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_entity_src_gen.pdbx_host_org_cell _entity_src_gen.pdbx_host_org_organelle _entity_src_gen.pdbx_host_org_cellular_location _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector_type _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector _entity_src_gen.host_org_details _entity_src_gen.expression_system_id _entity_src_gen.plasmid_name _entity_src_gen.plasmid_details _entity_src_gen.pdbx_description 1 1 sample 'Biological sequence' 1 31 ? ? eryA ? ? ? ? ? ? 'Saccharopolyspora erythraea' 1836 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? BAP1 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1 2 sample 'Biological sequence' 32 1649 ? ? lsd14 ? ? ? ? ? ? 'Streptomyces lasalocidi' 324833 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? BAP1 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 1 sample 'Biological sequence' 1 249 Human ? ? ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli BL21(DE3)' 469008 ? ? ? ? ? ? 'BL21(DE3)' ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3 1 sample 'Biological sequence' 1 236 Human ? ? ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli BL21(DE3)' 469008 ? ? ? ? ? ? 'BL21(DE3)' ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP ERYA2_SACER Q03132 ? 1 TDSEKVAEYLRRATLDLRAARQRIRELES 2 2 UNP B6ZK67_STRLS B6ZK67 ? 1 ;EPIAIIGMACRLPGGVDSPEGLWELVDSGTDAIAGFPLDRGWDVEGMYDPDAEAPGKTYVKEAGFLYDAGEFDAGFFGIS PREAVSMDPQQRLMLEASWEAFERAGLDPARQRGTATGVFVGATATGYVSPAAEVPEGAEGFAITGNMTAVTSGRISYTL GLQGPAVTIDTACSSSLVALHLACQSLRQGECTTALAGGVTVMPTPTAFTEFSRQRGLAPDGRCKSFAAAADGTNWAEGV AVLVVERLSDARRNGHRVLAVVRGTAINQDGASNGLSAPNDLAQERVIRSALDNAGLTASDVDAVEAHGTGTTLGDPIEA QALLAAYGHERPAHRPLRVGSLKSNIGHAGPAAGVAGVIKMVMAMRHGVLPRSLHIDEPTPQVDWSSGAVTLLTEPVDWP DSDRPRRAGVSAFGISGTNAHVILEQAPTQDPQQPAPPVPAAPWLLSAKTPAALRAQARRLHTHLARHPHPDPTDIAHAL ATTRTPHEHRAALVTDDHGTRGPALAALAEGAPDACLISGTALSKGRTVFVFPGQGSQWTGMGRELLHTSPEFAAYIAEC ETALNDFVDWSLTDVLRGTEGAPGYDRVDVVQPALFAVMVSLARLWQHHGIHPDAVIGHSQGEIAAAHIAGALSLQDAAR IVALRSQALLPLAGLGGMTSLALPHDQALQLIQPWGQDLSIASVNGPHSTVVSGTTHALDELHTTCDTQGVRARRIPVDY ASHSAQVESIRDTVLQAATGINPQPTTIPLYSTVTGQPIDGTQLDADYWYTNLRHTVRFEETTRALLGSGHRHFIETTAH PVLALALEETIEATGSDARVTGTLRRDHGDLTQLHTALATAWTHGIDVDWTAVLGDRRTPFELPTYAFQRQRYWLEPGAG VGVPVGGTSAEARFWDAVEDEDLEALVAAIGADGDDASWAGVLPALAGWRRRQREQSALDDLRYKVTWKPTAVADGASAT GTWLVVVPESLAGGGWPVVVARAVDQAGGRPVVLSVDAADGADRSRLGLRIHEALGEGPVPDAVVSLLALDPSALPGLPD VPQALASTAALVQALLDLGLEARLWCVTSGAVSVSGADGPSAPEQAAVWGFGRVAGLEHPHLWAGLVDLPPEADERTAAR LVGVLAGAGGEDQVALRSSGVFVRRLVRAPASEVPAVRSWKPGGTVLVTGGTGGLGRQVARWLARGGADHLLLVSRRGVD APGADELVDELTDLGARVTVAACDVADRDAVQRLLSEQVPSDAPLTAVIHTAAVLDDGVIDSLSPERMEQVLRVKVGGAV HLYELTRESDLSAFVLFSSFGSTFGLPGLGNYAPGNAALEALAEQWRAEGRPATAVGWGTWAGGGMADGGVGERGRTHGI HELEPALATAALEQALERDESSPVIIDIDWERFAVAFHAKRPTRGFELVPEAQAALEAADGGPGPDGGAGDPSELLDRLA ALPDAERDRALLEVVRGNAASVMSHGAMRTATLEAVEPTRAFRDLGFDSLMAVELRNRIGAATGLRLAPTLVFDHPTPEA VVRHLRAELGLEGDGAPDPVFDELDGLERALSSYTPDTDTRVKITKRLESLLWEWTRSEADAPDPVDAADLAAVSDDEMF ELIDRELGSA ; 38 3 PDB 7S6C 7S6C ? 2 ? 1 4 PDB 7S6C 7S6C ? 3 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7S6C A 3 ? 31 ? 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LYS H 91 THR H 95 5 ? 