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;MRRYEVNIVLNPNLDQSQLALEKEIIQRALENYGARVEKVEELGLRRLAYPIAKDPQGYFLWYQVEMPEDRVNDLARELR IRDNVRRVMVVKSQEPFLANA ; F ? 7 'polypeptide(L)' no no ;MARRRRAEVRQLQPDLVYGDVLVTAFINKIMRDGKKNLAARIFYDACKIIQEKTGQEPLKVFKQAVENVKPRMEVRSRRV GGANYQVPMEVSPRRQQSLALRWLVQAANQRPERRAAVRIAHELMDAAEGKGGAVKKKEDVERMAEANRAYAHYRW ; ;MARRRRAEVRQLQPDLVYGDVLVTAFINKIMRDGKKNLAARIFYDACKIIQEKTGQEPLKVFKQAVENVKPRMEVRSRRV GGANYQVPMEVSPRRQQSLALRWLVQAANQRPERRAAVRIAHELMDAAEGKGGAVKKKEDVERMAEANRAYAHYRW ; G ? 8 'polypeptide(L)' no no ;MLTDPIADMLTRIRNATRVYKESTDVPASRFKEEILRILAREGFIKGYERVDVDGKPYLRVYLKYGPRRQGPDPRPEQVI HHIRRISKPGRRVYVGVKEIPRVRRGLGIAILSTSKGVLTDREARKLGVGGELICEVW ; ;MLTDPIADMLTRIRNATRVYKESTDVPASRFKEEILRILAREGFIKGYERVDVDGKPYLRVYLKYGPRRQGPDPRPEQVI HHIRRISKPGRRVYVGVKEIPRVRRGLGIAILSTSKGVLTDREARKLGVGGELICEVW ; H ? 9 'polypeptide(L)' no no ;MEQYYGTGRRKEAVARVFLRPGNGKVTVNGQDFNEYFQGLVRAVAALEPLRAVDALGHFDAYITVRGGGKSGQIDAIKLG IARALVQYNPDYRAKLKPLGFLTRDARVVERKKYGKHKARRAPQYSKR ; ;MEQYYGTGRRKEAVARVFLRPGNGKVTVNGQDFNEYFQGLVRAVAALEPLRAVDALGHFDAYITVRGGGKSGQIDAIKLG IARALVQYNPDYRAKLKPLGFLTRDARVVERKKYGKHKARRAPQYSKR ; I ? 10 'polypeptide(L)' no no ;MPKIRIKLRGFDHKTLDASAQKIVEAARRSGAQVSGPIPLPTRVRRFTVIRGPFKHKDSREHFELRTHNRLVDIINPNRK TIEQLMTLDLPTGVEIEIKTVGGGR ; ;MPKIRIKLRGFDHKTLDASAQKIVEAARRSGAQVSGPIPLPTRVRRFTVIRGPFKHKDSREHFELRTHNRLVDIINPNRK TIEQLMTLDLPTGVEIEIKTVGGGR ; J ? 11 'polypeptide(L)' no no ;MAKKPSKKKVKRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSV DVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS ; ;MAKKPSKKKVKRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSV DVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS ; K ? 12 'polypeptide(L)' no no ;MPTINQLVRKGREKVRKKSKVPALKGAPFRRGVCTVVRTVTPKKPNSALRKVAKVRLTSGYEVTAYIPGEGHNLQEHSVV LIRGGRVKDLPGVRYHIVRGVYDAAGVKDRKKSRSKYGTKKPKEAAKTAAKK ; ;MPTINQLVRKGREKVRKKSKVPALKGAPFRRGVCTVVRTVTPKKPNSALRKVAKVRLTSGYEVTAYIPGEGHNLQEHSVV LIRGGRVKDLPGVRYHIVRGVYDAAGVKDRKKSRSKYGTKKPKEAAKTAAKK ; L ? 13 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'Thermus thermophilus HB8' 300852 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 GB M26923.1 M26923.1 ? 