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_pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id 32630 _pdbx_entity_src_syn.details ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP PRKDC_HUMAN P78527 ? 1 ;MAGSGAGVRCSLLRLQETLSAADRCGAALAGHQLIRGLGQECVLSSSPAVLALQTSLVFSRDFGLLVFVRKSLNSIEFRE CREEILKFLCIFLEKMGQKIAPYSVEIKNTCTSVYTKDRAAKCKIPALDLLIKLLQTFRSSRLMDEFKIGELFSKFYGEL ALKKKIPDTVLEKVYELLGLLGEVHPSEMINNAENLFRAFLGELKTQMTSAVREPKLPVLAGCLKGLSSLLCNFTKSMEE DPQTSREIFNFVLKAIRPQIDLKRYAVPSAGLRLFALHASQFSTCLLDNYVSLFEVLLKWCAHTNVELKKAALSALESFL KQVSNMVAKNAEMHKNKLQYFMEQFYGIIRNVDSNNKELSIAIRGYGLFAGPCKVINAKDVDFMYVELIQRCKQMFLTQT DTGDDRVYQMPSFLQSVASVLLYLDTVPEVYTPVLEHLVVMQIDSFPQYSPKMQLVCCRAIVKVFLALAAKGPVLRNCIS TVVHQGLIRICSKPVVLPKGPESESEDHRASGEVRTGKWKVPTYKDYVDLFRHLLSSDQMMDSILADEAFFSVNSSSESL NHLLYDEFVKSVLKIVEKLDLTLEIQTVGEQENGDEAPGVWMIPTSDPAANLHPAKPKDFSAFINLVEFCREILPEKQAE FFEPWVYSFSYELILQSTRLPLISGFYKLLSITVRNAKKIKYFEGVSPKSLKHSPEDPEKYSCFALFVKFGKEVAVKMKQ YKDELLASCLTFLLSLPHNIIELDVRAYVPALQMAFKLGLSYTPLAEVGLNALEEWSIYIDRHVMQPYYKDILPCLDGYL KTSALSDETKNNWEVSALSRAAQKGFNKVVLKHLKKTKNLSSNEAISLEEIRIRVVQMLGSLGGQINKNLLTVTSSDEMM KSYVAWDREKRLSFAVPFREMKPVIFLDVFLPRVTELALTASDRQTKVAACELLHSMVMFMLGKATQMPEGGQGAPPMYQ LYKRTFPVLLRLACDVDQVTRQLYEPLVMQLIHWFTNNKKFESQDTVALLEAILDGIVDPVDSTLRDFCGRCIREFLKWS IKQITPQQQEKSPVNTKSLFKRLYSLALHPNAFKRLGASLAFNNIYREFREEESLVEQFVFEALVIYMESLALAHADEKS LGTIQQCCDAIDHLCRIIEKKHVSLNKAKKRRLPRGFPPSASLCLLDLVKWLLAHCGRPQTECRHKSIELFYKFVPLLPG NRSPNLWLKDVLKEEGVSFLINTFEGGGCGQPSGILAQPTLLYLRGPFSLQATLCWLDLLLAALECYNTFIGERTVGALQ VLGTEAQSSLLKAVAFFLESIAMHDIIAAEKCFGTGAAGNRTSPQEGERYNYSKCTVVVRIMEFTTTLLNTSPEGWKLLK KDLCNTHLMRVLVQTLCEPASIGFNIGDVQVMAHLPDVCVNLMKALKMSPYKDILETHLREKITAQSIEELCAVNLYGPD AQVDRSRLAAVVSACKQLHRAGLLHNILPSQSTDLHHSVGTELLSLVYKGIAPGDERQCLPSLDLSCKQLASGLLELAFA FGGLCERLVSLLLNPAVLSTASLGSSQGSVIHFSHGEYFYSLFSETINTELLKNLDLAVLELMQSSVDNTKMVSAVLNGM LDQSFRERANQKHQGLKLATTILQHWKKCDSWWAKDSPLETKMAVLALLAKILQIDSSVSFNTSHGSFPEVFTTYISLLA DTKLDLHLKGQAVTLLPFFTSLTGGSLEELRRVLEQLIVAHFPMQSREFPPGTPRFNNYVDCMKKFLDALELSQSPMLLE LMTEVLCREQQHVMEELFQSSFRRIARRGSCVTQVGLLESVYEMFRKDDPRLSFTRQSFVDRSLLTLLWHCSLDALREFF STIVVDAIDVLKSRFTKLNESTFDTQITKKMGYYKILDVMYSRLPKDDVHAKESKINQVFHGSCITEGNELTKTLIKLCY DAFTENMAGENQLLERRRLYHCAAYNCAISVICCVFNELKFYQGFLFSEKPEKNLLIFENLIDLKRRYNFPVEVEVPMER KKKYIEIRKEAREAANGDSDGPSYMSSLSYLADSTLSEEMSQFDFSTGVQSYSYSSQDPRPATGRFRRREQRDPTVHDDV LELEMDELNRHECMAPLTALVKHMHRSLGPPQGEEDSVPRDLPSWMKFLHGKLGNPIVPLNIRLFLAKLVINTEEVFRPY AKHWLSPLLQLAASENNGGEGIHYMVVEIVATILSWTGLATPTGVPKDEVLANRLLNFLMKHVFHPKRAVFRHNLEIIKT LVECWKDCLSIPYRLIFEKFSGKDPNSKDNSVGIQLLGIVMANDLPPYDPQCGIQSSEYFQALVNNMSFVRYKEVYAAAA EVLGLILRYVMERKNILEESLCELVAKQLKQHQNTMEDKFIVCLNKVTKSFPPLADRFMNAVFFLLPKFHGVLKTLCLEV VLCRVEGMTELYFQLKSKDFVQVMRHRDDERQKVCLDIIYKMMPKLKPVELRELLNPVVEFVSHPSTTCREQMYNILMWI HDNYRDPESETDNDSQEIFKLAKDVLIQGLIDENPGLQLIIRNFWSHETRLPSNTLDRLLALNSLYSPKIEVHFLSLATN