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EMDB EMD-25777 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2022-05-04 2 'Structure model' 1 1 2022-05-18 3 'Structure model' 1 2 2024-02-28 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Database references' 2 3 'Structure model' 'Data collection' 3 3 'Structure model' 'Refinement description' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 2 'Structure model' citation 2 2 'Structure model' citation_author 3 3 'Structure model' chem_comp_atom 4 3 'Structure model' chem_comp_bond 5 3 'Structure model' em_3d_fitting_list 6 3 'Structure model' pdbx_initial_refinement_model # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 2 'Structure model' '_citation.journal_volume' 2 2 'Structure model' '_citation.page_first' 3 2 'Structure model' '_citation.page_last' 4 2 'Structure model' '_citation_author.identifier_ORCID' 5 3 'Structure model' '_em_3d_fitting_list.accession_code' 6 3 'Structure model' '_em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id' 7 3 'Structure model' '_em_3d_fitting_list.source_name' 8 3 'Structure model' '_em_3d_fitting_list.type' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 7TAN _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2021-12-21 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Structure of VRK1 C-terminal tail bound to nucleosome core particle' _pdbx_database_related.db_id EMD-25777 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_contact_author.id 2 _pdbx_contact_author.email rmcginty@email.unc.edu _pdbx_contact_author.name_first Robert _pdbx_contact_author.name_last McGinty _pdbx_contact_author.name_mi K _pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0001-9641-7350 # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Spangler, C.J.' 1 ? 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_citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Budziszewski, G.R.' 1 ? primary 'Zhao, Y.' 2 ? primary 'Spangler, C.J.' 3 ? primary 'Kedziora, K.M.' 4 ? primary 'Williams, M.R.' 5 ? primary 'Azzam, D.N.' 6 ? primary 'Skrajna, A.' 7 ? primary 'Koyama, Y.' 8 ? primary 'Cesmat, A.P.' 9 ? primary 'Simmons, H.C.' 10 ? primary 'Arteaga, E.C.' 11 ? primary 'Strauss, J.D.' 12 ? primary 'Kireev, D.' 13 ? primary 'McGinty, R.K.' 14 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Histone H3.2' 15289.904 2 ? ? ? ? 2 polymer man 'Histone H4' 11394.426 2 ? ? ? ? 3 polymer man 'Histone H2A type 1' 13990.342 2 ? ? ? ? 4 polymer man 'Histone H2B type 1-C/E/F/G/I' 13806.018 2 ? ? ? ? 5 polymer man 'WIDOM 601 DNA (185-MER)' 57400.559 1 ? ? ? ? 6 polymer man 'WIDOM 601 DNA (185-MER)' 56831.191 1 ? ? ? ? 7 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;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; B,F ? 3 'polypeptide(L)' no no ;SGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAIRNDEELNKLLGKVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; ;SGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAIRNDEELNKLLGKVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; C,G ? 