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;MRRYEVNIVLNPNLDQSQLALEKEIIQRALENYGARVEKVEELGLRRLAYPIAKDPQGYFLWYQVEMPEDRVNDLARELR IRDNVRRVMVVKSQEPFLANA ; F ? 7 'polypeptide(L)' no no ;MARRRRAEVRQLQPDLVYGDVLVTAFINKIMRDGKKNLAARIFYDACKIIQEKTGQEPLKVFKQAVENVKPRMEVRSRRV GGANYQVPMEVSPRRQQSLALRWLVQAANQRPERRAAVRIAHELMDAAEGKGGAVKKKEDVERMAEANRAYAHYRW ; ;MARRRRAEVRQLQPDLVYGDVLVTAFINKIMRDGKKNLAARIFYDACKIIQEKTGQEPLKVFKQAVENVKPRMEVRSRRV GGANYQVPMEVSPRRQQSLALRWLVQAANQRPERRAAVRIAHELMDAAEGKGGAVKKKEDVERMAEANRAYAHYRW ; G ? 8 'polypeptide(L)' no no ;MLTDPIADMLTRIRNATRVYKESTDVPASRFKEEILRILAREGFIKGYERVDVDGKPYLRVYLKYGPRRQGPDPRPEQVI HHIRRISKPGRRVYVGVKEIPRVRRGLGIAILSTSKGVLTDREARKLGVGGELICEVW ; ;MLTDPIADMLTRIRNATRVYKESTDVPASRFKEEILRILAREGFIKGYERVDVDGKPYLRVYLKYGPRRQGPDPRPEQVI HHIRRISKPGRRVYVGVKEIPRVRRGLGIAILSTSKGVLTDREARKLGVGGELICEVW ; H ? 9 'polypeptide(L)' no no ;MEQYYGTGRRKEAVARVFLRPGNGKVTVNGQDFNEYFQGLVRAVAALEPLRAVDALGHFDAYITVRGGGKSGQIDAIKLG IARALVQYNPDYRAKLKPLGFLTRDARVVERKKYGKHKARRAPQYSKR ; ;MEQYYGTGRRKEAVARVFLRPGNGKVTVNGQDFNEYFQGLVRAVAALEPLRAVDALGHFDAYITVRGGGKSGQIDAIKLG IARALVQYNPDYRAKLKPLGFLTRDARVVERKKYGKHKARRAPQYSKR ; I ? 10 'polypeptide(L)' no no ;MPKIRIKLRGFDHKTLDASAQKIVEAARRSGAQVSGPIPLPTRVRRFTVIRGPFKHKDSREHFELRTHNRLVDIINPNRK TIEQLMTLDLPTGVEIEIKTVGGGR ; ;MPKIRIKLRGFDHKTLDASAQKIVEAARRSGAQVSGPIPLPTRVRRFTVIRGPFKHKDSREHFELRTHNRLVDIINPNRK TIEQLMTLDLPTGVEIEIKTVGGGR ; J ? 11 'polypeptide(L)' no no ;MAKKPSKKKVKRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSV DVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS ; ;MAKKPSKKKVKRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSV DVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS ; K ? 12 'polypeptide(L)' no no ;MPTINQLVRKGREKVRKKSKVPALKGAPFRRGVCTVVRTVTPKKPNSALRKVAKVRLTSGYEVTAYIPGEGHNLQEHSVV LIRGGRVKDLPGVRYHIVRGVYDAAGVKDRKKSRSKYGTKKPKEAAKTAAKK ; ;MPTINQLVRKGREKVRKKSKVPALKGAPFRRGVCTVVRTVTPKKPNSALRKVAKVRLTSGYEVTAYIPGEGHNLQEHSVV LIRGGRVKDLPGVRYHIVRGVYDAAGVKDRKKSRSKYGTKKPKEAAKTAAKK ; L ? 13 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'Thermus thermophilus HB8' 300852 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 GB M26923.1 M26923.1 ? 