data_7U05 # _entry.id 7U05 # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.397 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 7U05 pdb_00007u05 10.2210/pdb7u05/pdb WWPDB D_1000263122 ? ? EMDB EMD-26254 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2022-04-27 2 'Structure model' 1 1 2022-05-25 3 'Structure model' 1 2 2024-10-16 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Database references' 2 3 'Structure model' 'Data collection' 3 3 'Structure model' 'Refinement description' 4 3 'Structure model' 'Structure summary' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 2 'Structure model' citation 2 3 'Structure model' chem_comp_atom 3 3 'Structure model' chem_comp_bond 4 3 'Structure model' em_3d_fitting_list 5 3 'Structure model' em_admin 6 3 'Structure model' pdbx_entry_details 7 3 'Structure model' pdbx_initial_refinement_model 8 3 'Structure model' pdbx_modification_feature # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 2 'Structure model' '_citation.country' 2 2 'Structure model' '_citation.journal_abbrev' 3 2 'Structure model' '_citation.journal_id_CSD' 4 2 'Structure model' '_citation.journal_id_ISSN' 5 2 'Structure model' '_citation.journal_volume' 6 2 'Structure model' '_citation.page_first' 7 2 'Structure model' '_citation.page_last' 8 2 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_DOI' 9 2 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_PubMed' 10 2 'Structure model' '_citation.year' 11 3 'Structure model' '_em_3d_fitting_list.accession_code' 12 3 'Structure model' '_em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id' 13 3 'Structure model' '_em_3d_fitting_list.source_name' 14 3 'Structure model' '_em_3d_fitting_list.type' 15 3 'Structure model' '_em_admin.last_update' 16 3 'Structure model' '_pdbx_entry_details.has_protein_modification' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 7U05 _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2022-02-17 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible N # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type EMDB 'consensus map' EMD-26221 'other EM volume' EMDB 'focused refinement' EMD-26223 'other EM volume' EMDB 'focused refinement' EMD-26224 'other EM volume' EMDB 'focused refinement' EMD-26225 'other EM volume' EMDB 'focused refinement' EMD-26226 'other EM volume' EMDB 'focused refinement' EMD-26227 'other EM volume' EMDB 'focused refinement' EMD-26228 'other EM volume' EMDB 'focused refinement' EMD-26229 'other EM volume' EMDB 'focused refinement' EMD-26230 'other EM volume' EMDB 'focused refinement' EMD-26231 'other EM volume' EMDB 'focused refinement' EMD-26232 'other EM volume' EMDB 'Structure of the yeast TRAPPII-Rab11/Ypt32 complex in the closed/closed state (composite structure)' EMD-26254 'associated EM volume' # _pdbx_contact_author.id 2 _pdbx_contact_author.email jcf14@cornell.edu _pdbx_contact_author.name_first 'J. Christopher' _pdbx_contact_author.name_last