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EMD-26809 'associated EM volume' EMDB . 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demethylase 1A ; # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVCKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKT DLRFQSSAVMALQEASEAYLVGLFEDTNLAAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; ;ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVCKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKT DLRFQSSAVMALQEASEAYLVGLFEDTNLAAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; A,E ? 2 'polypeptide(L)' no no ;SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKT VTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; ;SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKT VTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; B,F ? 3 'polypeptide(L)' no no ;SGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAIRNDEELNKLLGKVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; ;SGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAIRNDEELNKLLGKVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; C,G ? 4 'polypeptide(L)' no no ;PEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSVYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASRL AHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSSK ; ;PEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSVYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASRL AHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSSK ; D,H ? 5 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT)(DG)(DC)(DA) (DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG) (DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC) (DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DG) (DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA) (DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT) (DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA) (DG)(DG)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCGCTGTTCAATACATGCACAGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAA ACGCGGGGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATT CTCCAGGGCGGCCGCGTATAGGGAT ; I ? 6 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DC) (DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG) (DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA) (DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC) (DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG)(DG) (DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG) (DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA) (DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DC)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DA)(DC)(DA) (DG)(DC)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCCCTATACGCGGCCGCCCTGGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAA CGCACGTACGCGCTGTCCCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACA TCCTGTGCATGTATTGAACAGCGAT ; J ? 