4 'polypeptide(L)' no no ;PEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSVYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASRL AHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSSK ; ;PEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSVYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASRL AHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSSK ; D,H ? 5 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT)(DG)(DC)(DA) 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PLFTELKFYQRAAKPEQIQKWIRTRKLKYLGVPKYWGSGLHDKNGKSYRFMIMDRFGSDLQKIYEANAKRFSRKTVLQLS LRILDILEYIHEHEYVHGDIKASNLLLNYKNPDQVYLVDYGLAYRYCPEGVHKEYKEDPKRCHDGTIEFTSIDAHNGVAP SRRGDLEILGYCMIQWLTGHLPWEDNLKDPKYVRDSKIRYRENIASLMDKCFPEKNKPGEIAKYMETVKLLDYTEKPLYE NLRDILLQGLKAIGSKDDGKLDLSVVENGGLKAKTITKKRKKEIEESKEPGVEDTEWSNTQTEEAIQTRSRTRKRVQK ; ;GSMPRVKAAQAGRQSSAKRHLAEQFAVGEIITDMAKKEWKVGLPIGQGGFGCIYLADMNSSESVGSDAPCVVKVEPSDNG PLFTELKFYQRAAKPEQIQKWIRTRKLKYLGVPKYWGSGLHDKNGKSYRFMIMDRFGSDLQKIYEANAKRFSRKTVLQLS LRILDILEYIHEHEYVHGDIKASNLLLNYKNPDQVYLVDYGLAYRYCPEGVHKEYKEDPKRCHDGTIEFTSIDAHNGVAP SRRGDLEILGYCMIQWLTGHLPWEDNLKDPKYVRDSKIRYRENIASLMDKCFPEKNKPGEIAKYMETVKLLDYTEKPLYE NLRDILLQGLKAIGSKDDGKLDLSVVENGGLKAKTITKKRKKEIEESKEPGVEDTEWSNTQTEEAIQTRSRTRKRVQK ; K,L ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 ALA n 1 2 ARG n 1 3 THR n 1 4 LYS n 1 5 GLN n 1 6 THR n 1 7 ALA n 1 8 ARG n 1 9 LYS n 1 10 SER n 1 11 THR n 1 12 GLY n 1 13 GLY n 1 14 LYS n 1 15 ALA n 1 16 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n 1 107 THR n 1 108 ASN n 1 109 LEU n 1 110 CYS n 1 111 ALA n 1 112 ILE n 1 113 HIS n 1 114 ALA n 1 115 LYS n 1 116 ARG n 1 117 VAL n 1 118 THR n 1 119 ILE n 1 120 MET n 1 121 PRO n 1 122 LYS n 1 123 ASP n 1 124 ILE n 1 125 GLN n 1 126 LEU n 1 127 ALA n 1 128 ARG n 1 129 ARG n 1 130 ILE n 1 131 ARG n 1 132 GLY n 1 133 GLU n 1 134 ARG n 1 135 ALA n 2 1 MET n 2 2 SER n 2 3 GLY n 2 4 ARG n 2 5 GLY n 2 6 LYS n 2 7 GLY n 2 8 GLY n 2 9 LYS n 2 10 GLY n 2 11 LEU n 2 12 GLY n 2 13 LYS n 2 14 GLY n 2 15 GLY n 2 16 ALA n 2 17 LYS n 2 18 ARG n 2 19 HIS n 2 20 ARG n 2 21 LYS n 2 22 VAL n 2 23 LEU n 2 24 ARG n 2 25 ASP n 2 26 ASN n 2 27 ILE n 2 28 GLN n 2 29 GLY n 2 30 ILE n 2 31 THR n 2 32 LYS n 2 33 PRO n 2 34 ALA n 2 35 ILE n 2 36 ARG n 2 37 ARG n 2 38 LEU n 2 39 ALA n 2 40 ARG n 2 41 ARG n 2 42 GLY n 2 43 GLY n 2 44 VAL n 2 45 LYS n 2 46 ARG n 2 47 ILE n 2 48 SER n 2 49 GLY n 2 50 LEU n 2 51 ILE n 2 52 TYR n 2 53 GLU n 2 54 GLU n 2 55 THR n 2 56 ARG n 2 57 GLY n 2 58 VAL n 2 59 LEU n 2 60 LYS n 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L . n # _software.citation_id ? _software.classification refinement _software.compiler_name ? _software.compiler_version ? _software.contact_author ? _software.contact_author_email ? _software.date ? _software.description ? _software.dependencies ? _software.hardware ? _software.language ? _software.location ? _software.mods ? _software.name PHENIX _software.os ? _software.os_version ? _software.type ? _software.version 1.19.1_4122: _software.pdbx_ordinal 1 # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 7TAN _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7TAN _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7TAN _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 7TAN _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.003 ? 12930 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.468 ? 18716 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 30.421 ? 