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EMDB EMD-25263 ? ? # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type PDB . 7SOB unspecified EMDB 'SARS-CoV-2 S B.1.617.2 delta variant + S2M11 + S2L20 Global Refinement' EMD-25263 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 7SO9 _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2021-10-29 _pdbx_database_status.SG_entry Y _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'McCallum, M.' 1 0000-0001-8398-8330 'Veesler, D.' 2 0000-0002-6019-8675 'Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)' 3 ? # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country US _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Science _citation.journal_id_ASTM SCIEAS _citation.journal_id_CSD 0038 _citation.journal_id_ISSN 1095-9203 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 374 _citation.language ? _citation.page_first 1621 _citation.page_last 1626 _citation.title 'Molecular basis of immune evasion by the Delta and Kappa SARS-CoV-2 variants.' _citation.year 2021 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1126/science.abl8506 _citation.pdbx_database_id_PubMed 34751595 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'McCallum, M.' 1 ? primary 'Walls, A.C.' 2 ? primary 'Sprouse, K.R.' 3 ? primary 'Bowen, J.E.' 4 ? primary 'Rosen, L.E.' 5 ? primary 'Dang, H.V.' 6 ? primary 'De Marco, A.' 7 ? primary 'Franko, N.' 8 ? primary 'Tilles, S.W.' 9 ? primary 'Logue, J.' 10 ? primary 'Miranda, M.C.' 11 ? primary 'Ahlrichs, M.' 12 ? primary 'Carter, L.' 13 ? primary 'Snell, G.' 14 ? primary 'Pizzuto, M.S.' 15 ? primary 'Chu, H.Y.' 16 ? primary 'Van Voorhis, W.C.' 17 ? primary 'Corti, D.' 18 ? primary 'Veesler, D.' 19 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Spike glycoprotein' 141522.891 3 ? ? ? ? 2 polymer man 'S2M11 Fab light chain' 11208.458 3 ? ? ? ? 3 polymer man 'S2M11 Fab heavy chain' 13651.220 3 ? ? ? ? 4 polymer man 'S2L20 Fab light chain' 11829.141 3 ? ? ? ? 5 polymer man 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E CYS 22 E CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.048 ? ? disulf19 disulf ? ? D CYS 23 SG ? ? ? 1_555 D CYS 88 SG ? ? B CYS 23 B CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? ? disulf20 disulf ? ? E CYS 22 SG ? ? ? 1_555 E CYS 96 SG ? ? C CYS 22 C CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf21 disulf ? ? F CYS 15 SG ? ? ? 1_555 F CYS 136 SG ? ? F CYS 15 F CYS 136 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf22 disulf ? ? F CYS 131 SG ? ? ? 1_555 F CYS 164 SG ? ? F CYS 131 F CYS 166 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? ? disulf23 disulf ? ? F CYS 289 SG ? ? ? 1_555 F CYS 299 SG ? ? F CYS 291 F CYS 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? ? disulf24 disulf ? ? F CYS 334 SG ? ? ? 1_555 F CYS 359 SG ? ? F CYS 336 F CYS 361 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? ? disulf25 disulf ? ? F CYS 377 SG ? ? ? 1_555 F CYS 430 SG ? ? F CYS 379 F CYS 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.169 ? ? disulf26 disulf ? ? F CYS 389 SG ? ? ? 1_555 F CYS 523 SG ? ? F CYS 391 F CYS 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.051 ? ? disulf27 disulf ? ? F CYS 478 SG ? ? ? 1_555 F CYS 486 SG ? ? F CYS 480 F CYS 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf28 disulf ? ? F CYS 536 SG ? ? ? 1_555 F CYS 588 SG ? ? F CYS 538 F CYS 590 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.019 ? ? disulf29 disulf ? ? F CYS 615 SG ? ? ? 1_555 F CYS 647 SG ? ? F CYS 617 F CYS 649 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf30 disulf ? ? F CYS 660 SG ? ? ? 1_555 F CYS 669 SG ? ? F CYS 662 F CYS 671 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.116 ? ? disulf31 disulf ? ? F CYS 736 SG ? ? ? 1_555 F CYS 758 SG ? ? F CYS 738 F CYS 760 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.119 ? ? disulf32 disulf ? ? F CYS 741 SG ? ? ? 