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EMDB EMD-26336 ? ? # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'APE1 bound to a nucleosome core particle with AP-site at SHL-6' _pdbx_database_related.db_id EMD-26336 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 7U50 _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2022-03-01 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Weaver, T.M.' 1 ? 'Freudenthal, B.D.' 2 ? # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'Nat Commun' _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 2041-1723 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 13 _citation.language ? _citation.page_first 5390 _citation.page_last 5390 _citation.title 'Structural basis for APE1 processing DNA damage in the nucleosome.' _citation.year 2022 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s41467-022-33057-7 _citation.pdbx_database_id_PubMed 36104361 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Weaver, T.M.' 1 ? primary 'Hoitsma, N.M.' 2 ? primary 'Spencer, J.J.' 3 ? primary 'Gakhar, L.' 4 0000-0002-3319-1902 primary 'Schnicker, N.J.' 5 0000-0002-5189-4943 primary 'Freudenthal, B.D.' 6 0000-0003-1449-4710 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Histone H3.2' 15257.838 2 ? ? ? ? 2 polymer man 'Histone H4' 11263.231 2 ? ? ? ? 3 polymer man 'Histone H2A type 1' 13990.342 2 ? ? ? ? 4 polymer man 'Histone H2B type 1-C/E/F/G/I' 13806.018 2 ? ? ? ? 5 polymer syn 'DNA (144-MER)' 45005.656 1 ? ? ? ? 6 polymer syn 'DNA (145-MER)' 45610.043 1 ? ? ? ? 7 polymer man 'DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease' 35606.492 1 3.1.-.- ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 'H3-clustered histone 13,H3-clustered histone 14,H3-clustered histone 15,Histone H3/m,Histone H3/o' 3 'H2A.1,Histone H2A/ptl' 4 'Histone H2B.1 A,Histone H2B.a,H2B/a,Histone H2B.g,H2B/g,Histone H2B.h,H2B/h,Histone H2B.k,H2B/k,Histone H2B.l,H2B/l' 7 'APEX nuclease,APEN,Apurinic-apyrimidinic endonuclease 1,AP endonuclease 1,APE-1,REF-1,Redox factor-1' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKT DLRFQSSAVMALQEASEAYLVGLFEDTNLAAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; ;ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKT DLRFQSSAVMALQEASEAYLVGLFEDTNLAAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; A,E ? 2 'polypeptide(L)' no no ;SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKT VTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; ;SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKT VTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; B,F ? 3 'polypeptide(L)' no no ;SGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAIRNDEELNKLLGKVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; ;SGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAIRNDEELNKLLGKVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; C,G ? 4 'polypeptide(L)' no no ;PEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSVYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASRL AHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSSK ; ;PEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSVYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASRL AHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSSK ; D,H ? 