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A ASP 194 OD2 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7THY _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 7THY _struct.title ;Structure of Leucine Rich Repeat Kinase 2's ROC domain interacting with the microtubule facing the minus end ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7THY _struct_keywords.text ;parkinson's disease, microtubule, kinase, gtpase, CYTOSOLIC PROTEIN ; _struct_keywords.pdbx_keywords 'CYTOSOLIC PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? # _struct_ref.id 1 _struct_ref.db_name UNP _struct_ref.db_code LRRK2_HUMAN _struct_ref.pdbx_db_accession Q5S007 _struct_ref.pdbx_db_isoform ? _struct_ref.entity_id 1 _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code ;YNRMKLMIVGNTGSGKTTLLQQLMKTKKSDLGMQSATVGIDVKDWPIQIRDKRKRDLVLNVWDFAGREEFYSTHPHFMTQ RALYLAVYDLSKGQAEVDAMKPWLFNIKARASSSPVILVGTHLDVSDEKQRKACMSKITKELLNKRGFPAIRDYHFVNAT EESDALAKLRKTIINESLNFKIRDQLVVGQLIPD ; _struct_ref.pdbx_align_begin 1332 # _struct_ref_seq.align_id 1 _struct_ref_seq.ref_id 1 _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code 7THY _struct_ref_seq.pdbx_strand_id A _struct_ref_seq.seq_align_beg 1 _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code ? _struct_ref_seq.seq_align_end 194 _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code ? _struct_ref_seq.pdbx_db_accession Q5S007 _struct_ref_seq.db_align_beg 1332 _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code ? _struct_ref_seq.db_align_end 1525 _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code ? _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg 1332 _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1525 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details monomeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support none _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLY A 15 ? MET A 24 ? GLY A 1346 MET A 1355 1 ? 10 HELX_P HELX_P2 AA2 ARG A 67 ? TYR A 71 ? ARG A 1398 TYR A 1402 5 ? 5 HELX_P HELX_P3 AA3 HIS A 74 ? MET A 78 ? HIS A 1405 MET A 1409 5 ? 5 HELX_P HELX_P4 AA4 SER A 91 ? GLY A 93 ? SER A 1422 GLY A 1424 5 ? 3 HELX_P HELX_P5 AA5 GLN A 94 ? LYS A 101 ? GLN A 1425 LYS A 1432 1 ? 8 HELX_P HELX_P6 AA6 TRP A 103 ? LYS A 108 ? TRP A 1434 LYS A 1439 1 ? 6 HELX_P HELX_P7 AA7 HIS A 122 ? SER A 126 ? HIS A 1453 SER A 1457 5 ? 5 HELX_P HELX_P8 AA8 ASP A 127 ? ARG A 146 ? ASP A 1458 ARG A 1477 1 ? 20 HELX_P HELX_P9 AA9 GLU A 162 ? LEU A 178 ? GLU A 1493 LEU A 1509 1 ? 17 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 6 ? AA2 ? 2 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? parallel AA1 3 4 ? parallel AA1 4 5 ? parallel AA1 5 6 ? parallel AA2 1 2 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 ILE A 40 ? PRO A 46 ? ILE A 1371 PRO A 1377 AA1 2 VAL A 58 ? PHE A 64 ? VAL A 1389 PHE A 1395 AA1 3 ARG A 3 ? VAL A 9 ? ARG A 1334 VAL A 1340 AA1 4 ALA A 82 ? ASP A 89 ? ALA A 1413 ASP A 1420 AA1 5 PRO A 115 ? THR A 121 ? PRO A 1446 THR A 1452 AA1 6 ASP A 153 ? PHE A 156 ? ASP A 1484 PHE A 1487 AA2 1 LYS A 181 ? ILE A 182 ? LYS A 1512 ILE A 1513 AA2 2 GLN A 185 ? LEU A 186 ? GLN A 1516 LEU A 1517 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 N ASP A 41 ? N ASP A 1372 O ASP A 63 ? O ASP A 1394 AA1 2 3 O TRP A 62 ? O TRP A 1393 N LEU A 6 ? N LEU A 1337 AA1 3 4 N VAL A 9 ? N VAL A 1340 O VAL A 87 ? O VAL A 1418 AA1 4 5 N ALA A 86 ? N ALA A 1417 O VAL A 119 ? O VAL A 1450 AA1 5 6 N GLY A 120 ? N GLY A 1451 O HIS A 155 ? O HIS A 1486 AA2 1 2 N ILE A 182 ? N ILE A 1513 O GLN A 185 ? O GLN A 1516 # loop_ _pdbx_validate_rmsd_angle.id _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_model_num _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_target_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_standard_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.linker_flag 1 1 C A GLU 1493 ? ? N A SER 1494 ? ? CA A SER 1494 ? ? 