FLLEMTSMSPDYPNPMFEHPLSECEFQEYTIDSDWRFRSTVLTPMFVETQASQGTLQTRTQEGSLSARWPVAGQIRATQQ QHDFTLTQTADGRSSFDWLTGSSTDPLVDHTSPSSDSLLFAHKRSERLQRAPLKSVGPDFGKKRLGLPGDEVDNKVKGAA GRTDLLRLRRRFMRDQEKLSLMYARKGVAEQKREKEIKSELKMKQDAQVVLYRSYRHGDLPDIQIKHSSLITPLQAVAQR DPIIAKQLFSSLFSGILKEMDKFKTLSEKNNITQKLLQDFNRFLNTTFSFFPPFVSCIQDISCQHAALLSLDPAAVSAGC LASLQQPVGIRLLEEALLRLLPAELPAKRVRGKARLPPDVLRWVELAKLYRSIGEYDVLRGIFTSEIGTKQITQSALLAE ARSDYSEAAKQYDEALNKQDWVDGEPTEAEKDFWELASLDCYNHLAEWKSLEYCSTASIDSENPPDLNKIWSEPFYQETY LPYMIRSKLKLLLQGEADQSLLTFIDKAMHGELQKAILELHYSQELSLLYLLQDDVDRAKYYIQNGIQSFMQNYSSIDVL LHQSRLTKLQSVQALTEIQEFISFISKQGNLSSQVPLKRLLNTWTNRYPDAKMDPMNIWDDIITNRCFFLSKIEEKLTPL PEDNSMNVDQDGDPSDRMEVQEQEEDISSLIRSCKFSMKMKMIDSARKQNNFSLAMKLLKELHKESKTRDDWLVSWVQSY CRLSHCRSRSQGCSEQVLTVLKTVSLLDENNVSSYLSKNILAFRDQNILLGTTYRIIANALSSEPACLAEIEEDKARRIL ELSGSSSEDSEKVIAGLYQRAFQHLSEAVQAAEEEAQPPSWSCGPAAGVIDAYMTLADFCDQQLRKEEENASVIDSAELQ AYPALVVEKMLKALKLNSNEARLKFPRLLQIIERYPEETLSLMTKEISSVPCWQFISWISHMVALLDKDQAVAVQHSVEE ITDNYPQAIVYPFIISSESYSFKDTSTGHKNKEFVARIKSKLDQGGVIQDFINALDQLSNPELLFKDWSNDVRAELAKTP VNKKNIEKMYERMYAALGDPKAPGLGAFRRKFIQTFGKEFDKHFGKGGSKLLRMKLSDFNDITNMLLLKMNKDSKPPGNL KECSPWMSDFKVEFLRNELEIPGQYDGRGKPLPEYHVRIAGFDERVTVMASLRRPKRIIIRGHDEREHPFLVKGGEDLRQ DQRVEQLFQVMNGILAQDSACSQRALQLRTYSVVPMTSRLGLIEWLENTVTLKDLLLNTMSQEEKAAYLSDPRAPPCEYK DWLTKMSGKHDVGAYMLMYKGANRTETVTSFRKRESKVPADLLKRAFVRMSTSPEAFLALRSHFASSHALICISHWILGI GDRHLNNFMVAMETGGVIGIDFGHAFGSATQFLPVPELMPFRLTRQFINLMLPMKETGLMYSIMVHALRAFRSDPGLLTN TMDVFVKEPSFDWKNFEQKMLKKGGSWIQEINVAEKNWYPRQKICYAKRKLAGANPAVITCDELLLGHEKAPAFRDYVAV ARGSKDHNIRAQEPESGLSEETQVKCLMDQATDPNILGRTWEGWEPWM ; 1 2 UNP XRCC6_HUMAN P12956 ? 2 ;MSGWESYYKTEGDEEAEEEQEENLEASGDYKYSGRDSLIFLVDASKAMFESQSEDELTPFDMSIQCIQSVYISKIISSDR DLLAVVFYGTEKDKNSVNFKNIYVLQELDNPGAKRILELDQFKGQQGQKRFQDMMGHGSDYSLSEVLWVCANLFSDVQFK MSHKRIMLFTNEDNPHGNDSAKASRARTKAGDLRDTGIFLDLMHLKKPGGFDISLFYRDIISIAEDEDLRVHFEESSKLE DLLRKVRAKETRKRALSRLKLKLNKDIVISVGIYNLVQKALKPPPIKLYRETNEPVKTKTRTFNTSTGGLLLPSDTKRSQ IYGSRQIILEKEETEELKRFDDPGLMLMGFKPLVLLKKHHYLRPSLFVYPEESLVIGSSTLFSALLIKCLEKEVAALCRY TPRRNIPPYFVALVPQEEELDDQKIQVTPPGFQLVFLPFADDKRKMPFTEKIMATPEQVGKMKAIVEKLRFTYRSDSFEN PVLQQHFRNLEALALDLMEPEQAVDLTLPKVEAMNKRLGSLVDEFKELVYPPDYNPEGKVTKRKHDNEGSGSKRPKVEYS EEELKTHISKGTLGKFTVPMLKEACRAYGLKSGLKKQELLEALTKHFQD ; 1 3 UNP XRCC5_HUMAN P13010 ? 3 ;MVRSGNKAAVVLCMDVGFTMSNSIPGIESPFEQAKKVITMFVQRQVFAENKDEIALVLFGTDGTDNPLSGGDQYQNITVH RHLMLPDFDLLEDIESKIQPGSQQADFLDALIVSMDVIQHETIGKKFEKRHIEIFTDLSSRFSKSQLDIIIHSLKKCDIS LQFFLPFSLGKEDGSGDRGDGPFRLGGHGPSFPLKGITEQQKEGLEIVKMVMISLEGEDGLDEIYSFSESLRKLCVFKKI ERHSIHWPCRLTIGSNLSIRIAAYKSILQERVKKTWTVVDAKTLKKEDIQKETVYCLNDDDETEVLKEDIIQGFRYGSDI VPFSKVDEEQMKYKSEGKCFSVLGFCKSSQVQRRFFMGNQVLKVFAARDDEAAAVALSSLIHALDDLDMVAIVRYAYDKR ANPQVGVAFPHIKHNYECLVYVQLPFMEDLRQYMFSSLKNSKKYAPTEAQLNAVDALIDSMSLAKKDEKTDTLEDLFPTT KIPNPRFQRLFQCLLHRALHPREPLPPIQQHIWNMLNPPAEVTTKSQIPLSKIKTLFPLIEAKKKDQVTAQEIFQDNHED GPTAKKLKTEQGGAHFSVSSLAEGSVTSVGSVNPAENFRVLVKQKKASFEEASNQLINHIEQFLDTNETPYFMKSIDCIR AFREEAIKFSEEQRFNNFLKALQEKVEIKQLNHFWEIVVQDGITLITKEEASGSSVTAEEAKKFLAPKDKPSGDTAAVFE EGGDVDDLLDMI ; 1 4 UNP DCR1C_HUMAN Q96SD1 ? 