7 'polypeptide(L)' no no ;GSEPEEERIRYSQRLRGTMRRRYEDDGISDDEIEGKRTFDLEEKLHTNKYNANFVTFMEGKDFNVEYIQRGGLRDPLIFK NSDGLGIKMPDPDFTVNDVKMCVGSRRMVDVMDVNTQKGIEMTMAQWTRYYETPEEEREKLYNVISLEFSHTRLENMVQR PSTVDFIDWVDNMWPRHLKESQTESTNAILEMQYPKVQKYCLMSVRGCYTDFHVDFGGTSVWYHIHQGGKVFWLIPPTAH NLELYENWLLSGKQGDIFLGDRVSDCQRIELKQGYTFVIPSGWIHAVYTPTDTLVFGGNFLHSFNIPMQLKIYNIEDRTR VPNKFRYPFYYEMCWYVLERYVYCITNRSHLTKEFQKESLSMDLELNGLESGNGDEEAVDREPRRLSSRRSVLTSPVANG VNLDYDGLGKTCRSLPSLKKTLAGDSSSDCSRGSHNGQVWDPQCAPRKDRQVHLTHFELEGLRCLVDKLESLPLHKKCVP TGIEDEDALIADVKILLEELANSDPKLALTGVPIVQWPKRDKLKFPTRPKVRVPTIPITKPHTMKPAPRLTPVRPAAASP IVSGARRRRVRCRKCKACVQGECGVCHYCRDMKKFGGPGRMKQSCVLRQCLAPRLPHSVTCSLCGEVDQNEETQDFEKKL MECCICNEIVHPGCLQMDGEGLLNEELPNCWECPKCYQEDSSEKAQHHHHHH ; ;GSEPEEERIRYSQRLRGTMRRRYEDDGISDDEIEGKRTFDLEEKLHTNKYNANFVTFMEGKDFNVEYIQRGGLRDPLIFK NSDGLGIKMPDPDFTVNDVKMCVGSRRMVDVMDVNTQKGIEMTMAQWTRYYETPEEEREKLYNVISLEFSHTRLENMVQR PSTVDFIDWVDNMWPRHLKESQTESTNAILEMQYPKVQKYCLMSVRGCYTDFHVDFGGTSVWYHIHQGGKVFWLIPPTAH NLELYENWLLSGKQGDIFLGDRVSDCQRIELKQGYTFVIPSGWIHAVYTPTDTLVFGGNFLHSFNIPMQLKIYNIEDRTR VPNKFRYPFYYEMCWYVLERYVYCITNRSHLTKEFQKESLSMDLELNGLESGNGDEEAVDREPRRLSSRRSVLTSPVANG VNLDYDGLGKTCRSLPSLKKTLAGDSSSDCSRGSHNGQVWDPQCAPRKDRQVHLTHFELEGLRCLVDKLESLPLHKKCVP TGIEDEDALIADVKILLEELANSDPKLALTGVPIVQWPKRDKLKFPTRPKVRVPTIPITKPHTMKPAPRLTPVRPAAASP IVSGARRRRVRCRKCKACVQGECGVCHYCRDMKKFGGPGRMKQSCVLRQCLAPRLPHSVTCSLCGEVDQNEETQDFEKKL MECCICNEIVHPGCLQMDGEGLLNEELPNCWECPKCYQEDSSEKAQHHHHHH ; K ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 8 N-heptanoyl-N-hydroxy-beta-alanine OH0 9 'FE (III) ION' FE # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 ALA n 1 2 ARG n 1 3 THR n 1 4 LYS n 1 5 GLN n 1 6 THR n 1 7 ALA n 1 8 ARG n 1 9 LYS n 1 10 SER n 1 11 THR n 1 12 GLY n 1 13 GLY n 1 14 LYS n 1 15 ALA n 1 16 PRO n 1 17 ARG n 1 18 LYS n 1 19 GLN n 1 20 LEU n 1 21 ALA n 1 22 THR n 1 23 LYS n 1 24 ALA n 1 25 ALA n 1 26 ARG n 1 27 LYS n 1 28 SER n 1 29 ALA n 1 30 PRO n 1 31 ALA n 1 32 THR n 1 33 GLY n 1 34 GLY n 1 35 VAL n 1 36 CYS n 1 37 LYS n 1 38 PRO n 1 39 HIS n 1 40 ARG n 1 41 TYR n 1 42 ARG n 1 43 PRO n 1 44 GLY n 1 45 THR n 1 46 VAL n 1 47 ALA n 1 48 LEU n 1 49 ARG n 1 50 GLU n 1 51 ILE n 1 52 ARG n 1 53 ARG n 1 54 TYR n 1 55 GLN n 1 56 LYS n 1 57 SER n 1 58 THR n 1 59 GLU n 1 60 LEU n 1 61 LEU n 1 62 ILE n 1 63 ARG n 1 64 LYS n 1 65 LEU n 1 66 PRO n 1 67 PHE n 1 68 GLN n 1 69 ARG n 1 70 LEU n 1 71 VAL n 1 72 ARG n 1 73 GLU n 1 74 ILE n 1 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GLU G 92 LEU G 97 1 ? 6 HELX_P HELX_P31 AD4 TYR H 37 ? HIS H 49 ? TYR H 37 HIS H 49 1 ? 13 HELX_P HELX_P32 AD5 SER H 55 ? ASN H 84 ? SER H 55 ASN H 84 1 ? 30 HELX_P HELX_P33 AD6 THR H 90 ? LEU H 102 ? THR H 90 LEU H 102 1 ? 13 HELX_P HELX_P34 AD7 GLY H 104 ? SER H 123 ? GLY H 104 SER H 123 1 ? 20 HELX_P HELX_P35 AD8 ASP K 40 ? THR K 47 ? ASP K 39 THR K 46 1 ? 8 HELX_P HELX_P36 AD9 GLU K 59 ? PHE K 63 ? GLU K 58 PHE K 62 5 ? 5 HELX_P HELX_P37 AE1 ASN K 64 ? GLY K 72 ? ASN K 63 GLY K 71 1 ? 9 HELX_P HELX_P38 AE2 THR K 95 ? GLY K 104 ? THR K 94 GLY K 103 1 ? 10 HELX_P HELX_P39 AE3 MET K 124 ? THR K 133 ? MET K 123 THR K 132 1 ? 10 HELX_P HELX_P40 AE4 PRO K 134 ? ARG K 138 ? PRO K 133 ARG K 137 5 ? 5 HELX_P HELX_P41 AE5 LEU K 154 ? VAL K 158 ? LEU K 153 VAL K 157 5 ? 5 HELX_P HELX_P42 AE6 PRO K 161 ? ASP K 168 ? PRO K 160 ASP K 167 1 ? 