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The ssDNA was not modeled due to the low resolution. 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J . n H 1 226 MET 226 223 ? ? ? J . n H 1 227 GLN 227 224 ? ? ? J . n H 1 228 THR 228 225 ? ? ? J . n H 1 229 ALA 229 226 ? ? ? J . n H 1 230 VAL 230 227 ? ? ? J . n H 1 231 THR 231 228 ? ? ? J . n H 1 232 GLU 232 229 ? ? ? J . n H 1 233 ASP 233 230 ? ? ? J . n H 1 234 GLU 234 231 ? ? ? J . n H 1 235 ALA 235 232 ? ? ? J . n H 1 236 GLU 236 233 ? ? ? J . n H 1 237 PRO 237 234 ? ? ? J . n H 1 238 ARG 238 235 ? ? ? J . n H 1 239 GLU 239 236 ? ? ? J . n H 1 240 ARG 240 237 ? ? ? J . n H 1 241 LYS 241 238 ? ? ? J . n H 1 242 ASP 242 239 ? ? ? J . n H 1 243 VAL 243 240 ? ? ? J . n H 1 244 THR 244 241 ? ? ? J . n H 1 245 ASP 245 242 ? ? ? J . n H 1 246 ASP 246 243 ? ? ? J . n H 1 247 GLU 247 244 ? ? ? J . n H 1 248 SER 248 245 ? ? ? J . n H 1 249 ILE 249 246 ? ? ? J . n H 1 250 PRO 250 247 ? ? ? J . n H 1 251 ASP 251 248 ? ? ? J . n H 1 252 ILE 252 249 ? ? ? J . n H 1 253 ILE 253 250 ? ? ? J . n H 1 254 ASP 254 251 ? ? ? J . n H 1 255 ALA 255 252 ? ? ? J . n H 1 256 PRO 256 253 ? ? ? 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J . n # _pdbx_contact_author.id 2 _pdbx_contact_author.email bell.489@osu.edu _pdbx_contact_author.name_first Charles _pdbx_contact_author.name_last Bell _pdbx_contact_author.name_mi E _pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0001-6486-9408 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details octameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 8 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2022-12-07 2 'Structure model' 1 1 2023-01-11 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # _pdbx_audit_revision_group.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal 2 _pdbx_audit_revision_group.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_group.group 'Database references' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 2 'Structure model' citation 2 2 'Structure model' citation_author # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 2 'Structure model' '_citation.country' 2 2 'Structure model' '_citation.journal_abbrev' 3 2 'Structure model' '_citation.journal_id_CSD' 4 2 'Structure model' '_citation.journal_id_ISSN' 5 2 'Structure model' '_citation.journal_volume' 6 2 'Structure model' '_citation.page_first' 7 2 'Structure model' '_citation.page_last' 8 2 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_DOI' 9 2 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_PubMed' 10 2 'Structure model' '_citation.title' 11 2 'Structure model' '_citation.year' # _software.citation_id ? _software.classification refinement _software.compiler_name ? _software.compiler_version ? _software.contact_author ? _software.contact_author_email ? _software.date ? _software.description ? _software.dependencies ? _software.hardware ? _software.language ? _software.location ? _software.mods ? _software.name PHENIX _software.os ? _software.os_version ? _software.type ? _software.version 1.20.1_4487: _software.pdbx_ordinal 1 # _pdbx_entry_details.entry_id 7UBB _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? _pdbx_entry_details.compound_details ;The modeled complex consists of 8 subunits of the RecT