Fromme _pdbx_contact_author.name_mi ? _pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0002-8837-0473 # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Bagde, S.R.' 1 0000-0001-9800-9326 'Fromme, J.C.' 2 0000-0002-8837-0473 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country US _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'Sci Adv' _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 2375-2548 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 8 _citation.language ? _citation.page_first eabn7446 _citation.page_last eabn7446 _citation.title 'Structure of a TRAPPII-Rab11 activation intermediate reveals GTPase substrate selection mechanisms.' _citation.year 2022 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1126/sciadv.abn7446 _citation.pdbx_database_id_PubMed 35559680 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Bagde, S.R.' 1 0000-0001-9800-9326 primary 'Fromme, J.C.' 2 0000-0002-8837-0473 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer nat 'Trafficking protein particle complex II-specific subunit 130' 20613.320 2 ? ? 'N-terminal region' ? 2 polymer nat 'Trafficking protein particle complex II-specific subunit 65' 63434.473 2 ? ? ? ? 3 polymer nat 'TRAPP-associated protein TCA17' 17371.008 2 ? ? ? ? 4 polymer nat 'Trafficking protein particle complex subunit 33' 30786.176 2 ? ? ? ? 5 polymer nat 'Trafficking protein particle complex subunit BET3' 22152.445 4 ? ? ? ? 6 polymer nat 'Trafficking protein particle complex subunit BET5' 18453.875 2 ? ? ? ? 7 polymer nat 'Trafficking protein particle complex subunit 23' 24889.262 2 ? ? ? ? 8 polymer nat 'Trafficking protein particle complex subunit 31' 31755.689 2 ? ? ? ? 9 polymer nat 'Trafficking protein particle complex subunit 20' 19721.154 2 ? ? ? ? 10 polymer man 'GTP-binding protein YPT32/YPT11' 25309.145 2 ? ? ? ? 11 polymer nat 'Trafficking protein particle complex II-specific subunit 130' 128424.250 2 ? ? ? ? 12 polymer nat 'Trafficking protein particle complex II-specific subunit 120' 147823.281 2 ? ? ? ? 13 polymer nat 'Trafficking protein particle complex II-specific subunit 65' 17889.996 2 ? ? 'N-terminal region' ? 14 non-polymer syn 'PALMITIC ACID' 256.424 4 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 2 ;TRAPP II-specific subunit 65,Beta-glucan synthesis-associated protein TRS65,Killer toxin-resistance protein 11,Transport protein particle 65 kDa subunit ; 3 '17 kDa TRAPP complex-associated protein' 4 'TRAPP subunit 33,Transport protein particle 33 kDa subunit' 5 'TRAPP subunit BET3,Transport protein particle 22 kDa subunit' 6 'TRAPP subunit BET5,Transport protein particle 18 kDa subunit' 7 'TRAPP subunit 23,Transport protein particle 23 kDa subunit' 8 'TRAPP subunit 31,Transport protein particle 31 kDa subunit' 9 'TRAPP subunit 20,Transport protein particle 20 kDa subunit' 10 'Rab GTPase YPT32' 11 'TRAPP II-specific subunit 130,Transport protein