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EMDB EMD-24882 ? ? # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Human Nuclear exosome targeting (NEXT) complex homodimer bound to RNA (substrate 1)' _pdbx_database_related.db_id EMD-24882 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 7S7B _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2021-09-15 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Puno, M.R.' 1 0000-0001-9653-3220 'Lima, C.D.' 2 0000-0002-9163-6092 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country ? _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Cell _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 1097-4172 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 185 _citation.language ? _citation.page_first 2132 _citation.page_last 2147.e26 _citation.title 'Structural basis for RNA surveillance by the human nuclear exosome targeting (NEXT) complex.' _citation.year 2022 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1016/j.cell.2022.04.016 _citation.pdbx_database_id_PubMed 35688134 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Puno, M.R.' 1 ? primary 'Lima, C.D.' 2 ? # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 7S7B _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7S7B _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Exosome RNA helicase MTR4' 118224.961 2 3.6.4.13 ? ? ? 2 polymer man 'Zinc finger CCHC domain-containing protein 8,Zinc finger CCHC domain-containing protein 8' 69259.805 2 ? ? ? ? 3 polymer man 'RNA-binding protein 7' 9462.986 2 ? ? ? ? 4 polymer syn 'RNA (46-MER)' 14605.818 2 ? ? ? ;The actual RNA sequence is: ACAUGAGGAUCACCCAUGUAAUCUCUUUCAAAAAA(2PU)ACAAAAAAAA. (2PU) is represented by "N" (any nucleotide. This residue is missing in the coordinates and the chemical is an internal 2' pyrene modified uridine ; 5 non-polymer syn 'ZINC ION' 65.409 2 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 ;MTR4, MTREX,ATP-dependent RNA helicase DOB1,ATP-dependent RNA helicase SKIV2L2,Superkiller viralicidic activity 2-like 2,TRAMP-like complex helicase ; 2 'TRAMP-like complex RNA-binding factor ZCCHC8,TRAMP-like complex RNA-binding factor ZCCHC8' 3 'RNA-binding motif protein 7' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;SGDMADAFGDELFSVFEGDSTTAAGTKKDKEKDKGKWKGPPGSADKAGKRFDGKLQSESTNNGKNKRDVDFEGTDEPIFG KKPRIEESITEDLSLADLMPRVKVQSVETVEGCTHEVALPAEEDYLPLKPRVGKAAKEYPFILDAFQREAIQCVDNNQSV LVSAHTSAGKTVCAEYAIALALREKQRVIFTSPIKALSNQKYREMYEEFQDVGLMTGDVTINPTASCLVMTTEILRSMLY 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;SGDMAAEVYFGDLELFEPFDHPEESIPKPVHTRFKDDDGDEEDENGVGDAELRERLRQCEETIEQLRAENQELKRKLNIL TRPSGILVNDTKLDGPILQILFMNNAISKQYHQEIEEFVSNLVKRFEEQQKNDVEKTSFNLLPQPSSIVLEEDHKVEESC AIKNNKEAFSVVGSVLYFTNFCLDKLGQPLLNENPQLSEGWEIPKYHQVFSHIVSLEGQEIQVKAKRPKPHCFNCGSEEH QMKDCPMPRNAARISEKRKEYMDACGEANNQNFQQRYHAEEVEERFGRFKPGVISEELQDALGVTDKSLPPFIYRMRQLG YPPGWLKEAELENSGLALYDGKDGTDGETEVGEIQQNKSVTYDLSKLVNYPGFNISTPRGIPDEWRIFGSIPMQACQQKD VFANYLTSNFQAPGVKSGGAVDEDALTLEELEEQQRRIWAALEQAESVNSDSDVPVDTPLTGNSVASSPCPNELDLPVPE GKTSEKQTLDEPEVPEIFTKKSEAGHASSPDSEVTSLCQKEKAELAPVNTEGALLDNGSVVPNCDISNGGSQKLFPADTS PSTATKIHSPIPDMSKFATGITPFEFENMAESTGMYLRIRSLLKNSPRNQQKNKKASE ; ;SGDMAAEVYFGDLELFEPFDHPEESIPKPVHTRFKDDDGDEEDENGVGDAELRERLRQCEETIEQLRAENQELKRKLNIL TRPSGILVNDTKLDGPILQILFMNNAISKQYHQEIEEFVSNLVKRFEEQQKNDVEKTSFNLLPQPSSIVLEEDHKVEESC AIKNNKEAFSVVGSVLYFTNFCLDKLGQPLLNENPQLSEGWEIPKYHQVFSHIVSLEGQEIQVKAKRPKPHCFNCGSEEH QMKDCPMPRNAARISEKRKEYMDACGEANNQNFQQRYHAEEVEERFGRFKPGVISEELQDALGVTDKSLPPFIYRMRQLG 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ALA n 1 25 GLY n 1 26 THR n 1 27 LYS n 1 28 LYS n 1 29 ASP n 1 30 LYS n 1 31 GLU n 1 32 LYS n 1 33 ASP n 1 34 LYS n 1 35 GLY n 1 36 LYS n 1 37 TRP n 1 38 LYS n 1 39 GLY n 1 40 PRO n 1 41 PRO n 1 42 GLY n 1 43 SER n 1 44 ALA n 1 45 ASP n 1 46 LYS n 1 47 ALA n 1 48 GLY n 1 49 LYS n 1 50 ARG n 1 51 PHE n 1 52 ASP n 1 53 GLY n 1 54 LYS n 1 55 LEU n 1 56 GLN n 1 57 SER n 1 58 GLU n 1 59 SER n 1 60 THR n 1 61 ASN n 1 62 ASN n 1 63 GLY n 1 64 LYS n 1 65 ASN n 1 66 LYS n 1 67 ARG n 1 68 ASP n 1 69 VAL n 1 70 ASP n 1 71 PHE n 1 72 GLU n 1 73 GLY n 1 74 THR n 1 75 ASP n 1 76 GLU n 1 77 PRO n 1 78 ILE n 1 79 PHE n 1 80 GLY n 1 81 LYS n 1 82 LYS n 1 83 PRO n 1 84 ARG n 1 85 ILE n 1 86 GLU n 1 87 GLU n 1 88 SER n 1 