100.23 121.70 -21.47 2.50 Y 2 2 C A LEU 1362 ? ? N A GLY 1363 ? ? CA A GLY 1363 ? ? 155.71 122.30 33.41 2.10 Y 3 2 C A PHE 1479 ? ? N A PRO 1480 ? ? CA A PRO 1480 ? ? 129.37 119.30 10.07 1.50 Y 4 4 C A SER 1366 ? ? N A ALA 1367 ? ? CA A ALA 1367 ? ? 153.19 121.70 31.49 2.50 Y 5 4 C A GLU 1493 ? ? N A SER 1494 ? ? CA A SER 1494 ? ? 154.62 121.70 32.92 2.50 Y # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 LYS A 1356 ? ? 77.27 35.76 2 1 LYS A 1358 ? ? -131.42 -119.52 3 1 TYR A 1402 ? ? -127.59 -63.55 4 1 SER A 1445 ? ? 25.36 68.85 5 1 VAL A 1447 ? ? -124.23 -59.42 6 1 GLU A 1472 ? ? -92.95 -60.96 7 1 LYS A 1476 ? ? -179.51 85.20 8 1 PRO A 1480 ? ? -66.42 63.94 9 1 ILE A 1482 ? ? -61.61 49.93 10 1 ARG A 1483 ? ? -111.15 -117.73 11 1 GLU A 1493 ? ? -96.87 -91.90 12 1 SER A 1494 ? ? 50.07 -151.17 13 2 ASP A 1372 ? ? 52.30 -120.13 14 2 GLU A 1400 ? ? -141.09 -38.96 15 2 ARG A 1441 ? ? -131.01 -54.09 16 2 SER A 1443 ? ? 52.55 -102.50 17 2 ALA A 1490 ? ? -64.27 45.37 18 2 THR A 1491 ? ? -142.78 -20.22 19 3 LYS A 1356 ? ? 71.99 40.52 20 3 SER A 1360 ? ? -117.66 -126.49 21 3 GLU A 1399 ? ? -59.02 -7.79 22 3 TYR A 1402 ? ? 55.73 -117.13 23 4 LYS A 1356 ? ? 78.70 39.75 24 4 ALA A 1426 ? ? -38.50 134.87 25 4 GLU A 1427 ? ? -67.59 12.60 26 4 SER A 1494 ? ? -65.47 -179.37 27 4 ASP A 1515 ? ? 71.05 -45.87 28 5 LEU A 1350 ? ? -93.87 -64.24 29 5 SER A 1366 ? ? -87.64 -86.44 30 5 ASP A 1382 ? ? -70.43 -146.21 31 5 ALA A 1442 ? ? -145.24 14.65 32 5 LEU A 1474 ? ? -121.50 -87.00 33 5 ARG A 1477 ? ? -123.22 -157.60 34 5 HIS A 1486 ? ? -58.03 179.49 35 5 THR A 1491 ? ? -117.26 77.27 # _pdbx_validate_peptide_omega.id 1 _pdbx_validate_peptide_omega.PDB_model_num 4 _pdbx_validate_peptide_omega.auth_comp_id_1 LYS _pdbx_validate_peptide_omega.auth_asym_id_1 A _pdbx_validate_peptide_omega.auth_seq_id_1 1383 _pdbx_validate_peptide_omega.PDB_ins_code_1 ? _pdbx_validate_peptide_omega.label_alt_id_1 ? _pdbx_validate_peptide_omega.auth_comp_id_2 ARG _pdbx_validate_peptide_omega.auth_asym_id_2 A _pdbx_validate_peptide_omega.auth_seq_id_2 1384 _pdbx_validate_peptide_omega.PDB_ins_code_2 ? _pdbx_validate_peptide_omega.label_alt_id_2 ? _pdbx_validate_peptide_omega.omega 149.27 # loop_ _pdbx_validate_main_chain_plane.id _pdbx_validate_main_chain_plane.PDB_model_num _pdbx_validate_main_chain_plane.auth_comp_id _pdbx_validate_main_chain_plane.auth_asym_id _pdbx_validate_main_chain_plane.auth_seq_id _pdbx_validate_main_chain_plane.PDB_ins_code _pdbx_validate_main_chain_plane.label_alt_id _pdbx_validate_main_chain_plane.improper_torsion_angle 1 4 LYS A 1383 ? ? 23.36 2 4 LYS A 1468 ? ? -25.39 3 5 GLU A 1399 ? ? -23.27 4 5 ASN A 1506 ? ? 23.53 # _pdbx_entry_details.entry_id 7THY _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest N _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? # _em_3d_fitting.entry_id 7THY _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.details ;Used AlphaFold model as initial model (Q5S007) using only the ROC domain. TUB1 was added to the initial refinement to prevent ROC model from entering density reserved for the microtubule. TUB1 was discarded after the initial refinement. ; _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_protocol 'FLEXIBLE FIT' _em_3d_fitting.ref_space ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.method ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 7THY _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.details 'Local refinement done on symmetry expanded helical reconstruction.' _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.num_particles 99854 _em_3d_reconstruction.resolution 5.2 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.details ;This is the final dilution buffer. The incubation buffer consisted of 1x BRB80, 10% glycerol, 1mM DTT, 1mM GTP, 1mM MgCl2, 10 uM taxol, and 5 uM MLi-2. Sample was diluted 3-fold right before freezing with the final buffer. ; _em_buffer.pH 7.4 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.details ? _em_entity_assembly.name 'LRRK2RCKW filament bound to a 11-pf microtubule with MLi-2 present' _em_entity_assembly.source 'MULTIPLE SOURCES' _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.entity_id_list 1 _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_imaging.id 1 _em_imaging.entry_id 7THY _em_imaging.accelerating_voltage 200 _em_imaging.alignment_procedure 'COMA FREE' _em_imaging.c2_aperture_diameter 70 _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.cryogen NITROGEN _em_imaging.details ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.microscope_model 'FEI TALOS ARCTICA' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_max 1500 _em_imaging.nominal_defocus_min 1500 _em_imaging.nominal_magnification 36000 _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.specimen_holder_model ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.date ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.specimen_holder_type ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details 'Using EMS LC-300 Lacey Carbon grids (Not homemade, EMS not a choice for grid company)' _em_sample_support.grid_material ? _em_sample_support.grid_mesh_size ? _em_sample_support.grid_type Homemade _em_sample_support.method ? _em_sample_support.film_material ? # _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 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278 MET OXT HXT sing N N 279 PHE N CA sing N N 280 PHE N H sing N N 281 PHE N H2 sing N N 282 PHE CA C sing N N 283 PHE CA CB sing N N 284 PHE CA HA sing N N 285 PHE C O doub N N 286 PHE C OXT sing N N 287 PHE CB CG sing N N 288 PHE CB HB2 sing N N 289 PHE CB HB3 sing N N 290 PHE CG CD1 doub Y N 291 PHE CG CD2 sing Y N 292 PHE CD1 CE1 sing Y N 293 PHE CD1 HD1 sing N N 294 PHE CD2 CE2 doub Y N 295 PHE CD2 HD2 sing N N 296 PHE CE1 CZ doub Y N 297 PHE CE1 HE1 sing N N 298 PHE CE2 CZ sing Y N 299 PHE CE2 HE2 sing N N 300 PHE CZ HZ sing N N 301 PHE OXT HXT sing N N 302 PRO N CA sing N N 303 PRO N CD sing N N 304 PRO N H sing N N 305 PRO CA C sing N N 306 PRO CA CB sing N N 307 PRO CA HA sing N N 308 PRO C O doub N N 309 PRO C OXT sing N N 310 PRO CB CG sing N N 311 PRO CB HB2 sing N N 312 PRO CB HB3 sing N N 313 PRO CG CD sing N N 314 PRO CG HG2 sing N N 315 PRO CG HG3 sing N N 316 PRO CD HD2 sing N N 317 PRO CD HD3 sing N N 318 PRO OXT HXT sing N N 319 SER N CA sing N N 320 SER N H sing N N 321 SER N H2 sing N N 322 SER CA C sing N N 323 SER CA CB sing N N 324 SER CA HA sing N N 325 SER C O doub N N 326 SER C OXT sing N N 327 SER CB OG sing N N 328 SER CB HB2 sing N N 329 SER CB HB3 sing N N 330 SER OG HG sing N N 331 SER OXT HXT sing N N 332 THR N CA sing N N 333 THR N H sing N N 334 THR N H2 sing N N 335 THR CA C sing N N 336 THR CA CB sing N N 337 THR CA HA sing N N 338 THR C O doub N N 339 THR C OXT sing N N 340 THR CB OG1 sing N N 341 