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EMD-24712 'other EM volume' EMDB 'AP2 bound to the APA domain of SGIP in the presence of heparin' EMD-24713 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 7RWB _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2021-08-19 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Baker, R.W.' 1 0000-0003-1136-6000 'Hollopeter, G.' 2 0000-0002-6409-0530 'Partlow, E.A.' 3 0000-0001-5513-088X # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country US _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Nat.Struct.Mol.Biol. _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 1545-9985 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 29 _citation.language ? _citation.page_first 339 _citation.page_last 347 _citation.title 'Structural basis of an endocytic checkpoint that primes the AP2 clathrin adaptor for cargo internalization.' _citation.year 2022 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s41594-022-00749-z _citation.pdbx_database_id_PubMed 35347313 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Partlow, E.A.' 1 ? primary 'Cannon, K.S.' 2 ? primary 'Hollopeter, G.' 3 ? primary 'Baker, R.W.' 4 ? # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 7RWB _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7RWB _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'AP-2 complex subunit alpha-2' 70573.320 2 ? ? ? 'Purified as a GST fusion and tag removed with PreScission Protease' 2 polymer man 'AP-2 complex subunit beta' 66953.195 2 ? ? ? ? 3 polymer man 'AP-2 complex subunit mu' 49726.641 2 ? ? ? ? 4 polymer man 'AP-2 complex subunit sigma' 17038.688 2 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 ;100 kDa coated vesicle protein C,Adaptor protein complex AP-2 subunit alpha-2,Adaptor-related protein complex 2 subunit alpha-2,Alpha-adaptin C,Alpha2-adaptin,Clathrin assembly protein complex 2 alpha-C large chain,Plasma membrane adaptor HA2/AP2 adaptin alpha C subunit ; 2 ;AP105B,Adaptor protein complex AP-2 subunit beta,Adaptor-related protein complex 2 subunit beta,Beta-2-adaptin,Beta-adaptin,Clathrin assembly protein complex 2 beta large chain,Plasma membrane adaptor HA2/AP2 adaptin beta subunit ; 3 ;AP-2 mu chain,Adaptor protein complex AP-2 subunit mu,Adaptor-related protein complex 2 subunit mu,Clathrin assembly protein complex 2 mu medium chain,Clathrin coat assembly protein AP50,Clathrin coat-associated protein AP50,Mu2-adaptin,Plasma membrane adaptor AP-2 50 kDa protein ; 4 ;Adaptor protein complex AP-2 subunit sigma,Adaptor-related protein complex 2 subunit sigma,Clathrin assembly protein 2 sigma small chain,Clathrin coat assembly protein AP17,Clathrin coat-associated protein AP17,Plasma membrane adaptor AP-2 17 kDa protein,Sigma-adaptin 3b,Sigma2-adaptin ; # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MPAVSKGDGMRGLAVFISDIRNCKSKEAEIKRINKELANIRSKFKGDKALDGYSKKKYVCKLLFIFLLGHDIDFGHMEAV