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EMDB EMD-26331 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2022-03-16 2 'Structure model' 1 1 2022-04-20 3 'Structure model' 1 2 2022-05-04 4 'Structure model' 1 3 2024-02-21 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Database references' 2 3 'Structure model' 'Database references' 3 4 'Structure model' 'Data collection' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 2 'Structure model' citation 2 3 'Structure model' citation 3 3 'Structure model' citation_author 4 4 'Structure model' chem_comp_atom 5 4 'Structure model' chem_comp_bond # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 2 'Structure model' '_citation.country' 2 2 'Structure model' '_citation.journal_abbrev' 3 2 'Structure model' '_citation.journal_id_CSD' 4 2 'Structure model' '_citation.journal_id_ISSN' 5 2 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_DOI' 6 2 'Structure model' '_citation.year' 7 3 'Structure model' '_citation.journal_volume' 8 3 'Structure model' '_citation.page_first' 9 3 'Structure model' '_citation.page_last' 10 3 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_PubMed' 11 3 'Structure model' '_citation.title' 12 3 'Structure model' '_citation_author.name' # _database_PDB_caveat.id 1 _database_PDB_caveat.text ? # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 7U47 _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2022-02-28 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type EMDB . EMD-26330 'other EM volume' PDB . 7U46 unspecified EMDB 'cryoEM structure of CENP-N promoted nucleosome stacks with CENP-A and palindromic alpha satellite DNA sequence' EMD-26331 'associated EM volume' # _pdbx_contact_author.id 3 _pdbx_contact_author.email karolin.luger@colorado.edu _pdbx_contact_author.name_first Karolin _pdbx_contact_author.name_last Luger _pdbx_contact_author.name_mi ? _pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0001-5136-5331 # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Zhou, K.' 1 ? 'Luger, K.' 2 ? # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country US _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Nat.Struct.Mol.Biol. _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 1545-9985 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 29 _citation.language ? _citation.page_first 403 _citation.page_last 413 _citation.title 'CENP-N promotes the compaction of centromeric chromatin.' _citation.year 2022 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s41594-022-00758-y _citation.pdbx_database_id_PubMed 35422519 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Zhou, K.' 1 ? primary 'Gebala, M.' 2 ? primary 'Woods, D.' 3 ? primary 'Sundararajan, K.' 4 ? primary 'Edwards, G.' 5 ? primary 'Krzizike, D.' 6 ? primary 'Wereszczynski, J.' 7 ? primary 'Straight, A.F.' 8 ? primary 'Luger, K.' 9 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Histone H3-like centromeric protein A' 16023.630 4 ? ? ? ? 2 polymer man 'Histone H4' 11394.426 4 ? ? ? ? 3 polymer man 'Histone H2A' 14135.523 4 ? ? ? ? 4 polymer man 'Histone H2B type 1-C/E/F/G/I' 13937.213 4 ? ? ? ? 5 polymer syn 'DNA (147-MER)' 45368.051 2 ? ? ? ? 6 polymer syn 'DNA (147-MER)' 45359.035 2 ? ? ? ? 