4 ;MSSFEGQMAEYPTISIDRFDRENLRARAYFLSHCHKDHMKGLRAPTLKRRLECSLKVYLYCSPVTKELLLTSPKYRFWKK RIISIEIETPTQISLVDEASGEKEEIVVTLLPAGHCPGSVMFLFQGNNGTVLYTGDFRLAQGEAARMELLHSGGRVKDIQ SVYLDTTFCDPRFYQIPSREECLSGVLELVRSWITRSPYHVVWLNCKAAYGYEYLFTNLSEELGVQVHVNKLDMFRNMPE ILHHLTTDRNTQIHACRHPKAEEYFQWSKLPCGITSRNRIPLHIISIKPSTMWFGERSRKTNVIVRTGESSYRACFSFHS SYSEIKDFLSYLCPVNAYPNVIPVGTTMDKVVEILKPLCRSSQSTEPKYKPLGKLKRARTVHRDSEEEDDYLFDDPLPIP LRHKVPYPETFHPEVFSMTAVSEKQPEKLRQTPGCCRAECMQSSRFTNFVDCEESNSESEEEVGIPASLQGDLGSVLHLQ KADGDVPQWEVFFKRNDEITDESLENFPSSTVAGGSQSPKLFSDSDGESTHISSQNSSQSTHITEQGSQGWDSQSDTVLL SSQERNSGDITSLDKADYRPTIKENIPASLMEQNVICPKDTYSDLKSRDKDVTIVPSTGEPTTLSSETHIPEEKSLLNLS TNADSQSSSDFEVPSTPEAELPKREHLQYLYEKLATGESIAVKKRKCSLLDT ; 1 5 PDB 7SGL 7SGL ? 5 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7SGL A 1 ? 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UNP Q96SD1 ? ? 'expression tag' 695 6 4 7SGL LEU D 696 ? UNP Q96SD1 ? ? 'expression tag' 696 7 4 7SGL GLU D 697 ? UNP Q96SD1 ? ? 'expression tag' 697 8 4 7SGL VAL D 698 ? UNP Q96SD1 ? ? 'expression tag' 698 9 4 7SGL LEU D 699 ? UNP Q96SD1 ? ? 'expression tag' 699 10 4 7SGL PHE D 700 ? UNP Q96SD1 ? ? 'expression tag' 700 11 4 7SGL GLN D 701 ? UNP Q96SD1 ? ? 'expression tag' 701 12 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 ATP non-polymer . "ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" ? 'C10 H16 N5 O13 P3' 507.181 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 DA 'DNA linking' y "2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O6 P' 331.222 DC 'DNA linking' y "2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O7 P' 307.197 DG 'DNA linking' y "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 DT 'DNA linking' y "THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N2 O8 P' 322.208 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 IHP non-polymer . 'INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE' 'MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE; INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE' 'C6 H18 O24 P6' 660.035 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 MG non-polymer . 'MAGNESIUM ION' ? 'Mg 2' 24.305 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TPO 'L-peptide linking' n PHOSPHOTHREONINE PHOSPHONOTHREONINE 'C4 H10 N O6 P' 199.099 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 ZN non-polymer . 'ZINC ION' ? 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PRO D 357 CYS D 359 5 ? 3 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role covale1 covale both ? 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D HIS 254 D ZN 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.176 ? ? metalc11 metalc ? ? D CYS 256 SG ? ? ? 