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'Escherichia coli BL21(DE3)' 469008 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? plasmid ? ? ? pDest-566 ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP DGTP_ECOLI P15723 ? 1 ;MAQIDFRKKINWHRRYRSPQGVKTEHEILRIFESDRGRIINSPAIRRLQQKTQVFPLERNAAVRTRLTHSMEVQQVGRYI AKEILSRLKELKLLEAYGLDELTGPFESIVEMSCLMHDIGNPPFGHFGEAAINDWFRQRLHPEDAESQPLTDDRCSVAAL RLRDGEEPLNELRRKIRQDLCHFEGNAQGIRLVHTLMRMNLTWAQVGGILKYTRPAWWRGETPETHHYLMKKPGYYLSEE AYIARLRKELNLALYSRFPLTWIMEAADDISYCVADLEDAVEKRIFTVEQLYHHLHEAWGQHEKGSLFSLVVENAWEKSR SNSLSRSTEDQFFMYLRVNTLNKLVPYAAQRFIDNLPAIFAGTFNHALLEDASECSDLLKLYKNVAVKHVFSHPDVERLE LQGYRVISGLLEIYRPLLSLSLSDFTELVEKERVKRFPIESRLFHKLSTRHRLAYVEAVSKLPSDSPEFPLWEYYYRCRL LQDYISGMTDLYAWDEYRRLMAVEQ ; 1 2 UNP GP12_BPT7 P03780 ? 2 ;MGRLYSGNLAAFKAATNKLFQLDLAVIYDDWYDAYTRKDCIRLRIEDRSGNLIDTSTFYHHDEDVLFNMCTDWLNHMYDQ LKDWK ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7U65 A 1 ? 505 ? 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G GLY 305 137 1 Y 1 F SER 306 ? G SER 306 138 1 Y 1 F LEU 307 ? G LEU 307 139 1 Y 1 F SER 321 ? G SER 321 140 1 Y 1 F ASN 322 ? G ASN 322 141 1 Y 1 F SER 323 ? G SER 323 142 1 Y 1 F LEU 324 ? G LEU 324 143 1 Y 1 F SER 325 ? G SER 325 144 1 Y 1 F ARG 326 ? G ARG 326 145 1 Y 1 F SER 327 ? G SER 327 146 1 Y 1 F THR 328 ? G THR 328 147 1 Y 1 F GLU 329 ? G GLU 329 148 1 Y 1 F ASP 371 ? G ASP 371 149 1 Y 1 F GLU 432 ? G GLU 432 150 1 Y 1 F ARG 433 ? G ARG 433 151 1 Y 1 H GLY -3 ? H GLY 1 152 1 Y 1 H SER -2 ? H SER 2 153 1 Y 1 H PHE -1 ? H PHE 3 154 1 Y 1 H THR 0 ? H THR 4 155 1 Y 1 H MET 1 ? H MET 5 156 1 Y 1 H GLY 2 ? H GLY 6 157 1 Y 1 I GLY -3 ? I GLY 1 158 1 Y 1 I SER -2 ? I SER 2 159 1 Y 1 I PHE -1 ? I PHE 3 160 1 Y 1 I THR 0 ? I THR 4 161 1 Y 1 I MET 1 ? I MET 5 162 1 Y 1 I GLY 2 ? I GLY 6 163 1 Y 1 J GLY -3 ? J GLY 1 164 1 Y 1 J SER -2 ? J SER 2 165 1 Y 1 J PHE -1 ? J PHE 3 166 1 Y 1 J THR 0 ? J THR 4 167 1 Y 1 J MET 1 ? J MET 5 168 1 Y 1 J GLY 2 ? J GLY 6 169 1 Y 1 K GLY -3 ? 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L GLY 6 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.name 1 1 25 mM 'tris(hydroxymethyl)aminomethane' Tris 1 2 75 mM Na3C6H5O7 'Sodium citrate' 1 3 10 mM MgCl2 'Magnesium chloride' 1 4 1 mM 2-mercaptoethanol beta-mercaptoethanol # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details ? # loop_ _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id _em_entity_assembly_molwt.id _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag _em_entity_assembly_molwt.units _em_entity_assembly_molwt.value 1 1 NO ? ? 1 2 NO ? ? 1 3 NO ? ? # loop_ _em_entity_assembly_naturalsource.id _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id _em_entity_assembly_naturalsource.cell _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_naturalsource.organ _em_entity_assembly_naturalsource.organelle _em_entity_assembly_naturalsource.organism _em_entity_assembly_naturalsource.strain _em_entity_assembly_naturalsource.tissue 2 1 ? ? 511145 ? ? 'Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655' ? ? 2 2 ? ? 511145 ? ? 'Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655' ? ? 3 3 ? ? 10760 ? ? 'Escherichia phage T7' ? ? # loop_ _em_entity_assembly_recombinant.id _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id _em_entity_assembly_recombinant.cell _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_recombinant.organism _em_entity_assembly_recombinant.plasmid _em_entity_assembly_recombinant.strain 2 1 ? 469008 'Escherichia coli BL21(DE3)' Multiple ? 2 2 ? 469008 'Escherichia coli BL21(DE3)' pET30-Ek ? 3 3 ? 469008 'Escherichia coli BL21(DE3)' pDest-566 ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details '1404 micrographs used after manually eliminating micrographs with poor CTF fit.' # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 54 _em_image_recording.average_exposure_time 8.4 _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode COUNTING _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 1 _em_image_recording.num_real_images 1638 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details 'Laplacian-of-Gaussian auto-picking' _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 732832 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? RELION ? 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ? ? ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? CTFFIND 4.1 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? PHENIX ? ? 1 ? 8 OTHER ? ? ? ? ? ? 9 'MODEL REFINEMENT' ? PHENIX ? ? 1 ? 10 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION ? 1 ? ? 11 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION ? 1 ? ? 12 CLASSIFICATION ? RELION ? 1 ? ? 13 RECONSTRUCTION ? RELION ? 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details 'Frozen stocks were thawed and mixed to a final concentration of 1.25:1 Gp1.2 to dGTPase (monomer)' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)' 'United States' 1ZIAES102906 1 'National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)' 'United States' 1ZICES103326 2 'National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)' 'United States' 1ZIAES101905 3 # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ;The observed particles appear to be approximately hexameric and a separate C1 refinement confirmed that six copies of Gp1.2 are bound to the dGTPase hexamer. ; #