protein, which form a helical filament on ssDNA. The ssDNA was not modeled due to the low resolution. Density for four additional subunits, two on either end of the filament, was present, but not clear enough to dock into. ; _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest ? # _em_3d_fitting.entry_id 7UBB _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.details ;Phenix Real Space Refinement was by rigid body refinement of the eight different subunits. Due to the limited resolution, the refinement was limited to rigid body only. ; _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_protocol 'AB INITIO MODEL' _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.method ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 7UBB _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.details 'The final resolution with a tight mask was 4.5 Angstrom' _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.num_particles 180965 _em_3d_reconstruction.resolution 4.5 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.details ;The LiRecT protein was mixed at 37C with one oligonucleotide, and placed on ice for 90 min. Then immediately prior to vitrification, 1 ul of 1.5 mM n-dodecyl-beta-maltoside (Anatrace) was added (0.5 CMC). ; _em_buffer.pH 6.0 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.details ;The protein was purified by Nickel affinity and anion exchange chromatography. The DNA was chemically synthesized and HPLC purified. ; _em_entity_assembly.name 'RecT protein from Listeria innocua phage A118, complexed with and 83-mer ssDNA' _em_entity_assembly.source RECOMBINANT _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.entity_id_list 1 _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_image_scans.entry_id 7UBB _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.dimension_height 4000 _em_image_scans.dimension_width 6000 _em_image_scans.frames_per_image ? _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.sampling_size ? _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.used_frames_per_image ? _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.number_digital_images ? _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.details ? # _em_imaging.id 1 _em_imaging.entry_id 7UBB _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter 50 _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.cryogen ? _em_imaging.details ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.illumination_mode 'SPOT SCAN' _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs ? _em_imaging.nominal_defocus_max 1000 _em_imaging.nominal_defocus_min 3500 _em_imaging.nominal_magnification 81000 _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.specimen_holder_model ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.date ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.specimen_holder_type ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details '60 seconds at 20 mA using a Pelco easiGlow' _em_sample_support.grid_material GOLD _em_sample_support.grid_mesh_size 300 _em_sample_support.grid_type 'Quantifoil R1.2/1.3' _em_sample_support.method ? _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.citation_id ? # _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.chamber_temperature 277 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.details '1.5 second blot time. Ted Pella 595 filter paper.' _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.entry_id 7UBB _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 7UBB _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 7UBB _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C1 # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 ASP C 151 ? ? 