1_555 F CYS 747 SG ? ? F CYS 743 F CYS 749 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.096 ? ? disulf33 disulf ? ? F CYS 881 SG ? ? ? 1_555 K CYS 705 SG ? ? F CYS 883 K CYS 707 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.141 ? ? disulf34 disulf ? ? F CYS 1030 SG ? ? ? 1_555 F CYS 1041 SG ? ? F CYS 1032 F CYS 1043 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.019 ? ? disulf35 disulf ? ? F CYS 1080 SG ? ? ? 1_555 F CYS 1124 SG ? ? F CYS 1082 F CYS 1126 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? ? disulf36 disulf ? ? G CYS 22 SG ? ? ? 1_555 G CYS 88 SG ? ? G CYS 23 G CYS 89 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.169 ? ? disulf37 disulf ? ? H CYS 21 SG ? ? ? 1_555 H CYS 95 SG ? ? H CYS 22 H CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.048 ? ? disulf38 disulf ? ? I CYS 23 SG ? ? ? 1_555 I CYS 88 SG ? ? I CYS 23 I CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? ? disulf39 disulf ? ? J CYS 22 SG ? ? ? 1_555 J CYS 96 SG ? ? J CYS 22 J CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf40 disulf ? ? K CYS 15 SG ? ? ? 1_555 K CYS 136 SG ? ? K CYS 15 K CYS 136 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf41 disulf ? ? K CYS 131 SG ? ? ? 1_555 K CYS 164 SG ? ? K CYS 131 K CYS 166 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? ? disulf42 disulf ? ? K CYS 289 SG ? ? ? 1_555 K CYS 299 SG ? ? K CYS 291 K CYS 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? ? disulf43 disulf ? ? K CYS 334 SG ? ? ? 1_555 K CYS 359 SG ? ? K CYS 336 K CYS 361 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? ? disulf44 disulf ? ? K CYS 377 SG ? ? ? 1_555 K CYS 430 SG ? ? K CYS 379 K CYS 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.169 ? ? disulf45 disulf ? ? K CYS 389 SG ? ? ? 1_555 K CYS 523 SG ? ? K CYS 391 K CYS 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.051 ? ? disulf46 disulf ? ? K CYS 478 SG ? ? ? 1_555 K CYS 486 SG ? ? K CYS 480 K CYS 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf47 disulf ? ? K CYS 536 SG ? ? ? 1_555 K CYS 588 SG ? ? K CYS 538 K CYS 590 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.019 ? ? disulf48 disulf ? ? K CYS 615 SG ? ? ? 1_555 K CYS 647 SG ? ? K CYS 617 K CYS 649 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf49 disulf ? ? K CYS 660 SG ? ? ? 1_555 K CYS 669 SG ? ? K CYS 662 K CYS 671 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.117 ? ? disulf50 disulf ? ? K CYS 736 SG ? ? ? 1_555 K CYS 758 SG ? ? K CYS 738 K CYS 760 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.119 ? ? disulf51 disulf ? ? K CYS 741 SG ? ? ? 1_555 K CYS 747 SG ? ? K CYS 743 K CYS 749 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.096 ? ? disulf52 disulf ? ? K CYS 1030 SG ? ? ? 1_555 K CYS 1041 SG ? ? K CYS 1032 K CYS 1043 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.020 ? ? disulf53 disulf ? ? K CYS 1080 SG ? ? ? 1_555 K CYS 1124 SG ? ? K CYS 1082 K CYS 1126 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? ? disulf54 disulf ? ? L CYS 22 SG ? ? ? 1_555 L CYS 88 SG ? ? L CYS 23 L CYS 89 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.170 ? ? disulf55 disulf ? ? M CYS 21 SG ? ? ? 1_555 M CYS 95 SG ? ? M CYS 22 M CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.048 ? ? disulf56 disulf ? ? N CYS 23 SG ? ? ? 1_555 N CYS 88 SG ? ? N CYS 23 N CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? ? disulf57 disulf ? ? O CYS 22 SG ? ? ? 1_555 O CYS 96 SG ? ? O CYS 22 O CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? covale1 covale one ? A ASN 61 ND2 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? A ASN 61 A NAG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.489 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? A ASN 122 ND2 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? A ASN 122 A NAG 1302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.492 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? A ASN 163 ND2 ? ? ? 