1 ;UUUGUUGGAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGGGUGAACGCUGGCGGCGUGCCUAAGACAUGCAAGUCGUGCGGGCCGCGGGGU UUUACUCCGUGGUCAGCGGCGGACGGGUGAGUAACGCGUGGGUGACCUACCCGGAAGAGGGGGACAACCCGGGGAAACUC GGGCUAAUCCCCCAUGUGGACCCGCCCCUUGGGGUGUGUCCAAAGGGCUUUGCCCGCUUCCGGAUGGGCCCGCGUCCCAU CAGCUAGUUGGUGGGGUAAUGGCCCACCAAGGCGACGACGGGUAGCCGGUCUGAGAGGAUGGCCGGCCACAGGGGCACUG AGACACGGGCCCCACUCCUACGGGAGGCAGCAGUUAGGAAUCUUCCGCAAUGGGCGCAAGCCUGACGGAGCGACGCCGCU UGGAGGAAGAAGCCCUUCGGGGUGUAAACUCCUGAACCCGGGACGAAACCCCCGACGAGGGGACUGACGGUACCGGGGUA AUAGCGCCGGCCAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGGAGGGCGCGAGCGUUACCCGGAUUCACUGGGCGUAAAGG GCGUGUAGGCGGCCUGGGGCGUCCCAUGUGAAAGACCACGGCUCAACCGUGGGGGAGCGUGGGAUACGCUCAGGCUAGAC GGUGGGAGAGGGUGGUGGAAUUCCCGGAGUAGCGGUGAAAUGCGCAGAUACCGGGAGGAACGCCGAUGGCGAAGGCAGCC ACCUGGUCCACCCGUGACGCUGAGGCGCGAAAGCGUGGGGAGCAAACCGGAUUAGAUACCCGGGUAGUCCACGCCCUAAA CGAUGCGCGCUAGGUCUCUGGGUCUCCUGGGGGCCGAAGCUAACGCGUUAAGCGCGCCGCCUGGGGAGUACGGCCGCAAG GCUGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAAGCAACGCGAAGAACCUU ACCAGGCCUUGACAUGCUAGGGAACCCGGGUGAAAGCCUGGGGUGCCCCGCGAGGGGAGCCCUAGCACAGGUGCUGCAUG GCCGUCGUCAGCUCGUGCCGUGAGGUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCCCGCCGUUAGUUGCCAGCGGUUC GGCCGGGCACUCUAACGGGACUGCCCGCGAAAGCGGGAGGAAGGAGGGGACGACGUCUGGUCAGCAUGGCCCUUACGGCC UGGGCGACACACGUGCUACAAUGCCCACUACAAAGCGAUGCCACCCGGCAACGGGGAGCUAAUCGCAAAAAGGUGGGCCC AGUUCGGAUUGGGGUCUGCAACCCGACCCCAUGAAGCCGGAAUCGCUAGUAAUCGCGGAUCAGCCAUGCCGCGGUGAAUA CGUUCCCGGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACGCCAUGGGAGCGGGCUCUACCCGAAGUCGCCGGGAGCCUACGGGCAGG CGCCGAGGGUAGGGCCCGUGACUGGGGCGAAGUCGUAACAAGGUAGCUGUACCGGAAGGUGCGGCUGGAUCACCUCCUUU CU ; 646 2 UNP RS2_THET8 P80371 ? 2 ;MPVEITVKELLEAGVHFGHERKRWNPKFARYIYAERNGIHIIDLQKTMEELERTFRFIEDLAMRGGTILFVGTKKQAQDI VRMEAERAGMPYVNQRWLGGMLTNFKTISQRVHRLEELEALFASPEIEERPKKEQVRLKHELERLQKYLSGFRLLKRLPD AIFVVDPTKEAIAVREARKLFIPVIALADTDSDPDLVDYIIPGNDDAIRSIQLILSRAVDLIIQARGGVVEPSPSYALVQ EAEATETPEGESEVEA ; 1 3 UNP RS3_THET8 P80372 ? 3 ;MGNKIHPIGFRLGITRDWESRWYAGKKQYRHLLLEDQRIRGLLEKELYSAGLARVDIERAADNVAVTVHVAKPGVVIGRG GERIRVLREELAKLTGKNVALNVQEVQNPNLSAPLVAQRVAEQIERRFAVRRAIKQAVQRVMESGAKGAKVIVSGRIGGA EQARTEWAAQGRVPLHTLRANIDYGFALARTTYGVLGVKAYIFLGEVIGGQKPKARPELPKAEERPRRRRPAVRVKKEE ; 1 4 UNP RS4_THET8 P80373 ? 4 ;MGRYIGPVCRLCRREGVKLYLKGERCYSPKCAMERRPYPPGQHGQKRARRPSDYAVRLREKQKLRRIYGISERQFRNLFE EASKKKGVTGSVFLGLLESRLDNVVYRLGFAVSRRQARQLVRHGHITVNGRRVDLPSYRVRPGDEIAVAEKSRNLELIRQ NLEAMKGRKVGPWLSLDVEGMKGKFLRLPDREDLALPVNEQLVIEFYSR ; 1 5 UNP RS5_THET8 Q5SHQ5 ? 