1 ;UUUGUUGGAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGGGUGAACGCUGGCGGCGUGCCUAAGACAUGCAAGUCGUGCGGGCCGCGGGGU UUUACUCCGUGGUCAGCGGCGGACGGGUGAGUAACGCGUGGGUGACCUACCCGGAAGAGGGGGACAACCCGGGGAAACUC GGGCUAAUCCCCCAUGUGGACCCGCCCCUUGGGGUGUGUCCAAAGGGCUUUGCCCGCUUCCGGAUGGGCCCGCGUCCCAU CAGCUAGUUGGUGGGGUAAUGGCCCACCAAGGCGACGACGGGUAGCCGGUCUGAGAGGAUGGCCGGCCACAGGGGCACUG AGACACGGGCCCCACUCCUACGGGAGGCAGCAGUUAGGAAUCUUCCGCAAUGGGCGCAAGCCUGACGGAGCGACGCCGCU UGGAGGAAGAAGCCCUUCGGGGUGUAAACUCCUGAACCCGGGACGAAACCCCCGACGAGGGGACUGACGGUACCGGGGUA AUAGCGCCGGCCAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGGAGGGCGCGAGCGUUACCCGGAUUCACUGGGCGUAAAGG GCGUGUAGGCGGCCUGGGGCGUCCCAUGUGAAAGACCACGGCUCAACCGUGGGGGAGCGUGGGAUACGCUCAGGCUAGAC GGUGGGAGAGGGUGGUGGAAUUCCCGGAGUAGCGGUGAAAUGCGCAGAUACCGGGAGGAACGCCGAUGGCGAAGGCAGCC ACCUGGUCCACCCGUGACGCUGAGGCGCGAAAGCGUGGGGAGCAAACCGGAUUAGAUACCCGGGUAGUCCACGCCCUAAA CGAUGCGCGCUAGGUCUCUGGGUCUCCUGGGGGCCGAAGCUAACGCGUUAAGCGCGCCGCCUGGGGAGUACGGCCGCAAG GCUGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAAGCAACGCGAAGAACCUU ACCAGGCCUUGACAUGCUAGGGAACCCGGGUGAAAGCCUGGGGUGCCCCGCGAGGGGAGCCCUAGCACAGGUGCUGCAUG GCCGUCGUCAGCUCGUGCCGUGAGGUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCCCGCCGUUAGUUGCCAGCGGUUC GGCCGGGCACUCUAACGGGACUGCCCGCGAAAGCGGGAGGAAGGAGGGGACGACGUCUGGUCAGCAUGGCCCUUACGGCC UGGGCGACACACGUGCUACAAUGCCCACUACAAAGCGAUGCCACCCGGCAACGGGGAGCUAAUCGCAAAAAGGUGGGCCC AGUUCGGAUUGGGGUCUGCAACCCGACCCCAUGAAGCCGGAAUCGCUAGUAAUCGCGGAUCAGCCAUGCCGCGGUGAAUA CGUUCCCGGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACGCCAUGGGAGCGGGCUCUACCCGAAGUCGCCGGGAGCCUACGGGCAGG CGCCGAGGGUAGGGCCCGUGACUGGGGCGAAGUCGUAACAAGGUAGCUGUACCGGAAGGUGCGGCUGGAUCACCUCCUUU CU ; 646 2 UNP RS2_THET8 P80371 ? 2 ;MPVEITVKELLEAGVHFGHERKRWNPKFARYIYAERNGIHIIDLQKTMEELERTFRFIEDLAMRGGTILFVGTKKQAQDI VRMEAERAGMPYVNQRWLGGMLTNFKTISQRVHRLEELEALFASPEIEERPKKEQVRLKHELERLQKYLSGFRLLKRLPD AIFVVDPTKEAIAVREARKLFIPVIALADTDSDPDLVDYIIPGNDDAIRSIQLILSRAVDLIIQARGGVVEPSPSYALVQ EAEATETPEGESEVEA ; 1 3 UNP RS3_THET8 P80372 ? 3 ;MGNKIHPIGFRLGITRDWESRWYAGKKQYRHLLLEDQRIRGLLEKELYSAGLARVDIERAADNVAVTVHVAKPGVVIGRG GERIRVLREELAKLTGKNVALNVQEVQNPNLSAPLVAQRVAEQIERRFAVRRAIKQAVQRVMESGAKGAKVIVSGRIGGA EQARTEWAAQGRVPLHTLRANIDYGFALARTTYGVLGVKAYIFLGEVIGGQKPKARPELPKAEERPRRRRPAVRVKKEE ; 1 4 UNP RS4_THET8 P80373 ? 4 ;MGRYIGPVCRLCRREGVKLYLKGERCYSPKCAMERRPYPPGQHGQKRARRPSDYAVRLREKQKLRRIYGISERQFRNLFE EASKKKGVTGSVFLGLLESRLDNVVYRLGFAVSRRQARQLVRHGHITVNGRRVDLPSYRVRPGDEIAVAEKSRNLELIRQ NLEAMKGRKVGPWLSLDVEGMKGKFLRLPDREDLALPVNEQLVIEFYSR ; 1 5 UNP RS5_THET8 Q5SHQ5 ? 5 ;MPETDFEEKMILIRRTARMQAGGRRFRFGALVVVGDRQGRVGLGFGKAPEVPLAVQKAGYYARRNMVEVPLQNGTIPHEI EVEFGASKIVLKPAAPGTGVIAGAVPRAILELAGVTDILTKELGSRNPINIAYATMEALRQLRTKADVERLRKGEAHAQA QG ; 1 6 UNP RS6_THET8 Q5SLP8 ? 6 ;MRRYEVNIVLNPNLDQSQLALEKEIIQRALENYGARVEKVEELGLRRLAYPIAKDPQGYFLWYQVEMPEDRVNDLARELR IRDNVRRVMVVKSQEPFLANA ; 1 7 UNP RS7_THET8 P17291 ? 