1_555 V NAG . C1 ? ? A ASN 165 A NAG 1304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.493 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? A ASN 232 ND2 ? ? ? 1_555 GA NAG . C1 ? ? A ASN 234 A NAG 1315 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.455 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? A ASN 280 ND2 ? ? ? 1_555 U NAG . C1 ? ? A ASN 282 A NAG 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.492 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? A ASN 329 ND2 ? ? ? 1_555 W NAG . C1 ? ? A ASN 331 A NAG 1305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.484 ? N-Glycosylation covale7 covale one ? A ASN 341 ND2 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? A ASN 343 P NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.489 ? N-Glycosylation covale8 covale one ? A ASN 601 ND2 ? ? ? 1_555 X NAG . C1 ? ? A ASN 603 A NAG 1306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.486 ? N-Glycosylation covale9 covale one ? A ASN 614 ND2 ? ? ? 1_555 EA NAG . C1 ? ? A ASN 616 A NAG 1313 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.489 ? N-Glycosylation covale10 covale one ? A ASN 655 ND2 ? ? ? 1_555 Y NAG . C1 ? ? A ASN 657 A NAG 1307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.494 ? N-Glycosylation covale11 covale one ? A ASN 707 ND2 ? ? ? 1_555 FA NAG . C1 ? ? A ASN 709 A NAG 1314 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.496 ? N-Glycosylation covale12 covale one ? A ASN 715 ND2 ? ? ? 1_555 Z NAG . C1 ? ? A ASN 717 A NAG 1308 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.488 ? N-Glycosylation covale13 covale one ? A ASN 799 ND2 ? ? ? 1_555 AA NAG . C1 ? ? A ASN 801 A NAG 1309 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.485 ? N-Glycosylation covale14 covale one ? A ASN 1072 ND2 ? ? ? 1_555 BA NAG . C1 ? ? A ASN 1074 A NAG 1310 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.462 ? N-Glycosylation covale15 covale one ? A ASN 1096 ND2 ? ? ? 1_555 CA NAG . C1 ? ? A ASN 1098 A NAG 1311 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.494 ? N-Glycosylation covale16 covale one ? A ASN 1132 ND2 ? ? ? 1_555 DA NAG . C1 ? ? A ASN 1134 A NAG 1312 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.489 ? N-Glycosylation covale17 covale one ? F ASN 61 ND2 ? ? ? 1_555 HA NAG . C1 ? ? F ASN 61 F NAG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.488 ? N-Glycosylation covale18 covale one ? F ASN 122 ND2 ? ? ? 1_555 IA NAG . C1 ? ? F ASN 122 F NAG 1302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.492 ? N-Glycosylation covale19 covale one ? F ASN 163 ND2 ? ? ? 1_555 KA NAG . C1 ? ? F ASN 165 F NAG 1304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.493 ? N-Glycosylation covale20 covale one ? F ASN 232 ND2 ? ? ? 1_555 VA NAG . C1 ? ? F ASN 234 F NAG 1315 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.455 ? N-Glycosylation covale21 covale one ? F ASN 280 ND2 ? ? ? 1_555 JA NAG . C1 ? ? F ASN 282 F NAG 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.492 ? N-Glycosylation covale22 covale one ? F ASN 329 ND2 ? ? ? 1_555 LA NAG . C1 ? ? F ASN 331 F NAG 1305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.483 ? N-Glycosylation covale23 covale one ? F ASN 341 ND2 ? ? ? 1_555 Q NAG . C1 ? ? F ASN 343 Q NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.488 ? N-Glycosylation covale24 covale one ? F ASN 601 ND2 ? ? ? 1_555 MA NAG . C1 ? ? F ASN 603 F NAG 1306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.485 ? N-Glycosylation covale25 covale one ? F ASN 614 ND2 ? ? ? 1_555 TA NAG . C1 ? ? F ASN 616 F NAG 1313 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.489 ? N-Glycosylation covale26 covale one ? F ASN 655 ND2 ? ? ? 1_555 NA NAG . C1 ? ? F ASN 657 F NAG 1307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.493 ? N-Glycosylation covale27 covale one ? F ASN 707 ND2 ? ? ? 1_555 UA NAG . C1 ? ? F ASN 709 F NAG 1314 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.497 ? 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