5 ;MPETDFEEKMILIRRTARMQAGGRRFRFGALVVVGDRQGRVGLGFGKAPEVPLAVQKAGYYARRNMVEVPLQNGTIPHEI EVEFGASKIVLKPAAPGTGVIAGAVPRAILELAGVTDILTKELGSRNPINIAYATMEALRQLRTKADVERLRKGEAHAQA QG ; 1 6 UNP RS6_THET8 Q5SLP8 ? 6 ;MRRYEVNIVLNPNLDQSQLALEKEIIQRALENYGARVEKVEELGLRRLAYPIAKDPQGYFLWYQVEMPEDRVNDLARELR IRDNVRRVMVVKSQEPFLANA ; 1 7 UNP RS7_THET8 P17291 ? 7 ;MARRRRAEVRQLQPDLVYGDVLVTAFINKIMRDGKKNLAARIFYDACKIIQEKTGQEPLKVFKQAVENVKPRMEVRSRRV GGANYQVPMEVSPRRQQSLALRWLVQAANQRPERRAAVRIAHELMDAAEGKGGAVKKKEDVERMAEANRAYAHYRW ; 1 8 UNP RS8_THET8 P0DOY9 ? 8 ;MLTDPIADMLTRIRNATRVYKESTDVPASRFKEEILRILAREGFIKGYERVDVDGKPYLRVYLKYGPRRQGPDPRPEQVI HHIRRISKPGRRVYVGVKEIPRVRRGLGIAILSTSKGVLTDREARKLGVGGELICEVW ; 1 9 UNP RS9_THET8 P80374 ? 9 ;MEQYYGTGRRKEAVARVFLRPGNGKVTVNGQDFNEYFQGLVRAVAALEPLRAVDALGHFDAYITVRGGGKSGQIDAIKLG IARALVQYNPDYRAKLKPLGFLTRDARVVERKKYGKHKARRAPQYSKR ; 1 10 UNP RS10_THET8 Q5SHN7 ? 10 ;MPKIRIKLRGFDHKTLDASAQKIVEAARRSGAQVSGPIPLPTRVRRFTVIRGPFKHKDSREHFELRTHNRLVDIINPNRK TIEQLMTLDLPTGVEIEIKTVGGGR ; 1 11 UNP RS11_THET8 P80376 ? 11 ;MAKKPSKKKVKRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSV DVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS ; 1 12 UNP RS12_THET8 Q5SHN3 ? 12 ;MPTINQLVRKGREKVRKKSKVPALKGAPFRRGVCTVVRTVTPKKPNSALRKVAKVRLTSGYEVTAYIPGEGHNLQEHSVV LIRGGRVKDLPGVRYHIVRGVYDAAGVKDRKKSRSKYGTKKPKEAAKTAAKK ; 1 13 UNP RS13_THET8 P80377 ? 13 ;MARIAGVEIPRNKRVDVALTYIYGIGKARAKEALEKTGINPATRVKDLTEAEVVRLREYVENTWKLEGELRAEVAANIKR LMDIGCYRGLRHRRGLPVRGQRTRTNARTRKGPRKTVAGKKKAPRK ; 1 14 UNP RS14Z_THET8 P0DOY6 ? 14 MARKALIEKAKRTPKFKVRAYTRCVRCGRARSVYRFFGLCRICLRELAHKGQLPGVRKASW 1 15 UNP RS15_THET8 Q5SJ76 ? 15 ;MPITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRA LIEKLGIRG ; 1 16 UNP RS16_THET8 Q5SJH3 ? 16 ;MVKIRLARFGSKHNPHYRIVVTDARRKRDGKYIEKIGYYDPRKTTPDWLKVDVERARYWLSVGAQPTDTARRLLRQAGVF RQEAREGA ; 1 17 UNP RS17_THET8 P0DOY7 ? 17 ;MPKKVLTGVVVSDKMQKTVTVLVERQFPHPLYGKVIKRSKKYLAHDPEEKYKLGDVVEIIESRPISKRKRFRVLRLVESG RMDLVEKYLIRRQNYESLSKRGGKA ; 1 18 UNP RS18_THET8 Q5SLQ0 ? 18 ;MSTKNAKPKKEAQRRPSRKAKVKATLGEFDLRDYRNVEVLKRFLSETGKILPRRRTGLSAKEQRILAKTIKRARILGLLP FTEKLVRK ; 1 19 UNP RS19_THET8 Q5SHP2 ? 19 ;MPRSLKKGVFVDDHLLEKVLELNAKGEKRLIKTWSRRSTIVPEMVGHTIAVYNGKQHVPVYITENMVGHKLGEFAPTRTY RGHGKEAKATKKK ; 1 20 UNP RS20_THET8 P80380 ? 