7 polymer man 'Centromere protein N' 34870.695 2 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 'Centromere autoantigen A,Centromere protein A,CENP-A' 3 'Histone H2A/l' 4 'Histone H2B.1 A,Histone 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;MSGRGKQGGKARAKAKSRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRII PRHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; ;MSGRGKQGGKARAKAKSRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRII PRHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; C,G,N,R ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSVYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASR LAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSSK ; ;MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSVYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASR LAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSSK ; D,H,O,S ? 5 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DC)(DA)(DC)(DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT) (DA)(DC)(DT)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DG)(DG) (DA)(DA)(DA)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DT)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DG)(DC) (DA)(DT)(DG)(DT)(DT)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DC) (DT)(DG)(DA)(DA)(DC)(DA)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG)(DA)(DT)(DG)(DG)(DA) (DG)(DC)(DA)(DG)(DT)(DT)(DT)(DC)(DC)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DC)(DT)(DT)(DT) (DT)(DG)(DG)(DT)(DA)(DG)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DG)(DT)(DG)(DG)(DA) (DT)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCAATATCCACCTGCAGATACTACCAAAAGTGTATTTGGAAACTGCTCCATCAAAAGGCATGTTCAGCTGGAATCCAGC TGAACATGCCTTTTGATGGAGCAGTTTCCAAATACACTTTTGGTAGTATCTGCAGGTGGATATTGAT ; I,T ? 6 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DC)(DA)(DC)(DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT) (DA)(DC)(DT)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DG)(DG) (DA)(DA)(DA)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DT)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DG)(DC) (DA)(DT)(DG)(DT)(DT)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DC) (DT)(DG)(DA)(DA)(DC)(DA)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG)(DA)(DT)(DG)(DG)(DA) (DG)(DC)(DA)(DG)(DT)(DT)(DT)(DC)(DC)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DC)(DT)(DT)(DT) (DT)(DG)(DG)(DT)(DA)(DG)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DG)(DT)(DG)(DG)(DA) (DT)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCAATATCCACCTGCAGATACTACCAAAAGTGTATTTGGAAACTGCTCCATCAAAAGGCATGTTCAGCTGGATTCCAGC TGAACATGCCTTTTGATGGAGCAGTTTCCAAATACACTTTTGGTAGTATCTGCAGGTGGATATTGAT ; J,U ? 7 'polypeptide(L)' no no ;MDETVAEFIKRTILKIPMNELTTILKAWDFLSENQLQTVNFRQRKESVVQHLIHLCEEKRASISDAALLDIIYMQFHQHQ KVWDVFQMSKGPGEDVDLFDMKQFKNSFKKILQRALKNVTVSFRETEENAVWIRIAWGTQYTKPNQYKPTYVVYYSQTPY AFTSSSMLRRNTPLLGQALTIASKHHQIVKMDLRSRYLDSLKAIVFKQYNQTFETHNSTTPLQERSLGLDINMDSRIIHE NIVEKERVQRITQETFGDYPQPQLEFAQYKLETKFKSGLNGSILAEREEHHHHHH ; ;MDETVAEFIKRTILKIPMNELTTILKAWDFLSENQLQTVNFRQRKESVVQHLIHLCEEKRASISDAALLDIIYMQFHQHQ KVWDVFQMSKGPGEDVDLFDMKQFKNSFKKILQRALKNVTVSFRETEENAVWIRIAWGTQYTKPNQYKPTYVVYYSQTPY AFTSSSMLRRNTPLLGQALTIASKHHQIVKMDLRSRYLDSLKAIVFKQYNQTFETHNSTTPLQERSLGLDINMDSRIIHE