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polydeoxyribonucleotide no no ;(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DG) (DT)(DA)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) ; TTTTTTTTTTTATGTACTCGTAGTGTCTGCTTTTTTTTTT I ? 8 polydeoxyribonucleotide no no '(DG)(DC)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT)(DA)' GCAGACACTACGAGTACATA J ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 VAL n 1 3 ASN n 1 4 ILE n 1 5 SER n 1 6 ASP n 1 7 PHE n 1 8 PHE n 1 9 GLY n 1 10 LYS n 1 11 ASN n 1 12 LYS n 1 13 LYS n 1 14 SER n 1 15 VAL n 1 16 ARG n 1 17 SER n 1 18 SER n 1 19 THR n 1 20 SER n 1 21 ARG n 1 22 PRO n 1 23 THR n 1 24 ARG n 1 25 GLN n 1 26 VAL n 1 27 GLY n 1 28 SER n 1 29 SER n 1 30 LYS n 1 31 PRO n 1 32 GLU n 1 33 VAL n 1 34 ILE n 1 35 ASP n 1 36 LEU n 1 37 ASP n 1 38 THR n 1 39 GLU n 1 40 SER n 1 41 ASP n 1 42 GLN n 1 43 GLU n 1 44 SER n 1 45 THR n 1 46 ASN n 1 47 LYS n 1 48 THR 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'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _pdbx_entity_src_syn.entity_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_src_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id _pdbx_entity_src_syn.details 7 1 sample 1 40 'synthetic construct' ? 32630 ? 8 1 sample 1 20 'synthetic construct' ? 32630 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP RFC1_YEAST P38630 ? 1 ;MVNISDFFGKNKKSVRSSTSRPTRQVGSSKPEVIDLDTESDQESTNKTPKKMPVSNVIDVSETPEGEKKLPLPAKRKASS PTVKPASSKKTKPSSKSSDSASNITAQDVLDKIPSLDLSNVHVKENAKFDFKSANSNADPDEIVSEIGSFPEGKPNCLLG LTIVFTGVLPTLERGASEALAKRYGARVTKSISSKTSVVVLGDEAGPKKLEKIKQLKIKAIDEEGFKQLIAGMPAEGGDG EAAEKARRKLEEQHNIATKEAELLVKKEEERSKKLAATRVSGGHLERDNVVREEDKLWTVKYAPTNLQQVCGNKGSVMKL KNWLANWENSKKNSFKHAGKDGSGVFRAAMLYGPPGIGKTTAAHLVAQELGYDILEQNASDVRSKTLLNAGVKNALDNMS VVGYFKHNEEAQNLNGKHFVIIMDEVDGMSGGDRGGVGQLAQFCRKTSTPLILICNERNLPKMRPFDRVCLDIQFRRPDA NSIKSRLMTIAIREKFKLDPNVIDRLIQTTRGDIRQVINLLSTISTTTKTINHENINEISKAWEKNIALKPFDIAHKMLD GQIYSDIGSRNFTLNDKIALYFDDFDFTPLMIQENYLSTRPSVLKPGQSHLEAVAEAANCISLGDIVEKKIRSSEQLWSL LPLHAVLSSVYPASKVAGHMAGRINFTAWLGQNSKSAKYYRLLQEIHYHTRLGTSTDKIGLRLDYLPTFRKRLLDPFLKQ GADAISSVIEVMDDYYLTKEDWDSIMEFFVGPDVTTAIIKKIPATVKSGFTRKYNSMTHPVAIYRTGSTIGGGGVGTSTS TPDFEDVVDADDNPVPADDEETQDSSTDLKKDKLIKQKAKPTKRKTATSKPGGSKKRKTKA ; 1 2 UNP RFC4_YEAST P40339 ? 2 ;MSKTLSLQLPWVEKYRPQVLSDIVGNKETIDRLQQIAKDGNMPHMIISGMPGIGKTTSVHCLAHELLGRSYADGVLELNA SDDRGIDVVRNQIKHFAQKKLHLPPGKHKIVILDEADSMTAGAQQALRRTMELYSNSTRFAFACNQSNKIIEPLQSRCAI LRYSKLSDEDVLKRLLQIIKLEDVKYTNDGLEAIIFTAEGDMRQAINNLQSTVAGHGLVNADNVFKIVDSPHPLIVKKML LASNLEDSIQILRTDLWKKGYSSIDIVTTSFRVTKNLAQVKESVRLEMIKEIGLTHMRILEGVGTYLQLASMLAKIHKLN NKA ; 1 3 UNP RFC3_YEAST P38629 ? 