3810 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.031 ? 2132 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.003 ? 1347 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 7TAN _struct.title 'Structure of VRK1 C-terminal tail bound to nucleosome core particle' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7TAN _struct_keywords.text 'nucleosome, chromatin, NUCLEAR PROTEIN, STRUCTURAL PROTEIN-DNA-TRANSFERASE complex' _struct_keywords.pdbx_keywords 'STRUCTURAL PROTEIN/DNA/TRANSFERASE' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 1 ? F N N 2 ? G N N 3 ? H N N 4 ? I N N 5 ? J N N 6 ? K N N 7 ? 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'expression tag' 0 4 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dodecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 12 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support immunoprecipitation _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLY A 44 ? 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GLY H 104 SER H 124 1 ? 21 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role hydrog1 hydrog ? ? 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O ILE H 89 # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 LYS A 115 ? ? 61.32 61.70 2 1 ASP B 24 ? ? 33.11 51.62 3 1 LYS C 74 ? ? 61.00 60.60 4 1 HIS D 49 ? ? -150.77 88.76 5 1 THR E 58 ? ? -140.09 32.74 6 1 LYS G 74 ? ? 61.23 61.31 7 1 ARG K 389 ? ? 38.71 57.18 8 1 ARG L 389 ? ? -35.97 128.04 # _em_3d_fitting.entry_id 7TAN _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.details ? _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_protocol ? _em_3d_fitting.ref_space ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.method ? # _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id 1 _em_3d_fitting_list.id 1 _em_3d_fitting_list.details ? _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id ? _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range ? _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id 7JO9 _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id 1 _em_3d_fitting_list.chain_id ? _em_3d_fitting_list.chain_residue_range ? _em_3d_fitting_list.source_name PDB _em_3d_fitting_list.type 'experimental model' _em_3d_fitting_list.accession_code 7JO9 # _em_3d_reconstruction.entry_id 7TAN _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.num_particles 460962 _em_3d_reconstruction.resolution 3.0 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 7.5 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? # loop_ _em_entity_assembly.id _em_entity_assembly.parent_id _em_entity_assembly.details _em_entity_assembly.name _em_entity_assembly.source _em_entity_assembly.type _em_entity_assembly.entity_id_list _em_entity_assembly.synonym _em_entity_assembly.oligomeric_details 1 0 ? 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J 33 ? 1 I DG 60 1_555 J DC 126 1_555 I DT 61 1_555 J DA 125 1_555 -0.465 -0.117 3.213 -6.525 2.933 35.777 -0.591 -0.155 3.226 4.717 10.492 36.463 37 II_DG-33DT-32:DA32DC33_JJ I -33 ? J 33 ? I -32 ? J 32 ? 1 I DT 61 1_555 J DA 125 1_555 I DA 62 1_555 J DT 124 1_555 -0.129 -0.124 2.922 -2.509 7.746 38.195 -1.020 -0.077 2.847 11.676 3.782 39.022 38 II_DT-32DA-31:DT31DA32_JJ I -32 ? J 32 ? I -31 ? J 31 ? 