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'R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P' ? ;Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 surface glycoprotein (residues 1-1208) of GeneBank locus QHD43416.1 (amino acids 1-15 are the endogenous signal peptide, 16-1208 are SARS-CoV-2 spike protein residues 16-1208, 1209-1210+1237-1239+1255-1258 are linkers, 1211-1236 are T4 fibritinn foldon, 1240-1254 are the avi-tag for biotinylation, 1259-1265 are the TEV protease cleavage site, 1266-1273 are the 8xHis tag; mutations include R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P) ; 2 polymer man 'neutralizing antibody C1C-A3 Fab heavy chain' 27022.607 1 ? ? ? ;amino acids 1-20 are the human tPA signal peptide, 21-22 are a linker, 23-250 are the C1C-A3 Fab heavy chain residues 1-213 (note insertions in CDR loops; numbering should be according to the PDB file). ; 3 polymer man 'neutralizing antibody C1C-A3 Fab light chain' 25896.107 1 ? ? ? ;amino acids 1-20 are the human tPA signal peptide, 21-22 are a linker, 23-238 are the C1C-A3 Fab light chain residues 1-212 (note insertions in CDR loops; numbering should be according to the PDB file). ; 4 branched man 'beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose' 586.542 1 ? ? ? ? 5 branched man ;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; 1317.209 1 ? ? ? ? # _entity_name_com.entity_id 1 _entity_name_com.name 'S glycoprotein,E2,Peplomer protein' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no 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;MKRGLCCVLLLCGAVFVSPSASQVQLVESGGGVVQPGRSLRLSCAASGFTFSSYGMHWVRQAPGKGLEWVAVIWYDGTNT YYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCARDLAYRDYVWRYFDLWGRGTLVTVSGASTKGPSVFPLAPSS KSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVD KRVEPKSCDR ; H ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MKRGLCCVLLLCGAVFVSPSASEIVLTQSPATLSLSPGERATLSCRASQSVSTYLAWYQQKFGQAPRLLIYDASNRATGI PARFSGSGSGTDFTLTISSLEPEDFAVYYCQCRSNWPPGITFGQGTRLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLL NNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC ; ;MKRGLCCVLLLCGAVFVSPSASEIVLTQSPATLSLSPGERATLSCRASQSVSTYLAWYQQKFGQAPRLLIYDASNRATGI PARFSGSGSGTDFTLTISSLEPEDFAVYYCQCRSNWPPGITFGQGTRLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLL NNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC ; L ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 PHE n 1 3 VAL n 1 4 PHE n 1 5 LEU n 1 6 VAL n 1 7 LEU n 1 8 LEU n 1 9 PRO n 1 10 LEU n 1 11 VAL n 1 12 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LYS L 183 LYS L 188 1 ? 6 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? A CYS 336 SG ? ? ? 1_555 A CYS 361 SG ? ? A CYS 336 A CYS 361 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.048 ? ? disulf2 disulf ? ? A CYS 379 SG ? ? ? 1_555 A CYS 432 SG ? ? A CYS 379 A CYS 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.021 ? ? disulf3 disulf ? ? A CYS 391 SG ? ? ? 1_555 A CYS 525 SG ? ? A CYS 391 A CYS 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? ? disulf4 disulf ? ? A CYS 480 SG ? ? ? 