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GLY H 218 LEU H 221 5 ? 4 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role covale1 covale both ? 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F GLU 200 C ? ? ? 1_555 F MSE 201 N ? ? F GLU 198 F MSE 199 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? ? covale11 covale both ? F MSE 201 C ? ? ? 1_555 F ASP 202 N ? ? F MSE 199 F ASP 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? ? covale12 covale both ? G SER 2 C ? ? ? 1_555 G MSE 3 N ? ? G SER 0 G MSE 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? ? covale13 covale both ? G MSE 3 C ? ? ? 1_555 G LEU 4 N ? ? G MSE 1 G LEU 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.330 ? ? covale14 covale both ? G GLY 71 C ? ? ? 1_555 G MSE 72 N ? ? G GLY 69 G MSE 70 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? ? covale15 covale both ? G MSE 72 C ? ? ? 1_555 G ASP 73 N ? ? G MSE 70 G ASP 71 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? ? covale16 covale both ? G LEU 120 C ? ? ? 1_555 G MSE 121 N ? ? G LEU 118 G MSE 119 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? ? covale17 covale both ? G MSE 121 C ? ? ? 1_555 G ASP 122 N ? ? G MSE 119 G ASP 120 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.330 ? ? covale18 covale both ? G ILE 162 C ? ? ? 1_555 G MSE 163 N ? ? G ILE 160 G MSE 161 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? ? covale19 covale both ? G MSE 163 C ? ? ? 1_555 G ILE 164 N ? ? G MSE 161 G ILE 162 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.330 ? ? covale20 covale both ? G ASP 189 C ? ? ? 1_555 G MSE 190 N ? ? G ASP 187 G MSE 188 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? ? covale21 covale both ? G MSE 190 C ? ? ? 1_555 G GLU 191 N ? ? G MSE 188 G GLU 189 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? ? covale22 covale both ? G GLU 200 C ? ? ? 1_555 G MSE 201 N ? ? G GLU 198 G MSE 199 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.330 ? ? covale23 covale both ? G MSE 201 C ? ? ? 1_555 G ASP 202 N ? ? G MSE 199 G ASP 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? ? covale24 covale both ? H MSE 3 C ? ? ? 1_555 H LEU 4 N ? ? H MSE 1 H LEU 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.330 ? ? covale25 covale both ? H GLY 71 C ? ? ? 1_555 H MSE 72 N ? ? H GLY 69 H MSE 70 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? ? covale26 covale both ? H MSE 72 C ? ? ? 1_555 H ASP 73 N ? ? H MSE 70 H ASP 71 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.330 ? ? covale27 covale both ? H LEU 120 C ? ? ? 1_555 H MSE 121 N ? ? 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D AGS 401 D MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.393 ? ? hydrog1 hydrog ? ? I DA 12 N1 ? ? ? 1_555 J DA 18 N6 ? ? I DA 12 J DA 18 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DA-DA MISPAIR' ? ? ? hydrog2 hydrog ? ? I DT 13 N3 ? ? ? 1_555 J DA 18 N1 ? ? I DT 13 J DA 18 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog3 hydrog ? ? I DT 13 O4 ? ? ? 1_555 J DA 18 N6 ? ? I DT 13 J DA 18 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog4 hydrog ? ? I DG 14 N1 ? ? ? 1_555 J DC 17 N3 ? ? I DG 14 J DC 17 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog5 hydrog ? ? I DG 14 N2 ? ? ? 1_555 J DC 17 O2 ? ? I DG 14 J DC 17 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog6 hydrog ? ? I DG 14 O6 ? ? ? 1_555 J DC 17 N4 ? ? I DG 14 J DC 17 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog7 hydrog ? ? I DT 15 N3 ? ? ? 1_555 J DA 16 N1 ? ? I DT 15 J DA 16 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog8 hydrog ? ? I DT 15 O4 ? ? ? 1_555 J DA 16 N6 ? ? I DT 15 J DA 16 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog9 hydrog ? ? I DA 16 N1 ? ? ? 1_555 J DT 15 N3 ? ? I DA 16 J DT 15 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog10 hydrog ? ? I DA 16 N6 ? ? ? 1_555 J DT 15 O4 ? ? I DA 16 J DT 15 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog11 hydrog ? ? I DC 17 N3 ? ? ? 1_555 J DG 14 N1 ? ? I DC 17 J DG 14 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog12 hydrog ? ? I DC 17 N4 ? ? ? 1_555 J DG 14 O6 ? ? I DC 17 J DG 14 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog13 hydrog ? ? I DC 17 O2 ? ? ? 1_555 J DG 14 N2 ? ? I DC 17 J DG 14 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog14 hydrog ? ? I DT 18 N3 ? ? ? 1_555 J DA 13 N1 ? ? I DT 18 J DA 13 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog15 hydrog ? ? I DT 18 O4 ? ? ? 1_555 J DA 13 N6 ? ? I DT 18 J DA 13 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog16 hydrog ? ? I DC 19 N3 ? ? ? 1_555 J DG 12 N1 ? ? I DC 19 J DG 12 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog17 hydrog ? ? I DC 19 N4 ? ? ? 