7 ;MARRRRAEVRQLQPDLVYGDVLVTAFINKIMRDGKKNLAARIFYDACKIIQEKTGQEPLKVFKQAVENVKPRMEVRSRRV GGANYQVPMEVSPRRQQSLALRWLVQAANQRPERRAAVRIAHELMDAAEGKGGAVKKKEDVERMAEANRAYAHYRW ; 1 8 UNP RS8_THET8 P0DOY9 ? 8 ;MLTDPIADMLTRIRNATRVYKESTDVPASRFKEEILRILAREGFIKGYERVDVDGKPYLRVYLKYGPRRQGPDPRPEQVI HHIRRISKPGRRVYVGVKEIPRVRRGLGIAILSTSKGVLTDREARKLGVGGELICEVW ; 1 9 UNP RS9_THET8 P80374 ? 9 ;MEQYYGTGRRKEAVARVFLRPGNGKVTVNGQDFNEYFQGLVRAVAALEPLRAVDALGHFDAYITVRGGGKSGQIDAIKLG IARALVQYNPDYRAKLKPLGFLTRDARVVERKKYGKHKARRAPQYSKR ; 1 10 UNP RS10_THET8 Q5SHN7 ? 10 ;MPKIRIKLRGFDHKTLDASAQKIVEAARRSGAQVSGPIPLPTRVRRFTVIRGPFKHKDSREHFELRTHNRLVDIINPNRK TIEQLMTLDLPTGVEIEIKTVGGGR ; 1 11 UNP RS11_THET8 P80376 ? 11 ;MAKKPSKKKVKRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSV DVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS ; 1 12 UNP RS12_THET8 Q5SHN3 ? 12 ;MPTINQLVRKGREKVRKKSKVPALKGAPFRRGVCTVVRTVTPKKPNSALRKVAKVRLTSGYEVTAYIPGEGHNLQEHSVV LIRGGRVKDLPGVRYHIVRGVYDAAGVKDRKKSRSKYGTKKPKEAAKTAAKK ; 1 13 UNP RS13_THET8 P80377 ? 13 ;MARIAGVEIPRNKRVDVALTYIYGIGKARAKEALEKTGINPATRVKDLTEAEVVRLREYVENTWKLEGELRAEVAANIKR LMDIGCYRGLRHRRGLPVRGQRTRTNARTRKGPRKTVAGKKKAPRK ; 1 14 UNP RS14Z_THET8 P0DOY6 ? 14 MARKALIEKAKRTPKFKVRAYTRCVRCGRARSVYRFFGLCRICLRELAHKGQLPGVRKASW 1 15 UNP RS15_THET8 Q5SJ76 ? 15 ;MPITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRA LIEKLGIRG ; 1 16 UNP RS16_THET8 Q5SJH3 ? 16 ;MVKIRLARFGSKHNPHYRIVVTDARRKRDGKYIEKIGYYDPRKTTPDWLKVDVERARYWLSVGAQPTDTARRLLRQAGVF RQEAREGA ; 1 17 UNP RS17_THET8 P0DOY7 ? 17 ;MPKKVLTGVVVSDKMQKTVTVLVERQFPHPLYGKVIKRSKKYLAHDPEEKYKLGDVVEIIESRPISKRKRFRVLRLVESG RMDLVEKYLIRRQNYESLSKRGGKA ; 1 18 UNP RS18_THET8 Q5SLQ0 ? 18 ;MSTKNAKPKKEAQRRPSRKAKVKATLGEFDLRDYRNVEVLKRFLSETGKILPRRRTGLSAKEQRILAKTIKRARILGLLP FTEKLVRK ; 1 19 UNP RS19_THET8 Q5SHP2 ? 19 ;MPRSLKKGVFVDDHLLEKVLELNAKGEKRLIKTWSRRSTIVPEMVGHTIAVYNGKQHVPVYITENMVGHKLGEFAPTRTY RGHGKEAKATKKK ; 1 20 UNP RS20_THET8 P80380 ? 20 ;MAQKKPKRNLSALKRHRQSLKRRLRNKAKKSAIKTLSKKAIQLAQEGKAEEALKIMRKAESLIDKAAKGSTLHKNAAARR KSRLMRKVRQLLEAAGAPLIGGGLSA ; 1 21 UNP RSMA_BACSU P37468 ? 21 ;MNKDIATPIRTKEILKKYGFSFKKSLGQNFLIDTNILNRIVDHAEVTEKTGVIEIGPGIGALTEQLAKRAKKVVAFEIDQ RLLPILKDTLSPYENVTVIHQDVLKADVKSVIEEQFQDCDEIMVVANLPYYVTTPIIMKLLEEHLPLKGIVVMLQKEVAE RMAADPSSKEYGSLSIAVQFYTEAKTVMIVPKTVFVPQPNVDSAVIRLILRDGPAVDVENESFFFQLIKASFAQRRKTLL NNLVNNLPEGKAQKSTIEQVLEETNIDGKRRGESLSIEEFAALSNGLYKALF ; 1 22 UNP RSHX_THET8 Q5SIH3 ? 22 MGKGDRRTRRGKIWRGTYGKYRPRKKK 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7V2Q A 1 ? 1522 ? 