89 ILE n 1 90 THR n 1 91 GLU n 1 92 ASP n 1 93 LEU n 1 94 SER n 1 95 LEU n 1 96 ALA n 1 97 ASP n 1 98 LEU n 1 99 MET n 1 100 PRO n 1 101 ARG n 1 102 VAL n 1 103 LYS n 1 104 VAL n 1 105 GLN n 1 106 SER n 1 107 VAL n 1 108 GLU n 1 109 THR n 1 110 VAL n 1 111 GLU n 1 112 GLY n 1 113 CYS n 1 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LEU n 1 198 SER n 1 199 ASN n 1 200 GLN n 1 201 LYS n 1 202 TYR n 1 203 ARG n 1 204 GLU n 1 205 MET n 1 206 TYR n 1 207 GLU n 1 208 GLU n 1 209 PHE n 1 210 GLN n 1 211 ASP n 1 212 VAL n 1 213 GLY n 1 214 LEU n 1 215 MET n 1 216 THR n 1 217 GLY n 1 218 ASP n 1 219 VAL n 1 220 THR n 1 221 ILE n 1 222 ASN n 1 223 PRO n 1 224 THR n 1 225 ALA n 1 226 SER n 1 227 CYS n 1 228 LEU n 1 229 VAL n 1 230 MET n 1 231 THR n 1 232 THR n 1 233 GLU n 1 234 ILE n 1 235 LEU n 1 236 ARG n 1 237 SER n 1 238 MET n 1 239 LEU n 1 240 TYR n 1 241 ARG n 1 242 GLY n 1 243 SER n 1 244 GLU n 1 245 VAL n 1 246 MET n 1 247 ARG n 1 248 GLU n 1 249 VAL n 1 250 ALA n 1 251 TRP n 1 252 VAL n 1 253 ILE n 1 254 PHE n 1 255 ASP n 1 256 GLU n 1 257 ILE n 1 258 HIS n 1 259 TYR n 1 260 MET n 1 261 ARG n 1 262 ASP n 1 263 SER n 1 264 GLU n 1 265 ARG n 1 266 GLY n 1 267 VAL n 1 268 VAL n 1 269 TRP n 1 270 GLU n 1 271 GLU n 1 272 THR n 1 273 ILE n 1 274 ILE n 1 275 LEU n 1 276 LEU n 1 277 PRO n 1 278 ASP n 1 279 ASN n 1 280 VAL 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F CYS 242 F ZN 900 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.296 ? ? # _struct_conn_type.id metalc _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 8 ? AA2 ? 2 ? AA3 ? 8 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 5 ? AA6 ? 7 ? AA7 ? 2 ? AA8 ? 4 ? AA9 ? 8 ? AB1 ? 2 ? AB2 ? 8 ? AB3 ? 2 ? AB4 ? 5 ? AB5 ? 2 ? 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Focused 3D classification and local refinement were performed in several regions of the complex. A composite map was generated using focused reconstructions of ZCCHC8 HD/KID-MTR4 KOW (3.26 Angstrom, FSC = 0.143; 117,561 particles), protomer A MTR4 (3.42 Angstrom, FSC = 0.143; 225,213 particles), protomer B MTR4 (3.54 Angstrom, FSC = 0.143; 236,602 particles), protomer A MTR4 core-ZCCHC8 PSP-RBM7 RRM (4.06 Angstrom, FSC = 0.143; 44,800 particles), and protomer B MTR4 core-ZCCHC8 PSP-RBM7 RRM (4.4 Angstrom, FSC = 0.143 37,088 particles). ; _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.num_particles 618412 _em_3d_reconstruction.resolution 4.06 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.details '20 mM Tris-Cl pH 8.0, 50 mM NaCl, 0.1 mM TCEP supplemented with 0.02% (v/v) IGEPAL CA-630' _em_buffer.pH 8 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.details ? _em_entity_assembly.name 'human Nuclear Exosome Targeting (NEXT)-RNA substrate 1 complex' _em_entity_assembly.source RECOMBINANT _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.entity_id_list '1, 2, 3, 4' _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_imaging.id 1 _em_imaging.entry_id 7S7B _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.cryogen ? _em_imaging.details ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs ? _em_imaging.nominal_defocus_max ? _em_imaging.nominal_defocus_min ? _em_imaging.nominal_magnification ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.specimen_holder_model ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.date ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.specimen_holder_type ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details ? _em_sample_support.grid_material GOLD _em_sample_support.grid_mesh_size 300 _em_sample_support.grid_type 'UltrAuFoil R1.2/1.3' _em_sample_support.method ? _em_sample_support.film_material ? # _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.chamber_temperature 295 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.details '30 s wait time, blot for 2.5 s before plunging' _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.entry_id 7S7B _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 7S7B _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.entity_assembly_id 1 # loop_ _pdbx_validate_close_contact.id _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 _pdbx_validate_close_contact.dist 1 1 OG1 A THR 228 ? ? 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