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'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MAN 'D-saccharide, alpha linking' . alpha-D-mannopyranose 'alpha-D-mannose; D-mannose; mannose' 'C6 H12 O6' 180.156 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 NAG 'D-saccharide, beta linking' . 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;N-acetyl-beta-D-glucosamine; 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-glucose; N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE ; 'C8 H15 N O6' 221.208 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7T2P _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 7T2P _struct.title 'The Envelope Glycoprotein SIVmac239.K180S SOSIP trimer in complex with 3 copies of the neutralizing antibody K11' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7T2P _struct_keywords.text 'SIV, Env, vaccine, neutralizing antibody, glycoprotein, VIRAL PROTEIN, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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D CYS 42 SG ? ? ? 1_555 D CYS 107 SG ? ? L CYS 23 L CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.016 ? ? covale1 covale one ? A ASN 37 ND2 ? ? ? 1_555 E NAG . C1 ? ? A ASN 37 C NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.517 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? A ASN 70 ND2 ? ? ? 1_555 Q NAG . C1 ? ? A ASN 70 A NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.522 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? A ASN 79 ND2 ? ? ? 1_555 R NAG . C1 ? ? A ASN 79 A NAG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.434 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? A ASN 114 ND2 ? ? ? 1_555 F NAG . C1 ? ? A ASN 114 D NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.514 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? A ASN 146 ND2 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? A ASN 146 E NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.521 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? A ASN 156 ND2 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? A ASN 156 F NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.513 ? N-Glycosylation covale7 covale one ? A ASN 171 ND2 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? A ASN 171 A NAG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.526 ? N-Glycosylation covale8 covale one ? A ASN 184 ND2 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? A ASN 184 A NAG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.525 ? N-Glycosylation covale9 covale one ? A ASN 198 ND2 ? ? ? 1_555 U NAG . C1 ? ? A ASN 198 A NAG 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.528 ? N-Glycosylation covale10 covale one ? A ASN 202 ND2 ? ? ? 1_555 V NAG . C1 ? ? A ASN 202 A NAG 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.522 ? N-Glycosylation covale11 covale one ? A ASN 212 ND2 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? A ASN 212 G NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.524 ? N-Glycosylation covale12 covale one ? A ASN 244 ND2 ? ? ? 1_555 W NAG . C1 ? ? A ASN 244 A NAG 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.524 ? N-Glycosylation covale13 covale one ? A ASN 278 ND2 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? A ASN 278 I NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.491 ? N-Glycosylation covale14 covale one ? A ASN 284 ND2 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? A ASN 284 J NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.514 ? N-Glycosylation covale15 covale one ? A ASN 295 ND2 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? A ASN 295 K NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.513 ? 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O2 ? ? ? 1_555 E MAN . C1 ? ? C MAN 5 C MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.531 ? ? covale33 covale both ? F NAG . O4 ? ? ? 