer man 'AP-2 complex subunit mu' 49726.641 1 ? ? ? ? 4 polymer man 'AP-2 complex subunit sigma' 17038.688 1 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 ;100 kDa coated vesicle protein C,Adaptor protein complex AP-2 subunit alpha-2,Adaptor-related protein complex 2 subunit alpha-2,Alpha-adaptin C,Alpha2-adaptin,Clathrin assembly protein complex 2 alpha-C large chain,Plasma membrane adaptor HA2/AP2 adaptin alpha C subunit ; 2 ;AP105B,Adaptor protein complex AP-2 subunit beta,Adaptor-related protein complex 2 subunit beta,Beta-2-adaptin,Beta-adaptin,Clathrin assembly protein complex 2 beta large chain,Plasma membrane adaptor HA2/AP2 adaptin beta subunit ; 3 ;AP-2 mu chain,Adaptor protein complex AP-2 subunit mu,Adaptor-related protein complex 2 subunit mu,Clathrin assembly protein complex 2 mu medium 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DVLRSDSQLKNADVELQQRAVEYLRLSTVASTDILATVLEEMPPFPERESSILAKLKKKKGGSGLEVLFQ ; A ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MTDSKYFTTNKKGEIFELKAELNNEKKEKRKEAVKKVIAAMTVGKDVSSLFPDVVNCMQTDNLELKKLVYLYLMNYAKSQ PDMAIMAVNSFVKDCEDPNPLIRALAVRTMGCIRVDKITEYLCEPLRKCLKDEDPYVRKTAAVCVAKLHDINAQMVEDQG FLDSLRDLIADSNPMVVANAVAALSEISESHPNSNLLDLNPQNINKLLTALNECTEWGQIFILDCLSNYNPKDDREAQSI CERVTPRLSHANSAVVLSAVKVLMKFLELLPKDSDYYNMLLKKLAPPLVTLLSGEPEVQYVALRNINLIVQKRPEILKQE IKVFFVKYNDPIYVKLEKLDIMIRLASQANIAQVLAELKEYATEVDVDFVRKAVRAIGRCAIKVEQSAERCVSTLLDLIQ TKVNYVVQEAIVVIRDIFRKYPNKYESIIATLCENLDSLDEPDARAAMIWIVGEYAERIDNADELLESFLEGFHDESTQV QLTLLTAIVKLFLKKPSETQELVQQVLSLATQDSDNPDLRDRGYIYWRLLSTDPVTAKEVVLSEKPLISEETDLIEPTLL DELICHIGSLASVYHKPPNAFVEGSHGIHRK ; ;MTDSKYFTTNKKGEIFELKAELNNEKKEKRKEAVKKVIAAMTVGKDVSSLFPDVVNCMQTDNLELKKLVYLYLMNYAKSQ PDMAIMAVNSFVKDCEDPNPLIRALAVRTMGCIRVDKITEYLCEPLRKCLKDEDPYVRKTAAVCVAKLHDINAQMVEDQG FLDSLRDLIADSNPMVVANAVAALSEISESHPNSNLLDLNPQNINKLLTALNECTEWGQIFILDCLSNYNPKDDREAQSI CERVTPRLSHANSAVVLSAVKVLMKFLELLPKDSDYYNMLLKKLAPPLVTLLSGEPEVQYVALRNINLIVQKRPEILKQE IKVFFVKYNDPIYVKLEKLDIMIRLASQANIAQVLAELKEYATEVDVDFVRKAVRAIGRCAIKVEQSAERCVSTLLDLIQ TKVNYVVQEAIVVIRDIFRKYPNKYESIIATLCENLDSLDEPDARAAMIWIVGEYAERIDNADELLESFLEGFHDESTQV QLTLLTAIVKLFLKKPSETQELVQQVLSLATQDSDNPDLRDRGYIYWRLLSTDPVTAKEVVLSEKPLISEETDLIEPTLL DELICHIGSLASVYHKPPNAFVEGSHGIHRK ; B ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MIGGLFIYNHKGEVLISRVYRDDIGRNAVDAFRVNVIHARQQVRSPVTNIARTSFFHVKRSNIWLAAVTKQNVNAAMVFE FLYKMCDVMAAYFGKISEENIKNNFVLIYELLDEILDFGYPQNSETGALKTFITQQGIKSQHQTKEEQSQITSQVTGQIG WRREGIKYRRNELFLDVLESVNLLMSPQGQVLSAHVSGRVVMKSYLSGMPECKFGMNDKIVIEKQGKGTADETSKSGKQS IAIDDCTFHQCVRLSKFDSERSISFIPPDGEFELMRYRTTKDIILPFRVIPLVREVGRTKLEVKVVIKSNFKPSLLAQKI EVRIPTPLNTSGVQVICMKGKAKYKASENAIVWKIKRMAGMKESQISAEIELLPTNDKKKWARPPISMNFEVPFAPSGLK VRYLKVFEPKLNYSDHDVIKWVRYIGRSGIYETRC ; ;MIGGLFIYNHKGEVLISRVYRDDIGRNAVDAFRVNVIHARQQVRSPVTNIARTSFFHVKRSNIWLAAVTKQNVNAAMVFE