20 ;MAQKKPKRNLSALKRHRQSLKRRLRNKAKKSAIKTLSKKAIQLAQEGKAEEALKIMRKAESLIDKAAKGSTLHKNAAARR KSRLMRKVRQLLEAAGAPLIGGGLSA ; 1 21 UNP RSMA_BACSU P37468 ? 21 ;MNKDIATPIRTKEILKKYGFSFKKSLGQNFLIDTNILNRIVDHAEVTEKTGVIEIGPGIGALTEQLAKRAKKVVAFEIDQ RLLPILKDTLSPYENVTVIHQDVLKADVKSVIEEQFQDCDEIMVVANLPYYVTTPIIMKLLEEHLPLKGIVVMLQKEVAE RMAADPSSKEYGSLSIAVQFYTEAKTVMIVPKTVFVPQPNVDSAVIRLILRDGPAVDVENESFFFQLIKASFAQRRKTLL NNLVNNLPEGKAQKSTIEQVLEETNIDGKRRGESLSIEEFAALSNGLYKALF ; 1 22 UNP RSHX_THET8 Q5SIH3 ? 22 MGKGDRRTRRGKIWRGTYGKYRPRKKK 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7V2M A 1 ? 1522 ? 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'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 U 'RNA linking' y "URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H13 N2 O9 P' 324.181 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 ZN non-polymer . 'ZINC ION' ? 'Zn 2' 65.409 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7V2M _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 7V2M _struct.title 'T.thermophilus 30S ribosome with KsgA, class K1k4' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7V2M _struct_keywords.text '30S subunit, KsgA, rRNA methyltransferase, RIBOSOME' _struct_keywords.pdbx_keywords RIBOSOME # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 6 ? G N N 7 ? H N N 8 ? I N N 9 ? J N N 10 ? K N N 11 ? L N N 12 ? M N N 13 ? N N N 14 ? O N N 15 ? 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'Beta mercaptoethanol' # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details ? # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.units MEGADALTONS _em_entity_assembly_molwt.value 0.771 # loop_ _em_entity_assembly_naturalsource.cell _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id _em_entity_assembly_naturalsource.id _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_naturalsource.organ _em_entity_assembly_naturalsource.organelle _em_entity_assembly_naturalsource.organism _em_entity_assembly_naturalsource.strain _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? ? 2 1 300852 ? ? 'Thermus thermophilus HB8' ? ? ? ? 3 2 224308 ? ? 