1_555 F NAG . C1 ? ? D NAG 1 D NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.520 ? ? covale34 covale both ? G NAG . O4 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? E NAG 1 E NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.523 ? ? covale35 covale both ? G NAG . O6 ? ? ? 1_555 G FUC . C1 ? ? E NAG 1 E FUC 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.494 ? ? covale36 covale both ? H NAG . O4 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? F NAG 1 F NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.511 ? ? covale37 covale both ? H NAG . O6 ? ? ? 1_555 H FUC . C1 ? ? F NAG 1 F FUC 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.491 ? ? covale38 covale both ? I NAG . O4 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? G NAG 1 G NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.515 ? ? covale39 covale both ? I NAG . O6 ? ? ? 1_555 I FUC . C1 ? ? G NAG 1 G FUC 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.497 ? ? covale40 covale both ? J NAG . O4 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? I NAG 1 I NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.484 ? ? covale41 covale both ? J NAG . O4 ? ? ? 1_555 J BMA . C1 ? ? I NAG 2 I BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.494 ? ? covale42 covale both ? J BMA . O3 ? ? ? 1_555 J MAN . C1 ? ? I BMA 3 I MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.532 ? ? covale43 covale both ? J BMA . O6 ? ? ? 1_555 J MAN . C1 ? ? I BMA 3 I MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.492 ? ? covale44 covale both ? J MAN . O2 ? ? ? 1_555 J MAN . C1 ? ? I MAN 4 I MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.518 ? ? covale45 covale both ? K NAG . O4 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? J NAG 1 J NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.505 ? ? covale46 covale both ? K NAG . O4 ? ? ? 1_555 K BMA . C1 ? ? J NAG 2 J BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.512 ? ? covale47 covale both ? K BMA . O3 ? ? ? 1_555 K MAN . C1 ? ? J BMA 3 J MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.533 ? ? covale48 covale both ? K BMA . O6 ? ? ? 1_555 K MAN . C1 ? ? J BMA 3 J MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.496 ? ? covale49 covale both ? L NAG . O4 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? K NAG 1 K NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.509 ? ? covale50 covale both ? M NAG . O4 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? M NAG 1 M NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.511 ? ? covale51 covale both ? N NAG . O4 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? N NAG 1 N NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.516 ? ? covale52 covale both ? N NAG . O4 ? ? ? 1_555 N BMA . C1 ? ? N NAG 2 N BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.523 ? ? covale53 covale both ? O NAG . O4 ? ? ? 1_555 O NAG . C1 ? ? O NAG 1 O NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.516 ? ? covale54 covale both ? P NAG . O4 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? P NAG 1 P NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.510 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # _struct_mon_prot_cis.pdbx_id 1 _struct_mon_prot_cis.label_comp_id SER _struct_mon_prot_cis.label_seq_id 26 _struct_mon_prot_cis.label_asym_id D _struct_mon_prot_cis.label_alt_id . _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code ? _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id SER _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id 7 _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id L _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 PRO _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 27 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 D _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 ? _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 PRO _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 8 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 L _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num 1 _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle -5.49 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 2 ? AA2 ? 