1 I DA 62 1_555 J DT 124 1_555 I DA 63 1_555 J DT 123 1_555 0.137 -0.945 3.238 0.563 4.400 32.184 -2.439 -0.149 3.087 7.890 -1.009 32.480 39 II_DA-31DA-30:DT30DT31_JJ I -31 ? J 31 ? I -30 ? J 30 ? 1 I DA 63 1_555 J DT 123 1_555 I DT 64 1_555 J DA 122 1_555 0.581 -0.781 3.334 3.056 1.836 32.125 -1.736 -0.492 3.325 3.305 -5.501 32.317 40 II_DA-30DT-29:DA29DT30_JJ I -30 ? J 30 ? I -29 ? J 29 ? 1 I DT 64 1_555 J DA 122 1_555 I DC 65 1_555 J DG 121 1_555 -0.012 0.134 3.382 3.118 3.233 37.355 -0.227 0.438 3.370 5.025 -4.846 37.614 41 II_DT-29DC-28:DG28DA29_JJ I -29 ? J 29 ? I -28 ? J 28 ? 1 I DC 65 1_555 J DG 121 1_555 I DC 66 1_555 J DG 120 1_555 1.083 0.778 3.601 4.884 1.721 34.624 1.001 -0.970 3.747 2.872 -8.150 34.997 42 II_DC-28DC-27:DG27DG28_JJ I -28 ? J 28 ? I -27 ? J 27 ? 1 I DC 66 1_555 J DG 120 1_555 I DC 67 1_555 J DG 119 1_555 -1.137 1.018 3.911 -0.982 -6.076 36.130 2.600 1.651 3.726 -9.710 1.570 36.633 43 II_DC-27DC-26:DG26DG27_JJ I -27 ? J 27 ? I -26 ? J 26 ? 1 I DC 67 1_555 J DG 119 1_555 I DC 68 1_555 J DG 118 1_555 0.755 1.091 3.816 1.208 -0.465 37.528 1.766 -0.989 3.825 -0.722 -1.878 37.550 44 II_DC-26DC-25:DG25DG26_JJ I -26 ? J 26 ? I -25 ? J 25 ? 1 I DC 68 1_555 J DG 118 1_555 I DT 69 1_555 J DA 117 1_555 -1.213 0.372 3.731 -3.560 -1.058 30.807 0.931 1.474 3.829 -1.983 6.671 31.025 45 II_DC-25DT-24:DA24DG25_JJ I -25 ? J 25 ? I -24 ? J 24 ? 1 I DT 69 1_555 J DA 117 1_555 I DT 70 1_555 J DA 116 1_555 -0.003 -0.083 3.664 -4.788 1.090 37.737 -0.282 -0.678 3.633 1.677 7.365 38.043 46 II_DT-24DT-23:DA23DA24_JJ I -24 ? J 24 ? I -23 ? J 23 ? 1 I DT 70 1_555 J DA 116 1_555 I DG 71 1_555 J DC 115 1_555 0.350 -0.593 3.312 -2.071 5.079 32.088 -1.941 -0.985 3.155 9.105 3.712 32.542 47 II_DT-23DG-22:DC22DA23_JJ I -23 ? J 23 ? I -22 ? J 22 ? 1 I DG 71 1_555 J DC 115 1_555 I DG 72 1_555 J DC 114 1_555 -0.288 -1.209 3.125 -2.542 5.104 31.657 -3.033 0.097 2.913 9.262 4.613 32.153 48 II_DG-22DG-21:DC21DC22_JJ I -22 ? J 22 ? I -21 ? J 21 ? 1 I DG 72 1_555 J DC 114 1_555 I DC 73 1_555 J DG 113 1_555 -0.194 -1.030 3.370 1.554 3.816 29.330 -2.829 0.711 3.199 7.489 -3.049 29.612 49 II_DG-21DC-20:DG20DC21_JJ I -21 ? J 21 ? I -20 ? J 20 ? 1 I DC 73 1_555 J DG 113 1_555 I DG 74 1_555 J DC 112 1_555 0.121 -0.342 3.609 6.207 25.431 31.186 -3.590 0.581 2.611 39.693 -9.688 40.507 50 II_DC-20DG-19:DC19DG20_JJ I -20 ? J 20 ? I -19 ? J 19 ? 1 I DG 74 1_555 J DC 112 1_555 I DG 75 1_555 J DC 111 1_555 0.081 0.717 3.319 2.439 3.460 35.796 0.655 0.224 3.369 5.605 -3.951 36.038 51 II_DG-19DG-18:DC18DC19_JJ I -19 ? J 19 ? I -18 ? J 18 ? 1 I DA 79 1_555 J DT 107 1_555 I DA 80 1_555 J DT 106 1_555 -0.392 0.427 3.501 -2.477 2.261 36.296 0.345 0.256 3.539 3.620 3.965 36.445 52 II_DA-14DA-13:DT13DT14_JJ I -14 ? J 14 ? I -13 ? J 13 ? 1 I DA 80 1_555 J DT 106 1_555 I DA 81 1_555 J DT 105 1_555 -0.174 0.260 3.455 -2.712 3.174 39.288 -0.012 -0.081 3.469 4.704 4.019 39.501 53 II_DA-13DA-12:DT12DT13_JJ I -13 ? J 13 ? I -12 ? J 12 ? 1 I DA 81 1_555 J DT 105 1_555 I DC 82 1_555 J DG 104 1_555 -0.060 -0.176 3.250 -2.698 3.640 32.893 -0.913 -0.343 3.207 6.390 4.736 33.195 54 II_DA-12DC-11:DG11DT12_JJ I -12 ? J 12 ? I -11 ? J 11 ? 