THR CB CG2 sing N N 342 THR CB HB sing N N 343 THR OG1 HG1 sing N N 344 THR CG2 HG21 sing N N 345 THR CG2 HG22 sing N N 346 THR CG2 HG23 sing N N 347 THR OXT HXT sing N N 348 TRP N CA sing N N 349 TRP N H sing N N 350 TRP N H2 sing N N 351 TRP CA C sing N N 352 TRP CA CB sing N N 353 TRP CA HA sing N N 354 TRP C O doub N N 355 TRP C OXT sing N N 356 TRP CB CG sing N N 357 TRP CB HB2 sing N N 358 TRP CB HB3 sing N N 359 TRP CG CD1 doub Y N 360 TRP CG CD2 sing Y N 361 TRP CD1 NE1 sing Y N 362 TRP CD1 HD1 sing N N 363 TRP CD2 CE2 doub Y 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406 VAL C O doub N N 407 VAL C OXT sing N N 408 VAL CB CG1 sing N N 409 VAL CB CG2 sing N N 410 VAL CB HB sing N N 411 VAL CG1 HG11 sing N N 412 VAL CG1 HG12 sing N N 413 VAL CG1 HG13 sing N N 414 VAL CG2 HG21 sing N N 415 VAL CG2 HG22 sing N N 416 VAL CG2 HG23 sing N N 417 VAL OXT HXT sing N N 418 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.name 1 1 20 mM ? HEPES 1 2 80 mM NaCl 'Sodium Chloride' 1 3 0.5 mM ? TCEP 1 4 2.5 mM MgCl2 'Magnesium Chloride' 1 5 20 uM ? GDP # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details ? # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.units ? _em_entity_assembly_molwt.value ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 55 _em_image_recording.average_exposure_time 10 _em_image_recording.details '250 ms frames' _em_image_recording.detector_mode COUNTING _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 2 _em_image_recording.num_real_images ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details 'Filament Autopicker with templates created by manual picking. This is before symmetry expansion.' _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 557577 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? RELION ? 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' 'Custom Hole picker' Leginon ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? CTFFIND 4 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ;Using Frank DiMaio's scripts ; Rosetta 3.13 ? 1 ? 8 OTHER ? ? ? ? ? ? 9 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 10 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 11 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 12 RECONSTRUCTION 'local refinement, with non-uniform refinement turned off' cryoSPARC 3.2 1 ? ? 13 'MODEL REFINEMENT' 'Used to fix outliers by hand' ISOLDE 1.2.2 ? 1 ? 14 'MODEL REFINEMENT' 'Relaxation in cryo-EM density to resolve leftover outliers' Rosetta 3.13 ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details ;4.5 uM of LRRK2RCKW was allowed to incubate with 2.25 uM of tubulin dimer, causing both to co-polymerize. 5 uM of MLi-2 was present as well. The sample was diluted 3-fold right before freezing (1.5 uM LRRK2RCKW concentration final). ; _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'Other private' 'United States' ASAP-000519 1 'Michael J. Fox Foundation' 'United States' 18321 2 'National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)' 'United States' R01GM121772 3 'National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)' 'United States' R01GM107214 4 # _atom_sites.entry_id 7THY _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[1] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[2] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[3] ? _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0.00000 _atom_sites.solution_primary ? _atom_sites.solution_secondary ? _atom_sites.solution_hydrogens ? _atom_sites.special_details ? # loop_ _atom_type.symbol C H N O P # loop_