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SER F 388 GLU F 406 1 ? 19 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role metalc1 metalc ? ? 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F ATP 603 F MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.950 ? ? # _struct_conn_type.id metalc _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 2 ? AA2 ? 9 ? AA3 ? 2 ? AA4 ? 8 ? AA5 ? 2 ? AA6 ? 9 ? AA7 ? 2 ? AA8 ? 9 ? AA9 ? 2 ? AB1 ? 9 ? AB2 ? 2 ? AB3 ? 9 ? AB4 ? 2 ? AB5 ? 9 ? AB6 ? 2 ? AB7 ? 8 ? AB8 ? 2 ? AB9 ? 9 ? AC1 ? 2 ? AC2 ? 9 ? AC3 ? 2 ? AC4 ? 9 ? AC5 ? 2 ? 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F SER 519 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.name 1 1 20 mM C4H11NO3 Tris 1 2 150 mM NaCl 'Sodium chloride' 1 3 1 mM C10H16N5O13P3 'Adenosine triphosphate' 1 4 1 mM MgCl2 'Magnesium chloride' 1 5 1 mM C9H15O6P TCEP 2 6 20 mM C4H11NO3 Tris 2 7 150 mM NaCl 'Sodium chloride' 2 8 1 mM C10H16N5O13P3 'Adenosine triphosphate' 2 9 1 mM C9H15O6P TCEP 2 10 1 mM MgCl2 'Magnesium chloride' # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details 'CTF Refinement performed in Relion' # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.units MEGADALTONS _em_entity_assembly_molwt.value 0.350 # _em_entity_assembly_naturalsource.id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.cell ? _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location ? _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 32046 _em_entity_assembly_naturalsource.organ ? _em_entity_assembly_naturalsource.organelle ? _em_entity_assembly_naturalsource.organism 'Synechococcus elongatus' _em_entity_assembly_naturalsource.strain ? _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? # _em_entity_assembly_recombinant.id 1 _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_recombinant.cell ? _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id 866768 _em_entity_assembly_recombinant.organism ;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ; _em_entity_assembly_recombinant.plasmid pET-28b _em_entity_assembly_recombinant.strain ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # loop_ _em_image_recording.id _em_image_recording.imaging_id _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image _em_image_recording.average_exposure_time _em_image_recording.details _em_image_recording.detector_mode _em_image_recording.film_or_detector_model _em_image_recording.num_diffraction_images _em_image_recording.num_grids_imaged _em_image_recording.num_real_images 1 1 48 8 'Tilted dataset' COUNTING 'GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)' ? 1 1137 2 2 51 9 'Thin carbon dataset' COUNTING 'GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)' ? 1 8405 # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details ? _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 2016826 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? 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Coot ? ? 1 ? 14 'VOLUME SELECTION' ? ? ? 1 1 1 15 'SERIES ALIGNMENT' ? ? ? 1 1 1 16 'MOLECULAR REPLACEMENT' ? ? ? 1 1 1 17 'LATTICE DISTORTION CORRECTION' ? ? ? 1 1 1 18 'SYMMETRY DETERMINATION' ? ? ? 1 1 1 19 'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? ? ? 1 1 1 20 'PARTICLE SELECTION' ? ? ? ? ? ? 21 'CTF CORRECTION' ? ? ? ? ? ? 22 'MODEL FITTING' ? ? ? ? ? ? 23 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? ? ? ? 24 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? ? ? ? 25 CLASSIFICATION ? ? ? ? ? ? 26 RECONSTRUCTION ? ? ? ? ? ? 27 'MODEL REFINEMENT' ? ? ? ? ? ? 28 'VOLUME SELECTION' ? ? ? ? ? ? 29 'SERIES ALIGNMENT' ? ? ? ? ? ? 30 'MOLECULAR REPLACEMENT' ? ? ? ? ? ? 31 'LATTICE DISTORTION CORRECTION' ? ? ? ? ? ? 32 'SYMMETRY DETERMINATION' ? ? ? ? ? ? 33 'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? ? ? ? ? ? 47 'IMAGE ACQUISITION' ? Leginon ? ? ? 2 # loop_ _em_specimen.id _em_specimen.experiment_id _em_specimen.concentration _em_specimen.details _em_specimen.embedding_applied _em_specimen.shadowing_applied _em_specimen.staining_applied _em_specimen.vitrification_applied 1 1 1.5 ? NO NO NO YES 2 1 0.2 ;Sample was applied to holey C-flat grids, which previously had thin carbon floated on them. Grids were also pretreated with 0.1 % (w/v) poly-L-lysine hydrobromine (Polysciences). ; NO NO NO YES # _pdbx_audit_support.funding_organization 'National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)' _pdbx_audit_support.country 'United States' _pdbx_audit_support.grant_number R21GM142196 _pdbx_audit_support.ordinal 1 # loop_ _pdbx_entity_instance_feature.ordinal _pdbx_entity_instance_feature.comp_id _pdbx_entity_instance_feature.asym_id _pdbx_entity_instance_feature.seq_num _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id _pdbx_entity_instance_feature.auth_asym_id _pdbx_entity_instance_feature.auth_seq_num _pdbx_entity_instance_feature.feature_type _pdbx_entity_instance_feature.details 1 ADP ? ? ADP ? ? 'SUBJECT OF INVESTIGATION' ? 2 ATP ? ? ATP ? ? 'SUBJECT OF INVESTIGATION' ? 3 MG ? ? MG ? ? 'SUBJECT OF INVESTIGATION' ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 2 'MAGNESIUM ION' MG 3 "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" ADP 4 "ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" ATP # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? #