NIVEKERVQRITQETFGDYPQPQLEFAQYKLETKFKSGLNGSILAEREEHHHHHH ; K,V ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 GLY n 1 3 PRO n 1 4 ARG n 1 5 ARG n 1 6 ARG n 1 7 SER n 1 8 ARG n 1 9 LYS n 1 10 PRO n 1 11 GLU n 1 12 ALA n 1 13 PRO n 1 14 ARG n 1 15 ARG n 1 16 ARG n 1 17 SER n 1 18 PRO n 1 19 SER n 1 20 PRO n 1 21 THR n 1 22 PRO n 1 23 THR n 1 24 PRO n 1 25 GLY n 1 26 PRO n 1 27 SER n 1 28 ARG n 1 29 ARG n 1 30 GLY n 1 31 PRO n 1 32 SER n 1 33 LEU n 1 34 GLY n 1 35 ALA n 1 36 SER n 1 37 SER n 1 38 HIS n 1 39 GLN n 1 40 HIS n 1 41 SER n 1 42 ARG n 1 43 ARG n 1 44 ARG n 1 45 GLN n 1 46 GLY n 1 47 TRP n 1 48 LEU n 1 49 LYS n 1 50 GLU n 1 51 ILE n 1 52 ARG n 1 53 LYS n 1 54 LEU n 1 55 GLN n 1 56 LYS n 1 57 SER n 1 58 THR n 1 59 HIS n 1 60 LEU n 1 61 LEU n 1 62 ILE n 1 63 ARG n 1 64 LYS n 1 65 LEU n 1 66 PRO n 1 67 PHE n 1 68 SER n 1 69 ARG n 1 70 LEU n 1 71 ALA n 1 72 ARG n 1 73 GLU n 1 74 ILE n 1 75 CYS n 1 76 VAL n 1 77 LYS n 1 78 PHE n 1 79 THR n 1 80 ARG n 1 81 GLY n 1 82 VAL n 1 83 ASP n 1 84 PHE n 1 85 ASN n 1 86 TRP n 1 87 GLN n 1 88 ALA n 1 89 GLN n 1 90 ALA n 1 91 LEU n 1 92 LEU n 1 93 ALA n 1 94 LEU n 1 95 GLN n 1 96 GLU n 1 97 ALA n 1 98 ALA n 1 99 GLU n 1 100 ALA n 1 101 PHE n 1 102 LEU n 1 103 VAL n 1 104 HIS n 1 105 LEU n 1 106 PHE n 1 107 GLU n 1 108 ASP n 1 109 ALA n 1 110 TYR n 1 111 LEU n 1 112 LEU n 1 113 THR n 1 114 LEU n 1 115 HIS n 1 116 ALA n 1 117 GLY n 1 118 ARG n 1 119 VAL n 1 120 THR n 1 121 LEU n 1 122 PHE n 1 123 PRO n 1 124 LYS n 1 125 ASP n 1 126 VAL n 1 127 GLN n 1 128 LEU n 1 129 ALA n 1 130 ARG n 1 131 ARG n 1 132 ILE n 1 133 ARG n 1 134 GLY n 1 135 LEU n 1 136 GLU n 1 137 GLU n 1 138 GLY n 1 139 LEU n 1 140 GLY n 2 1 MET n 2 2 SER n 2 3 GLY n 2 4 ARG n 2 5 GLY n 2 6 LYS n 2 7 GLY n 2 8 GLY n 2 9 LYS n 2 10 GLY n 2 11 LEU n 2 12 GLY n 2 13 LYS n 2 14 GLY n 2 15 GLY n 2 16 ALA n 2 17 LYS n 2 18 ARG n 2 19 HIS n 2 20 ARG n 2 21 LYS n 2 22 VAL n 2 23 LEU n 2 24 ARG n 2 25 ASP n 2 26 ASN n 2 27 ILE n 2 28 GLN n 2 29 GLY n 2 30 ILE n 2 31 THR n 2 32 LYS n 2 33 PRO n 2 34 ALA n 2 35 ILE n 2 36 ARG n 2 37 ARG n 2 38 LEU n 2 39 ALA n 2 40 ARG n 2 41 ARG n 2 42 GLY n 2 43 GLY n 2 44 VAL n 2 45 LYS n 2 46 ARG n 2 47 ILE n 2 48 SER n 2 49 GLY n 2 50 LEU n 2 51 ILE n 2 52 TYR n 2 53 GLU n 2 54 GLU n 2 55 THR n 2 56 ARG n 2 57 GLY n 2 58 VAL n 2 59 LEU n 2 60 LYS n 2 61 VAL n 2 62 PHE n 2 63 LEU n 2 64 GLU n 2 65 ASN n 2 66 VAL n 2 67 ILE n 2 68 ARG n 2 69 ASP n 2 70 ALA n 2 71 VAL n 2 72 THR n 2 73 TYR n 2 74 THR n 2 75 GLU n 2 76 HIS n 2 77 ALA n 2 78 LYS n 2 79 ARG n 2 80 LYS n 2 81 THR n 2 82 VAL n 2 83 THR n 2 84 ALA n 2 85 MET n 2 86 ASP n 2 87 VAL n 2 88 VAL n 2 89 TYR n 2 90 ALA n 2 91 LEU n 2 92 LYS n 2 93 ARG n 2 94 GLN n 2 95 GLY n 2 96 ARG n 2 97 THR n 2 98 LEU n 2 99 TYR n 2 100 GLY n 2 101 PHE n 2 102 GLY n 2 103 GLY n 3 1 MET n 3 2 SER n 3 3 GLY n 3 4 ARG n 3 5 GLY n 3 6 LYS n 3 7 GLN n 3 8 GLY n 3 9 GLY n 3 10 LYS n 3 11 ALA n 3 12 ARG n 3 13 ALA n 3 14 LYS n 3 15 ALA n 3 16 LYS n 3 17 SER n 3 18 ARG n 3 19 SER n 3 20 SER n 3 21 ARG n 3 22 ALA n 3 23 GLY n 3 24 LEU n 3 25 GLN n 3 26 PHE n 3 27 PRO n 3 28 VAL n 3 29 GLY n 3 30 ARG n 3 31 VAL n 3 32 HIS n 3 33 ARG n 3 34 LEU n 3 35 LEU n 3 36 ARG n 3 37 LYS n 3 38 GLY n 3 39 ASN n 3 40 TYR n 3 41 ALA n 3 42 GLU n 3 43 ARG n 3 44 VAL n 3 45 GLY n 3 