5 polydeoxyribonucleotide no yes ;(DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DC) (DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA) (DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(3DR) (DC)(DA)(DT)(DC)(DC)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCC CCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATNCATCCGAT ; I ? 6 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA) (DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA) (DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG) (DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTA CGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTCGAT ; J ? 7 'polypeptide(L)' no no ;MPKRGKKGAVAEDGDELRTEPEAKKSKTAAKKNDKEAAGEGPALYEDPPDQKTSPSGKPATLKICSWNVDGLRAWIKKKG LDWVKEEAPDILCLQETKCSENKLPAELQELPGLSHQYWSAPSDKEGYSGVGLLSRQCPLKVSYGIGDEEHDQEGRVIVA EFDSFVLVTAYVPNAGRGLVRLEYRQRWDEAFRKFLKGLASRKPLVLCGDLNVAHEEIDLRNPKGNKKNAGFTPQERQGF GELLQAVPLADSFRHLYPNTPYAYTFWTYMMNARSKNVGWRLDYFLLSHSLLPALCDSKIRSKALGSDHCPITLYLAL ; ;MPKRGKKGAVAEDGDELRTEPEAKKSKTAAKKNDKEAAGEGPALYEDPPDQKTSPSGKPATLKICSWNVDGLRAWIKKKG LDWVKEEAPDILCLQETKCSENKLPAELQELPGLSHQYWSAPSDKEGYSGVGLLSRQCPLKVSYGIGDEEHDQEGRVIVA EFDSFVLVTAYVPNAGRGLVRLEYRQRWDEAFRKFLKGLASRKPLVLCGDLNVAHEEIDLRNPKGNKKNAGFTPQERQGF GELLQAVPLADSFRHLYPNTPYAYTFWTYMMNARSKNVGWRLDYFLLSHSLLPALCDSKIRSKALGSDHCPITLYLAL ; K ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 ALA n 1 2 ARG n 1 3 THR n 1 4 LYS n 1 5 GLN n 1 6 THR n 1 7 ALA n 1 8 ARG n 1 9 LYS n 1 10 SER n 1 11 THR n 1 12 GLY n 1 13 GLY n 1 14 LYS n 1 15 ALA n 1 16 PRO n 1 17 ARG n 1 18 LYS n 1 19 GLN n 1 20 LEU n 1 21 ALA n 1 22 THR n 1 23 LYS n 1 24 ALA n 1 25 ALA n 1 26 ARG n 1 27 LYS n 1 28 SER n 1 29 ALA n 1 30 PRO n 1 31 ALA n 1 32 THR n 1 33 GLY n 1 34 GLY n 1 35 VAL n 1 36 LYS n 1 37 LYS n 1 38 PRO n 1 39 HIS n 1 40 ARG n 1 41 TYR n 1 42 ARG n 1 43 PRO n 1 44 GLY n 1 45 THR n 1 46 VAL n 1 47 ALA n 1 48 LEU n 1 49 ARG n 1 50 GLU n 1 51 ILE n 1 52 ARG n 1 53 ARG n 1 54 TYR n 1 55 GLN n 1 56 LYS n 1 57 SER n 1 58 THR n 1 59 GLU n 1 60 LEU n 1 61 LEU n 1 62 ILE n 1 63 ARG n 1 64 LYS n 1 65 LEU n 1 66 PRO n 1 67 PHE n 1 68 GLN n 1 69 ARG n 1 70 LEU n 1 71 VAL n 1 72 ARG n 1 73 GLU n 1 74 ILE n 1 75 ALA n 1 76 GLN n 1 77 ASP n 1 78 PHE n 1 79 LYS n 1 80 THR n 1 81 ASP n 1 82 LEU n 1 83 ARG n 1 84 PHE n 1 85 GLN n 1 86 SER n 1 87 SER n 1 88 ALA n 1 89 VAL n 1 90 MET n 1 91 ALA n 1 92 LEU n 1 93 GLN n 1 94 GLU n 1 95 ALA n 1 96 SER n 1 97 GLU n 1 98 ALA n 1 99 TYR n 1 100 LEU n 1 101 VAL n 1 102 GLY n 1 103 LEU n 1 104 PHE n 1 105 GLU n 1 106 ASP n 1 107 THR n 1 108 ASN n 1 109 LEU n 1 110 ALA n 1 111 ALA n 1 112 ILE n 1 113 HIS n 1 114 ALA n 1 115 LYS n 1 116 ARG n 1 117 VAL n 1 118 THR n 1 119 ILE n 1 120 MET n 1 121 PRO n 1 122 LYS n 1 123 ASP n 1 124 ILE n 1 125 GLN n 1 126 LEU n 1 127 ALA n 1 128 ARG n 1 129 ARG n 1 130 ILE n 1 131 ARG n 1 132 GLY n 1 133 GLU n 1 134 ARG n 1 135 ALA n 2 1 SER n 2 2 GLY n 2 3 ARG n 2 4 GLY n 2 5 LYS n 2 6 GLY n 2 7 GLY n 2 8 LYS n 2 9 GLY n 2 10 LEU n 2 11 GLY n 2 12 LYS n 2 13 GLY n 2 14 GLY n 2 15 ALA n 2 16 LYS n 2 17 ARG n 2 18 HIS n 2 19 ARG n 2 20 LYS n 2 21 VAL n 2 22 LEU n 2 23 ARG n 2 24 ASP n 2 25 ASN n 2 26 ILE n 2 27 GLN