NLLSSNRYTEKQIGYLFISVLVNSNSELIRLINNAIKNDLASRNPTFMGLALHCIANVGSREMAEAFAGEIPKILVAGDT MDSVKQSAALCLLRLYRTSPDLVPMGDWTSRVVHLLNDQHLGVVTAATSLITTLAQKNPEEFKTSVSLAVSRLSRIVTSA STDLQDYTYYFVPAPWLSVKLLRLLQCYPPPEDPAVRGRLTECLETILNKAQEPPKSKKVQHSNAKNAVLFEAISLIIHH DSEPNLLVRACNQLGQFLQHRETNLRYLALESMCTLASSEFSHEAVKTHIETVINALKTERDVSVRQRAVDLLYAMCDRS NAQQIVAEMLSYLETADYSIREEIVLKVAILAEKYAVDYTWYVDTILNLIRIAGDYVSEEVWYRVIQIVINRDDVQGYAA KTVFEALQAPACHENLVKVGGYILGEFGNLIAGDPRSSPLIQFNLLHSKFHLCSVPTRALLLSTYIKFVNLFPEVKATIQ DVLRSDSQLKNADVELQQRAVEYLRLSTVASTDILATVLEEMPPFPERESSILAKLKKKKGGSGLEVLFQ ; ;MPAVSKGDGMRGLAVFISDIRNCKSKEAEIKRINKELANIRSKFKGDKALDGYSKKKYVCKLLFIFLLGHDIDFGHMEAV NLLSSNRYTEKQIGYLFISVLVNSNSELIRLINNAIKNDLASRNPTFMGLALHCIANVGSREMAEAFAGEIPKILVAGDT MDSVKQSAALCLLRLYRTSPDLVPMGDWTSRVVHLLNDQHLGVVTAATSLITTLAQKNPEEFKTSVSLAVSRLSRIVTSA STDLQDYTYYFVPAPWLSVKLLRLLQCYPPPEDPAVRGRLTECLETILNKAQEPPKSKKVQHSNAKNAVLFEAISLIIHH DSEPNLLVRACNQLGQFLQHRETNLRYLALESMCTLASSEFSHEAVKTHIETVINALKTERDVSVRQRAVDLLYAMCDRS NAQQIVAEMLSYLETADYSIREEIVLKVAILAEKYAVDYTWYVDTILNLIRIAGDYVSEEVWYRVIQIVINRDDVQGYAA KTVFEALQAPACHENLVKVGGYILGEFGNLIAGDPRSSPLIQFNLLHSKFHLCSVPTRALLLSTYIKFVNLFPEVKATIQ DVLRSDSQLKNADVELQQRAVEYLRLSTVASTDILATVLEEMPPFPERESSILAKLKKKKGGSGLEVLFQ ; A,a ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MTDSKYFTTNKKGEIFELKAELNNEKKEKRKEAVKKVIAAMTVGKDVSSLFPDVVNCMQTDNLELKKLVYLYLMNYAKSQ PDMAIMAVNSFVKDCEDPNPLIRALAVRTMGCIRVDKITEYLCEPLRKCLKDEDPYVRKTAAVCVAKLHDINAQMVEDQG FLDSLRDLIADSNPMVVANAVAALSEISESHPNSNLLDLNPQNINKLLTALNECTEWGQIFILDCLSNYNPKDDREAQSI CERVTPRLSHANSAVVLSAVKVLMKFLELLPKDSDYYNMLLKKLAPPLVTLLSGEPEVQYVALRNINLIVQKRPEILKQE IKVFFVKYNDPIYVKLEKLDIMIRLASQANIAQVLAELKEYATEVDVDFVRKAVRAIGRCAIKVEQSAERCVSTLLDLIQ TKVNYVVQEAIVVIRDIFRKYPNKYESIIATLCENLDSLDEPDARAAMIWIVGEYAERIDNADELLESFLEGFHDESTQV QLTLLTAIVKLFLKKPSETQELVQQVLSLATQDSDNPDLRDRGYIYWRLLSTDPVTAKEVVLSEKPLISEETDLIEPTLL DELICHIGSLASVYHKPPNAFVEGSHGIHRK ; ;MTDSKYFTTNKKGEIFELKAELNNEKKEKRKEAVKKVIAAMTVGKDVSSLFPDVVNCMQTDNLELKKLVYLYLMNYAKSQ PDMAIMAVNSFVKDCEDPNPLIRALAVRTMGCIRVDKITEYLCEPLRKCLKDEDPYVRKTAAVCVAKLHDINAQMVEDQG FLDSLRDLIADSNPMVVANAVAALSEISESHPNSNLLDLNPQNINKLLTALNECTEWGQIFILDCLSNYNPKDDREAQSI CERVTPRLSHANSAVVLSAVKVLMKFLELLPKDSDYYNMLLKKLAPPLVTLLSGEPEVQYVALRNINLIVQKRPEILKQE IKVFFVKYNDPIYVKLEKLDIMIRLASQANIAQVLAELKEYATEVDVDFVRKAVRAIGRCAIKVEQSAERCVSTLLDLIQ TKVNYVVQEAIVVIRDIFRKYPNKYESIIATLCENLDSLDEPDARAAMIWIVGEYAERIDNADELLESFLEGFHDESTQV QLTLLTAIVKLFLKKPSETQELVQQVLSLATQDSDNPDLRDRGYIYWRLLSTDPVTAKEVVLSEKPLISEETDLIEPTLL DELICHIGSLASVYHKPPNAFVEGSHGIHRK ; B,b ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MIGGLFIYNHKGEVLISRVYRDDIGRNAVDAFRVNVIHARQQVRSPVTNIARTSFFHVKRSNIWLAAVTKQNVNAAMVFE FLYKMCDVMAAYFGKISEENIKNNFVLIYELLDEILDFGYPQNSETGALKTFITQQGIKSQHQTKEEQSQITSQVTGQIG WRREGIKYRRNELFLDVLESVNLLMSPQGQVLSAHVSGRVVMKSYLSGMPECKFGMNDKIVIEKQGKGTADETSKSGKQS IAIDDCTFHQCVRLSKFDSERSISFIPPDGEFELMRYRTTKDIILPFRVIPLVREVGRTKLEVKVVIKSNFKPSLLAQKI