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EMD-26071 'other EM volume' EMDB 'Coxsackievirus A21 capsid subdomain in complex with mouse polyclonal antibody pAbC-3' EMD-26068 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 7TQS _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2022-01-26 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Antanasijevic, A.' 1 0000-0001-9452-8954 'Ward, A.B.' 2 0000-0001-7153-3769 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'Pnas Nexus' _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 2752-6542 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 1 _citation.language ? _citation.page_first pgac253 _citation.page_last pgac253 _citation.title 'High-resolution structural analysis of enterovirus-reactive polyclonal antibodies in complex with whole virions.' _citation.year 2022 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1093/pnasnexus/pgac253 _citation.pdbx_database_id_PubMed 36712368 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Antanasijevic, A.' 1 ? primary 'Schulze, A.J.' 2 ? primary 'Reddy, V.S.' 3 0000-0003-4638-8277 primary 'Ward, A.B.' 4 0000-0001-7153-3769 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer nat 'pAbC-3 light chain' 8188.084 1 ? ? ? 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;(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ; ;XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX ; H ? 3 'polypeptide(L)' no no ;GIEDLIDTAIKNALRVSQPPSTQSTEATSGVNSQEVPALTAVETGASGQAIPSDVVETRHVVNYKTRSESCLESFFGRAA CVTILSLTNSSKSGEEKKHFNIWNITYTDTVQLRRKLEFFTYSRFDLEMTFVFTENYPSTASGEVRNQVYQIMYIPPGAP RPSSWDDYTWQSSSNPSIFYMYGNAPPRMSIPYVGIANAYSHFYDGFARVPLEGENTDAGDTFYGLVSINDFGVLAVRAV NRSNPHTIHTSVRVYMKPKHIRCWCPRPPRAVLYRGEGVDMISSAILPLAKVDSITTF ; 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'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7TQS _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 7TQS _struct.title 'Coxsackievirus A21 capsid subdomain in complex with mouse polyclonal antibody pAbC-3' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7TQS _struct_keywords.text 'polyclonal antibodies, immune complex, cryoEM, VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRUS/IMMUNE SYSTEM' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 6 ? G N N 3 ? H N N 4 ? 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H GLN 272 51 1 Y 1 g GLN 240 ? I GLN 240 52 1 Y 1 h MET 1 ? J MET 1 53 1 Y 1 i GLY 1 ? K GLY 1 54 1 Y 1 i ILE 2 ? K ILE 2 55 1 Y 1 i GLU 3 ? K GLU 3 56 1 Y 1 i ASP 4 ? K ASP 4 57 1 Y 1 i LEU 5 ? K LEU 5 58 1 Y 1 i ILE 6 ? K ILE 6 59 1 Y 1 i ASP 7 ? K ASP 7 60 1 Y 1 i THR 8 ? K THR 8 61 1 Y 1 i ALA 9 ? K ALA 9 62 1 Y 1 i ILE 10 ? K ILE 10 63 1 Y 1 i LYS 11 ? K LYS 11 64 1 Y 1 i ASN 12 ? K ASN 12 65 1 Y 1 i ALA 13 ? K ALA 13 66 1 Y 1 i LEU 14 ? K LEU 14 67 1 Y 1 i ARG 15 ? K ARG 15 68 1 Y 1 j SER 1 ? L SER 1 69 1 Y 1 j PRO 2 ? L PRO 2 70 1 Y 1 j ASN 3 ? L ASN 3 71 1 Y 1 j VAL 4 ? L VAL 4 72 1 Y 1 j GLU 5 ? L GLU 5 73 1 Y 1 j ALA 6 ? L ALA 6 74 1 Y 1 j CYS 7 ? L CYS 7 75 1 Y 1 j GLY 8 ? L GLY 8 76 1 Y 1 j ASN 165 ? L ASN 165 77 1 Y 1 j THR 166 ? L THR 166 78 1 Y 1 j ASP 167 ? L ASP 167 79 1 Y 1 k LEU 235 ? M LEU 235 80 1 Y 1 k ILE 236 ? M ILE 236 81 1 Y 1 k GLY 237 ? M GLY 237 82 1 Y 1 k ARG 238 ? M ARG 238 83 1 Y 1 k THR 239 ? M THR 239 84 1 Y 1 k GLN 240 ? M GLN 240 85 1 Y 1 l MET 1 ? N MET 1 86 1 Y 1 m GLY 1 ? O GLY 1 87 1 Y 1 m ILE 2 ? O ILE 2 88 1 Y 1 m GLU 3 ? O GLU 3 89 1 Y 1 m ASP 4 ? O ASP 4 90 1 Y 1 m LEU 5 ? O LEU 5 91 1 Y 1 m ILE 6 ? O ILE 6 92 1 Y 1 m ASP 7 ? O ASP 7 93 1 Y 1 m THR 8 ? O THR 8 94 1 Y 1 m ALA 9 ? O ALA 9 95 1 Y 1 m ILE 10 ? O ILE 10 96 1 Y 1 m LYS 11 ? O LYS 11 97 1 Y 1 m ASN 12 ? O ASN 12 98 1 Y 1 m ALA 13 ? O ALA 13 99 1 Y 1 m LEU 14 ? O LEU 14 100 1 Y 1 m ARG 15 ? O ARG 15 101 1 Y 1 n SER 1 ? P SER 1 102 1 Y 1 n PRO 2 ? P PRO 2 103 1 Y 1 n ASN 3 ? P ASN 3 104 1 Y 1 n VAL 4 ? P VAL 4 105 1 Y 1 n GLU 5 ? P GLU 5 106 1 Y 1 n