'Bacillus subtilis (strain 168)' ? ? # _em_entity_assembly_recombinant.cell ? _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id 3 _em_entity_assembly_recombinant.id 1 _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id 469008 _em_entity_assembly_recombinant.organism 'Escherichia coli BL21(DE3)' _em_entity_assembly_recombinant.plasmid ? _em_entity_assembly_recombinant.strain ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 43.0 _em_image_recording.average_exposure_time 2.0 _em_image_recording.details 'Total number of frames is 30. Each frame had 1.43 e/A2' _em_image_recording.detector_mode INTEGRATING _em_image_recording.film_or_detector_model 'FEI FALCON III (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 1 _em_image_recording.num_real_images ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? Gautomatch ? 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ? EPU ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' 'Determine CTF value' Gctf 1.06 1 ? ? 5 'CTF CORRECTION' 'CTF correction' RELION 3.1 1 ? ? 6 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 8 'MODEL FITTING' ? Coot 0.9.5 ? 1 ? 9 'MODEL FITTING' ? 'UCSF Chimera' 1.15 ? 1 ? 10 OTHER ? ? ? ? ? ? 11 'MODEL REFINEMENT' ? PHENIX 1.19.2-4158 ? 1 ? 12 'MODEL REFINEMENT' ? REFMAC 5.8.0267 ? 1 ? 13 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 14 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 15 CLASSIFICATION ? RELION 3.1 1 ? ? 16 RECONSTRUCTION ? RELION 3.1 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details '~2 micromolar concentration of ribosome+KsgA was used during freezing' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 7V2M 'double helix' 7V2M 'a-form double helix' 7V2M 'parallel strands' 7V2M 'hairpin loop' 7V2M tetraloop 7V2M 'bulge loop' 7V2M 'mismatched base pair' 7V2M 'internal loop' 7V2M 'triple helix' 7V2M 'quadruple helix' 7V2M 'three-way junction' 7V2M 'four-way junction' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 A A 393 1_555 A U 38 1_555 0.069 0.964 0.219 3.840 4.076 165.637 1 A_A393:U38_A A 393 ? A 38 ? 21 2 1 A G 532 1_555 A C 37 1_555 -0.227 -0.185 0.380 -6.229 4.631 -2.178 2 A_G532:C37_A A 532 ? A 37 ? 19 1 1 A C 533 1_555 A G 36 1_555 0.158 -0.183 0.737 -2.495 -0.266 -2.444 3 A_C533:G36_A A 533 ? A 36 ? 19 1 1 A G 534 1_555 A C 35 1_555 -0.152 -0.171 0.327 -1.762 -6.283 -1.342 4 A_G534:C35_A A 534 ? A 35 ? 