1 I DC 82 1_555 J DG 104 1_555 I DG 83 1_555 J DC 103 1_555 0.427 -0.154 3.404 -4.233 18.834 31.915 -2.826 -1.251 2.814 30.968 6.961 37.169 55 II_DC-11DG-10:DC10DG11_JJ I -11 ? J 11 ? I -10 ? J 10 ? 1 I DG 83 1_555 J DC 103 1_555 I DC 84 1_555 J DG 102 1_555 -0.566 -0.189 3.288 -1.233 4.421 33.335 -1.051 0.775 3.255 7.661 2.137 33.641 56 II_DG-10DC-9:DG9DC10_JJ I -10 ? J 10 ? I -9 ? J 9 ? 1 I DC 84 1_555 J DG 102 1_555 I DG 85 1_555 J DC 101 1_555 -0.279 0.690 3.345 -0.121 8.140 36.601 -0.043 0.417 3.416 12.768 0.190 37.465 57 II_DC-9DG-8:DC8DG9_JJ I -9 ? J 9 ? I -8 ? J 8 ? 1 I DG 85 1_555 J DC 101 1_555 I DG 86 1_555 J DC 100 1_555 0.740 0.425 3.598 5.356 2.937 32.732 0.192 -0.289 3.692 5.156 -9.402 33.282 58 II_DG-8DG-7:DC7DC8_JJ I -8 ? J 8 ? I -7 ? J 7 ? 1 I DG 86 1_555 J DC 100 1_555 I DG 87 1_555 J DC 99 1_555 -0.013 2.078 3.684 0.655 -1.245 39.948 3.200 0.103 3.620 -1.822 -0.959 39.972 59 II_DG-7DG-6:DC6DC7_JJ I -7 ? J 7 ? I -6 ? J 6 ? 1 I DG 87 1_555 J DC 99 1_555 I DG 88 1_555 J DC 98 1_555 -0.156 1.483 3.692 -0.738 1.416 38.233 2.060 0.132 3.745 2.160 1.126 38.266 60 II_DG-6DG-5:DC5DC6_JJ I -6 ? J 6 ? I -5 ? J 5 ? 1 I DG 88 1_555 J DC 98 1_555 I DG 89 1_555 J DC 97 1_555 -0.037 1.567 3.736 -1.949 0.515 37.526 2.355 -0.234 3.754 0.800 3.027 37.578 61 II_DG-5DG-4:DC4DC5_JJ I -5 ? J 5 ? I -4 ? J 4 ? 1 I DG 89 1_555 J DC 97 1_555 I DA 90 1_555 J DT 96 1_555 -0.730 1.302 3.480 -4.267 3.098 33.494 1.687 0.501 3.645 5.334 7.347 33.894 62 II_DG-4DA-3:DT3DC4_JJ I -4 ? J 4 ? I -3 ? J 3 ? 1 I DA 90 1_555 J DT 96 1_555 I DC 91 1_555 J DG 95 1_555 0.416 0.478 3.325 -8.584 3.441 36.636 0.290 -1.763 3.181 5.370 13.395 37.746 63 II_DA-3DC-2:DG2DT3_JJ I -3 ? J 3 ? I -2 ? J 2 ? 1 I DC 91 1_555 J DG 95 1_555 I DA 92 1_555 J DT 94 1_555 -0.690 0.087 3.211 -2.913 3.941 33.039 -0.496 0.722 3.247 6.882 5.087 33.390 64 II_DC-2DA-1:DT1DG2_JJ I -2 ? J 2 ? I -1 ? J 1 ? 1 I DA 92 1_555 J DT 94 1_555 I DG 93 1_555 J DC 93 1_555 0.006 -0.928 3.243 -2.741 4.668 33.873 -2.288 -0.428 3.082 7.949 4.667 34.291 65 II_DA-1DG0:DC0DT1_JJ I -1 ? J 1 ? I 0 ? J 0 ? 1 I DG 93 1_555 J DC 93 1_555 I DC 94 1_555 J DG 92 1_555 0.288 -0.630 3.338 2.267 4.251 33.432 -1.780 -0.124 3.247 7.343 -3.915 33.767 66 II_DG0DC1:DG-1DC0_JJ I 0 ? J 0 ? I 1 ? 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J -6 ? 1 I DA 99 1_555 J DT 87 1_555 I DC 100 1_555 J DG 86 1_555 -0.196 1.058 3.387 -4.639 -0.297 34.792 1.801 -0.397 3.376 -0.494 7.715 35.092 72 II_DA6DC7:DG-7DT-6_JJ I 6 ? J -6 ? I 7 ? J -7 ? 1 I DC 100 1_555 J DG 86 1_555 I DG 101 1_555 J DC 85 1_555 -0.322 0.792 3.721 -6.556 5.069 35.410 0.446 -0.549 3.792 8.196 10.601 36.337 73 II_DC7DG8:DC-8DG-7_JJ I 7 ? J -7 ? I 8 ? J -8 ? 1 I DG 101 1_555 J DC 85 1_555 I DT 102 1_555 J DA 84 1_555 -0.661 -0.155 3.456 -4.575 3.149 27.807 -1.094 0.220 3.480 6.470 9.400 28.345 74 II_DG8DT9:DA-9DC-8_JJ I 8 ? J -8 ? I 9 ? J -9 ? 1 I DT 102 1_555 J DA 84 1_555 I DG 103 1_555 J DC 83 1_555 0.314 -0.259 2.975 -1.338 5.763 39.319 -0.986 -0.602 2.898 8.506 1.975 39.744 75 II_DT9DG10:DC-10DA-9_JJ I 9 ? J -9 ? I 10 ? J -10 ? 1 I DG 103 1_555 J DC 83 1_555 I DC 104 1_555 J DG 82 1_555 -0.089 -0.481 3.209 2.741 4.748 33.140 -1.587 0.590 3.096 8.253 -4.764 33.578 76 II_DG10DC11:DG-11DC-10_JJ I 10 ? J -10 ? I 11 ? 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