1_555 A CYS 488 SG ? ? A CYS 480 A CYS 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf5 disulf ? ? B CYS 44 SG ? ? ? 1_555 B CYS 118 SG ? ? H CYS 22 H CYS 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.044 ? ? disulf6 disulf ? ? B CYS 172 SG ? ? ? 1_555 B CYS 228 SG ? ? H CYS 140 H CYS 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.050 ? ? disulf7 disulf ? ? C CYS 45 SG ? ? ? 1_555 C CYS 110 SG ? ? L CYS 23 L CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? ? disulf8 disulf ? ? C CYS 158 SG ? ? ? 1_555 C CYS 218 SG ? ? L CYS 134 L CYS 194 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.040 ? ? covale1 covale one ? A ASN 331 ND2 ? ? ? 1_555 D NAG . C1 ? ? A ASN 331 B NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? A ASN 343 ND2 ? ? ? 1_555 E NAG . C1 ? ? A ASN 343 C NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.432 ? N-Glycosylation covale3 covale both ? D NAG . O4 ? ? ? 1_555 D NAG . C1 ? ? B NAG 1 B NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.462 ? ? covale4 covale both ? D NAG . O4 ? ? ? 1_555 D BMA . C1 ? ? B NAG 2 B BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? ? covale5 covale both ? E NAG . O4 ? ? ? 1_555 E NAG . C1 ? ? C NAG 1 C NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.433 ? ? covale6 covale both ? E NAG . O4 ? ? ? 1_555 E BMA . C1 ? ? C NAG 2 C BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? ? covale7 covale both ? E BMA . O3 ? ? ? 1_555 E MAN . C1 ? ? C BMA 3 C MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale8 covale both ? E BMA . O6 ? ? ? 1_555 E MAN . C1 ? ? C BMA 3 C MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.452 ? ? covale9 covale both ? E MAN . O2 ? ? ? 1_555 E NAG . C1 ? ? C MAN 4 C NAG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale10 covale both ? E MAN . O2 ? ? ? 1_555 E NAG . C1 ? ? C MAN 6 C NAG 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.451 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _pdbx_modification_feature.ordinal _pdbx_modification_feature.label_comp_id _pdbx_modification_feature.label_asym_id _pdbx_modification_feature.label_seq_id _pdbx_modification_feature.label_alt_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_alt_id _pdbx_modification_feature.auth_comp_id _pdbx_modification_feature.auth_asym_id _pdbx_modification_feature.auth_seq_id _pdbx_modification_feature.PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.symmetry _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.modified_residue_symmetry _pdbx_modification_feature.comp_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id _pdbx_modification_feature.ref_pcm_id _pdbx_modification_feature.ref_comp_id _pdbx_modification_feature.type _pdbx_modification_feature.category 1 NAG D . ? ASN A 331 ? NAG B 1 ? 1_555 ASN A 331 ? 1_555 C1 ND2 ASN 1 NAG N-Glycosylation Carbohydrate 2 NAG E . ? ASN A 343 ? NAG C 1 ? 1_555 ASN A 343 ? 1_555 C1 ND2 ASN 1 NAG N-Glycosylation Carbohydrate 3 CYS A 336 ? CYS A 361 ? CYS A 336 ? 1_555 CYS A 361 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 4 CYS A 379 ? CYS A 432 ? CYS A 379 ? 