1_555 J DG 12 O6 ? ? I DC 19 J DG 12 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog18 hydrog ? ? I DC 19 O2 ? ? ? 1_555 J DG 12 N2 ? ? I DC 19 J DG 12 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog19 hydrog ? ? I DG 20 N1 ? ? ? 1_555 J DC 11 N3 ? ? I DG 20 J DC 11 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog20 hydrog ? ? I DG 20 N2 ? ? ? 1_555 J DC 11 O2 ? ? I DG 20 J DC 11 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog21 hydrog ? ? I DG 20 O6 ? ? ? 1_555 J DC 11 N4 ? ? I DG 20 J DC 11 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog22 hydrog ? ? I DT 21 N3 ? ? ? 1_555 J DA 10 N1 ? ? I DT 21 J DA 10 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog23 hydrog ? ? I DT 21 O4 ? ? ? 1_555 J DA 10 N6 ? ? I DT 21 J DA 10 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog24 hydrog ? ? I DA 22 N1 ? ? ? 1_555 J DT 9 N3 ? ? I DA 22 J DT 9 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog25 hydrog ? ? I DA 22 N6 ? ? ? 1_555 J DT 9 O4 ? ? I DA 22 J DT 9 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog26 hydrog ? ? I DG 23 N2 ? ? ? 1_555 J DC 8 O2 ? ? I DG 23 J DC 8 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DG-DC PAIR' ? ? ? hydrog27 hydrog ? ? I DT 24 N3 ? ? ? 1_555 J DA 7 N1 ? ? 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WATSON-CRICK ? ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference covale ? ? metalc ? ? hydrog ? ? # loop_ _pdbx_struct_conn_angle.id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.value _pdbx_struct_conn_angle.value_esd 1 OG1 ? 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MET 1 MSE Selenomethionine 'Named protein modification' # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 5 ? AA2 ? 5 ? AA3 ? 5 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 5 ? AA6 ? 2 ? AA7 ? 5 ? AA8 ? 2 ? AA9 ? 3 ? AB1 ? 7 ? AB2 ? 3 ? AB3 ? 9 ? AB4 ? 8 ? AB5 ? 3 ? AB6 ? 4 ? AB7 ? 5 ? AB8 ? 8 ? 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'Cryo-EM 3D map of the S. cerevisiae clamp-clamp loader complex PCNA-RFC bound to DNA with an open clamp' # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type NONE _em_ctf_correction.details ? # loop_ _em_entity_assembly_naturalsource.id _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id _em_entity_assembly_naturalsource.cell _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_naturalsource.organ _em_entity_assembly_naturalsource.organelle _em_entity_assembly_naturalsource.organism _em_entity_assembly_naturalsource.strain _em_entity_assembly_naturalsource.tissue 1 2 ? ? 32630 ? ? 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'Saccharomyces cerevisiae' ? ? # _em_entity_assembly_recombinant.id 1 _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id 3 _em_entity_assembly_recombinant.cell ? _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id 562 _em_entity_assembly_recombinant.organism 'Escherichia coli' _em_entity_assembly_recombinant.plasmid ? _em_entity_assembly_recombinant.strain ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 65 _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K3 (6k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? ? ? 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ? ? ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? ? ? 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? ? ? ? ? ? 8 'MODEL REFINEMENT' ? ? ? ? ? ? 9 OTHER ? ? ? ? ? ? 10 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 11 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 12 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 13 RECONSTRUCTION ? ? ? 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 7TFI 'double helix' 7TFI 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 I DT 13 1_555 J DA 18 1_555 -1.226 -0.181 0.215 -4.588 -9.927 0.563 1 I_DT13:DA18_J I 13 ? J 18 ? 20 1 1 I DG 14 1_555 J DC 17 1_555 0.603 0.201 -0.017 -1.022 -23.759 5.620 2 I_DG14:DC17_J I 14 ? J 17 ? 19 1 1 I DT 15 1_555 J DA 16 1_555 -1.193 -0.067 -0.214 5.502 -19.871 4.915 3 I_DT15:DA16_J I 15 ? J 16 ? 20 1 1 I DA 16 1_555 J DT 15 1_555 0.067 -0.082 -0.606 -9.464 -20.914 -0.284 4 I_DA16:DT15_J I 16 ? J 15 ? 20 1 1 I DC 17 1_555 J DG 14 1_555 -0.821 -0.036 -0.132 9.009 -24.048 8.649 5 I_DC17:DG14_J I 17 ? J 14 ? 19 1 1 I DT 18 1_555 J DA 13 1_555 -0.628 -0.261 -0.125 11.342 -17.609 0.861 6 I_DT18:DA13_J I 18 ? J 13 ? 20 1 1 I DC 19 1_555 J DG 12 1_555 -0.009 -0.563 0.307 9.938 -16.878 -0.811 7 I_DC19:DG12_J I 19 ? J 12 ? 19 1 1 I DG 20 1_555 J DC 11 1_555 -0.320 -0.832 1.504 16.023 -6.636 -3.924 8 I_DG20:DC11_J I 20 ? J 11 ? 19 1 1 I DT 21 1_555 J DA 10 1_555 0.211 -0.488 0.262 0.697 -16.111 -7.897 9 I_DT21:DA10_J I 21 ? J 10 ? 20 1 1 I DA 22 1_555 J DT 9 1_555 0.487 0.017 -0.012 -13.623 -17.306 -17.563 10 I_DA22:DT9_J I 22 ? 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