n 2 28 GLY n 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SER n 3 19 SER n 3 20 ARG n 3 21 ALA n 3 22 GLY n 3 23 LEU n 3 24 GLN n 3 25 PHE n 3 26 PRO n 3 27 VAL n 3 28 GLY n 3 29 ARG n 3 30 VAL n 3 31 HIS n 3 32 ARG n 3 33 LEU n 3 34 LEU n 3 35 ARG n 3 36 LYS n 3 37 GLY n 3 38 ASN n 3 39 TYR n 3 40 ALA n 3 41 GLU n 3 42 ARG n 3 43 VAL n 3 44 GLY n 3 45 ALA n 3 46 GLY n 3 47 ALA n 3 48 PRO n 3 49 VAL n 3 50 TYR n 3 51 LEU n 3 52 ALA n 3 53 ALA n 3 54 VAL n 3 55 LEU n 3 56 GLU n 3 57 TYR n 3 58 LEU n 3 59 THR n 3 60 ALA n 3 61 GLU n 3 62 ILE n 3 63 LEU n 3 64 GLU n 3 65 LEU n 3 66 ALA n 3 67 GLY n 3 68 ASN n 3 69 ALA n 3 70 ALA n 3 71 ARG n 3 72 ASP n 3 73 ASN n 3 74 LYS n 3 75 LYS n 3 76 THR n 3 77 ARG n 3 78 ILE n 3 79 ILE n 3 80 PRO n 3 81 ARG n 3 82 HIS n 3 83 LEU n 3 84 GLN n 3 85 LEU n 3 86 ALA n 3 87 ILE n 3 88 ARG n 3 89 ASN n 3 90 ASP n 3 91 GLU n 3 92 GLU n 3 93 LEU n 3 94 ASN n 3 95 LYS n 3 96 LEU n 3 97 LEU n 3 98 GLY n 3 99 LYS n 3 100 VAL n 3 101 THR n 3 102 ILE n 3 103 ALA n 3 104 GLN n 3 105 GLY n 3 106 GLY n 3 107 VAL n 3 108 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_entity_src_gen.pdbx_host_org_vector _entity_src_gen.host_org_details _entity_src_gen.expression_system_id _entity_src_gen.plasmid_name _entity_src_gen.plasmid_details _entity_src_gen.pdbx_description 1 1 sample 'Biological sequence' 1 135 human ? 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'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 4 1 sample 'Biological sequence' 1 125 human ? 'H2BC4, H2BFL, HIST1H2BC, H2BC6, H2BFH, HIST1H2BE, H2BC7, H2BFG, HIST1H2BF, H2BC8, H2BFA, HIST1H2BG, H2BC10, H2BFK, HIST1H2BI' ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 7 1 sample 'Biological sequence' 1 318 human ? 'APEX1, APE, APE1, APEX, APX, HAP1, REF1' ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _pdbx_entity_src_syn.entity_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_src_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id _pdbx_entity_src_syn.details 5 1 sample 1 147 'synthetic construct' ? 32630 ? 6 1 sample 1 147 'synthetic construct' ? 32630 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP H32_HUMAN Q71DI3 ? 1 ;ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKT DLRFQSSAVMALQEASEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; 2 2 UNP H4_HUMAN P62805 ? 2 ;SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKT VTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; 2 3 UNP H2A1_HUMAN P0C0S8 ? 3 ;SGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAIRNDEELNKLLGKVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; 2 4 UNP H2B1C_HUMAN P62807 ? 4 ;PEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSVYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASRL AHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSSK ; 2 5 PDB 7U50 7U50 ? 5 ? 1 6 PDB 7U50 7U50 ? 6 ? 1 7 UNP APEX1_HUMAN P27695 ? 7 ;MPKRGKKGAVAEDGDELRTEPEAKKSKTAAKKNDKEAAGEGPALYEDPPDQKTSPSGKPATLKICSWNVDGLRAWIKKKG LDWVKEEAPDILCLQETKCSENKLPAELQELPGLSHQYWSAPSDKEGYSGVGLLSRQCPLKVSYGIGDEEHDQEGRVIVA EFDSFVLVTAYVPNAGRGLVRLEYRQRWDEAFRKFLKGLASRKPLVLCGDLNVAHEEIDLRNPKGNKKNAGFTPQERQGF GELLQAVPLADSFRHLYPNTPYAYTFWTYMMNARSKNVGWRLDYFLLSHSLLPALCDSKIRSKALGSDHCPITLYLAL ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7U50 A 1 ? 