19 1 1 A U 535 1_555 A A 34 1_555 -0.094 -0.164 0.709 -7.056 -3.626 0.131 5 A_U535:A34_A A 535 ? A 34 ? 20 1 1 A U 536 1_555 A A 33 1_555 -0.093 -0.090 0.657 -7.513 3.868 -3.113 6 A_U536:A33_A A 536 ? A 33 ? 20 1 1 A A 537 1_555 A U 31 1_555 -0.045 -0.047 -0.138 0.279 -2.839 0.669 7 A_A537:U31_A A 537 ? A 31 ? 20 1 1 A C 538 1_555 A G 30 1_555 0.247 -0.085 -0.397 10.203 -5.828 1.050 8 A_C538:G30_A A 538 ? A 30 ? 19 1 1 A C 539 1_555 A G 29 1_555 0.212 -0.087 -0.305 7.856 -1.841 -0.095 9 A_C539:G29_A A 539 ? A 29 ? 19 1 1 A C 540 1_555 A G 28 1_555 0.174 -0.115 -0.377 10.359 -0.013 -1.826 10 A_C540:G28_A A 540 ? A 28 ? 19 1 1 A G 542 1_555 A A 27 1_555 6.723 -4.204 -0.003 -12.484 7.882 0.153 11 A_G542:A27_A A 542 ? A 27 ? 11 9 1 A G 10 1_555 A C 26 1_555 -0.201 -0.108 -0.302 -3.776 2.450 -0.334 12 A_G10:C26_A A 10 ? A 26 ? 19 1 1 A A 11 1_555 A U 25 1_555 0.000 -0.062 0.054 -1.822 1.528 2.227 13 A_A11:U25_A A 11 ? A 25 ? 20 1 1 A G 12 1_555 A C 24 1_555 -0.184 -0.120 -0.011 0.456 3.152 -1.306 14 A_G12:C24_A A 12 ? A 24 ? 19 1 1 A U 13 1_555 A G 23 1_555 2.164 -0.396 -0.183 0.487 2.609 -2.334 15 A_U13:G23_A A 13 ? A 23 ? 28 1 1 A A 892 1_555 A G 22 1_555 -6.806 -4.048 -0.202 0.755 0.727 -5.340 16 A_A892:G22_A A 892 ? A 22 ? 11 10 1 A A 893 1_555 A U 14 1_555 -0.047 -3.164 -0.083 -8.353 -0.546 65.512 17 A_A893:U14_A A 893 ? A 14 ? 23 3 1 A G 894 1_555 A C 20 1_555 -0.281 -0.103 0.244 -0.489 -7.868 0.879 18 A_G894:C20_A A 894 ? A 20 ? 19 1 1 A G 895 1_555 A C 19 1_555 -0.213 -0.119 0.066 -1.869 -3.078 2.192 19 A_G895:C19_A A 895 ? A 19 ? 19 1 1 A A 896 1_555 A U 18 1_555 0.042 -0.005 -0.236 5.648 -3.331 0.903 20 A_A896:U18_A A 896 ? A 18 ? 20 1 1 A A 897 1_555 A A 17 1_555 3.208 1.642 -0.611 3.990 -6.936 16.391 21 A_A897:A17_A A 897 ? A 17 ? ? 1 1 A U 898 1_555 A G 16 1_555 2.433 -0.635 -0.638 -0.955 -6.069 -9.529 22 A_U898:G16_A A 898 ? A 16 ? 28 1 1 A U 899 1_555 A A 1379 1_555 0.007 -0.075 -0.169 -3.589 -10.218 -0.192 23 A_U899:A1379_A A 899 ? A 1379 ? 20 1 1 A G 900 1_555 A C 1378 1_555 -0.267 -0.162 0.260 -6.797 -13.451 0.403 24 A_G900:C1378_A A 900 ? A 1378 ? 19 1 1 A A 901 1_555 A U 1376 1_555 -0.152 -0.322 0.798 -4.878 -25.558 -13.498 25 A_A901:U1376_A A 901 ? A 1376 ? 