EVRIPTPLNTSGVQVICMKGKAKYKASENAIVWKIKRMAGMKESQISAEIELLPTNDKKKWARPPISMNFEVPFAPSGLK VRYLKVFEPKLNYSDHDVIKWVRYIGRSGIYETRC ; ;MIGGLFIYNHKGEVLISRVYRDDIGRNAVDAFRVNVIHARQQVRSPVTNIARTSFFHVKRSNIWLAAVTKQNVNAAMVFE FLYKMCDVMAAYFGKISEENIKNNFVLIYELLDEILDFGYPQNSETGALKTFITQQGIKSQHQTKEEQSQITSQVTGQIG WRREGIKYRRNELFLDVLESVNLLMSPQGQVLSAHVSGRVVMKSYLSGMPECKFGMNDKIVIEKQGKGTADETSKSGKQS IAIDDCTFHQCVRLSKFDSERSISFIPPDGEFELMRYRTTKDIILPFRVIPLVREVGRTKLEVKVVIKSNFKPSLLAQKI EVRIPTPLNTSGVQVICMKGKAKYKASENAIVWKIKRMAGMKESQISAEIELLPTNDKKKWARPPISMNFEVPFAPSGLK VRYLKVFEPKLNYSDHDVIKWVRYIGRSGIYETRC ; M,m ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MIRFILIQNRAGKTRLAKWYMQFDDDEKQKLIEEVHAVVTVRDAKHTNFVEFRNFKIIYRRYAGLYFCICVDVNDNNLAY LEAIHNFVEVLNEYFHNVCELDLVFNFYKVYTVVDEMFLAGEIRETSQTKVLKQLLMLQSLE ; ;MIRFILIQNRAGKTRLAKWYMQFDDDEKQKLIEEVHAVVTVRDAKHTNFVEFRNFKIIYRRYAGLYFCICVDVNDNNLAY LEAIHNFVEVLNEYFHNVCELDLVFNFYKVYTVVDEMFLAGEIRETSQTKVLKQLLMLQSLE ; S,s ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 PRO n 1 3 ALA n 1 4 VAL n 1 5 SER n 1 6 LYS n 1 7 GLY n 1 8 ASP n 1 9 GLY n 1 10 MET n 1 11 ARG n 1 12 GLY n 1 13 LEU n 1 14 ALA n 1 15 VAL n 1 16 PHE n 1 17 ILE n 1 18 SER n 1 19 ASP n 1 20 ILE n 1 21 ARG n 1 22 ASN n 1 23 CYS n 1 24 LYS n 1 25 SER n 1 26 LYS n 1 27 GLU n 1 28 ALA n 1 29 GLU n 1 30 ILE n 1 31 LYS n 1 32 ARG n 1 33 ILE n 1 34 ASN n 1 35 LYS n 1 36 GLU n 1 37 LEU n 1 38 ALA n 1 39 ASN n 1 40 ILE n 1 41 ARG n 1 42 SER n 1 43 LYS n 1 44 PHE n 1 45 LYS n 1 46 GLY n 1 47 ASP n 1 48 LYS n 1 49 ALA n 1 50 LEU n 1 51 ASP n 1 52 GLY n 1 53 TYR n 1 54 SER n 1 55 LYS n 1 56 LYS n 1 57 LYS n 1 58 TYR n 1 59 VAL n 1 60 CYS n 1 61 LYS n 1 62 LEU n 1 63 LEU n 1 64 PHE n 1 65 ILE n 1 66 PHE n 1 67 LEU n 1 68 LEU n 1 69 GLY n 1 70 HIS n 1 71 ASP n 1 72 ILE n 1 73 ASP n 1 74 PHE n 1 75 GLY n 1 76 HIS n 1 77 MET n 1 78 GLU n 1 79 ALA n 1 80 VAL n 1 81 ASN n 1 82 LEU n 1 83 LEU n 1 84 SER n 1 85 SER n 1 86 ASN n 1 87 ARG n 1 88 TYR n 1 89 THR n 1 90 GLU n 1 91 LYS n 1 92 GLN n 1 93 ILE n 1 94 GLY n 1 95 TYR n 1 96 LEU n 1 97 PHE n 1 98 ILE n 1 99 SER n 1 100 VAL n 1 101 LEU n 1 102 VAL n 1 103 ASN n 1 104 SER n 1 105 ASN n 1 106 SER n 1 107 GLU n 1 108 LEU n 1 109 ILE n 1 110 ARG n 1 111 LEU n 1 112 ILE n 1 113 ASN n 1 114 ASN n 1 115 ALA n 1 116 ILE n 1 117 LYS n 1 118 ASN n 1 119 ASP n 1 120 LEU n 1 121 ALA n 1 122 SER n 1 123 ARG n 1 124 ASN n 1 125 PRO n 1 126 THR n 1 127 PHE n 1 128 MET n 1 129 GLY n 1 130 LEU n 1 131 ALA n 1 132 LEU n 1 133 HIS n 1 134 CYS n 1 135 ILE n 1 136 ALA n 1 137 ASN n 1 138 VAL n 1 139 GLY n 1 140 SER n 1 141 ARG n 1 142 GLU n 1 143 MET n 1 144 ALA n 1 145 GLU n 1 146 ALA n 1 147 PHE n 1 148 ALA n 1 149 GLY n 1 150 GLU n 1 151 ILE n 1 152 PRO n 1 153 LYS n 1 154 ILE n 1 155 LEU n 1 156 VAL n 1 157 ALA n 1 158 GLY n 1 159 ASP n 1 160 THR n 1 161 MET n 1 162 ASP n 1 163 SER n 1 164 VAL n 1 165 LYS n 1 166 GLN n 