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'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 U 'RNA linking' y "URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H13 N2 O9 P' 324.181 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 ZN non-polymer . 'ZINC ION' ? 'Zn 2' 65.409 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7V2Q _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 7V2Q _struct.title 'T.thermophilus 30S ribosome with KsgA, class K6' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7V2Q _struct_keywords.text '30S subunit, KsgA, rRNA methyltransferase, RIBOSOME' _struct_keywords.pdbx_keywords RIBOSOME # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 6 ? G N N 7 ? H N N 8 ? I N N 9 ? J N N 10 ? K N N 11 ? L N N 12 ? M N N 13 ? N N N 14 ? O N N 15 ? P N N 16 ? 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A G 143 N2 ? ? ? 1_555 A C 169 O2 ? ? A G 143 A C 169 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog242 hydrog ? ? A G 143 O6 ? ? ? 1_555 A C 169 N4 ? ? A G 143 A C 169 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog243 hydrog ? ? A A 144 N1 ? ? ? 1_555 A A 167 N6 ? ? A A 144 A A 167 1_555 ? ? ? ? ? ? 'A-A MISPAIR' ? ? ? hydrog244 hydrog ? ? A C 145 N3 ? ? ? 1_555 A A 166 N6 ? ? A C 145 A A 166 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_25_PAIR ? ? ? hydrog245 hydrog ? ? A C 145 N4 ? ? ? 1_555 A A 166 N7 ? ? A C 145 A A 166 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_25_PAIR ? ? ? hydrog246 hydrog ? ? A A 146 N6 ? ? ? 1_555 A U 165 O2 ? ? A A 146 A U 165 1_555 ? ? ? ? ? ? 'REVERSED HOOGSTEEN' ? ? ? hydrog247 hydrog ? ? A A 146 N7 ? ? ? 1_555 A U 165 N3 ? ? A A 146 A U 165 1_555 ? ? ? ? ? ? 'REVERSED HOOGSTEEN' ? ? ? hydrog248 hydrog ? ? A A 147 N6 ? ? ? 1_555 A C 164 N3 ? ? A A 147 A C 164 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_25_PAIR ? ? ? hydrog249 hydrog ? ? A A 147 N7 ? ? ? 1_555 A C 164 N4 ? ? A A 147 A C 164 1_555 ? ? ? ? ? ? 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Q GLY 102 265 1 Y 1 Q GLY 103 ? Q GLY 103 266 1 Y 1 Q LYS 104 ? Q LYS 104 267 1 Y 1 Q ALA 105 ? Q ALA 105 268 1 Y 1 R MET 1 ? R MET 1 269 1 Y 1 R SER 2 ? R SER 2 270 1 Y 1 R THR 3 ? R THR 3 271 1 Y 1 R LYS 4 ? R LYS 4 272 1 Y 1 R ASN 5 ? R ASN 5 273 1 Y 1 R ALA 6 ? R ALA 6 274 1 Y 1 R LYS 7 ? R LYS 7 275 1 Y 1 R PRO 8 ? R PRO 8 276 1 Y 1 R LYS 9 ? R LYS 9 277 1 Y 1 R LYS 10 ? R LYS 10 278 1 Y 1 R GLU 11 ? R GLU 11 279 1 Y 1 R ALA 12 ? R ALA 12 280 1 Y 1 R GLN 13 ? R GLN 13 281 1 Y 1 R ARG 14 ? R ARG 14 282 1 Y 1 R ARG 15 ? R ARG 