5 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? 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D SER 1526 D PNS 1701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.651 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 GLU 155 E . ? GLU 155 E PRO 156 E ? PRO 156 E 1 -2.04 2 THR 115 F . ? THR 115 F PRO 116 F ? PRO 116 F 1 -2.26 3 TYR 162 F . ? TYR 162 F PRO 163 F ? PRO 163 F 1 -4.12 4 THR 115 G . ? THR 115 G PRO 116 G ? PRO 116 G 1 -3.49 5 TYR 162 G . ? TYR 162 G PRO 163 G ? PRO 163 G 1 -1.68 6 GLU 155 H . ? GLU 155 H PRO 156 H ? PRO 156 H 1 -8.34 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 16 ? AA2 ? 22 ? AA3 ? 2 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 2 ? AA6 ? 3 ? AA7 ? 6 ? AA8 ? 4 ? AA9 ? 2 ? AB1 ? 2 ? AB2 ? 3 ? AB3 ? 4 ? AB4 ? 4 ? AB5 ? 15 ? AB6 ? 2 ? AB7 ? 2 ? AB8 ? 4 ? AB9 ? 5 ? AC1 ? 4 ? AC2 ? 3 ? AC3 ? 4 ? AC4 ? 5 ? AC5 ? 3 ? AC6 ? 4 ? AC7 ? 6 ? AC8 ? 4 ? AC9 ? 3 ? AD1 ? 4 ? AD2 ? 6 ? AD3 ? 4 ? AD4 ? 4 ? AD5 ? 4 ? AD6 ? 3 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? parallel AA1 2 3 ? parallel AA1 3 4 ? parallel AA1 4 5 ? anti-parallel AA1 5 6 ? anti-parallel AA1 6 7 ? anti-parallel AA1 7 8 ? anti-parallel AA1 8 9 ? anti-parallel AA1 9 10 ? parallel AA1 10 11 ? parallel AA1 11 12 ? anti-parallel AA1 12 13 ? parallel AA1 13 14 ? parallel AA1 14 15 ? anti-parallel AA1 15 16 ? anti-parallel AA2 1 2 ? parallel AA2 2 3 ? parallel AA2 3 4 ? parallel AA2 4 5 ? anti-parallel AA2 5 6 ? anti-parallel AA2 6 7 ? anti-parallel AA2 7 8 ? anti-parallel AA2 8 9 ? anti-parallel AA2 9 10 ? parallel AA2 10 11 ? parallel AA2 11 12 ? anti-parallel AA2 12 13 ? parallel AA2 13 14 ? parallel AA2 14 15 ? anti-parallel AA2 15 16 ? anti-parallel AA2 16 17 ? anti-parallel AA2 17 18 ? anti-parallel AA2 18 19 ? anti-parallel AA2 19 20 ? parallel AA2 20 21 ? parallel AA2 21 22 ? parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? parallel AA7 3 4 ? parallel AA7 4 5 ? parallel AA7 5 6 ? parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA8 3 4 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB3 1 2 ? parallel AB3 2 3 ? parallel AB3 3 4 ? parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB4 2 3 ? anti-parallel AB4 3 4 ? anti-parallel AB5 1 2 ? parallel AB5 2 3 ? parallel AB5 3 4 ? parallel AB5 4 5 ? parallel AB5 5 6 ? parallel AB5 6 7 ? anti-parallel AB5 7 8 ? anti-parallel AB5 8 9 ? anti-parallel AB5 9 10 ? parallel AB5 10 11 ? parallel AB5 11 12 ? parallel AB5 12 13 ? parallel AB5 13 14 ? parallel AB5 14 15 ? parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB7 1 2 ? parallel AB8 1 2 ? anti-parallel AB8 2 3 ? anti-parallel AB8 3 4 ? anti-parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AB9 2 3 ? anti-parallel AB9 3 4 ? anti-parallel AB9 4 5 ? anti-parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC1 2 3 ? anti-parallel AC1 3 4 ? anti-parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC2 2 3 ? anti-parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC3 2 3 ? anti-parallel AC3 3 4 ? anti-parallel AC4 1 2 ? anti-parallel AC4 2 3 ? anti-parallel AC4 3 4 ? anti-parallel AC4 4 5 ? anti-parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC5 2 3 ? anti-parallel AC6 1 2 ? anti-parallel