1 167 SER n 1 168 ALA n 1 169 ALA n 1 170 LEU n 1 171 CYS n 1 172 LEU n 1 173 LEU n 1 174 ARG n 1 175 LEU n 1 176 TYR n 1 177 ARG n 1 178 THR n 1 179 SER n 1 180 PRO n 1 181 ASP n 1 182 LEU n 1 183 VAL n 1 184 PRO n 1 185 MET n 1 186 GLY n 1 187 ASP n 1 188 TRP n 1 189 THR n 1 190 SER n 1 191 ARG n 1 192 VAL n 1 193 VAL n 1 194 HIS n 1 195 LEU n 1 196 LEU n 1 197 ASN n 1 198 ASP n 1 199 GLN n 1 200 HIS n 1 201 LEU n 1 202 GLY n 1 203 VAL n 1 204 VAL n 1 205 THR n 1 206 ALA n 1 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'pACYC Duet' ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP AP2A2_MOUSE P17427 ? 1 ;MPAVSKGDGMRGLAVFISDIRNCKSKEAEIKRINKELANIRSKFKGDKALDGYSKKKYVCKLLFIFLLGHDIDFGHMEAV NLLSSNRYTEKQIGYLFISVLVNSNSELIRLINNAIKNDLASRNPTFMGLALHCIANVGSREMAEAFAGEIPKILVAGDT MDSVKQSAALCLLRLYRTSPDLVPMGDWTSRVVHLLNDQHLGVVTAATSLITTLAQKNPEEFKTSVSLAVSRLSRIVTSA STDLQDYTYYFVPAPWLSVKLLRLLQCYPPPDPAVRGRLTECLETILNKAQEPPKSKKVQHSNAKNAVLFEAISLIIHHD SEPNLLVRACNQLGQFLQHRETNLRYLALESMCTLASSEFSHEAVKTHIETVINALKTERDVSVRQRAVDLLYAMCDRSN AQQIVAEMLSYLETADYSIREEIVLKVAILAEKYAVDYTWYVDTILNLIRIAGDYVSEEVWYRVIQIVINRDDVQGYAAK TVFEALQAPACHENLVKVGGYILGEFGNLIAGDPRSSPLIQFNLLHSKFHLCSVPTRALLLSTYIKFVNLFPEVKATIQD VLRSDSQLKNADVELQQRAVEYLRLSTVASTDILATVLEEMPPFPERESSILAKLKKKKG ; 1 2 UNP AP2B1_MOUSE Q9DBG3 ? 2 ;MTDSKYFTTNKKGEIFELKAELNNEKKEKRKEAVKKVIAAMTVGKDVSSLFPDVVNCMQTDNLELKKLVYLYLMNYAKSQ PDMAIMAVNSFVKDCEDPNPLIRALAVRTMGCIRVDKITEYLCEPLRKCLKDEDPYVRKTAAVCVAKLHDINAQMVEDQG FLDSLRDLIADSNPMVVANAVAALSEISESHPNSNLLDLNPQNINKLLTALNECTEWGQIFILDCLSNYNPKDDREAQSI CERVTPRLSHANSAVVLSAVKVLMKFLELLPKDSDYYNMLLKKLAPPLVTLLSGEPEVQYVALRNINLIVQKRPEILKQE IKVFFVKYNDPIYVKLEKLDIMIRLASQANIAQVLAELKEYATEVDVDFVRKAVRAIGRCAIKVEQSAERCVSTLLDLIQ TKVNYVVQEAIVVIRDIFRKYPNKYESIIATLCENLDSLDEPDARAAMIWIVGEYAERIDNADELLESFLEGFHDESTQV QLTLLTAIVKLFLKKPSETQELVQQVLSLATQDSDNPDLRDRGYIYWRLLSTDPVTAKEVVLSEKPLISEETDLIEPTLL DELICHIGSLASVYHKPPNAFVEGSHGIHRK ; 1 3 UNP AP2M1_MOUSE P84091 ? 3 ;MIGGLFIYNHKGEVLISRVYRDDIGRNAVDAFRVNVIHARQQVRSPVTNIARTSFFHVKRSNIWLAAVTKQNVNAAMVFE FLYKMCDVMAAYFGKISEENIKNNFVLIYELLDEILDFGYPQNSETGALKTFITQQGIKSQHQTKEEQSQITSQVTGQIG WRREGIKYRRNELFLDVLESVNLLMSPQGQVLSAHVSGRVVMKSYLSGMPECKFGMNDKIVIEKQGKGTADETSKSGKQS IAIDDCTFHQCVRLSKFDSERSISFIPPDGEFELMRYRTTKDIILPFRVIPLVREVGRTKLEVKVVIKSNFKPSLLAQKI EVRIPTPLNTSGVQVICMKGKAKYKASENAIVWKIKRMAGMKESQISAEIELLPTNDKKKWARPPISMNFEVPFAPSGLK VRYLKVFEPKLNYSDHDVIKWVRYIGRSGIYETRC ; 1 4 UNP AP2S1_MOUSE P62743 ? 4 ;MIRFILIQNRAGKTRLAKWYMQFDDDEKQKLIEEVHAVVTVRDAKHTNFVEFRNFKIIYRRYAGLYFCICVDVNDNNLAY LEAIHNFVEVLNEYFHNVCELDLVFNFYKVYTVVDEMFLAGEIRETSQTKVLKQLLMLQSLE ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7RWB A 1 ? 621 ? 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'expression tag' 630 20 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7RWB _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 7RWB _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.003 ? 