ALA 6 ? P ALA 6 107 1 Y 1 n CYS 7 ? P CYS 7 108 1 Y 1 n GLY 8 ? P GLY 8 109 1 Y 1 n TYR 9 ? P TYR 9 110 1 Y 1 n ASN 165 ? P ASN 165 111 1 Y 1 n THR 166 ? P THR 166 112 1 Y 1 n ASP 167 ? P ASP 167 113 1 Y 1 n ALA 168 ? P ALA 168 114 1 Y 1 o GLN 240 ? Q GLN 240 115 1 Y 1 p MET 1 ? R MET 1 116 1 Y 1 q GLY 1 ? S GLY 1 117 1 Y 1 q ILE 2 ? S ILE 2 118 1 Y 1 q GLU 3 ? S GLU 3 119 1 Y 1 q ASP 4 ? S ASP 4 120 1 Y 1 q LEU 5 ? S LEU 5 121 1 Y 1 q ILE 6 ? S ILE 6 122 1 Y 1 q ASP 7 ? S ASP 7 123 1 Y 1 q THR 8 ? S THR 8 124 1 Y 1 q ALA 9 ? S ALA 9 125 1 Y 1 q ILE 10 ? S ILE 10 126 1 Y 1 q LYS 11 ? S LYS 11 127 1 Y 1 q ASN 12 ? S ASN 12 128 1 Y 1 q ALA 13 ? S ALA 13 129 1 Y 1 q LEU 14 ? S LEU 14 130 1 Y 1 q ARG 15 ? S ARG 15 131 1 Y 1 r SER 1 ? T SER 1 132 1 Y 1 r PRO 2 ? T PRO 2 133 1 Y 1 r ASN 3 ? T ASN 3 134 1 Y 1 r VAL 4 ? T VAL 4 135 1 Y 1 r GLU 5 ? T GLU 5 136 1 Y 1 r ALA 6 ? T ALA 6 137 1 Y 1 r CYS 7 ? T CYS 7 138 1 Y 1 r GLY 8 ? T GLY 8 139 1 Y 1 r TYR 9 ? T TYR 9 140 1 Y 1 r SER 10 ? T SER 10 141 1 Y 1 r SER 164 ? T SER 164 142 1 Y 1 r ASN 165 ? T ASN 165 143 1 Y 1 r THR 166 ? T THR 166 144 1 Y 1 r ASP 167 ? T ASP 167 145 1 Y 1 s GLN 240 ? U GLN 240 146 1 Y 1 t MET 1 ? V MET 1 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.name 1 1 10 mM Tris-HCl Tris-HCl 1 2 150 mM NaCl 'Sodium chloride' # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING ONLY' _em_ctf_correction.details ? # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.units ? _em_entity_assembly_molwt.value ? # loop_ _em_entity_assembly_naturalsource.id _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id _em_entity_assembly_naturalsource.cell _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_naturalsource.organ _em_entity_assembly_naturalsource.organelle _em_entity_assembly_naturalsource.organism _em_entity_assembly_naturalsource.strain _em_entity_assembly_naturalsource.tissue 2 1 ? ? 12069 ? ? 'Coxsackievirus A21' ? ? 3 1 ? ? 10090 ? ? 'Mus musculus' ? ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 50 _em_image_recording.average_exposure_time 9 _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode COUNTING _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 2 _em_image_recording.num_real_images 3862 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details ;Cryosparc template picker. Following the 2D classification and symmetry expansion the number of particles was 1334700. Symmetry-expanded particles were used for 3D classification and refinement. ; _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 22937 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? cryoSPARC ? 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ? Leginon ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? Gctf ? 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? 'UCSF Chimera' ? ? 1 ? 8 OTHER ? ? ? ? ? ? 9 'MODEL REFINEMENT' ? RosettaEM ? ? 1 ? 10 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 3.0 1 ? ? 11 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 3.0 1 ? ? 12 CLASSIFICATION ? RELION 3.0 1 ? ? 13 RECONSTRUCTION ? RELION 3.0 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 2.5 _em_specimen.details ;The complex was generated by incubation of mouse polyclonal antibodies with recombinantly expressed CV-A21 virions and subsequent SEC purification. ; _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # _pdbx_audit_support.funding_organization 'Not funded' _pdbx_audit_support.country ? _pdbx_audit_support.grant_number ? _pdbx_audit_support.ordinal 1 # _pdbx_entity_nonpoly.entity_id 7 _pdbx_entity_nonpoly.name 'MYRISTIC ACID' _pdbx_entity_nonpoly.comp_id MYR # _pdbx_initial_refinement_model.id 1 _pdbx_initial_refinement_model.type 'experimental model' _pdbx_initial_refinement_model.source_name PDB _pdbx_initial_refinement_model.accession_code 1Z7S # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support none _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? #