3 ;MSTSTEKRSKENLPWVEKYRPETLDEVYGQNEVITTVRKFVDEGKLPHLLFYGPPGTGKTSTIVALAREIYGKNYSNMVL ELNASDDRGIDVVRNQIKDFASTRQIFSKGFKLIILDEADAMTNAAQNALRRVIERYTKNTRFCVLANYAHKLTPALLSR CTRFRFQPLPQEAIERRIANVLVHEKLKLSPNAEKALIELSNGDMRRVLNVLQSCKATLDNPDEDEISDDVIYECCGAPR PSDLKAVLKSILEDDWGTAHYTLNKVRSAKGLALIDLIEGIVKILEDYELQNEETRVHLLTKLADIEYSISKGGNDQIQG SAVIGAIKASFENETVKANV ; 1 4 UNP RFC2_YEAST P40348 ? 4 ;MFEGFGPNKKRKISKLAAEQSLAQQPWVEKYRPKNLDEVTAQDHAVTVLKKTLKSANLPHMLFYGPPGTGKTSTILALTK ELYGPDLMKSRILELNASDERGISIVREKVKNFARLTVSKPSKHDLENYPCPPYKIIILDEADSMTADAQSALRRTMETY SGVTRFCLICNYVTRIIDPLASRCSKFRFKALDASNAIDRLRFISEQENVKCDDGVLERILDISAGDLRRGITLLQSASK GAQYLGDGKNITSTQVEELAGVVPHDILIEIVEKVKSGDFDEIKKYVNTFMKSGWSAASVVNQLHEYYITNDNFDTNFKN QISWLLFTTDSRLNNGTNEHIQLLNLLVKISQL ; 1 5 UNP RFC5_YEAST P38251 ? 5 ;MSLWVDKYRPKSLNALSHNEELTNFLKSLSDQPRDLPHLLLYGPNGTGKKTRCMALLESIFGPGVYRLKIDVRQFVTASN RKLELNVVSSPYHLEITPSDMGNNDRIVIQELLKEVAQMEQVDFQDSKDGLAHRYKCVIINEANSLTKDAQAALRRTMEK YSKNIRLIMVCDSMSPIIAPIKSRCLLIRCPAPSDSEISTILSDVVTNERIQLETKDILKRIAQASNGNLRVSLLMLESM ALNNELALKSSSPIIKPDWIIVIHKLTRKIVKERSVNSLIECRAVLYDLLAHCIPANIILKELTFSLLDVETLNTTNKSS IIEYSSVFDERLSLGNKAIFHLEGFIAKVMCCLD ; 1 6 UNP PCNA_YEAST P15873 ? 6 ;MLEAKFEEASLFKRIIDGFKDCVQLVNFQCKEDGIIAQAVDDSRVLLVSLEIGVEAFQEYRCDHPVTLGMDLTSLSKILR CGNNTDTLTLIADNTPDSIILLFEDTKKDRIAEYSLKLMDIDADFLKIEELQYDSTLSLPSSEFSKIVRDLSQLSDSINI MITKETIKFVADGDIGSGSVIIKPFVDMEHPETSIKLEMDQPVDLTFGAKYLLDIIKGSSLSDRVGIRLSSEAPALFQFD LKSGFLQFFLAPKFNDEE ; 1 7 PDB 7TFJ 7TFJ ? 7 ? 1 8 PDB 7TFJ 7TFJ ? 8 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7TFJ A 1 ? 861 ? P38630 1 ? 861 ? 1 861 2 2 7TFJ B 1 ? 323 ? P40339 1 ? 323 ? 1 323 3 3 7TFJ C 1 ? 340 ? P38629 1 ? 340 ? 1 340 4 4 7TFJ D 1 ? 353 ? P40348 1 ? 353 ? 1 353 5 5 7TFJ E 1 ? 354 ? P38251 1 ? 354 ? 1 354 6 6 7TFJ F 3 ? 260 ? P15873 1 ? 258 ? 1 258 7 6 7TFJ G 3 ? 260 ? P15873 1 ? 258 ? 1 258 8 6 7TFJ H 3 ? 260 ? P15873 1 ? 258 ? 1 258 9 7 7TFJ I 1 ? 40 ? 7TFJ 1 ? 40 ? 1 40 10 8 7TFJ J 1 ? 20 ? 7TFJ 1 ? 20 ? 1 20 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 6 7TFJ ALA F 1 ? UNP P15873 ? ? 'expression tag' -1 1 6 7TFJ SER F 2 ? UNP P15873 ? ? 'expression tag' 0 2 7 7TFJ ALA G 1 ? UNP P15873 ? ? 'expression tag' -1 3 7 7TFJ SER G 2 ? UNP P15873 ? ? 'expression tag' 0 4 8 7TFJ ALA H 1 ? UNP P15873 ? ? 'expression tag' -1 5 8 7TFJ SER H 2 ? UNP P15873 ? ? 'expression tag' 0 6 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ADP non-polymer n "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N5 O10 P2' 427.201 AGS non-polymer . 'PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER' ;ATP-GAMMA-S; ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE); ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE); ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE ; 'C10 H16 N5 O12 P3 S' 523.247 ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 DA 'DNA linking' y "2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O6 P' 331.222 DC 'DNA linking' y "2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O7 P' 307.197 DG 'DNA linking' y "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 DT 'DNA linking' y "THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N2 O8 P' 322.208 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 MG non-polymer . 'MAGNESIUM ION' ? 'Mg 2' 24.305 MSE 'L-peptide linking' n SELENOMETHIONINE ? 'C5 H11 N O2 Se' 196.106 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7TFJ _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 7TFJ _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.003 ? 21036 ? f_bond_d ? ? 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I DT 13 J DA 18 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog2 hydrog ? ? I DT 13 O4 ? ? ? 1_555 J DA 18 N6 ? ? I DT 13 J DA 18 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog3 hydrog ? ? I DG 14 N1 ? ? ? 1_555 J DC 17 N3 ? ? I DG 14 J DC 17 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog4 hydrog ? ? I DG 14 N2 ? ? ? 1_555 J DC 17 O2 ? ? I DG 14 J DC 17 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog5 hydrog ? ? I DG 14 O6 ? ? ? 1_555 J DC 17 N4 ? ? I DG 14 J DC 17 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog6 hydrog ? ? I DT 15 N3 ? ? ? 1_555 J DA 16 N1 ? ? I DT 15 J DA 16 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog7 hydrog ? ? I DT 15 O4 ? ? ? 1_555 J DA 16 N6 ? ? I DT 15 J DA 16 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog8 hydrog ? ? I DA 16 N1 ? ? ? 1_555 J DT 15 N3 ? ? I DA 16 J DT 15 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog9 hydrog ? ? I DA 16 N6 ? ? ? 1_555 J DT 15 O4 ? ? I DA 16 J DT 15 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog10 hydrog ? ? I DC 17 N3 ? ? ? 1_555 J DG 14 N1 ? ? 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WATSON-CRICK ? ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference covale ? ? metalc ? ? hydrog ? ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 4 ? AA2 ? 2 ? AA3 ? 5 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 5 ? AA6 ? 2 ? AA7 ? 5 ? AA8 ? 7 ? AA9 ? 9 ? AB1 ? 8 ? AB2 ? 7 ? AB3 ? 9 ? AB4 ? 2 ? AB5 ? 6 ? 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