24388 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.533 ? 33400 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 12.887 ? 7972 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.040 ? 4170 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.003 ? 4260 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 7RWB _struct.title 'AP2 bound to the APA domain of SGIP in the presence of heparin' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7RWB _struct_keywords.text 'AP2, clathrin vesicle, endocytosis, lipid-binding, adaptor, membrane, transport, muniscin, regulator, SGIP1' _struct_keywords.pdbx_keywords ENDOCYTOSIS # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 1 ? F N N 2 ? G N N 3 ? H N N 4 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ARG A 11 ? ASN A 22 ? ARG A 11 ASN A 22 1 ? 12 HELX_P HELX_P2 AA2 SER A 25 ? LYS A 45 ? SER A 25 LYS A 45 1 ? 21 HELX_P HELX_P3 AA3 ASP A 51 ? GLY A 69 ? ASP A 51 GLY A 69 1 ? 19 HELX_P HELX_P4 AA4 HIS A 76 ? ASN A 81 ? HIS A 76 ASN A 81 1 ? 6 HELX_P HELX_P5 AA5 ARG A 87 ? LEU A 101 ? ARG A 87 LEU A 101 1 ? 15 HELX_P HELX_P6 AA6 ASN A 105 ? ALA A 121 ? ASN A 105 ALA A 121 1 ? 17 HELX_P HELX_P7 AA7 ASN A 124 ? GLY A 139 ? ASN A 124 GLY A 139 1 ? 16 HELX_P HELX_P8 AA8 SER A 140 ? ALA A 148 ? SER A 140 ALA A 148 1 ? 9 HELX_P HELX_P9 AA9 GLU A 150 ? VAL A 156 ? GLU A 150 VAL A 156 1 ? 7 HELX_P HELX_P10 AB1 MET A 161 ? SER A 179 ? MET A 161 SER A 179 1 ? 19 HELX_P HELX_P11 AB2 PRO A 180 ? VAL A 183 ? PRO A 180 VAL A 183 5 ? 4 HELX_P HELX_P12 AB3 TRP A 188 ? LEU A 196 ? TRP A 188 LEU A 196 1 ? 9 HELX_P HELX_P13 AB4 LEU A 201 ? ASN A 218 ? LEU A 201 ASN A 218 1 ? 18 HELX_P HELX_P14 AB5 PRO A 219 ? LYS A 223 ? PRO A 219 LYS A 223 5 ? 5 HELX_P HELX_P15 AB6 THR A 224 ? THR A 238 ? THR A 224 THR A 238 1 ? 15 HELX_P HELX_P16 AB7 LEU A 244 ? ASP A 246 ? LEU A 244 ASP A 246 5 ? 3 HELX_P HELX_P17 AB8 ALA A 254 ? CYS A 267 ? ALA A 254 CYS A 267 1 ? 14 HELX_P HELX_P18 AB9 ASP A 273 ? GLU A 293 ? ASP A 273 GLU A 293 1 ? 21 HELX_P HELX_P19 AC1 LYS A 299 ? ASP A 321 ? LYS A 299 ASP A 321 1 ? 23 HELX_P HELX_P20 AC2 GLU A 323 ? LEU A 338 ? 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LYS M 300 SER M 309 AA6 3 GLU C 363 ? LEU C 372 ? GLU M 363 LEU M 372 AA6 4 THR C 330 ? CYS C 337 ? THR M 330 CYS M 337 AA7 1 THR D 14 ? TRP D 19 ? THR S 14 TRP S 19 AA7 2 ILE D 2 ? ASN D 9 ? ILE S 2 ASN S 9 AA7 3 LEU D 65 ? VAL D 71 ? LEU S 65 VAL S 71 AA7 4 PHE D 55 ? TYR D 62 ? PHE S 55 TYR S 62 AA7 5 PHE D 49 ? PHE D 52 ? PHE S 49 PHE S 52 AA8 1 THR E 248 ? TYR E 249 ? THR a 248 TYR a 249 AA8 2 VAL E 252 ? PRO E 253 ? VAL a 252 PRO a 253 AA9 1 VAL G 14 ? ARG G 18 ? VAL m 14 ARG m 18 AA9 2 LEU G 5 ? TYR G 8 ? LEU m 5 TYR m 8 AA9 3 ILE G 63 ? THR G 69 ? ILE m 63 THR m 69 AA9 4 SER G 54 ? ARG G 60 ? SER m 54 ARG m 60 AB1 1 LEU G 116 ? ASP G 117 ? LEU m 116 ASP m 117 AB1 2 TYR G 120 ? PRO G 121 ? TYR m 120 PRO m 121 AB2 1 GLY G 270 ? THR G 279 ? GLY m 270 THR m 279 AB2 2 VAL G 191 ? TYR G 205 ? VAL m 191 TYR m 205 AB2 3 GLU G 172 ? MET G 185 ? GLU m 172 MET m 185 AB2 4 ILE G 419 ? THR G 433 ? ILE m 419 THR m 433 AB2 5 ILE G 386 ? VAL G 392 ? ILE m 386 VAL m 392 AB2 6 LEU G 316 ? 