34.23 45.23 2 1 ASP D 151 ? ? 34.21 45.28 3 1 ASP E 151 ? ? 34.27 45.24 4 1 ASP F 151 ? ? 34.26 45.27 5 1 ASP G 151 ? ? 34.25 45.25 6 1 ASP H 151 ? ? 34.22 45.25 7 1 ASP I 151 ? ? 34.26 45.24 8 1 ASP J 151 ? ? 34.29 45.27 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_alt_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id 1 1 Y 1 C GLU 145 ? 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G GLU 148 CD 27 1 Y 1 I GLU 145 ? OE1 ? G GLU 148 OE1 28 1 Y 1 I GLU 145 ? OE2 ? G GLU 148 OE2 29 1 Y 1 J GLU 145 ? CG ? H GLU 148 CG 30 1 Y 1 J GLU 145 ? CD ? H GLU 148 CD 31 1 Y 1 J GLU 145 ? OE1 ? H GLU 148 OE1 32 1 Y 1 J GLU 145 ? OE2 ? H GLU 148 OE2 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 C GLY -2 ? A GLY 1 2 1 Y 1 C SER -1 ? A SER 2 3 1 Y 1 C HIS 0 ? A HIS 3 4 1 Y 1 C MET 1 ? A MET 4 5 1 Y 1 C ALA 2 ? A ALA 5 6 1 Y 1 C THR 3 ? A THR 6 7 1 Y 1 C ASN 4 ? A ASN 7 8 1 Y 1 C ASP 5 ? A ASP 8 9 1 Y 1 C GLU 6 ? 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A GLN 110 111 1 Y 1 C LEU 108 ? A LEU 111 112 1 Y 1 C GLY 109 ? A GLY 112 113 1 Y 1 C ASP 222 ? A ASP 225 114 1 Y 1 C MET 223 ? A MET 226 115 1 Y 1 C GLN 224 ? A GLN 227 116 1 Y 1 C THR 225 ? A THR 228 117 1 Y 1 C ALA 226 ? A ALA 229 118 1 Y 1 C VAL 227 ? A VAL 230 119 1 Y 1 C THR 228 ? A THR 231 120 1 Y 1 C GLU 229 ? A GLU 232 121 1 Y 1 C ASP 230 ? A ASP 233 122 1 Y 1 C GLU 231 ? A GLU 234 123 1 Y 1 C ALA 232 ? A ALA 235 124 1 Y 1 C GLU 233 ? A GLU 236 125 1 Y 1 C PRO 234 ? A PRO 237 126 1 Y 1 C ARG 235 ? A ARG 238 127 1 Y 1 C GLU 236 ? A GLU 239 128 1 Y 1 C ARG 237 ? A ARG 240 129 1 Y 1 C LYS 238 ? A LYS 241 130 1 Y 1 C ASP 239 ? A ASP 242 131 1 Y 1 C VAL 240 ? A VAL 243 132 1 Y 1 C THR 241 ? A THR 244 133 1 Y 1 C ASP 242 ? A ASP 245 134 1 Y 1 C ASP 243 ? A ASP 246 135 1 Y 1 C GLU 244 ? A GLU 247 136 1 Y 1 C SER 245 ? A SER 248 137 1 Y 1 C ILE 246 ? A ILE 249 138 1 Y 1 C PRO 247 ? A PRO 250 139 1 Y 1 C ASP 248 ? A ASP 251 140 1 Y 1 C ILE 249 ? A ILE 252 141 1 Y 1 C ILE 250 ? 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G LYS 104 1077 1 Y 1 I GLY 102 ? G GLY 105 1078 1 Y 1 I ARG 103 ? G ARG 106 1079 1 Y 1 I ALA 104 ? G ALA 107 1080 1 Y 1 I GLN 105 ? G GLN 108 1081 1 Y 1 I PHE 106 ? G PHE 109 1082 1 Y 1 I GLN 107 ? G GLN 110 1083 1 Y 1 I LEU 108 ? G LEU 111 1084 1 Y 1 I GLY 109 ? G GLY 112 1085 1 Y 1 I ASP 222 ? G ASP 225 1086 1 Y 1 I MET 223 ? G MET 226 1087 1 Y 1 I GLN 224 ? G GLN 227 1088 1 Y 1 I THR 225 ? G THR 228 1089 1 Y 1 I ALA 226 ? G ALA 229 1090 1 Y 1 I VAL 227 ? G VAL 230 1091 1 Y 1 I THR 228 ? G THR 231 1092 1 Y 1 I GLU 229 ? G GLU 232 1093 1 Y 1 I ASP 230 ? G ASP 233 1094 1 Y 1 I GLU 231 ? G GLU 234 1095 1 Y 1 I ALA 232 ? G ALA 235 1096 1 Y 1 I GLU 233 ? G GLU 236 1097 1 Y 1 I PRO 234 ? G PRO 237 1098 1 Y 1 I ARG 235 ? G ARG 238 1099 1 Y 1 I GLU 236 ? G GLU 239 1100 1 Y 1 I ARG 237 ? G ARG 240 1101 1 Y 1 I LYS 238 ? G LYS 241 1102 1 Y 1 I ASP 239 ? G ASP 242 1103 1 Y 1 I VAL 240 ? G VAL 243 1104 1 Y 1 I THR 241 ? G THR 244 1105 1 Y 1 I ASP 242 ? G ASP 245 1106 1 Y 1 I ASP 243 ? 