FLYKMCDVMAAYFGKISEENIKNNFVLIYELLDEILDFGYPQNSETGALKTFITQQGIKSQHQTKEEQSQITSQVTGQIG WRREGIKYRRNELFLDVLESVNLLMSPQGQVLSAHVSGRVVMKSYLSGMPECKFGMNDKIVIEKQGKGTADETSKSGKQS IAIDDCTFHQCVRLSKFDSERSISFIPPDGEFELMRYRTTKDIILPFRVIPLVREVGRTKLEVKVVIKSNFKPSLLAQKI EVRIPTPLNTSGVQVICMKGKAKYKASENAIVWKIKRMAGMKESQISAEIELLPTNDKKKWARPPISMNFEVPFAPSGLK VRYLKVFEPKLNYSDHDVIKWVRYIGRSGIYETRC ; M ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MIRFILIQNRAGKTRLAKWYMQFDDDEKQKLIEEVHAVVTVRDAKHTNFVEFRNFKIIYRRYAGLYFCICVDVNDNNLAY LEAIHNFVEVLNEYFHNVCELDLVFNFYKVYTVVDEMFLAGEIRETSQTKVLKQLLMLQSLE ; ;MIRFILIQNRAGKTRLAKWYMQFDDDEKQKLIEEVHAVVTVRDAKHTNFVEFRNFKIIYRRYAGLYFCICVDVNDNNLAY LEAIHNFVEVLNEYFHNVCELDLVFNFYKVYTVVDEMFLAGEIRETSQTKVLKQLLMLQSLE ; S ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 PRO n 1 3 ALA n 1 4 VAL n 1 5 SER n 1 6 LYS n 1 7 GLY n 1 8 ASP n 1 9 GLY n 1 10 MET n 1 11 ARG n 1 12 GLY n 1 13 LEU n 1 14 ALA n 1 15 VAL n 1 16 PHE n 1 17 ILE n 1 18 SER n 1 19 ASP n 1 20 ILE n 1 21 ARG n 1 22 ASN n 1 23 CYS n 1 24 LYS n 1 25 SER n 1 26 LYS n 1 27 GLU n 1 28 ALA n 1 29 GLU n 1 30 ILE n 1 31 LYS n 1 32 ARG n 1 33 ILE n 1 34 ASN n 1 35 LYS n 1 36 GLU n 1 37 LEU n 1 38 ALA n 1 39 ASN n 1 40 ILE n 1 41 ARG n 1 42 SER n 1 43 LYS n 1 44 PHE n 1 45 LYS n 1 46 GLY n 1 47 ASP n 1 48 LYS n 1 49 ALA n 1 50 LEU n 1 51 ASP n 1 52 GLY n 1 53 TYR n 1 54 SER n 1 55 LYS n 1 56 LYS n 1 57 LYS n 1 58 TYR n 1 59 VAL n 1 60 CYS n 1 61 LYS n 1 62 LEU n 1 63 LEU n 1 64 PHE n 1 65 ILE n 1 66 PHE n 1 67 LEU n 1 68 LEU n 1 69 GLY n 1 70 HIS n 1 71 ASP n 1 72 ILE n 1 73 ASP n 1 74 PHE n 1 75 GLY n 1 76 HIS n 1 77 MET n 1 78 GLU n 1 79 ALA n 1 80 VAL n 1 81 ASN n 1 82 LEU n 1 83 LEU n 1 84 SER n 1 85 SER n 1 86 ASN n 1 87 ARG n 1 88 TYR n 1 89 THR n 1 90 GLU n 1 91 LYS n 1 92 GLN n 1 93 ILE n 1 94 GLY n 1 95 TYR n 1 96 LEU n 1 97 PHE n 1 98 ILE n 1 99 SER n 1 100 VAL n 1 101 LEU n 1 102 VAL n 1 103 ASN n 1 104 SER n 1 105 ASN n 1 106 SER n 1 107 GLU n 1 108 LEU n 1 109 ILE n 1 110 ARG n 1 111 LEU n 1 112 ILE n 1 113 ASN n 1 114 ASN n 1 115 ALA n 1 116 ILE n 1 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'pACYC Duet' ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP AP2A2_MOUSE P17427 ? 1 ;MPAVSKGDGMRGLAVFISDIRNCKSKEAEIKRINKELANIRSKFKGDKALDGYSKKKYVCKLLFIFLLGHDIDFGHMEAV NLLSSNRYTEKQIGYLFISVLVNSNSELIRLINNAIKNDLASRNPTFMGLALHCIANVGSREMAEAFAGEIPKILVAGDT MDSVKQSAALCLLRLYRTSPDLVPMGDWTSRVVHLLNDQHLGVVTAATSLITTLAQKNPEEFKTSVSLAVSRLSRIVTSA STDLQDYTYYFVPAPWLSVKLLRLLQCYPPPDPAVRGRLTECLETILNKAQEPPKSKKVQHSNAKNAVLFEAISLIIHHD SEPNLLVRACNQLGQFLQHRETNLRYLALESMCTLASSEFSHEAVKTHIETVINALKTERDVSVRQRAVDLLYAMCDRSN AQQIVAEMLSYLETADYSIREEIVLKVAILAEKYAVDYTWYVDTILNLIRIAGDYVSEEVWYRVIQIVINRDDVQGYAAK TVFEALQAPACHENLVKVGGYILGEFGNLIAGDPRSSPLIQFNLLHSKFHLCSVPTRALLLSTYIKFVNLFPEVKATIQD VLRSDSQLKNADVELQQRAVEYLRLSTVASTDILATVLEEMPPFPERESSILAKLKKKKG ; 1 2 UNP AP2B1_MOUSE Q9DBG3 ? 