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PHE s 49 PHE s 52 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 N TYR A 249 ? N TYR A 249 O VAL A 252 ? O VAL A 252 AA2 1 2 O LEU C 15 ? O LEU M 15 N ILE C 7 ? N ILE M 7 AA2 2 3 N TYR C 8 ? N TYR M 8 O TRP C 64 ? O TRP M 64 AA2 3 4 O ALA C 67 ? O ALA M 67 N PHE C 56 ? N PHE M 56 AA3 1 2 N ASP C 117 ? N ASP M 117 O TYR C 120 ? O TYR M 120 AA4 1 2 O MET C 275 ? O MET M 275 N VAL C 200 ? N VAL M 200 AA4 2 3 O LYS C 203 ? O LYS M 203 N PHE C 174 ? N PHE M 174 AA4 3 4 N VAL C 181 ? N VAL M 181 O GLY C 429 ? O GLY M 429 AA4 4 5 O THR C 433 ? O THR M 433 N ILE C 386 ? N ILE M 386 AA4 5 6 O ASN C 389 ? O ASN M 389 N GLU C 321 ? N GLU M 321 AA4 6 7 N ILE C 324 ? N ILE M 324 O ILE C 351 ? O ILE M 351 AA4 7 8 O LYS C 354 ? O LYS M 354 N LYS C 341 ? N LYS M 341 AA5 1 2 O ILE C 263 ? O ILE M 263 N PHE C 214 ? N PHE M 214 AA5 2 3 N GLY C 215 ? N GLY M 215 O TYR C 403 ? O TYR M 403 AA6 1 2 N LEU C 292 ? N LEU M 292 O LYS C 304 ? O LYS M 304 AA6 2 3 N LEU C 301 ? N LEU M 301 O ILE C 370 ? O ILE M 370 AA6 3 4 O GLU C 371 ? O GLU M 371 N GLY C 332 ? N GLY M 332 AA7 1 2 O LYS D 18 ? O LYS S 18 N ILE D 5 ? N ILE S 5 AA7 2 3 N ARG D 3 ? N ARG S 3 O CYS D 70 ? O CYS S 70 AA7 3 4 O LEU D 65 ? O LEU S 65 N TYR D 62 ? N TYR S 62 AA7 4 5 O ILE D 57 ? O ILE S 57 N VAL D 50 ? N VAL S 50 AA8 1 2 N TYR E 249 ? N TYR a 249 O VAL E 252 ? O VAL a 252 AA9 1 2 O LEU G 15 ? O LEU m 15 N ILE G 7 ? N ILE m 7 AA9 2 3 N TYR G 8 ? N TYR m 8 O TRP G 64 ? O TRP m 64 AA9 3 4 O ALA G 67 ? O ALA m 67 N PHE G 56 ? N PHE m 56 AB1 1 2 N ASP G 117 ? N ASP m 117 O TYR G 120 ? O TYR m 120 AB2 1 2 O MET G 275 ? O MET m 275 N VAL G 200 ? N VAL m 200 AB2 2 3 O LYS G 203 ? O LYS m 203 N PHE G 174 ? N PHE m 174 AB2 3 4 N VAL G 181 ? N VAL m 181 O GLY G 429 ? O GLY m 429 AB2 4 5 O THR G 433 ? O THR m 433 N ILE G 386 ? N ILE m 386 AB2 5 6 O ASN G 389 ? O ASN m 389 N GLU G 321 ? N GLU m 321 AB2 6 7 N ILE G 324 ? N ILE m 324 O ILE G 351 ? O ILE m 351 AB2 7 8 O LYS G 354 ? O LYS m 354 N LYS G 341 ? N LYS m 341 AB3 1 2 O ILE G 263 ? O ILE m 263 N PHE G 214 ? 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N VAL s 50 # _atom_sites.entry_id 7RWB _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[1] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[2] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[3] ? _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0.00000 _atom_sites.solution_primary ? _atom_sites.solution_secondary ? _atom_sites.solution_hydrogens ? _atom_sites.special_details ? # loop_ _atom_type.symbol C N O S # loop_ _database_PDB_caveat.text ;Residues THR B 499 and GLN B 500 that are next to each other in the sample sequence are not properly linked: distance between C and N is 3.65. Residues THR b 499 and GLN b 500 that are next to each other in the sample sequence are not properly linked: distance between C and N is 3.65. ; # loop_ _pdbx_poly_seq_scheme.asym_id _pdbx_poly_seq_scheme.entity_id _pdbx_poly_seq_scheme.seq_id _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id _pdbx_poly_seq_scheme.ndb_seq_num _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_strand_id _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_ins_code _pdbx_poly_seq_scheme.hetero A 1 1 MET 1 1 ? ? ? A . n A 1 2 PRO 2 2 ? ? ? A . n A 1 3 ALA 3 3 ? ? ? A . n A 1 4 VAL 4 4 ? ? ? A . n A 1 5 SER 5 5 ? ? ? A . n A 1 6 LYS 6 6 ? ? ? A . n A 1 7 GLY 7 7 ? ? ? A . n A 1 8 ASP 8 8 ? ? ? A . n A 1 9 GLY 9 9 9 GLY GLY A . n A 1 10 MET 10 10 10 MET MET A . n A 1 11 ARG 11 11 11 ARG ARG A . n A 1 12 GLY 12 12 12 GLY GLY A . n A 1 13 LEU 13 13 13 LEU LEU A . n A 1 14 ALA 14 14 14 ALA ALA A . n A 1 15 VAL 15 15 15 VAL VAL A . n A 1 16 PHE 16 16 16 PHE PHE A . n A 1 17 ILE 17 17 17 ILE ILE A . n A 1 18 SER 18 18 18 SER SER A . n A 1 19 ASP 19 19 19 ASP ASP A . n A 1 20 ILE 20 20 20 ILE ILE A . n A 1 21 ARG 21 21 21 ARG ARG A . n A 1 22 ASN 22 22 22 ASN ASN A . n A 1 23 CYS 23 23 23 CYS CYS A . n A 1 24 LYS 24 24 24 LYS LYS A . n A 1 25 SER 25 25 25 SER SER A . n A 1 26 LYS 26 26 26 LYS LYS A . n A 1 27 GLU 27 27 27 GLU GLU A . n A 1 28 ALA 28 28 28 ALA ALA A . n A 1 29 GLU 29 29 29 GLU GLU A . n A 1 30 ILE 30 30 30 ILE ILE A . n A 1 31 LYS 31 31 31 LYS LYS A . n A 1 32 ARG 32 32 32 ARG ARG A . n A 1 33 ILE 33 33 33 ILE ILE A . n A 1 34 ASN 34 34 34 ASN ASN A . n A 1 35 LYS 35 35 35 LYS LYS A . n A 1 36 GLU 36 36 36 GLU GLU A . n A 1 37 LEU 37 37 37 LEU LEU A . n A 1 38 ALA 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H GLU 142 OE2 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A MET 1 ? A MET 1 2 1 Y 1 A PRO 2 ? A PRO 2 3 1 Y 1 A ALA 3 ? A ALA 3 4 1 Y 1 A VAL 4 ? A VAL 4 5 1 Y 1 A SER 5 ? A SER 5 6 1 Y 1 A LYS 6 ? A LYS 6 7 1 Y 1 A GLY 7 ? A GLY 7 8 1 Y 1 A ASP 8 ? A ASP 8 9 1 Y 1 A GLY 621 ? A GLY 621 10 1 Y 1 A GLY 622 ? A GLY 622 11 1 Y 1 A SER 623 ? A SER 623 12 1 Y 1 A GLY 624 ? A GLY 624 13 1 Y 1 A LEU 625 ? A LEU 625 14 1 Y 1 A GLU 626 ? A GLU 626 15 1 Y 1 A VAL 627 ? A VAL 627 16 1 Y 1 A LEU 628 ? A LEU 628 17 1 Y 1 A PHE 629 ? A PHE 629 18 1 Y 1 A GLN 630 ? A GLN 630 19 1 Y 1 B MET 1 ? B MET 1 20 1 Y 1 B THR 2 ? B THR 2 21 1 Y 1 B ASP 3 ? B ASP 3 22 1 Y 1 B SER 4 ? B SER 4 23 1 Y 1 B LYS 5 ? B LYS 5 24 1 Y 1 B TYR 6 ? B TYR 6 25 1 Y 1 B PHE 7 ? B PHE 7 26 1 Y 1 B THR 8 ? B THR 8 27 1 Y 1 B THR 9 ? B THR 9 28 1 Y 1 B ASN 10 ? B ASN 10 29 1 Y 1 B LYS 11 ? B LYS 11 30 1 Y 1 B LYS 12 ? B LYS 12 31 1 Y 1 B GLY 13 ? B GLY 13 32 1 Y 1 B GLU 14 ? B GLU 