1_555 CYS A 432 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 5 CYS A 391 ? CYS A 525 ? CYS A 391 ? 1_555 CYS A 525 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 6 CYS A 480 ? CYS A 488 ? CYS A 480 ? 1_555 CYS A 488 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 7 CYS B 44 ? CYS B 118 ? CYS H 22 ? 1_555 CYS H 92 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 8 CYS B 172 ? CYS B 228 ? CYS H 140 ? 1_555 CYS H 196 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 9 CYS C 45 ? CYS C 110 ? CYS L 23 ? 1_555 CYS L 88 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 10 CYS C 158 ? CYS C 218 ? CYS L 134 ? 1_555 CYS L 194 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 PHE 178 B . ? PHE 146 H PRO 179 B ? PRO 147 H 1 -13.04 2 GLU 180 B . ? GLU 148 H PRO 181 B ? PRO 149 H 1 -17.57 3 SER 29 C . ? SER 7 L PRO 30 C ? PRO 8 L 1 -15.44 4 TRP 116 C . ? TRP 94 L PRO 117 C ? PRO 95 L 1 -26.02 5 TYR 164 C . ? TYR 140 L PRO 165 C ? PRO 141 L 1 1.35 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 5 ? AA2 ? 2 ? AA3 ? 4 ? AA4 ? 6 ? AA5 ? 4 ? AA6 ? 4 ? AA7 ? 4 ? AA8 ? 3 ? AA9 ? 4 ? AB1 ? 6 ? AB2 ? 4 ? AB3 ? 4 ? AB4 ? 3 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA1 4 5 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA3 3 4 ? anti-parallel AA4 1 2 ? parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA4 3 4 ? anti-parallel AA4 4 5 ? anti-parallel AA4 5 6 ? anti-parallel AA5 1 2 ? parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA5 3 4 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA7 3 4 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AA9 3 4 ? anti-parallel AB1 1 2 ? parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB1 3 4 ? anti-parallel AB1 4 5 ? anti-parallel AB1 5 6 ? anti-parallel AB2 1 2 ? parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB2 3 4 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB3 2 3 ? anti-parallel AB3 3 4 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB4 2 3 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 ASN A 354 ? LYS A 356 ? ASN A 354 LYS A 356 AA1 2 ALA A 397 ? ILE A 402 ? ALA A 397 ILE A 402 AA1 3 TYR A 508 ? SER A 514 ? TYR A 508 SER A 514 AA1 4 GLY A 431 ? ASN A 437 ? GLY A 431 ASN A 437 AA1 5 LYS A 378 ? CYS A 379 ? LYS A 378 CYS A 379 AA2 1 LEU A 452 ? ARG A 454 ? LEU A 452 ARG A 454 AA2 2 LEU A 492 ? SER A 494 ? LEU A 492 SER A 494 AA3 1 GLN B 25 ? SER B 29 ? GLN H 3 SER H 7 AA3 2 ARG B 41 ? SER B 47 ? ARG H 19 SER H 25 AA3 3 THR B 100 ? MET B 105 ? THR H 77 MET H 82 AA3 4 PHE B 90 ? ASP B 95 ? PHE H 67 ASP H 72 AA4 1 GLY B 32 ? VAL B 34 ? GLY H 10 VAL H 12 AA4 2 THR B 139 ? VAL B 143 ? THR H 107 VAL H 111 AA4 3 ALA B 114 ? ASP B 121 ? ALA H 88 ASP H 95 AA4 4 MET B 56 ? GLN B 61 ? MET H 34 GLN H 39 AA4 5 LEU B 67 ? ILE B 73 ? LEU H 45 ILE H 51 AA4 6 THR B 80 ? TYR B 82 ? THR H 57 TYR H 59 AA5 1 GLY B 32 ? VAL B 34 ? GLY H 10 VAL H 12 AA5 2 THR B 139 ? VAL B 143 ? THR H 107 VAL H 111 AA5 3 ALA B 114 ? ASP B 121 ? ALA H 88 ASP H 95 AA5 4 PHE B 132 F TRP B 135 ? PHE H 100 TRP H 103 AA6 1 SER B 152 ? PHE B 154 ? SER H 120 PHE H 122 AA6 2 ALA B 168 ? TYR B 177 ? ALA H 136 