2 ;MTDSKYFTTNKKGEIFELKAELNNEKKEKRKEAVKKVIAAMTVGKDVSSLFPDVVNCMQTDNLELKKLVYLYLMNYAKSQ PDMAIMAVNSFVKDCEDPNPLIRALAVRTMGCIRVDKITEYLCEPLRKCLKDEDPYVRKTAAVCVAKLHDINAQMVEDQG FLDSLRDLIADSNPMVVANAVAALSEISESHPNSNLLDLNPQNINKLLTALNECTEWGQIFILDCLSNYNPKDDREAQSI CERVTPRLSHANSAVVLSAVKVLMKFLELLPKDSDYYNMLLKKLAPPLVTLLSGEPEVQYVALRNINLIVQKRPEILKQE IKVFFVKYNDPIYVKLEKLDIMIRLASQANIAQVLAELKEYATEVDVDFVRKAVRAIGRCAIKVEQSAERCVSTLLDLIQ TKVNYVVQEAIVVIRDIFRKYPNKYESIIATLCENLDSLDEPDARAAMIWIVGEYAERIDNADELLESFLEGFHDESTQV QLTLLTAIVKLFLKKPSETQELVQQVLSLATQDSDNPDLRDRGYIYWRLLSTDPVTAKEVVLSEKPLISEETDLIEPTLL DELICHIGSLASVYHKPPNAFVEGSHGIHRK ; 1 3 UNP AP2M1_MOUSE P84091 ? 3 ;MIGGLFIYNHKGEVLISRVYRDDIGRNAVDAFRVNVIHARQQVRSPVTNIARTSFFHVKRSNIWLAAVTKQNVNAAMVFE FLYKMCDVMAAYFGKISEENIKNNFVLIYELLDEILDFGYPQNSETGALKTFITQQGIKSQHQTKEEQSQITSQVTGQIG WRREGIKYRRNELFLDVLESVNLLMSPQGQVLSAHVSGRVVMKSYLSGMPECKFGMNDKIVIEKQGKGTADETSKSGKQS IAIDDCTFHQCVRLSKFDSERSISFIPPDGEFELMRYRTTKDIILPFRVIPLVREVGRTKLEVKVVIKSNFKPSLLAQKI EVRIPTPLNTSGVQVICMKGKAKYKASENAIVWKIKRMAGMKESQISAEIELLPTNDKKKWARPPISMNFEVPFAPSGLK VRYLKVFEPKLNYSDHDVIKWVRYIGRSGIYETRC ; 1 4 UNP AP2S1_MOUSE P62743 ? 4 ;MIRFILIQNRAGKTRLAKWYMQFDDDEKQKLIEEVHAVVTVRDAKHTNFVEFRNFKIIYRRYAGLYFCICVDVNDNNLAY LEAIHNFVEVLNEYFHNVCELDLVFNFYKVYTVVDEMFLAGEIRETSQTKVLKQLLMLQSLE ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7RW9 A 1 ? 621 ? 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'expression tag' 627 7 1 7RW9 LEU A 628 ? UNP P17427 ? ? 'expression tag' 628 8 1 7RW9 PHE A 629 ? UNP P17427 ? ? 'expression tag' 629 9 1 7RW9 GLN A 630 ? UNP P17427 ? ? 'expression tag' 630 10 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7RW9 _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 7RW9 _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.003 ? 10540 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.628 ? 14434 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 13.176 ? 3478 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.041 ? 1828 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.003 ? 1823 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 7RW9 _struct.title 'AP2 bound to heparin in the bowl conformation' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7RW9 _struct_keywords.text 'AP2, clathrin vesicle, endocytosis, lipid-binding, adaptor, membrane, transport' _struct_keywords.pdbx_keywords ENDOCYTOSIS # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 MET A 10 ? ASN A 22 ? MET A 10 ASN A 22 1 ? 13 HELX_P HELX_P2 AA2 SER A 25 ? PHE A 44 ? SER A 25 PHE A 44 1 ? 20 HELX_P HELX_P3 AA3 GLY A 52 ? GLY A 69 ? GLY A 52 GLY A 69 1 ? 18 HELX_P HELX_P4 AA4 HIS A 76 ? ASN A 81 ? HIS A 76 ASN A 81 1 ? 6 HELX_P HELX_P5 AA5 LEU A 82 ? SER A 84 ? LEU A 82 SER A 84 5 ? 