particle 130 kDa subunit' 12 'TRAPP II-specific subunit 120,Transport protein particle 120 kDa subunit' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) ; ;XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX XX ; M,m ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MECFVPLRCDLDGSNIEQLRQSHLSRKFIIFDEQLNLWLWFQGNSQENKRFVLQNMIILINEAQVTRTSTIDDYFTQVEN NENLWRLKNDCCSKILFKSNVVMNNGYNNQIKFVFEYKSVDANFNNQDSLQDPQAKYTLDKYSSEEILPSFEPVYSWSSA ATKSSKNTNNHLEKNNRATHRVSSKNSEVHEADVSRNPNTFTLKLQYPIFSLLNMRLRNISLKSEHCILSSLDFQTSKAS EQLTKKFIYPQEHNSFLKLNFQEISYKLIDGTSQIELDPICPLKVPLTAFSYDSISATFKLVLLPKSTQPHRVKITLAYE LELHPNLKLPVRTSWETEVTLKRSMPISSTSSQYSSNNNNTNHSASFNGAANNVNSGGLANLRLGGVSSSRFSLGAASTT SLVNSKLSNVKFKFINSNIKVIKGEKFTMRLQIINSSSSPLDLVVYYNNTINPIPSANNVRNSNGINNCGMNNGTIPNSP LTLENQYQLHNKYRKIAEGIILLSNDYKIPVVPPRETYFADLRFIGIMSGYYGTLSGLKVLDLNTNELIEVGNGASVLIQ ; ;MECFVPLRCDLDGSNIEQLRQSHLSRKFIIFDEQLNLWLWFQGNSQENKRFVLQNMIILINEAQVTRTSTIDDYFTQVEN NENLWRLKNDCCSKILFKSNVVMNNGYNNQIKFVFEYKSVDANFNNQDSLQDPQAKYTLDKYSSEEILPSFEPVYSWSSA ATKSSKNTNNHLEKNNRATHRVSSKNSEVHEADVSRNPNTFTLKLQYPIFSLLNMRLRNISLKSEHCILSSLDFQTSKAS EQLTKKFIYPQEHNSFLKLNFQEISYKLIDGTSQIELDPICPLKVPLTAFSYDSISATFKLVLLPKSTQPHRVKITLAYE LELHPNLKLPVRTSWETEVTLKRSMPISSTSSQYSSNNNNTNHSASFNGAANNVNSGGLANLRLGGVSSSRFSLGAASTT SLVNSKLSNVKFKFINSNIKVIKGEKFTMRLQIINSSSSPLDLVVYYNNTINPIPSANNVRNSNGINNCGMNNGTIPNSP LTLENQYQLHNKYRKIAEGIILLSNDYKIPVVPPRETYFADLRFIGIMSGYYGTLSGLKVLDLNTNELIEVGNGASVLIQ ; C,c ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MSLRPCFVSLIDESDKPILIYVPNEAENEMNDVLKYNVLSNISLDYFESALVEWHSLDSKPLLKSIFQLEGVSVFAMLIK QTGLKIVIGFEQKSLSGADDEFEAINQIFETVRKIYIRVKCNPLLVSGDEKSIIKSLERKFDELFISTEVEL ; ;MSLRPCFVSLIDESDKPILIYVPNEAENEMNDVLKYNVLSNISLDYFESALVEWHSLDSKPLLKSIFQLEGVSVFAMLIK QTGLKIVIGFEQKSLSGADDEFEAINQIFETVRKIYIRVKCNPLLVSGDEKSIIKSLERKFDELFISTEVEL ; D,d ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MSSTHSNNVGHPQSSPQGPLTEQQRAQQQYQIFENSLPKVSQSVYQMLLNEMVPLAMGIERQISGDVISSDSNVTSENGN INNMIKRLKIEEHHTVDIIRSHNLIHELYKADEEEKEKVLARLRNIGFQIGLKLSELLIFSNNPNLKFKEMDLLLIMKFI CRDVWKQIFGKQIDNLKTNHRGTFYLLDYDYRPIQSFSLEEDAKNEELKMIEPFLEIPVGIIRGVLSSLGYSSEEVICLA SFIDRPTDRPKTAFPKGVSFHVQVTMPQ ; ;MSSTHSNNVGHPQSSPQGPLTEQQRAQQQYQIFENSLPKVSQSVYQMLLNEMVPLAMGIERQISGDVISSDSNVTSENGN INNMIKRLKIEEHHTVDIIRSHNLIHELYKADEEEKEKVLARLRNIGFQIGLKLSELLIFSNNPNLKFKEMDLLLIMKFI CRDVWKQIFGKQIDNLKTNHRGTFYLLDYDYRPIQSFSLEEDAKNEELKMIEPFLEIPVGIIRGVLSSLGYSSEEVICLA SFIDRPTDRPKTAFPKGVSFHVQVTMPQ ; E,e ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MVSTTQSRSLKAMGEEIWKNKTEKINTELFTLTYGSIVAQLCQDYERDFNKVNDHLYSMGYNIGCRLIEDFLARTALPRC ENLVKTSEVLSKCAFKIFLNITPNITNWSHNKDTFSLILDENPLADFVELPMDAMKSLWYSNILCGVLKGSLEMVQLDCD VWFVSDILRGDSQTEIKVKLNRILKDEIPIGED ; ;MVSTTQSRSLKAMGEEIWKNKTEKINTELFTLTYGSIVAQLCQDYERDFNKVNDHLYSMGYNIGCRLIEDFLARTALPRC ENLVKTSEVLSKCAFKIFLNITPNITNWSHNKDTFSLILDENPLADFVELPMDAMKSLWYSNILCGVLKGSLEMVQLDCD VWFVSDILRGDSQTEIKVKLNRILKDEIPIGED ; F,I,f,i ? 