15 283 1 Y 1 R PRO 16 ? R PRO 16 284 1 Y 1 R SER 17 ? R SER 17 285 1 Y 1 R ARG 18 ? R ARG 18 286 1 Y 1 R LYS 19 ? R LYS 19 287 1 Y 1 S MET 1 ? S MET 1 288 1 Y 1 S GLY 82 ? S GLY 82 289 1 Y 1 S HIS 83 ? S HIS 83 290 1 Y 1 S GLY 84 ? S GLY 84 291 1 Y 1 S LYS 85 ? S LYS 85 292 1 Y 1 S GLU 86 ? S GLU 86 293 1 Y 1 S ALA 87 ? S ALA 87 294 1 Y 1 S LYS 88 ? S LYS 88 295 1 Y 1 S ALA 89 ? S ALA 89 296 1 Y 1 S THR 90 ? S THR 90 297 1 Y 1 S LYS 91 ? S LYS 91 298 1 Y 1 S LYS 92 ? S LYS 92 299 1 Y 1 S LYS 93 ? S LYS 93 300 1 Y 1 T MET 1 ? T MET 1 301 1 Y 1 T ALA 2 ? T ALA 2 302 1 Y 1 T GLN 3 ? T GLN 3 303 1 Y 1 T LYS 4 ? T LYS 4 304 1 Y 1 T LYS 5 ? T LYS 5 305 1 Y 1 T PRO 6 ? T PRO 6 306 1 Y 1 T LYS 7 ? T LYS 7 307 1 Y 1 U HIS -5 ? U HIS 1 308 1 Y 1 U HIS -4 ? U HIS 2 309 1 Y 1 U HIS -3 ? U HIS 3 310 1 Y 1 U HIS -2 ? U HIS 4 311 1 Y 1 U HIS -1 ? U HIS 5 312 1 Y 1 U HIS 0 ? U HIS 6 313 1 Y 1 U MET 1 ? U MET 7 314 1 Y 1 U ASN 2 ? U ASN 8 315 1 Y 1 U LYS 3 ? U LYS 9 316 1 Y 1 U ASP 4 ? U ASP 10 317 1 Y 1 U ILE 5 ? U ILE 11 318 1 Y 1 U ALA 6 ? U ALA 12 319 1 Y 1 U THR 7 ? U THR 13 320 1 Y 1 U PRO 8 ? U PRO 14 321 1 Y 1 U ILE 9 ? U ILE 15 322 1 Y 1 U ARG 10 ? U ARG 16 323 1 Y 1 U THR 11 ? U THR 17 324 1 Y 1 U LYS 12 ? U LYS 18 325 1 Y 1 U GLU 13 ? U GLU 19 326 1 Y 1 U ILE 14 ? U ILE 20 327 1 Y 1 U LEU 15 ? U LEU 21 328 1 Y 1 U LYS 16 ? U LYS 22 329 1 Y 1 U LYS 17 ? U LYS 23 330 1 Y 1 U TYR 18 ? U TYR 24 331 1 Y 1 U GLY 19 ? U GLY 25 332 1 Y 1 U PHE 20 ? U PHE 26 333 1 Y 1 U SER 21 ? U SER 27 334 1 Y 1 U PHE 22 ? U PHE 28 335 1 Y 1 U LYS 23 ? U LYS 29 336 1 Y 1 U LYS 24 ? U LYS 30 337 1 Y 1 U SER 25 ? U SER 31 338 1 Y 1 U LEU 26 ? U LEU 32 339 1 Y 1 U GLY 27 ? U GLY 33 340 1 Y 1 U GLN 28 ? U GLN 34 341 1 Y 1 U ASN 29 ? U ASN 35 342 1 Y 1 U PHE 30 ? U PHE 36 343 1 Y 1 U LEU 31 ? U LEU 37 344 1 Y 1 U ILE 32 ? U ILE 38 345 1 Y 1 U ASP 33 ? U ASP 39 346 1 Y 1 U LEU 291 ? U LEU 297 347 1 Y 1 U PHE 292 ? U PHE 298 348 1 Y 1 V MET 1 ? V MET 1 349 1 Y 1 V LYS 26 ? V LYS 26 350 1 Y 1 V LYS 27 ? V LYS 27 351 1 Y 1 W HIS -5 ? W HIS 1 352 1 Y 1 W HIS -4 ? W HIS 2 353 1 Y 1 W HIS -3 ? W HIS 3 354 1 Y 1 W HIS -2 ? W HIS 4 355 1 Y 1 W HIS -1 ? W HIS 5 356 1 Y 1 W HIS 0 ? W HIS 6 357 1 Y 1 W MET 1 ? W MET 7 358 1 Y 1 W ASN 2 ? W ASN 8 359 1 Y 1 W LYS 3 ? W LYS 9 360 1 Y 1 W ASP 4 ? W ASP 10 361 1 Y 1 W ILE 5 ? W ILE 11 362 1 Y 1 W ALA 6 ? W ALA 12 363 1 Y 1 W THR 7 ? W THR 13 364 1 Y 1 W PRO 8 ? W PRO 14 365 1 Y 1 W ILE 9 ? W ILE 15 366 1 Y 1 W ARG 10 ? W ARG 16 367 1 Y 1 W THR 11 ? W THR 