3 HELX_P HELX_P6 AA6 ARG A 87 ? LEU A 101 ? 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LYS A 299 ASP A 321 1 ? 23 HELX_P HELX_P21 AC3 GLU A 323 ? LEU A 338 ? GLU A 323 LEU A 338 1 ? 16 HELX_P HELX_P22 AC4 GLU A 342 ? ALA A 357 ? GLU A 342 ALA A 357 1 ? 16 HELX_P HELX_P23 AC5 SER A 362 ? THR A 368 ? SER A 362 THR A 368 1 ? 7 HELX_P HELX_P24 AC6 HIS A 369 ? GLU A 380 ? HIS A 369 GLU A 380 1 ? 12 HELX_P HELX_P25 AC7 VAL A 383 ? MET A 396 ? VAL A 383 MET A 396 1 ? 14 HELX_P HELX_P26 AC8 ASN A 401 ? THR A 415 ? ASN A 401 THR A 415 1 ? 15 HELX_P HELX_P27 AC9 SER A 419 ? TYR A 435 ? SER A 419 TYR A 435 1 ? 17 HELX_P HELX_P28 AD1 ASP A 438 ? ALA A 453 ? ASP A 438 ALA A 453 1 ? 16 HELX_P HELX_P29 AD2 GLU A 460 ? ASP A 473 ? GLU A 460 ASP A 473 1 ? 14 HELX_P HELX_P30 AD3 VAL A 475 ? GLN A 488 ? VAL A 475 GLN A 488 1 ? 14 HELX_P HELX_P31 AD4 HIS A 493 ? ALA A 512 ? HIS A 493 ALA A 512 1 ? 20 HELX_P HELX_P32 AD5 ASP A 514 ? SER A 517 ? ASP A 514 SER A 517 5 ? 4 HELX_P HELX_P33 AD6 SER A 518 ? HIS A 531 ? SER A 518 HIS A 531 1 ? 14 HELX_P HELX_P34 AD7 SER A 534 ? PHE A 552 ? 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D GLU 142 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.name 1 1 20 mM C8H18N2O4S HEPES 1 2 150 mM NaCl 'Sodium Chloride' 1 3 0.05 % C14H28O6 n-octyl-beta-d-glucoside # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details ? # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.units ? _em_entity_assembly_molwt.value ? # _em_entity_assembly_naturalsource.id 2 _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.cell ? _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location ? _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 10090 _em_entity_assembly_naturalsource.organ ? _em_entity_assembly_naturalsource.organelle ? _em_entity_assembly_naturalsource.organism 'Mus musculus' _em_entity_assembly_naturalsource.strain ? _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? # _em_entity_assembly_recombinant.id 2 _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_recombinant.cell ? _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id 469008 _em_entity_assembly_recombinant.organism 'Escherichia coli BL21(DE3)' _em_entity_assembly_recombinant.plasmid 'pACYC Duet; pET Duet' _em_entity_assembly_recombinant.strain ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details 'Counting Mode' # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 55 _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images ? # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details ? _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 805304 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? ? ? 1 1 1 2 'IMAGE ACQUISITION' ? 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