135 ? Q71DI3 2 ? 136 ? 1 135 2 2 7U50 B 1 ? 102 ? P62805 2 ? 103 ? 1 102 3 3 7U50 C 1 ? 129 ? P0C0S8 2 ? 130 ? 1 129 4 4 7U50 D 1 ? 125 ? P62807 2 ? 126 ? 1 125 5 1 7U50 E 1 ? 135 ? Q71DI3 2 ? 136 ? 1 135 6 2 7U50 F 1 ? 102 ? P62805 2 ? 103 ? 1 102 7 3 7U50 G 1 ? 129 ? P0C0S8 2 ? 130 ? 1 129 8 4 7U50 H 1 ? 125 ? P62807 2 ? 126 ? 1 125 9 5 7U50 I 1 ? 147 ? 7U50 1 ? 147 ? 1 147 10 6 7U50 J 1 ? 147 ? 7U50 1 ? 147 ? 1 147 11 7 7U50 K 1 ? 318 ? P27695 1 ? 318 ? 1 318 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 7U50 ALA A 110 ? UNP Q71DI3 CYS 111 'engineered mutation' 110 1 5 7U50 ALA E 110 ? UNP Q71DI3 CYS 111 'engineered mutation' 110 2 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight 3DR 'DNA linking' . "1',2'-DIDEOXYRIBOFURANOSE-5'-PHOSPHATE" 'ABASIC DIDEOXYRIBOSE' 'C5 H11 O6 P' 198.111 ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 DA 'DNA linking' y "2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O6 P' 331.222 DC 'DNA linking' y "2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O7 P' 307.197 DG 'DNA linking' y "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 DT 'DNA linking' y "THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N2 O8 P' 322.208 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7U50 _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 7U50 _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.009 ? 14882 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 1.106 ? 21345 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 27.203 ? 6044 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.060 ? 2406 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.007 ? 1713 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 7U50 _struct.title 'APE1 bound to a nucleosome core particle with AP-site at SHL-6' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7U50 _struct_keywords.text 'nucleosome, DNA damage, DNA repair, DNA BINDING PROTEIN, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex' _struct_keywords.pdbx_keywords 'DNA BINDING PROTEIN/DNA' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 1 ? F N N 2 ? G N N 3 ? H N N 4 ? I N N 5 ? J N N 6 ? K N N 7 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ARG A 42 ? SER A 57 ? ARG A 42 SER A 57 1 ? 16 HELX_P HELX_P2 AA2 ARG A 63 ? LYS A 79 ? ARG A 63 LYS A 79 1 ? 17 HELX_P HELX_P3 AA3 GLN A 85 ? ALA A 114 ? GLN A 85 ALA A 114 1 ? 30 HELX_P HELX_P4 AA4 MET A 120 ? ARG A 131 ? MET A 120 ARG A 131 1 ? 12 HELX_P HELX_P5 AA5 ASP B 24 ? ILE B 29 ? ASP B 24 ILE B 29 5 ? 6 HELX_P HELX_P6 AA6 THR B 30 ? GLY B 42 ? THR B 30 GLY B 42 1 ? 13 HELX_P HELX_P7 AA7 LEU B 49 ? ALA B 76 ? LEU B 49 ALA B 76 1 ? 28 HELX_P HELX_P8 AA8 THR B 82 ? GLN B 93 ? THR B 82 GLN B 93 1 ? 12 HELX_P HELX_P9 AA9 THR C 16 ? ALA C 21 ? THR C 16 ALA C 21 1 ? 6 HELX_P HELX_P10 AB1 PRO C 26 ? GLY C 37 ? PRO C 26 GLY C 37 1 ? 12 HELX_P HELX_P11 AB2 GLY C 46 ? ASN C 73 ? GLY C 46 ASN C 73 1 ? 28 HELX_P HELX_P12 AB3 ILE C 79 ? ASP C 90 ? ILE C 79 ASP C 90 1 ? 12 HELX_P HELX_P13 AB4 GLU C 91 ? LEU C 97 ? GLU C 91 LEU C 97 1 ? 7 HELX_P HELX_P14 AB5 TYR D 37 ? HIS D 49 ? TYR D 37 HIS D 49 1 ? 13 HELX_P HELX_P15 AB6 SER D 55 ? ASN D 84 ? SER D 55 ASN D 84 1 ? 