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H LEU 34 1169 1 Y 1 J LEU 32 ? H LEU 35 1170 1 Y 1 J GLU 33 ? H GLU 36 1171 1 Y 1 J ALA 34 ? H ALA 37 1172 1 Y 1 J PRO 35 ? H PRO 38 1173 1 Y 1 J THR 36 ? H THR 39 1174 1 Y 1 J MET 37 ? H MET 40 1175 1 Y 1 J ARG 38 ? H ARG 41 1176 1 Y 1 J LYS 39 ? H LYS 42 1177 1 Y 1 J LYS 40 ? H LYS 43 1178 1 Y 1 J PHE 41 ? H PHE 44 1179 1 Y 1 J GLU 42 ? H GLU 45 1180 1 Y 1 J LYS 43 ? H LYS 46 1181 1 Y 1 J VAL 44 ? H VAL 47 1182 1 Y 1 J LEU 45 ? H LEU 48 1183 1 Y 1 J ASP 46 ? H ASP 49 1184 1 Y 1 J LYS 47 ? H LYS 50 1185 1 Y 1 J LYS 48 ? H LYS 51 1186 1 Y 1 J ALA 49 ? H ALA 52 1187 1 Y 1 J PRO 50 ? H PRO 53 1188 1 Y 1 J GLN 51 ? H GLN 54 1189 1 Y 1 J PHE 52 ? H PHE 55 1190 1 Y 1 J LEU 53 ? H LEU 56 1191 1 Y 1 J THR 54 ? H THR 57 1192 1 Y 1 J SER 55 ? H SER 58 1193 1 Y 1 J LEU 56 ? H LEU 59 1194 1 Y 1 J LEU 57 ? H LEU 60 1195 1 Y 1 J ASN 58 ? H ASN 61 1196 1 Y 1 J LEU 59 ? H LEU 62 1197 1 Y 1 J TYR 60 ? H TYR 63 1198 1 Y 1 J ASN 61 ? H ASN 64 1199 1 Y 1 J GLY 62 ? H GLY 65 1200 1 Y 1 J ASP 63 ? 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H ALA 98 1233 1 Y 1 J TRP 96 ? H TRP 99 1234 1 Y 1 J ILE 97 ? H ILE 100 1235 1 Y 1 J VAL 98 ? H VAL 101 1236 1 Y 1 J PRO 99 ? H PRO 102 1237 1 Y 1 J TYR 100 ? H TYR 103 1238 1 Y 1 J LYS 101 ? H LYS 104 1239 1 Y 1 J GLY 102 ? H GLY 105 1240 1 Y 1 J ARG 103 ? H ARG 106 1241 1 Y 1 J ALA 104 ? H ALA 107 1242 1 Y 1 J GLN 105 ? H GLN 108 1243 1 Y 1 J PHE 106 ? H PHE 109 1244 1 Y 1 J GLN 107 ? H GLN 110 1245 1 Y 1 J LEU 108 ? H LEU 111 1246 1 Y 1 J GLY 109 ? H GLY 112 1247 1 Y 1 J ASP 222 ? H ASP 225 1248 1 Y 1 J MET 223 ? H MET 226 1249 1 Y 1 J GLN 224 ? H GLN 227 1250 1 Y 1 J THR 225 ? H THR 228 1251 1 Y 1 J ALA 226 ? H ALA 229 1252 1 Y 1 J VAL 227 ? H VAL 230 1253 1 Y 1 J THR 228 ? H THR 231 1254 1 Y 1 J GLU 229 ? H GLU 232 1255 1 Y 1 J ASP 230 ? H ASP 233 1256 1 Y 1 J GLU 231 ? H GLU 234 1257 1 Y 1 J ALA 232 ? H ALA 235 1258 1 Y 1 J GLU 233 ? H GLU 236 1259 1 Y 1 J PRO 234 ? H PRO 237 1260 1 Y 1 J ARG 235 ? H ARG 238 1261 1 Y 1 J GLU 236 ? H GLU 239 1262 1 Y 1 J ARG 237 ? H ARG 240 1263 1 Y 1 J LYS 238 ? H LYS 241 1264 1 Y 1 J ASP 239 ? H ASP 242 1265 1 Y 1 J VAL 240 ? H VAL 243 1266 1 Y 1 J THR 241 ? H THR 244 1267 1 Y 1 J ASP 242 ? H ASP 245 1268 1 Y 1 J ASP 243 ? H ASP 246 1269 1 Y 1 J GLU 244 ? H GLU 247 1270 1 Y 1 J SER 245 ? H SER 248 1271 1 Y 1 J ILE 246 ? H ILE 249 1272 1 Y 1 J PRO 247 ? H PRO 250 1273 1 Y 1 J ASP 248 ? H ASP 251 1274 1 Y 1 J ILE 249 ? H ILE 252 1275 1 Y 1 J ILE 250 ? H ILE 253 1276 1 Y 1 J ASP 251 ? H ASP 254 1277 1 Y 1 J ALA 252 ? H ALA 255 1278 1 Y 1 J PRO 253 ? H PRO 256 1279 1 Y 1 J VAL 254 ? H VAL 257 1280 1 Y 1 J THR 255 ? H THR 258 1281 1 Y 1 J PRO 256 ? H PRO 259 1282 1 Y 1 J SER 257 ? H SER 260 1283 1 Y 1 J ASP 258 ? H ASP 261 1284 1 Y 1 J THR 259 ? H THR 262 1285 1 Y 1 J LEU 260 ? H LEU 263 1286 1 Y 1 J GLU 261 ? H GLU 264 1287 1 Y 1 J ALA 262 ? H ALA 265 1288 1 Y 1 J GLY 263 ? H GLY 266 1289 1 Y 1 J SER 264 ? H SER 267 1290 1 Y 1 J VAL 265 ? H VAL 268 1291 1 Y 1 J VAL 266 ? H VAL 269 1292 1 Y 1 J GLN 267 ? 