14 33 1 Y 1 B ILE 15 ? B ILE 15 34 1 Y 1 B PHE 16 ? B PHE 16 35 1 Y 1 B GLU 17 ? B GLU 17 36 1 Y 1 B LEU 18 ? B LEU 18 37 1 Y 1 B LYS 19 ? B LYS 19 38 1 Y 1 B ALA 20 ? B ALA 20 39 1 Y 1 B GLU 21 ? B GLU 21 40 1 Y 1 B LEU 22 ? B LEU 22 41 1 Y 1 B ASN 23 ? B ASN 23 42 1 Y 1 B ASN 24 ? B ASN 24 43 1 Y 1 B GLU 25 ? B GLU 25 44 1 Y 1 B GLU 583 ? B GLU 583 45 1 Y 1 B GLY 584 ? B GLY 584 46 1 Y 1 B SER 585 ? B SER 585 47 1 Y 1 B HIS 586 ? B HIS 586 48 1 Y 1 B GLY 587 ? B GLY 587 49 1 Y 1 B ILE 588 ? B ILE 588 50 1 Y 1 B HIS 589 ? B HIS 589 51 1 Y 1 B ARG 590 ? 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G CYS 246 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.name 1 1 20 mM C8H18N2O4S HEPES 1 2 150 mM NaCl 'Sodium Chloride' 1 3 0.05 % C14H28O6 n-octyl-beta-d-glucoside # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details ? # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.units ? _em_entity_assembly_molwt.value ? # _em_entity_assembly_naturalsource.id 2 _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.cell ? _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location ? _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 10090 _em_entity_assembly_naturalsource.organ ? _em_entity_assembly_naturalsource.organelle ? _em_entity_assembly_naturalsource.organism 'Mus musculus' _em_entity_assembly_naturalsource.strain ? _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? # _em_entity_assembly_recombinant.id 2 _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_recombinant.cell ? _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id 469008 _em_entity_assembly_recombinant.organism 'Escherichia coli BL21(DE3)' _em_entity_assembly_recombinant.plasmid 'pACYC Duet; pET Duet' _em_entity_assembly_recombinant.strain ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details 'Counting Mode' # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 55 _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K3 (6k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? cryoSPARC 3.2.0 1 ? ? 2 'PARTICLE SELECTION' ? 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PHENIX 1.19.2 ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 2 _em_specimen.details ;Heparin and SGIP APA peptide added at a 2-fold excess 20 mM HEPES pH 7.4, 150 mM NaCl, 1 mM DTT, 0.05% beta-OG ; _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # _pdbx_audit_support.funding_organization 'National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)' _pdbx_audit_support.country 'United States' _pdbx_audit_support.grant_number 'R01 GM127548-01A1' _pdbx_audit_support.ordinal 1 # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'gel filtration' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'AP2 was purified by affinity and gel filtration chromatography. Binding to SGIP peptide was verified by microscale thermophoresis.' #