46 ALA n 3 47 GLY n 3 48 ALA n 3 49 PRO n 3 50 VAL n 3 51 TYR n 3 52 LEU n 3 53 ALA n 3 54 ALA n 3 55 VAL n 3 56 LEU n 3 57 GLU n 3 58 TYR n 3 59 LEU n 3 60 THR n 3 61 ALA n 3 62 GLU n 3 63 ILE n 3 64 LEU n 3 65 GLU n 3 66 LEU n 3 67 ALA n 3 68 GLY n 3 69 ASN n 3 70 ALA n 3 71 ALA n 3 72 ARG n 3 73 ASP n 3 74 ASN n 3 75 LYS n 3 76 LYS n 3 77 THR n 3 78 ARG n 3 79 ILE n 3 80 ILE n 3 81 PRO n 3 82 ARG n 3 83 HIS n 3 84 LEU n 3 85 GLN n 3 86 LEU n 3 87 ALA n 3 88 ILE n 3 89 ARG n 3 90 ASN n 3 91 ASP n 3 92 GLU n 3 93 GLU n 3 94 LEU n 3 95 ASN n 3 96 LYS n 3 97 LEU n 3 98 LEU n 3 99 GLY n 3 100 ARG n 3 101 VAL n 3 102 THR n 3 103 ILE n 3 104 ALA n 3 105 GLN n 3 106 GLY n 3 107 GLY n 3 108 VAL n 3 109 LEU n 3 110 PRO n 3 111 ASN n 3 112 ILE n 3 113 GLN n 3 114 ALA n 3 115 VAL n 3 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U DT 2 OP2 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7U47 _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.B_iso_max ? _refine.B_iso_mean ? _refine.B_iso_min ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.details ? _refine.diff_density_max ? _refine.diff_density_max_esd ? _refine.diff_density_min ? _refine.diff_density_min_esd ? _refine.diff_density_rms ? _refine.diff_density_rms_esd ? _refine.entry_id 7U47 _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.ls_abs_structure_details ? _refine.ls_abs_structure_Flack ? _refine.ls_abs_structure_Flack_esd ? _refine.ls_abs_structure_Rogers ? _refine.ls_abs_structure_Rogers_esd ? _refine.ls_d_res_high 7.50 _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_extinction_coef ? _refine.ls_extinction_coef_esd ? _refine.ls_extinction_expression ? _refine.ls_extinction_method ? _refine.ls_goodness_of_fit_all ? _refine.ls_goodness_of_fit_all_esd ? _refine.ls_goodness_of_fit_obs ? _refine.ls_goodness_of_fit_obs_esd ? _refine.ls_hydrogen_treatment ? _refine.ls_matrix_type ? _refine.ls_number_constraints ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_work ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_Fsqd_factor_obs ? _refine.ls_R_I_factor_obs ? _refine.ls_redundancy_reflns_all ? _refine.ls_redundancy_reflns_obs ? _refine.ls_restrained_S_all ? _refine.ls_restrained_S_obs ? _refine.ls_shift_over_esd_max ? _refine.ls_shift_over_esd_mean ? _refine.ls_structure_factor_coef ? _refine.ls_weighting_details ? _refine.ls_weighting_scheme ? _refine.ls_wR_factor_all ? _refine.ls_wR_factor_obs ? _refine.ls_wR_factor_R_free ? _refine.ls_wR_factor_R_work ? _refine.occupancy_max ? _refine.occupancy_min ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.pdbx_R_complete ? _refine.ls_R_factor_gt ? _refine.ls_goodness_of_fit_gt ? _refine.ls_goodness_of_fit_ref ? _refine.ls_shift_over_su_max ? _refine.ls_shift_over_su_max_lt ? _refine.ls_shift_over_su_mean ? _refine.ls_shift_over_su_mean_lt ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_ls_sigma_Fsqd ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_real_space_R ? _refine.pdbx_density_correlation ? _refine.pdbx_pd_number_of_powder_patterns ? _refine.pdbx_pd_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_meas_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_R_factor ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_wR_factor ? _refine.pdbx_pd_Marquardt_correlation_coeff ? _refine.pdbx_pd_Fsqrd_R_factor ? _refine.pdbx_pd_ls_matrix_band_width ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? _refine.pdbx_average_fsc_overall ? _refine.pdbx_average_fsc_work ? _refine.pdbx_average_fsc_free ? # _struct.entry_id 7U47 _struct.title 'CryoEM structure of CENP-N promoted nucleosome stacks with CENP-A and palindromic alpha satellite DNA sequence' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7U47 _struct_keywords.text 'centromere, kinetochore, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex' _struct_keywords.pdbx_keywords 'DNA BINDING PROTEIN/DNA' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 1 ? F N N 2 ? G N N 3 ? H N N 4 ? I N N 5 ? J N N 6 ? K N N 7 ? L N N 1 ? M N N 2 ? N N N 3 ? O N N 4 ? P N N 1 ? Q N N 2 ? R N N 3 ? S N N 4 ? T N N 5 ? U N N 6 ? V N N 7 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP CENPA_HUMAN P49450 ? 1 ;MGPRRRSRKPEAPRRRSPSPTPTPGPSRRGPSLGASSHQHSRRRQGWLKEIRKLQKSTHLLIRKLPFSRLAREICVKFTR GVDFNWQAQALLALQEAAEAFLVHLFEDAYLLTLHAGRVTLFPKDVQLARRIRGLEEGLG ; 1 2 UNP H4_HUMAN P62805 ? 2 ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; 1 3 UNP H2A1C_HUMAN Q93077 ? 3 ;MSGRGKQGGKARAKAKSRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRII PRHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; 1 4 UNP H2B1C_HUMAN P62807 ? 4 ;MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSVYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASR LAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSSK ; 1 5 PDB 7U47 7U47 ? 5 ? 1 6 PDB 7U47 7U47 ? 6 ? 1 7 UNP CENPN_HUMAN Q96H22 ? 7 ;MDETVAEFIKRTILKIPMNELTTILKAWDFLSENQLQTVNFRQRKESVVQHLIHLCEEKRASISDAALLDIIYMQFHQHQ KVWEVFQMSKGPGEDVDLFDMKQFKNSFKKILQRALKNVTVSFRETEENAVWIRIAWGTQYTKPNQYKPTYVVYYSQTPY AFTSSSMLRRNTPLLGQALTIASKHHQIVKMDLRSRYLDSLKAIVFKQYNQTFETHNSTTPLQERSLGLDINMDSRIIHE NIVEKERVQRITQETFGDYPQPQLEFAQYKLETKFKSGLNGSILAEREE ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7U47 A 1 ? 140 ? 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Q96H22 1 ? 289 ? 1 289 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 11 7U47 ASP K 84 ? UNP Q96H22 GLU 84 variant 84 1 11 7U47 HIS K 290 ? UNP Q96H22 ? ? 'expression tag' 290 2 11 7U47 HIS K 291 ? UNP Q96H22 ? ? 'expression tag' 291 3 11 7U47 HIS K 292 ? UNP Q96H22 ? ? 'expression tag' 292 4 11 7U47 HIS K 293 ? UNP Q96H22 ? ? 'expression tag' 293 5 11 7U47 HIS K 294 ? UNP Q96H22 ? ? 'expression tag' 294 6 11 7U47 HIS K 295 ? UNP Q96H22 ? ? 'expression tag' 295 7 22 7U47 ASP V 84 ? UNP Q96H22 GLU 84 variant 84 8 22 7U47 HIS V 290 ? UNP Q96H22 ? ? 'expression tag' 290 9 22 7U47 HIS V 291 ? UNP Q96H22 ? ? 'expression tag' 291 10 22 7U47 HIS V 292 ? UNP Q96H22 ? ? 'expression tag' 292 11 22 7U47 HIS V 293 ? UNP Q96H22 ? ? 'expression tag' 293 12 22 7U47 HIS V 294 ? UNP Q96H22 ? ? 'expression tag' 294 13 22 7U47 HIS V 295 ? UNP Q96H22 ? ? 'expression tag' 295 14 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 22-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 22 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'assay for oligomerization' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'Analytical Ultracentrifugation' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLY A 46 ? 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