6 'polypeptide(L)' no no ;MGIYSFWIFDRHCNCIFDREWTLASNSASGTINSKQNEEDAKLLYGMIFSLRSITQKLSKGSVKNDIRSISTGKYRVHTY CTASGLWFVLLSDFKQQSYTQVLQYIYSHIYVKYVSNNLLSPYDFAENENEMRGQGTRKITNRNFISVLESFLAPMVNQ ; ;MGIYSFWIFDRHCNCIFDREWTLASNSASGTINSKQNEEDAKLLYGMIFSLRSITQKLSKGSVKNDIRSISTGKYRVHTY CTASGLWFVLLSDFKQQSYTQVLQYIYSHIYVKYVSNNLLSPYDFAENENEMRGQGTRKITNRNFISVLESFLAPMVNQ ; G,g ? 7 'polypeptide(L)' no no ;MAIETILVINKSGGLIYQRNFTNDEQKLNSNEYLILASTLHGVFAIASQLTPKALQLTQQTNIENTIPYIPYVGMSSNRS DTRNGGGNNNKHTNNEKLGSFKGDDFFKEPFTNWNKSGLRQLCTDQFTMFIYQTLTGLKFVAISSSVMPQRQPTIATTDK PDRPKSTSNLAIQIADNFLRKVYCLYSDYVMKDPSYSMEMPIRSNLFDEKVKKMVENLQ ; ;MAIETILVINKSGGLIYQRNFTNDEQKLNSNEYLILASTLHGVFAIASQLTPKALQLTQQTNIENTIPYIPYVGMSSNRS DTRNGGGNNNKHTNNEKLGSFKGDDFFKEPFTNWNKSGLRQLCTDQFTMFIYQTLTGLKFVAISSSVMPQRQPTIATTDK PDRPKSTSNLAIQIADNFLRKVYCLYSDYVMKDPSYSMEMPIRSNLFDEKVKKMVENLQ ; H,h ? 8 'polypeptide(L)' no no ;MSQRIIQPSASDQQFPGKSDGYEYTVGPKQAITSEASTTYIPSRIYSESLLFKRQEASLSAMAFLFQEMISQLHRTCKTA GDFETKLSDYGHNIGIRLLELLNFRASVSPSSLPRASAFLSQNESSSKLSNASNSPGMLANSSTATSASANERLQEKQTE SLSNYITKMRRRDLKILDILQFIHGTLWSYLFNHVSDDLVKSSERDNEYMIVDNFPTLTQFIPGENVSCEYFVCGIIKGF LFNAGFPCGVTAHRMPQGGHSQRTVYLIQFDRQVLDREGLRFG ; ;MSQRIIQPSASDQQFPGKSDGYEYTVGPKQAITSEASTTYIPSRIYSESLLFKRQEASLSAMAFLFQEMISQLHRTCKTA GDFETKLSDYGHNIGIRLLELLNFRASVSPSSLPRASAFLSQNESSSKLSNASNSPGMLANSSTATSASANERLQEKQTE SLSNYITKMRRRDLKILDILQFIHGTLWSYLFNHVSDDLVKSSERDNEYMIVDNFPTLTQFIPGENVSCEYFVCGIIKGF LFNAGFPCGVTAHRMPQGGHSQRTVYLIQFDRQVLDREGLRFG ; J,j ? 9 'polypeptide(L)' no no ;MPQYFAIIGKKDNPVYEIEFTNAENPQGFPQDLKELNPFILHASLDIVEDLQWQINPTSQLNGNGGNGSNGGGGFLRSRA VNNTDNCYLGKVDHFYGLAITAYISYSGMKFVMIHGNSANSSVVIDDNNMRSFYQEVHELYVKTLMNPFYKITDPIRSPA FDSRVRTLARKHLSK ; ;MPQYFAIIGKKDNPVYEIEFTNAENPQGFPQDLKELNPFILHASLDIVEDLQWQINPTSQLNGNGGNGSNGGGGFLRSRA VNNTDNCYLGKVDHFYGLAITAYISYSGMKFVMIHGNSANSSVVIDDNNMRSFYQEVHELYVKTLMNPFYKITDPIRSPA FDSRVRTLARKHLSK ; K,k ? 10 'polypeptide(L)' no no ;MSNEDYGYDYDYLFKIVLIGDSGVGKSNLLSRFTTDEFNIESKSTIGVEFATRTIEVENKKIKAQIWDTAGQERYRAITS AYYRGAVGALIVYDISKSSSYENCNHWLTELRENADDNVAVGLIGNKSDLAHLRAVPTDEAKNFAMENQMLFTETSALNS DNVDKAFRELIVAIFQMVSKHQVDLSGSGTNNMGSNGAPKGPTISLTPAPKEDKKKKSSNHHHHHHH ; ;MSNEDYGYDYDYLFKIVLIGDSGVGKSNLLSRFTTDEFNIESKSTIGVEFATRTIEVENKKIKAQIWDTAGQERYRAITS AYYRGAVGALIVYDISKSSSYENCNHWLTELRENADDNVAVGLIGNKSDLAHLRAVPTDEAKNFAMENQMLFTETSALNS DNVDKAFRELIVAIFQMVSKHQVDLSGSGTNNMGSNGAPKGPTISLTPAPKEDKKKKSSNHHHHHHH ; L,l ? 11 'polypeptide(L)' no no ;MDKEIYCGSVPVSYFDPFDLFESLRPEFQQILPLDNIHWKAFDGTVRTVNRLPIELIPEGRGEADKSNDEQPFIRFLIVN CISIDQYRAKVRPLVRQWLPNLESVSSSTGEKMIYKPIILLYANSEVVDSNLFKSVSLMEKFGKDFPHVQTLEVRSVYRS PKERQEFWNQFSQKIKASVLSIFQKRLTHLQHSLANLQKGNNFEEQLLTREKLYELYVVFNILEDASLELQKIKKEILRR NMNMPDGKLQVPFESSSKSDESLGSIIIEGTLDKFQLHKYFFIRRLRLLKLEDQTLTAFVGAFQLIKNFIESISIEYRKS VRLLEFKHYFITSMLSYFEFENVSNPLLCEIKAELLMLKRDNWVQGVMATSGYRLMDKNYPNSDVKYKFDLLKETFVDET VFQENFLTLTKEILSLFNKCEGKRQRIVDILSIEIGLLYYQGKKYEEAVSLFLSCYEYYTQTNWNSIGLKILQVFIDSLS HCPKLDVLQIDGESVSASAVLTNAFLNILKLCKDNDSKEIWWKKFMDLQMKNNIHLMYPLDGLFEVTLNSKVHLARANVS AIEVNLKSYGFPEDISTKTMRLSLKNMGGDVIVFGASDFLLKKGENKLILECRDIMYGEFSLLSFEIIVEGITFVKEFPE