8 HELX_P HELX_P43 AE7 ASP K 168 ? TRP K 174 ? ASP K 167 TRP K 173 1 ? 7 HELX_P HELX_P44 AE8 PRO K 175 ? GLU K 180 ? 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J 70 ? 19 1 1 I DG 24 1_555 J DC 162 1_555 -0.169 -0.163 0.317 -0.401 1.023 0.196 2 I_DG-69:DC69_J I -69 ? J 69 ? 19 1 1 I DA 25 1_555 J DT 161 1_555 0.101 -0.165 0.475 1.499 -4.081 -0.065 3 I_DA-68:DT68_J I -68 ? J 68 ? 20 1 1 I DT 26 1_555 J DA 160 1_555 -0.119 -0.154 0.496 -0.088 -6.926 -2.120 4 I_DT-67:DA67_J I -67 ? J 67 ? 20 1 1 I DG 27 1_555 J DC 159 1_555 -0.202 -0.121 0.065 -1.805 -4.772 -0.205 5 I_DG-66:DC66_J I -66 ? J 66 ? 19 1 1 I DT 28 1_555 J DA 158 1_555 -0.062 -0.144 0.096 1.050 -4.991 3.108 6 I_DT-65:DA65_J I -65 ? J 65 ? 20 1 1 I DA 29 1_555 J DT 157 1_555 0.120 -0.253 -0.910 -7.612 -3.596 2.095 7 I_DA-64:DT64_J I -64 ? J 64 ? 20 1 1 I DT 30 1_555 J DA 156 1_555 -0.173 -0.413 -1.240 -10.230 2.910 -4.531 8 I_DT-63:DA63_J I -63 ? J 63 ? 20 1 1 I DA 31 1_555 J DT 155 1_555 0.124 -0.196 -0.570 -6.155 12.675 3.270 9 I_DA-62:DT62_J I -62 ? J 62 ? 20 1 1 I DT 32 1_555 J DA 154 1_555 -0.050 -0.174 -0.127 4.123 17.726 -0.189 10 I_DT-61:DA61_J I -61 ? 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J 39 ? 1 I DT 54 1_555 J DA 132 1_555 I DA 55 1_555 J DT 131 1_555 0.324 0.016 3.666 11.886 11.949 38.386 -1.411 0.970 3.472 17.199 -17.108 41.795 32 II_DT-39DA-38:DT38DA39_JJ I -39 ? J 39 ? I -38 ? J 38 ? 1 I DA 55 1_555 J DT 131 1_555 I DG 56 1_555 J DC 130 1_555 -0.042 0.878 3.586 -0.933 1.404 33.939 1.256 -0.092 3.618 2.404 1.598 33.979 33 II_DA-38DG-37:DC37DT38_JJ I -38 ? J 38 ? I -37 ? J 37 ? 1 I DG 56 1_555 J DC 130 1_555 I DG 57 1_555 J DC 129 1_555 -0.169 1.712 3.449 -1.145 0.763 38.193 2.513 0.105 3.485 1.165 1.748 38.217 34 II_DG-37DG-36:DC36DC37_JJ I -37 ? J 37 ? I -36 ? J 36 ? 1 I DG 57 1_555 J DC 129 1_555 I DG 58 1_555 J DC 128 1_555 -0.848 2.430 3.474 -3.029 -4.189 46.489 3.424 0.806 3.302 -5.287 3.824 46.759 35 II_DG-36DG-35:DC35DC36_JJ I -36 ? J 36 ? I -35 ? J 35 ? 1 I DG 58 1_555 J DC 128 1_555 I DA 59 1_555 J DT 127 1_555 -0.608 1.226 3.556 -3.832 5.994 31.850 1.003 0.329 3.764 10.755 6.876 32.615 36 II_DG-35DA-34:DT34DC35_JJ I -35 ? J 35 ? I -34 ? J 34 ? 1 I DA 59 1_555 J DT 127 1_555 I DG 60 1_555 J DC 126 1_555 -0.252 1.240 3.362 -5.011 1.171 38.998 1.698 -0.243 3.402 1.744 7.466 39.323 37 II_DA-34DG-33:DC33DT34_JJ I -34 ? J 34 ? I -33 ? J 33 ? 1 I DG 60 1_555 J DC 126 1_555 I DT 61 1_555 J DA 125 1_555 -0.001 -0.016 3.347 -7.466 6.217 27.005 -1.470 -1.725 3.154 12.798 15.370 28.669 38 II_DG-33DT-32:DA32DC33_JJ I -33 ? J 33 ? I -32 ? J 32 ? 1 I DT 61 1_555 J DA 125 1_555 I DA 62 1_555 J DT 124 1_555 0.505 0.231 3.323 -1.544 8.278 37.470 -0.705 -0.965 3.276 12.691 2.367 38.371 39 II_DT-32DA-31:DT31DA32_JJ I -32 ? J 32 ? I -31 ? J 31 ? 1 I DA 62 1_555 J DT 124 1_555 I DA 63 1_555 J DT 123 1_555 -0.012 -0.724 3.280 -1.412 5.018 33.009 -2.079 -0.210 3.137 8.764 2.466 33.406 40 II_DA-31DA-30:DT30DT31_JJ I -31 ? J 31 ? I -30 ? J 30 ? 1 I DA 63 1_555 J DT 123 1_555 I DT 64 1_555 J DA 122 1_555 0.557 -1.220 3.377 1.609 1.456 29.548 -2.702 -0.741 3.339 2.851 -3.149 29.625 41 II_DA-30DT-29:DA29DT30_JJ I -30 ? J 30 ? I -29 ? J 29 ? 