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H ILE 274 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.name 1 1 20 mM KH2PO4 'Potassium phosphate' 1 2 10 mM MgCl2 'Magnesium chloride' 1 3 0.075 mM ? n-dodecyl-beta-maltoside # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details 'Patch CTD estimation was implemented in cryoSPARC with am amplitude contrast of 0.1' # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.units MEGADALTONS _em_entity_assembly_molwt.value 0.602 # _em_entity_assembly_naturalsource.id 2 _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.cell ? _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location ? _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 272626 _em_entity_assembly_naturalsource.organ ? _em_entity_assembly_naturalsource.organelle ? _em_entity_assembly_naturalsource.organism 'Listeria innocua Clip11262' _em_entity_assembly_naturalsource.strain ? _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? # _em_entity_assembly_recombinant.id 2 _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_recombinant.cell ? _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id 511693 _em_entity_assembly_recombinant.organism 'Escherichia coli BL21' _em_entity_assembly_recombinant.plasmid ? _em_entity_assembly_recombinant.strain ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 65 _em_image_recording.average_exposure_time 2.83 _em_image_recording.details '45 fractions, 22.80 e-/A2/s' _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 1 _em_image_recording.num_real_images 1619 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? # _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_name 'GIF Bioquantum' _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.energyfilter_slit_width 20 _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector 'Cs corrector was used' _em_imaging_optics.details 'Gatan BioContinuum energy filter' # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details ? _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 1000 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? ? ? 1 1 1 2 'IMAGE ACQUISITION' ? EPU ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? cryoSPARC 2.15.0 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? Coot 0.8.7 ? 1 ? 8 OTHER ? ? ? ? ? ? 9 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 10 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 11 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 12 RECONSTRUCTION ? cryoSPARC 2.15.0 1 ? ? 13 'MODEL REFINEMENT' ? PHENIX 1.20.1-4487 ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 0.7 _em_specimen.details 'This sample was monodisperse' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # _pdbx_audit_support.funding_organization 'National Science Foundation (NSF, United States)' _pdbx_audit_support.country 'United States' _pdbx_audit_support.grant_number MCB-1616105 _pdbx_audit_support.ordinal 1 # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'mass spectrometry' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ;Native Mass Spectrometry shows two types of complexes for this sample (in ammonium acetate buffer): 7-10 subunits on on copy of the 83-mer ssDNA, or 16-17 subunits on two copies of the ssDNA. It is unclear which type of complex is present in the reconstruction. ; #