NQDEFIVVPEIYCKESTKVLVKQAHNLNLGEYALELKSVQSDALESLQVEVEVQKNIGNMKNLPVSFSMDEIQARKRYNT PFENVRLEYYLLDQITAFDLIIKTSFTKKNDQGTFGETKKVRIQCYLQLSVSVEDIFKKDIFFFKFLLNSSVREEPVILY SSELSAPDTRNDYNIRGDYIATTPALITFDGNESFINCYEITANNNFDSKDIFNLKVRYNTLKEQLDCFITDAVLIEGDV EWFILFEKWKTFWELEILKKLKYDYDAFKENRIIRLLKTSIDLNKTKSKIRNLCIEKAVLDKILICLNKVSRGIAVCNTD MDEYVRNLVPKQLTVPVQLPGFEQFFHVQFEQMETSHDALHDTIATIGNSLSYTVIVENLSGQWGQDVIDDGGYIFEILS SNEWLIHGQKRCAIKEKRKEFEVHLIPLKKGYLNFPRVEITNINGKSCRVDHSNAFESILIFAA ; ;MDKEIYCGSVPVSYFDPFDLFESLRPEFQQILPLDNIHWKAFDGTVRTVNRLPIELIPEGRGEADKSNDEQPFIRFLIVN CISIDQYRAKVRPLVRQWLPNLESVSSSTGEKMIYKPIILLYANSEVVDSNLFKSVSLMEKFGKDFPHVQTLEVRSVYRS PKERQEFWNQFSQKIKASVLSIFQKRLTHLQHSLANLQKGNNFEEQLLTREKLYELYVVFNILEDASLELQKIKKEILRR NMNMPDGKLQVPFESSSKSDESLGSIIIEGTLDKFQLHKYFFIRRLRLLKLEDQTLTAFVGAFQLIKNFIESISIEYRKS VRLLEFKHYFITSMLSYFEFENVSNPLLCEIKAELLMLKRDNWVQGVMATSGYRLMDKNYPNSDVKYKFDLLKETFVDET VFQENFLTLTKEILSLFNKCEGKRQRIVDILSIEIGLLYYQGKKYEEAVSLFLSCYEYYTQTNWNSIGLKILQVFIDSLS HCPKLDVLQIDGESVSASAVLTNAFLNILKLCKDNDSKEIWWKKFMDLQMKNNIHLMYPLDGLFEVTLNSKVHLARANVS AIEVNLKSYGFPEDISTKTMRLSLKNMGGDVIVFGASDFLLKKGENKLILECRDIMYGEFSLLSFEIIVEGITFVKEFPE NQDEFIVVPEIYCKESTKVLVKQAHNLNLGEYALELKSVQSDALESLQVEVEVQKNIGNMKNLPVSFSMDEIQARKRYNT PFENVRLEYYLLDQITAFDLIIKTSFTKKNDQGTFGETKKVRIQCYLQLSVSVEDIFKKDIFFFKFLLNSSVREEPVILY SSELSAPDTRNDYNIRGDYIATTPALITFDGNESFINCYEITANNNFDSKDIFNLKVRYNTLKEQLDCFITDAVLIEGDV 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AL4 ? 5 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? parallel AA1 2 3 ? parallel AA1 3 4 ? parallel AA1 4 5 ? parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA3 3 4 ? anti-parallel AA3 4 5 ? anti-parallel AA3 5 6 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA4 3 4 ? anti-parallel AA4 4 5 ? anti-parallel AA4 5 6 ? anti-parallel AA4 6 7 ? anti-parallel AA4 7 8 ? parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA7 3 4 ? anti-parallel AA7 4 5 ? anti-parallel AA8 1 2 ? parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AA9 3 4 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB1 3 4 ? anti-parallel AB1 4 5 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB3 1 2 ? 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62.64 -131.30 269 1 GLN l 72 ? ? -92.96 -64.74 270 1 GLU l 73 ? ? -140.79 -14.86 271 1 TYR l 83 ? ? -97.50 33.42 272 1 SER l 96 ? ? -134.41 -38.13 273 1 ALA l 115 ? ? -69.62 -177.37 274 1 ASN l 159 ? ? -95.91 35.09 275 1 GLU b 292 ? ? -79.28 -165.86 276 1 ASP b 293 ? ? 62.50 76.89 277 1 GLN b 294 ? ? 78.47 -162.36 278 1 THR b 295 ? ? 62.43 71.02 279 1 MET b 376 ? ? 56.01 -108.65 280 1 GLU b 421 ? ? 47.49 -147.72 281 1 CYS b 455 ? ? -92.90 54.24 282 1 TYR b 459 ? ? -88.95 49.64 283 1 ASN b 463 ? ? 62.03 61.38 284 1 LYS b 484 ? ? -82.36 -72.39 285 1 LEU b 485 ? ? 36.45 50.94 286 1 ILE b 490 ? ? -95.36 -68.33 287 1 ASP b 491 ? ? -143.04 28.23 288 1 ASP b 514 ? ? -141.08 24.35 289 1 ASN b 515 ? ? 60.02 -95.31 290 1 SER b 550 ? ? 59.73 -145.85 291 1 SER b 656 ? ? -160.17 112.37 292 1 ASP b 682 ? ? 