TYR H 145 AA6 3 TYR B 208 ? VAL B 216 ? TYR H 176 VAL H 184 AA6 4 VAL B 195 ? THR B 197 ? VAL H 163 THR H 165 AA7 1 SER B 152 ? PHE B 154 ? SER H 120 PHE H 122 AA7 2 ALA B 168 ? TYR B 177 ? ALA H 136 TYR H 145 AA7 3 TYR B 208 ? VAL B 216 ? TYR H 176 VAL H 184 AA7 4 VAL B 201 ? LEU B 202 ? VAL H 169 LEU H 170 AA8 1 THR B 183 ? TRP B 186 ? THR H 151 TRP H 154 AA8 2 TYR B 226 ? ASN B 231 ? TYR H 194 ASN H 199 AA8 3 VAL B 239 ? VAL B 243 ? VAL H 207 VAL H 211 AA9 1 THR C 27 ? SER C 29 ? THR L 5 SER L 7 AA9 2 ALA C 41 ? ARG C 46 ? ALA L 19 ARG L 24 AA9 3 PHE C 93 ? ILE C 97 ? PHE L 71 ILE L 75 AA9 4 PHE C 84 ? GLY C 88 ? PHE L 62 GLY L 66 AB1 1 THR C 32 ? LEU C 35 ? THR L 10 LEU L 13 AB1 2 THR C 126 ? ILE C 130 ? THR L 102 ILE L 106 AB1 3 VAL C 107 ? SER C 114 ? VAL L 85 SER L 92 AB1 4 ALA C 56 ? GLN C 60 ? ALA L 34 GLN L 38 AB1 5 ARG C 67 ? TYR C 71 ? ARG L 45 TYR L 49 AB1 6 ASN C 75 ? ARG C 76 ? ASN L 53 ARG L 54 AB2 1 THR C 32 ? LEU C 35 ? THR L 10 LEU L 13 AB2 2 THR C 126 ? ILE C 130 ? THR L 102 ILE L 106 AB2 3 VAL C 107 ? SER C 114 ? VAL L 85 SER L 92 AB2 4 GLY C 119 B PHE C 122 ? GLY L 95 PHE L 98 AB3 1 SER C 138 ? PHE C 142 ? SER L 114 PHE L 118 AB3 2 THR C 153 ? PHE C 163 ? THR L 129 PHE L 139 AB3 3 TYR C 197 ? SER C 206 ? TYR L 173 SER L 182 AB3 4 SER C 183 ? VAL C 187 ? SER L 159 VAL L 163 AB4 1 LYS C 169 ? LYS C 173 ? LYS L 145 LYS L 149 AB4 2 VAL C 215 ? THR C 221 ? VAL L 191 THR L 197 AB4 3 VAL C 229 ? ASN C 234 ? VAL L 205 ASN L 210 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 N ASN A 354 ? N ASN A 354 O SER A 399 ? O SER A 399 AA1 2 3 N ASP A 398 ? N ASP A 398 O VAL A 512 ? O VAL A 512 AA1 3 4 O VAL A 511 ? O VAL A 511 N ILE A 434 ? N ILE A 434 AA1 4 5 O VAL A 433 ? O VAL A 433 N LYS A 378 ? N LYS A 378 AA2 1 2 N TYR A 453 ? N TYR A 453 O GLN A 493 ? O GLN A 493 AA3 1 2 N VAL B 27 ? N VAL H 5 O ALA B 45 ? O ALA H 23 AA3 2 3 N LEU B 42 ? N LEU H 20 O LEU B 103 ? O LEU H 80 AA3 3 4 O GLN B 104 ? O GLN H 81 N THR B 91 ? N THR H 68 AA4 1 2 N GLY B 32 ? N GLY H 10 O THR B 142 ? O THR H 110 AA4 2 3 O VAL B 141 ? O VAL H 109 N ALA B 114 ? N ALA H 88 AA4 3 4 O ALA B 119 ? O ALA H 93 N HIS B 57 ? N HIS H 35 AA4 4 5 N TRP B 58 ? N TRP H 36 O VAL B 70 ? O VAL H 48 AA4 5 6 N VAL B 72 ? N VAL H 50 O TYR B 81 ? O TYR H 58 AA5 1 2 N GLY B 32 ? N GLY H 10 O THR B 142 ? O THR H 110 AA5 2 3 O VAL B 141 ? O VAL H 109 N ALA B 114 ? N ALA H 88 AA5 3 4 N ARG B 120 ? N ARG H 94 O LEU B 134 ? O LEU H 102 AA6 1 2 N PHE B 154 ? N PHE H 122 O LEU B 173 ? O LEU H 141 AA6 2 3 N ALA B 168 ? N ALA H 136 O VAL B 216 ? O VAL H 184 AA6 3 4 O VAL B 213 ? O VAL H 181 N HIS B 196 ? N HIS H 164 AA7 1 2 N PHE B 154 ? N PHE H 122 O LEU B 173 ? O LEU H 141 AA7 2 3 N ALA B 168 ? N ALA H 136 O VAL B 216 ? O VAL H 184 AA7 3 4 O SER B 209 ? O SER H 177 N VAL B 201 ? N VAL H 169 AA8 1 2 N THR B 183 ? N THR H 151 O ASN B 231 ? O ASN H 199 AA8 2 3 N TYR B 226 ? N TYR H 194 O VAL B 243 ? O VAL H 211 AA9 1 2 N THR C 27 ? N THR L 5 O ARG C 46 ? O ARG L 24 AA9 2 3 N CYS C 45 ? N CYS L 23 O PHE C 93 ? O PHE L 71 AA9 3 4 O THR C 96 ? O THR L 74 N SER C 85 ? N SER L 63 AB1 1 2 N LEU C 35 ? N LEU L 