30 HELX_P HELX_P16 AB7 THR D 90 ? LEU D 102 ? THR D 90 LEU D 102 1 ? 13 HELX_P HELX_P17 AB8 GLY D 104 ? SER D 123 ? GLY D 104 SER D 123 1 ? 20 HELX_P HELX_P18 AB9 GLY E 44 ? SER E 57 ? GLY E 44 SER E 57 1 ? 14 HELX_P HELX_P19 AC1 ARG E 63 ? GLN E 76 ? ARG E 63 GLN E 76 1 ? 14 HELX_P HELX_P20 AC2 GLN E 85 ? ALA E 114 ? GLN E 85 ALA E 114 1 ? 30 HELX_P HELX_P21 AC3 MET E 120 ? GLY E 132 ? MET E 120 GLY E 132 1 ? 13 HELX_P HELX_P22 AC4 ASN F 25 ? ILE F 29 ? ASN F 25 ILE F 29 5 ? 5 HELX_P HELX_P23 AC5 THR F 30 ? GLY F 42 ? THR F 30 GLY F 42 1 ? 13 HELX_P HELX_P24 AC6 LEU F 49 ? ALA F 76 ? LEU F 49 ALA F 76 1 ? 28 HELX_P HELX_P25 AC7 THR F 82 ? GLN F 93 ? THR F 82 GLN F 93 1 ? 12 HELX_P HELX_P26 AC8 THR G 16 ? ALA G 21 ? THR G 16 ALA G 21 1 ? 6 HELX_P HELX_P27 AC9 VAL G 27 ? GLY G 37 ? VAL G 27 GLY G 37 1 ? 11 HELX_P HELX_P28 AD1 ALA G 45 ? ASP G 72 ? ALA G 45 ASP G 72 1 ? 28 HELX_P HELX_P29 AD2 ILE G 79 ? ASP G 90 ? ILE G 79 ASP G 90 1 ? 12 HELX_P HELX_P30 AD3 GLU G 92 ? LEU G 97 ? GLU G 92 LEU G 97 1 ? 6 HELX_P HELX_P31 AD4 GLN G 112 ? LEU G 116 ? GLN G 112 LEU G 116 5 ? 5 HELX_P HELX_P32 AD5 TYR H 37 ? HIS H 49 ? TYR H 37 HIS H 49 1 ? 13 HELX_P HELX_P33 AD6 SER H 55 ? ASN H 84 ? SER H 55 ASN H 84 1 ? 30 HELX_P HELX_P34 AD7 THR H 90 ? LEU H 102 ? THR H 90 LEU H 102 1 ? 13 HELX_P HELX_P35 AD8 PRO H 103 ? SER H 124 ? PRO H 103 SER H 124 1 ? 22 HELX_P HELX_P36 AD9 GLY K 71 ? LYS K 78 ? GLY K 71 LYS K 78 1 ? 8 HELX_P HELX_P37 AE1 LYS K 79 ? ALA K 88 ? LYS K 79 ALA K 88 1 ? 10 HELX_P HELX_P38 AE2 SER K 100 ? PRO K 105 ? SER K 100 PRO K 105 5 ? 6 HELX_P HELX_P39 AE3 ALA K 106 ? LEU K 111 ? ALA K 106 LEU K 111 1 ? 6 HELX_P HELX_P40 AE4 GLY K 176 ? VAL K 180 ? GLY K 176 VAL K 180 5 ? 5 HELX_P HELX_P41 AE5 ARG K 181 ? SER K 201 ? ARG K 181 SER K 201 1 ? 21 HELX_P HELX_P42 AE6 GLU K 216 ? LEU K 220 ? GLU K 216 LEU K 220 5 ? 5 HELX_P HELX_P43 AE7 THR K 233 ? VAL K 247 ? THR K 233 VAL K 247 1 ? 15 HELX_P HELX_P44 AE8 SER K 252 ? TYR K 257 ? SER K 252 TYR K 257 1 ? 6 HELX_P HELX_P45 AE9 TYR K 269 ? ALA K 273 ? TYR K 269 ALA K 273 5 ? 5 HELX_P HELX_P46 AF1 HIS K 289 ? PRO K 293 ? HIS K 289 PRO K 293 5 ? 5 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role covale1 covale both ? 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J 2 ? 20 1 # loop_ _ndb_struct_na_base_pair_step.model_number _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.shift _ndb_struct_na_base_pair_step.slide _ndb_struct_na_base_pair_step.rise _ndb_struct_na_base_pair_step.tilt _ndb_struct_na_base_pair_step.roll _ndb_struct_na_base_pair_step.twist _ndb_struct_na_base_pair_step.x_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.y_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_rise _ndb_struct_na_base_pair_step.inclination _ndb_struct_na_base_pair_step.tip _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_twist _ndb_struct_na_base_pair_step.step_number _ndb_struct_na_base_pair_step.step_name _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_2 1 I DC 3 1_555 J DG 145 1_555 I DG 4 1_555 J DC 144 1_555 -0.327 1.266 4.174 -0.460 -1.098 36.755 2.196 0.438 4.139 -1.741 0.730 36.773 1 II_DC3DG4:DC144DG145_JJ I 3 ? 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