1_555 L ZN . ZN ? ? D CYS 256 D ZN 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.479 ? ? metalc12 metalc ? ? D CYS 272 SG ? ? ? 1_555 L ZN . ZN ? ? D CYS 272 D ZN 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.515 ? ? metalc13 metalc ? ? J MG . MG ? ? ? 1_555 E DA 25 OP1 ? ? D MG 801 E DA 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.769 ? ? metalc14 metalc ? ? J MG . MG ? ? ? 1_555 E DA 25 OP2 ? ? D MG 801 E DA 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.733 ? ? metalc15 metalc ? ? K MG . MG ? ? ? 1_555 E DA 25 OP1 ? ? D MG 802 E DA 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.886 ? ? hydrog1 hydrog ? ? E DT 1 N3 ? ? ? 1_555 E DA 46 N1 ? ? E DT 1 E DA 46 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog2 hydrog ? ? E DT 1 O4 ? ? ? 1_555 E DA 46 N6 ? ? E DT 1 E DA 46 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog3 hydrog ? ? E DC 2 N3 ? ? ? 1_555 E DG 45 N1 ? ? E DC 2 E DG 45 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog4 hydrog ? ? E DC 2 N4 ? ? ? 1_555 E DG 45 O6 ? ? E DC 2 E DG 45 1_555 ? ? ? ? ? ? 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WATSON-CRICK ? ? ? hydrog23 hydrog ? ? E DG 10 N1 ? ? ? 1_555 E DC 37 N3 ? ? E DG 10 E DC 37 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog24 hydrog ? ? E DG 10 N2 ? ? ? 1_555 E DC 37 O2 ? ? E DG 10 E DC 37 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog25 hydrog ? ? E DG 10 O6 ? ? ? 1_555 E DC 37 N4 ? ? E DG 10 E DC 37 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog26 hydrog ? ? E DT 11 N3 ? ? ? 1_555 E DA 36 N1 ? ? E DT 11 E DA 36 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog27 hydrog ? ? E DT 11 O4 ? ? ? 1_555 E DA 36 N6 ? ? E DT 11 E DA 36 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog28 hydrog ? ? E DA 12 N1 ? ? ? 1_555 E DT 35 N3 ? ? E DA 12 E DT 35 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog29 hydrog ? ? E DA 12 N6 ? ? ? 1_555 E DT 35 O4 ? ? E DA 12 E DT 35 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog30 hydrog ? ? E DG 13 N1 ? ? ? 1_555 E DC 34 N3 ? ? E DG 13 E DC 34 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog31 hydrog ? ? E DG 13 N2 ? ? ? 1_555 E DC 34 O2 ? ? E DG 13 E DC 34 1_555 ? ? ? ? ? ? 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WATSON-CRICK ? ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference covale ? ? metalc ? ? hydrog ? ? # _struct_mon_prot_cis.pdbx_id 1 _struct_mon_prot_cis.label_comp_id LEU _struct_mon_prot_cis.label_seq_id 3972 _struct_mon_prot_cis.label_asym_id A _struct_mon_prot_cis.label_alt_id . _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code ? _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id LEU _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id 3972 _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id A _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 PRO _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 3973 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 A _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 ? _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 PRO _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 3973 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 A _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num 1 _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 2.97 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 3 ? AA2 ? 2 ? AA3 ? 2 ? 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AC5 ? 2 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? anti-parallel AA6 4 5 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA8 2 3 ? parallel AA8 3 4 ? parallel AA8 4 5 ? parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AA9 3 4 ? anti-parallel AA9 4 5 ? anti-parallel AA9 5 6 ? anti-parallel AA9 6 7 ? anti-parallel AA9 7 8 ? parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB3 2 3 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB6 2 3 ? parallel AB6 3 4 ? parallel AB6 4 5 ? parallel AB6 5 6 ? parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB7 2 3 ? anti-parallel AB7 3 4 ? anti-parallel AB7 4 5 ? anti-parallel AB7 5 6 ? anti-parallel AB7 6 7 ? anti-parallel AB7 7 8 ? parallel AB8 1 2 ? anti-parallel AB9 1 2 ? parallel AB9 2 3 ? parallel AB9 3 4 ? parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC1 2 3 ? anti-parallel AC1 3 4 ? anti-parallel AC1 4 5 ? parallel AC1 5 6 ? parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC3 1 2 ? parallel AC3 2 3 ? parallel AC3 3 4 ? parallel AC3 4 5 ? anti-parallel AC4 1 2 ? parallel AC5 1 2 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 PHE D 173 ? 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F DG 31 809 1 Y 1 F DC 32 ? F DC 32 810 1 Y 1 F DT 33 ? F DT 33 811 1 Y 1 F DC 34 ? F DC 34 812 1 Y 1 F DT 35 ? F DT 35 813 1 Y 1 F DA 36 ? F DA 36 814 1 Y 1 F DC 37 ? F DC 37 815 1 Y 1 F DT 38 ? F DT 38 816 1 Y 1 F DG 39 ? F DG 39 817 1 Y 1 F DC 40 ? F DC 40 818 1 Y 1 F DT 41 ? F DT 41 819 1 Y 1 F DT 42 ? F DT 42 820 1 Y 1 F DC 43 ? F DC 43 821 1 Y 1 F DT 44 ? F DT 44 822 1 Y 1 F DG 45 ? F DG 45 823 1 Y 1 F DA 46 ? F DA 46 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.name 1 1 25 mM ? '4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid' 1 2 100 mM KCl 'Potassium chloride' 1 3 1 mM ? Dithiothreitol # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details ? # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.units MEGADALTONS _em_entity_assembly_molwt.value 0.72 # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 55.9 _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K3 (6k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? ? ? 