13 O GLU C 129 ? O GLU L 105 AB1 2 3 O THR C 126 ? O THR L 102 N TYR C 108 ? N TYR L 86 AB1 3 4 O VAL C 107 ? O VAL L 85 N GLN C 60 ? N GLN L 38 AB1 4 5 N TRP C 57 ? N TRP L 35 O LEU C 69 ? O LEU L 47 AB1 5 6 N TYR C 71 ? N TYR L 49 O ASN C 75 ? O ASN L 53 AB2 1 2 N LEU C 35 ? N LEU L 13 O GLU C 129 ? O GLU L 105 AB2 2 3 O THR C 126 ? O THR L 102 N TYR C 108 ? N TYR L 86 AB2 3 4 N SER C 114 ? N SER L 92 O GLY C 119 B O GLY L 95 AB3 1 2 N PHE C 140 ? N PHE L 116 O LEU C 159 ? O LEU L 135 AB3 2 3 N VAL C 156 ? N VAL L 132 O LEU C 203 ? O LEU L 179 AB3 3 4 O SER C 200 ? O SER L 176 N SER C 186 ? N SER L 162 AB4 1 2 N GLN C 171 ? N GLN L 147 O GLU C 219 ? O GLU L 195 AB4 2 3 N CYS C 218 ? N CYS L 194 O LYS C 231 ? 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'SARS-CoV-2 spike protein SARS-CoV-2 Hexapro' RECOMBINANT COMPLEX 1 ? ? 3 1 ;Fab of C1C-A3 antibody recombinantly expressed using sequence sequenced from single B cells from human patient peripheral blood sample ; 'C1C-A3 Fab' RECOMBINANT COMPLEX '2, 3' ? ? # _em_image_scans.entry_id 7SN2 _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.dimension_height 4092 _em_image_scans.dimension_width 5760 _em_image_scans.frames_per_image ? _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.sampling_size 5 _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.used_frames_per_image ? _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.number_digital_images ? _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.details ? # _em_imaging.id 1 _em_imaging.entry_id 7SN2 _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.alignment_procedure 'COMA FREE' _em_imaging.c2_aperture_diameter 50 _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_magnification 60606 _em_imaging.cryogen NITROGEN _em_imaging.details ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_max 2500 _em_imaging.nominal_defocus_min 1000 _em_imaging.nominal_magnification 105000 _em_imaging.recording_temperature_maximum 77 _em_imaging.recording_temperature_minimum 77 _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.specimen_holder_model 'FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER' _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.date ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.specimen_holder_type ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details 'Quantifoil Cu 1.2/1.3 2nm carbon 300 mesh grids glowed discharge at 15 mA in Pelco EasiGlow' _em_sample_support.grid_material COPPER _em_sample_support.grid_mesh_size 300 _em_sample_support.grid_type 'Quantifoil R1.2/1.3' _em_sample_support.method ? _em_sample_support.film_material ? # _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.chamber_temperature 293 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.details 'blot for 4-6 seconds' _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.entry_id 7SN2 _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 7SN2 _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 7SN2 _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A MET 1 ? 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