AC6 2 3 ? anti-parallel AC6 3 4 ? anti-parallel AC7 1 2 ? parallel AC7 2 3 ? anti-parallel AC7 3 4 ? anti-parallel AC7 4 5 ? anti-parallel AC7 5 6 ? anti-parallel AC8 1 2 ? anti-parallel AC8 2 3 ? anti-parallel AC8 3 4 ? anti-parallel AC9 1 2 ? anti-parallel AC9 2 3 ? anti-parallel AD1 1 2 ? anti-parallel AD1 2 3 ? anti-parallel AD1 3 4 ? anti-parallel AD2 1 2 ? parallel AD2 2 3 ? anti-parallel AD2 3 4 ? anti-parallel AD2 4 5 ? anti-parallel AD2 5 6 ? anti-parallel AD3 1 2 ? parallel AD3 2 3 ? anti-parallel AD3 3 4 ? anti-parallel AD4 1 2 ? anti-parallel AD4 2 3 ? anti-parallel AD4 3 4 ? anti-parallel AD5 1 2 ? anti-parallel AD5 2 3 ? anti-parallel AD5 3 4 ? anti-parallel AD6 1 2 ? anti-parallel AD6 2 3 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 VAL A 421 ? 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H ALA 249 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.name 1 1 100 mM ? 'sodium chloride' 1 2 100 mM ? citrate 1 3 10 mM ? HEPES 1 4 1 mM ? 2-Acetaminoethyl-thio-3-oxobutanoate 1 5 0.4 mM ? methylmalonyl-CoA 1 6 0.8 mM ? NADP 1 7 0.8 mM ? 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EPU ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' 'Patch CTF estimation (multi)' cryoSPARC 3.2.0 1 ? ? 5 'CTF CORRECTION' ? RELION 3.1 1 ? ? 6 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 8 'MODEL FITTING' ? ? ? ? 1 ? 9 OTHER ? ? ? ? ? ? 10 'MODEL REFINEMENT' ? ? ? ? 1 ? 11 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? cryoSPARC 3.2.0 1 ? ? 12 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 3.1 1 ? ? 13 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 14 RECONSTRUCTION ? RELION 3.1 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 4.2 _em_specimen.details ;Size exclusion chromatography purified monodisperse holo-Lsd14-DD* + 1B2 complex was first incubated with KS substrate analog (2-Acetaminoethyl-thio-3-oxobutanoate) and TCEP at 30C for 20 minutes, followed by addition of NADP and methylmalonyl-CoA. The sample was further incubated at 30C for 15 minutes before applying to cryoEM grids. ; _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)' 'United States' R35GM136258 1 'National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)' 'United States' 1R01GM138990 2 'National Science Foundation (NSF, United States)' 'United States' DMR-1719875 3 # _pdbx_entity_instance_feature.ordinal 1 _pdbx_entity_instance_feature.comp_id PNS _pdbx_entity_instance_feature.asym_id ? _pdbx_entity_instance_feature.seq_num ? _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id PNS _pdbx_entity_instance_feature.auth_asym_id ? _pdbx_entity_instance_feature.auth_seq_num ? _pdbx_entity_instance_feature.feature_type 'SUBJECT OF INVESTIGATION' _pdbx_entity_instance_feature.details ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 4 "2'-MONOPHOSPHOADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" ATR 5 "4'-PHOSPHOPANTETHEINE" PNS # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'gel filtration' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? # _space_group.crystal_system triclinic _space_group.name_H-M_alt 'P 1' _space_group.IT_number 1 _space_group.name_Hall 'P 1' _space_group.id 1 #