1 I DT 64 1_555 J DA 122 1_555 I DC 65 1_555 J DG 121 1_555 0.196 -0.282 3.330 1.680 1.712 36.578 -0.688 -0.078 3.319 2.724 -2.674 36.654 42 II_DT-29DC-28:DG28DA29_JJ I -29 ? J 29 ? I -28 ? J 28 ? 1 I DC 65 1_555 J DG 121 1_555 I DC 66 1_555 J DG 120 1_555 0.819 0.543 3.649 4.733 -1.875 37.681 1.103 -0.578 3.691 -2.887 -7.287 38.011 43 II_DC-28DC-27:DG27DG28_JJ I -28 ? J 28 ? I -27 ? J 27 ? 1 I DC 66 1_555 J DG 120 1_555 I DC 67 1_555 J DG 119 1_555 -1.200 0.526 3.560 -0.332 -6.400 37.024 1.717 1.817 3.435 -9.986 0.519 37.556 44 II_DC-27DC-26:DG26DG27_JJ I -27 ? J 27 ? I -26 ? J 26 ? 1 I DC 67 1_555 J DG 119 1_555 I DC 68 1_555 J DG 118 1_555 0.788 1.220 3.530 5.085 -1.643 40.909 1.925 -0.523 3.549 -2.339 -7.238 41.242 45 II_DC-26DC-25:DG25DG26_JJ I -26 ? J 26 ? I -25 ? J 25 ? 1 I DC 68 1_555 J DG 118 1_555 I DT 69 1_555 J DA 117 1_555 -0.899 1.033 3.797 -4.490 -3.532 34.690 2.325 0.709 3.760 -5.874 7.468 35.143 46 II_DC-25DT-24:DA24DG25_JJ I -25 ? J 25 ? I -24 ? J 24 ? 1 I DT 69 1_555 J DA 117 1_555 I DT 70 1_555 J DA 116 1_555 -0.097 0.087 3.666 -4.909 3.684 33.674 -0.506 -0.707 3.632 6.294 8.387 34.213 47 II_DT-24DT-23:DA23DA24_JJ I -24 ? J 24 ? I -23 ? J 23 ? 1 I DT 70 1_555 J DA 116 1_555 I DG 71 1_555 J DC 115 1_555 0.229 -0.690 3.416 -1.946 6.001 28.031 -2.768 -0.908 3.180 12.194 3.953 28.718 48 II_DT-23DG-22:DC22DA23_JJ I -23 ? J 23 ? I -22 ? J 22 ? 1 I DG 71 1_555 J DC 115 1_555 I DG 72 1_555 J DC 114 1_555 0.269 -1.019 3.384 -2.729 6.191 29.996 -3.137 -1.042 3.081 11.774 5.189 30.733 49 II_DG-22DG-21:DC21DC22_JJ I -22 ? J 22 ? I -21 ? J 21 ? 1 I DG 72 1_555 J DC 114 1_555 I DC 73 1_555 J DG 113 1_555 0.044 -0.882 3.382 -1.021 7.097 29.931 -3.056 -0.284 3.093 13.499 1.942 30.759 50 II_DG-21DC-20:DG20DC21_JJ I -21 ? J 21 ? I -20 ? J 20 ? 1 I DC 73 1_555 J DG 113 1_555 I DG 74 1_555 J DC 112 1_555 0.134 -0.287 3.203 0.459 5.275 34.352 -1.265 -0.156 3.127 8.866 -0.772 34.746 51 II_DC-20DG-19:DC19DG20_JJ I -20 ? J 20 ? I -19 ? J 19 ? 1 I DG 74 1_555 J DC 112 1_555 I DG 75 1_555 J DC 111 1_555 -0.040 -0.681 3.308 2.499 3.584 34.741 -1.672 0.443 3.214 5.973 -4.165 35.006 52 II_DG-19DG-18:DC18DC19_JJ I -19 ? J 19 ? I -18 ? J 18 ? 1 I DG 75 1_555 J DC 111 1_555 I DT 76 1_555 J DA 110 1_555 -0.131 -0.687 3.287 7.091 0.760 32.568 -1.325 1.408 3.172 1.336 -12.458 33.319 53 II_DG-18DT-17:DA17DC18_JJ I -18 ? J 18 ? I -17 ? J 17 ? 1 I DT 76 1_555 J DA 110 1_555 I DT 77 1_555 J DA 109 1_555 1.563 0.746 3.952 12.479 -6.249 35.650 2.143 -0.386 4.073 -9.758 -19.487 38.201 54 II_DT-17DT-16:DA16DA17_JJ I -17 ? J 17 ? I -16 ? J 16 ? 1 I DT 77 1_555 J DA 109 1_555 I DA 78 1_555 J DT 108 1_555 -0.594 1.432 3.700 -2.126 -1.495 39.095 2.337 0.600 3.671 -2.232 3.173 39.178 55 II_DT-16DA-15:DT15DA16_JJ I -16 ? J 16 ? I -15 ? J 15 ? 1 I DA 78 1_555 J DT 108 1_555 I DA 79 1_555 J DT 107 1_555 -0.171 0.399 3.542 -2.513 -1.251 37.690 0.791 -0.086 3.531 -1.932 3.883 37.790 56 II_DA-15DA-14:DT14DT15_JJ I -15 ? J 15 ? I -14 ? 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