5 ? 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AB6 ? 6 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? anti-parallel AA2 4 5 ? anti-parallel AA3 1 2 ? parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA3 3 4 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA5 3 4 ? anti-parallel AA6 1 2 ? parallel AA7 1 2 ? parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA8 3 4 ? parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AA9 3 4 ? anti-parallel AA9 4 5 ? anti-parallel AA9 5 6 ? anti-parallel AA9 6 7 ? anti-parallel AA9 7 8 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB2 3 4 ? anti-parallel AB3 1 2 ? parallel AB3 2 3 ? anti-parallel AB3 3 4 ? anti-parallel AB3 4 5 ? anti-parallel AB3 5 6 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB5 2 3 ? anti-parallel AB6 1 2 ? parallel AB6 2 3 ? anti-parallel AB6 3 4 ? anti-parallel AB6 4 5 ? anti-parallel AB6 5 6 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 PHE A 29 ? 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ASN A 447 TYR A 449 AA7 3 ILE A 437 ? ASN A 439 ? ILE A 437 ASN A 439 AA8 1 PHE A 275 ? PHE A 277 ? PHE A 275 PHE A 277 AA8 2 GLY A 455 ? ILE A 470 ? GLY A 455 ILE A 470 AA8 3 ILE A 480 ? MET A 482 ? ILE A 480 MET A 482 AA8 4 LEU A 378 ? THR A 379 ? LEU A 378 THR A 379 AA9 1 ILE A 288 ? TRP A 290 ? ILE A 288 TRP A 290 AA9 2 ARG A 296 ? SER A 300 ? ARG A 296 SER A 300 AA9 3 GLY A 455 ? ILE A 470 ? GLY A 455 ILE A 470 AA9 4 THR A 308 ? LYS A 317 ? THR A 308 LYS A 317 AA9 5 TRP A 343 ? GLY A 347 ? TRP A 343 GLY A 347 AA9 6 TYR A 429 ? ARG A 435 ? TYR A 429 ARG A 435 AA9 7 GLU A 398 ? CYS A 402 ? GLU A 398 CYS A 402 AA9 8 MET A 391 ? CYS A 395 ? MET A 391 CYS A 395 AB1 1 LEU A 320 ? THR A 323 ? LEU A 320 THR A 323 AB1 2 VAL A 329 ? SER A 332 ? VAL A 329 SER A 332 AB2 1 LEU C 22 ? GLN C 23 ? LEU H 4 GLN H 5 AB2 2 LEU C 36 ? VAL C 42 ? LEU H 18 VAL H 24 AB2 3 GLN C 98 ? LEU C 103 ? GLN H 77 LEU H 82 AB2 4 ILE C 88 ? ASP C 93 ? ILE H 67 ASP H 72 AB3 1 VAL C 29 ? VAL C 30 ? 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N PHE A 29 O GLY A 506 ? O GLY A 506 AA2 1 2 N ARG A 36 ? N ARG A 36 O GLU A 501 ? O GLU A 501 AA2 2 3 O LYS A 498 ? O LYS A 498 N LEU A 241 ? N LEU A 241 AA2 3 4 N LEU A 240 ? N LEU A 240 O SER A 261 ? O SER A 261 AA2 4 5 O VAL A 260 ? O VAL A 260 N MET A 67 ? N MET A 67 AA3 1 2 O LEU A 58 ? O LEU A 58 N CYS A 44 ? N CYS A 44 AA3 2 3 N PHE A 43 ? N PHE A 43 O CYS A 233 ? O CYS A 233 AA3 3 4 N PHE A 230 ? N PHE A 230 O MET A 267 ? O MET A 267 AA4 1 2 N GLU A 73 ? N GLU A 73 O CYS A 255 ? O CYS A 255 AA5 1 2 O TYR A 183 ? O TYR A 183 N PHE A 170 ? N PHE A 170 AA5 2 3 O LYS A 169 ? O LYS A 169 N ARG A 112 ? N ARG A 112 AA5 3 4 N MET A 111 ? N MET A 111 O CYS A 206 ? O CYS A 206 AA6 1 2 N ASP A 143 ? N ASP A 143 O LYS A 426 ? O LYS A 426 AA7 1 2 N GLN A 217 ? N GLN A 217 O TYR A 449 ? O TYR A 449 AA7 2 3 O VAL A 448 ? O VAL A 448 N ILE A 438 ? N ILE A 438 AA8 1 2 N GLY A 276 ? N GLY A 276 O SER A 465 ? O SER A 465 AA8 2 3 N ASN A 469 ? N ASN A 469 O THR A 481 ? 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O ARG L 53 # _atom_sites.entry_id 7T2P _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[1] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[2] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[3] ? _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0.00000 _atom_sites.solution_primary ? _atom_sites.solution_secondary ? _atom_sites.solution_hydrogens ? _atom_sites.special_details ? # loop_ _atom_type.symbol C N O S # loop_ _database_PDB_caveat.id _database_PDB_caveat.text 1 ;Residues ILE H 51 and SER H 52 that are next to each other in the sample sequence are not