58.25 -138.52 293 1 PRO b 704 ? ? -83.44 43.50 294 1 PHE b 707 ? ? -93.88 48.12 295 1 SER b 708 ? ? -176.29 146.88 296 1 ASP b 733 ? ? -120.35 -67.56 297 1 CYS b 765 ? ? -93.48 53.84 298 1 LYS b 779 ? 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? 60.26 61.57 330 1 ASP a 867 ? ? 60.34 66.67 331 1 ASN a 887 ? ? -140.35 13.57 332 1 CYS a 928 ? ? -77.25 -157.54 333 1 VAL a 929 ? ? -39.38 126.58 334 1 PHE a 957 ? ? -89.26 47.45 335 1 ASN a 958 ? ? -143.12 22.30 336 1 ALA a 972 ? ? -66.79 -179.81 337 1 SER a 976 ? ? -138.34 -41.80 338 1 THR a 994 ? ? -127.58 -165.07 339 1 ILE a 1002 ? ? -131.00 -55.44 340 1 ILE a 1003 ? ? 47.33 74.32 341 1 PHE a 1009 ? ? -107.27 -163.35 342 1 THR a 1093 ? ? -158.12 86.76 343 1 PRO a 1180 ? ? -87.10 42.89 344 1 SER a 1218 ? ? 65.74 -65.58 345 1 GLN a 1273 ? ? 50.02 -116.44 346 1 UNK N 7 ? ? 64.33 -64.81 347 1 UNK N 42 ? ? 69.13 145.60 348 1 UNK n 7 ? ? 63.57 -65.55 349 1 UNK n 42 ? ? 69.16 145.39 350 1 UNK n 101 ? ? -98.38 35.00 # _space_group_symop.id 1 _space_group_symop.operation_xyz x,y,z # _em_3d_fitting.entry_id 7U05 _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.details 'Model was rebuilt in coot and refined using phenix.real_space_refine.' _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_protocol OTHER _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.method ? # loop_ _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id _em_3d_fitting_list.id _em_3d_fitting_list.details _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id _em_3d_fitting_list.chain_id _em_3d_fitting_list.chain_residue_range _em_3d_fitting_list.source_name _em_3d_fitting_list.type _em_3d_fitting_list.accession_code 1 1 ? ? ? 3CUE 1 ? ? PDB 'experimental model' 3CUE 1 2 ? ? ? 3RWO 2 ? ? PDB 'experimental model' 3RWO 1 3 ? ? ? 3PR6 3 ? ? PDB 'experimental model' 3PR6 # _em_3d_reconstruction.entry_id 7U05 _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.details ;The composite map was generated by combining the consensus dimer map (EMD-26221) with focused refinement maps deposited in the entries EMD-26223, EMD-26224. EMD-26225, EMD-26226, EMD-26227, EMD-26228, EMD-26229, EMD-26230, EMD-26231 and EMD-26232 using Combine Focused Maps in Phenix. ; _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.num_particles 369488 _em_3d_reconstruction.resolution 3.7 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 8 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.details ? _em_entity_assembly.name 'TRAPPII complex bound to Rab11/Ypt32' _em_entity_assembly.source 'MULTIPLE SOURCES' _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.entity_id_list '1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13' _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_image_scans.entry_id 7U05 _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.dimension_height 4092 _em_image_scans.dimension_width 5760 _em_image_scans.frames_per_image ? _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.sampling_size ? _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.used_frames_per_image ? _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.number_digital_images ? _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.details ? # _em_imaging.id 1 _em_imaging.entry_id 7U05 _em_imaging.accelerating_voltage 200 _em_imaging.alignment_procedure 'COMA FREE' _em_imaging.c2_aperture_diameter 50.0 _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.cryogen NITROGEN _em_imaging.details ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.microscope_model 'FEI TALOS ARCTICA' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_max 2500 _em_imaging.nominal_defocus_min 800 _em_imaging.nominal_magnification 63000 _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.specimen_holder_model 'FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER' _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.date ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.specimen_holder_type ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details ? _em_sample_support.grid_material GOLD _em_sample_support.grid_mesh_size 300 _em_sample_support.grid_type 'UltrAuFoil R1.2/1.3' _em_sample_support.method ? _em_sample_support.film_material ? # _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.chamber_temperature 277 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.details 'The sample was incubated on the grid for 10 seconds followed by blotting for 5 seconds before plunging in liquid ethane.' _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.entry_id 7U05 _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 7U05 _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 7U05 _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C2 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 M UNK 1 ? A UNK 1 2 1 Y 1 M UNK 2 ? A UNK 2 3 1 Y 1 M UNK 3 ? A UNK 3 4 1 Y 1 M UNK 4 ? A UNK 4 5 1 Y 1 M UNK 5 ? A UNK 5 6 1 Y 1 M UNK 32 ? A UNK 32 7 1 Y 1 M UNK 128 ? A UNK 128 8 1 Y 1 M UNK 129 ? A UNK 129 9 1 Y 1 M UNK 130 ? A UNK 130 10 1 Y 1 M UNK 131 ? A UNK 131 11 1 Y 1 M UNK 132 ? A UNK 132 12 1 Y 1 M UNK 133 ? A UNK 133 13 1 Y 1 M UNK 134 ? A UNK 134 14 1 Y 1 M UNK 135 ? A UNK 135 15 1 Y 1 M UNK 136 ? A UNK 136 16 1 Y 1 C MET 1 ? B MET 1 17 1 Y 1 C GLU 2 ? B GLU 2 18 1 Y 1 C CYS 3 ? B CYS 3 19 1 Y 1 C PHE 4 ? B PHE 4 20 1 Y 1 C VAL 5 ? B VAL 5 21 1 Y 1 C PRO 6 ? B PRO 6 22 1 Y 1 C LEU 7 ? B LEU 7 23 1 Y 1 C ARG 8 ? B ARG 8 24 1 Y 1 C CYS 9 ? B CYS 9 25 1 Y 1 C ASP 10 ? B ASP 10 26 1 Y 1 C LEU 11 ? B LEU 11 27 1 Y 1 C ASP 12 ? B ASP 12 28 1 Y 1 C GLY 13 ? B GLY 13 29 1 Y 1 C SER 14 ? B SER 14 30 1 Y 1 C ASN 15 ? B ASN 15 31 1 Y 1 C ILE 16 ? B ILE 16 32 1 Y 1 C GLU 17 ? B GLU 17 33 1 Y 1 C GLN 18 ? B GLN 18 34 1 Y 1 C LEU 19 ? B LEU 19 35 1 Y 1 C ARG 20 ? B ARG 20 36 1 Y 1 C GLN 21 ? 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