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ? ? ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? Gctf 1.06 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? ? ? ? 1 ? 8 OTHER ? ? ? ? ? ? 9 'MODEL REFINEMENT' ? ? ? ? 1 ? 10 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 3.1.0 1 ? ? 11 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 12 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 13 RECONSTRUCTION ? ? ? 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 0.3 _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 7SGL 'double helix' 7SGL 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 E DT 26 1_555 E DA 21 1_555 -0.505 -1.472 2.219 -9.419 13.587 13.161 1 E_DT26:DA21_E E 26 ? E 21 ? 20 1 1 E DG 27 1_555 E DC 20 1_555 -0.346 -0.384 -0.136 2.029 18.288 2.858 2 E_DG27:DC20_E E 27 ? E 20 ? 19 1 1 E DC 28 1_555 E DG 19 1_555 0.054 -0.575 -0.330 1.369 -4.317 -1.249 3 E_DC28:DG19_E E 28 ? E 19 ? 19 1 1 E DA 29 1_555 E DT 18 1_555 0.182 -0.384 0.143 -4.474 -3.690 -4.020 4 E_DA29:DT18_E E 29 ? E 18 ? 20 1 1 E DT 30 1_555 E DA 17 1_555 -0.173 -0.316 0.112 -3.801 -5.019 -0.920 5 E_DT30:DA17_E E 30 ? E 17 ? 20 1 1 E DG 31 1_555 E DC 16 1_555 -0.164 -0.226 0.268 -3.970 -6.124 -1.481 6 E_DG31:DC16_E E 31 ? E 16 ? 19 1 1 E DC 32 1_555 E DG 15 1_555 0.019 -0.208 0.345 -9.961 -4.017 0.929 7 E_DC32:DG15_E E 32 ? E 15 ? 19 1 1 E DT 33 1_555 E DA 14 1_555 -0.404 -0.147 0.239 -6.332 -5.214 -7.121 8 E_DT33:DA14_E E 33 ? E 14 ? 20 1 1 E DC 34 1_555 E DG 13 1_555 0.140 -0.239 -0.104 -3.996 -3.673 1.633 9 E_DC34:DG13_E E 34 ? E 13 ? 19 1 1 E DT 35 1_555 E DA 12 1_555 -0.206 -0.285 -0.089 3.471 -11.903 -1.358 10 E_DT35:DA12_E E 35 ? 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F 48 ? 22 1 1 E DG 54 1_555 F DC 47 1_555 -0.178 -0.335 -0.799 -4.535 -1.125 5.691 29 E_DG54:DC47_F E 54 ? F 47 ? 19 1 # loop_ _ndb_struct_na_base_pair_step.model_number _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.shift _ndb_struct_na_base_pair_step.slide _ndb_struct_na_base_pair_step.rise _ndb_struct_na_base_pair_step.tilt _ndb_struct_na_base_pair_step.roll _ndb_struct_na_base_pair_step.twist _ndb_struct_na_base_pair_step.x_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.y_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_rise _ndb_struct_na_base_pair_step.inclination _ndb_struct_na_base_pair_step.tip _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_twist _ndb_struct_na_base_pair_step.step_number _ndb_struct_na_base_pair_step.step_name _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_2 1 E DT 26 1_555 E DA 21 1_555 E DG 27 1_555 E DC 20 1_555 -0.340 3.710 3.677 5.473 16.065 14.189 -0.248 4.269 4.971 47.692 -16.247 22.088 1 EE_DT26DG27:DC20DA21_EE E 26 ? 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