properly linked: distance between C and N is 3.95. ; 2 ;Residues SER H 52 and TYR H 52A that are next to each other in the sample sequence are not properly linked: distance between C and N is 5.54. ; 3 ;Residues TYR H 52A and ASP H 53 that are next to each other in the sample sequence are not properly linked: distance between C and N is 3.35. ; # loop_ _pdbx_poly_seq_scheme.asym_id _pdbx_poly_seq_scheme.entity_id _pdbx_poly_seq_scheme.seq_id _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id _pdbx_poly_seq_scheme.ndb_seq_num _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_strand_id _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_ins_code _pdbx_poly_seq_scheme.hetero A 1 1 MET 1 1 ? ? ? 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D CYS 232 # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details ? # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.units ? _em_entity_assembly_molwt.value ? # loop_ _em_entity_assembly_naturalsource.id _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id _em_entity_assembly_naturalsource.cell _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_naturalsource.organ _em_entity_assembly_naturalsource.organelle _em_entity_assembly_naturalsource.organism _em_entity_assembly_naturalsource.strain _em_entity_assembly_naturalsource.tissue 2 1 ? ? 11723 ? ? 'Simian immunodeficiency virus' ? ? 3 1 ? ? 9544 ? ? 'Macaca mulatta' ? ? # _em_entity_assembly_recombinant.id 2 _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_recombinant.cell ? _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id 9606 _em_entity_assembly_recombinant.organism 'Homo sapiens' _em_entity_assembly_recombinant.plasmid ? _em_entity_assembly_recombinant.strain ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 50 _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode COUNTING _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? ? ? 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ? Leginon ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? Gctf ? 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? ? ? ? ? ? 8 'MODEL REFINEMENT' ? ? ? ? ? ? 9 OTHER ? ? ? ? ? ? 10 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? cryoSPARC ? 1 ? ? 11 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? cryoSPARC ? 1 ? ? 12 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 13 RECONSTRUCTION ? cryoSPARC ? 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 1 _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)' 'United States' 'UM1 AI144462' 1 'Bill & Melinda Gates Foundation' 'United States' OPP1196345/INV-008813 2 # loop_ _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.hetero E 5 NAG 1 C NAG 1 A NAG 516 n E 5 NAG 2 C NAG 2 A NAG 517 n E 5 BMA 3 C BMA 3 A BMA 518 n E 5 MAN 4 C MAN 4 A MAN 573 n E 5 MAN 5 C MAN 5 A MAN 574 n E 5 MAN 6 C MAN 6 A MAN 575 n E 5 MAN 7 C MAN 7 A MAN 576 n E 5 MAN 8 C MAN 8 A MAN 519 n F 6 NAG 1 D NAG 1 A NAG 522 n F 6 NAG 2 D NAG 2 A NAG 523 n G 7 NAG 1 E NAG 1 A NAG 524 n G 7 NAG 2 E NAG 2 A NAG 526 n G 7 FUC 3 E FUC 3 A FUC 525 n H 7 NAG 1 F NAG 1 A NAG 527 n H 7 NAG 2 F NAG 2 A NAG 529 n H 7 FUC 3 F FUC 3 A FUC 528 n I 7 NAG 1 G NAG 1 A NAG 534 n I 7 NAG 2 G NAG 2 A NAG 536 n I 7 FUC 3 G FUC 3 A FUC 535 n J 8 NAG 1 I NAG 1 A NAG 538 n J 8 NAG 2 I NAG 2 A NAG 539 n J 8 BMA 3 I BMA 3 A BMA 540 n J 8 MAN 4 I MAN 4 A MAN 542 n J 8 MAN 5 I MAN 5 A MAN 543 n J 8 MAN 6 I MAN 6 A MAN 541 n K 9 NAG 1 J NAG 1 A NAG 545 n K 9 NAG 2 J NAG 2 A NAG 546 n K 9 BMA 3 J BMA 3 A BMA 547 n K 9 MAN 4 J MAN 4 A MAN 567 n K 9 MAN 5 J MAN 5 A MAN 568 n L 6 NAG 1 K NAG 1 A NAG 548 n L 6 NAG 2 K NAG 2 A NAG 549 n M 6 NAG 1 M NAG 1 A NAG 551 n M 6 NAG 2 M NAG 2 A NAG 552 n N 10 NAG 1 N NAG 1 A NAG 556 n N 10 NAG 2 N NAG 2 A NAG 557 n N 10 BMA 3 N BMA 3 A BMA 569 n O 6 NAG 1 O NAG 1 A NAG 558 n O 6 NAG 2 O NAG 2 A NAG 559 n P 6 NAG 1 P NAG 1 A NAG 561 n P 6 NAG 2 P NAG 2 A NAG 562 n # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version _pdbx_chem_comp_identifier.identifier BMA 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpb BMA 'COMMON NAME' GMML 1.0 b-D-mannopyranose BMA 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-Manp BMA 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man FUC 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 LFucpa FUC 'COMMON NAME' GMML 1.0 a-L-fucopyranose FUC 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 a-L-Fucp FUC 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Fuc MAN 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpa MAN 'COMMON NAME' GMML 1.0 a-D-mannopyranose MAN 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 a-D-Manp MAN 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man NAG 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DGlcpNAcb NAG 'COMMON NAME' GMML 1.0 N-acetyl-b-D-glucopyranosamine NAG 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-GlcpNAc NAG 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 GlcNAc # loop_ _pdbx_entity_branch.entity_id _pdbx_entity_branch.type 5 oligosaccharide 6 oligosaccharide 7 oligosaccharide 8 oligosaccharide 9 oligosaccharide 10 oligosaccharide # loop_ _pdbx_entity_branch_descriptor.ordinal _pdbx_entity_branch_descriptor.entity_id _pdbx_entity_branch_descriptor.descriptor _pdbx_entity_branch_descriptor.type _pdbx_entity_branch_descriptor.program _pdbx_entity_branch_descriptor.program_version 1 5 'DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-' 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 2 5 'WURCS=2.0/3,8,7/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1_e6-h1_f2-g1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 3 5 ;[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}} ; LINUCS PDB-CARE ? 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16 10 DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1- 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 17 10 'WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 18 10 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}' LINUCS PDB-CARE ? # loop_ _pdbx_entity_branch_link.link_id _pdbx_entity_branch_link.entity_id _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.value_order _pdbx_entity_branch_link.details 1 5 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 2 5 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 3 5 4 MAN C1 O1 3 BMA O6 HO6 sing ? 4 5 5 MAN C1 O1 4 MAN O3 HO3 sing ? 5 5 6 MAN C1 O1 5 MAN O2 HO2 sing ? 6 5 7 MAN C1 O1 4 MAN O6 HO6 sing ? 7 5 8 MAN C1 O1 3 BMA O3 HO3 sing ? 8 6 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 9 7 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 10 7 3 FUC C1 O1 1 NAG O6 HO6 sing ? 11 8 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 12 8 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 13 8 4 MAN C1 O1 3 BMA O3 HO3 sing ? 14 8 5 MAN C1 O1 4 MAN O2 HO2 sing ? 15 8 6 MAN C1 O1 3 BMA O6 HO6 sing ? 16 9 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 17 9 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 18 9 4 MAN C1 O1 3 BMA O3 HO3 sing ? 19 9 5 MAN C1 O1 3 BMA O6 HO6 sing ? 20 10 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 21 10 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? # loop_ _pdbx_entity_branch_list.entity_id _pdbx_entity_branch_list.comp_id _pdbx_entity_branch_list.num _pdbx_entity_branch_list.hetero 5 NAG 1 n 5 NAG 2 n 5 BMA 3 n 5 MAN 4 n 5 MAN 5 n 5 MAN 6 n 5 MAN 7 n 5 MAN 8 n 6 NAG 1 n 6 NAG 2 n 7 NAG 1 n 7 NAG 2 n 7 FUC 3 n 8 NAG 1 n 8 NAG 2 n 8 BMA 3 n 8 MAN 4 n 8 MAN 5 n 8 MAN 6 n 9 NAG 1 n 9 NAG 2 n 9 BMA 3 n 9 MAN 4 n 9 MAN 5 n 10 NAG 1 n 10 NAG 2 n 10 BMA 3 n # _pdbx_entity_nonpoly.entity_id 11 _pdbx_entity_nonpoly.name 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose _pdbx_entity_nonpoly.comp_id NAG # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? 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