20 1 1 A C 902 1_555 A G 1375 1_555 0.456 -0.164 0.082 1.572 -12.456 -3.165 26 A_C902:G1375_A A 902 ? A 1375 ? 19 1 1 A G 903 1_555 A U 1374 1_555 -1.194 -0.471 0.176 8.500 -12.798 -2.732 27 A_G903:U1374_A A 903 ? A 1374 ? 28 1 1 A G 905 1_555 A U 1373 1_555 -1.548 -0.479 -0.458 -16.813 -16.068 3.066 28 A_G905:U1373_A A 905 ? A 1373 ? 28 1 1 A G 906 1_555 A C 1372 1_555 -0.253 0.079 0.135 0.353 -0.554 -1.349 29 A_G906:C1372_A A 906 ? A 1372 ? 19 1 1 A G 907 1_555 A C 1371 1_555 -0.228 -0.124 0.045 -0.612 2.849 0.703 30 A_G907:C1371_A A 907 ? A 1371 ? 19 1 1 A C 908 1_555 A G 1370 1_555 0.201 -0.087 -0.149 0.584 2.662 1.850 31 A_C908:G1370_A A 908 ? A 1370 ? 19 1 1 A C 909 1_555 A G 1369 1_555 0.198 -0.094 -0.048 -0.108 0.777 -0.035 32 A_C909:G1369_A A 909 ? A 1369 ? 19 1 1 A C 910 1_555 A G 1368 1_555 0.161 -0.115 0.468 1.025 -0.235 0.752 33 A_C910:G1368_A A 910 ? A 1368 ? 19 1 1 A G 911 1_555 A C 1367 1_555 -0.188 -0.161 0.673 3.525 -5.129 0.798 34 A_G911:C1367_A A 911 ? A 1367 ? 19 1 1 A A 913 1_555 A U 1363 1_555 0.304 -0.364 -1.610 -18.143 8.574 -5.237 35 A_A913:U1363_A A 913 ? A 1363 ? 20 1 1 A C 914 1_555 A G 1362 1_555 0.231 -0.207 -0.677 -7.293 12.020 -0.150 36 A_C914:G1362_A A 914 ? A 1362 ? 19 1 1 A A 915 1_555 A C 1361 1_555 6.877 -5.065 1.287 -2.079 6.189 -2.507 37 A_A915:C1361_A A 915 ? A 1361 ? ? 6 1 A U 50 1_555 A U 361 1_555 -3.497 0.114 -1.390 15.794 -38.261 -93.865 38 A_U50:U361_A A 50 ? A 361 ? ? 4 1 A G 357 1_555 A C 48 1_555 -0.293 -0.117 -0.059 -5.273 4.858 1.231 39 A_G357:C48_A A 357 ? A 48 ? 19 1 1 A U 355 1_555 A G 53 1_555 2.359 -0.508 -0.654 11.448 -2.631 -2.870 40 A_U355:G53_A A 355 ? A 53 ? 28 1 1 A U 354 1_555 A A 54 1_555 -0.112 -0.050 -0.744 5.117 4.009 -2.854 41 A_U354:A54_A A 354 ? A 54 ? 20 1 1 A G 353 1_555 A C 55 1_555 -0.240 -0.126 -0.286 1.382 -8.442 3.352 42 A_G353:C55_A A 353 ? A 55 ? 19 1 1 A A 352 1_555 A U 57 1_555 0.086 -0.026 -0.005 -4.735 1.949 -3.053 43 A_A352:U57_A A 352 ? A 57 ? 20 1 1 A A 56 1_555 A U 364 1_555 -0.004 1.381 0.179 13.298 26.054 164.843 44 A_A56:U364_A A 56 ? A 364 ? 21 2 1 A G 58 1_555 A C 351 1_555 -0.247 -0.123 -0.471 1.398 -4.503 1.933 45 A_G58:C351_A A 58 ? A 351 ? 19 1 1 A C 59 1_555 A G 350 1_555 0.254 -0.168 -0.315 10.129 -3.980 1.779 46 A_C59:G350_A A 59 ? 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