17 368 1 Y 1 W LYS 12 ? W LYS 18 369 1 Y 1 W GLU 13 ? W GLU 19 370 1 Y 1 W ILE 14 ? W ILE 20 371 1 Y 1 W LEU 15 ? W LEU 21 372 1 Y 1 W LYS 16 ? W LYS 22 373 1 Y 1 W LYS 17 ? W LYS 23 374 1 Y 1 W TYR 18 ? W TYR 24 375 1 Y 1 W GLY 19 ? W GLY 25 376 1 Y 1 W PHE 20 ? W PHE 26 377 1 Y 1 W SER 21 ? W SER 27 378 1 Y 1 W PHE 22 ? W PHE 28 379 1 Y 1 W LYS 23 ? W LYS 29 380 1 Y 1 W LYS 24 ? W LYS 30 381 1 Y 1 W SER 25 ? W SER 31 382 1 Y 1 W LEU 26 ? W LEU 32 383 1 Y 1 W GLY 27 ? W GLY 33 384 1 Y 1 W GLN 28 ? W GLN 34 385 1 Y 1 W ASN 29 ? W ASN 35 386 1 Y 1 W PHE 30 ? W PHE 36 387 1 Y 1 W LYS 289 ? W LYS 295 388 1 Y 1 W ALA 290 ? W ALA 296 389 1 Y 1 W LEU 291 ? W LEU 297 390 1 Y 1 W PHE 292 ? W PHE 298 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.name 1 1 50 mM ? Hepes 1 2 40 mM ? 'Ammonium chloride' 1 3 4 mM ? 'Magensium acetate' 1 4 6 mM ? 'Beta mercaptoethanol' # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details ? # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.units MEGADALTONS _em_entity_assembly_molwt.value 0.74 # loop_ _em_entity_assembly_naturalsource.cell _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id _em_entity_assembly_naturalsource.id _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_naturalsource.organ _em_entity_assembly_naturalsource.organelle _em_entity_assembly_naturalsource.organism _em_entity_assembly_naturalsource.strain _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? ? 2 1 300852 ? ? 'Thermus thermophilus HB8' ? ? ? ? 3 2 224308 ? ? 'Bacillus subtilis (strain 168)' ? ? # _em_entity_assembly_recombinant.cell ? _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id 3 _em_entity_assembly_recombinant.id 1 _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id 469008 _em_entity_assembly_recombinant.organism 'Escherichia coli BL21(DE3)' _em_entity_assembly_recombinant.plasmid ? _em_entity_assembly_recombinant.strain ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 43.0 _em_image_recording.average_exposure_time 2.0 _em_image_recording.details 'Total number of frames is 30. Each frame had 1.43 e/A2' _em_image_recording.detector_mode INTEGRATING _em_image_recording.film_or_detector_model 'FEI FALCON III (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 1 _em_image_recording.num_real_images ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? Gautomatch ? 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ? EPU ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' 'Determine CTF value' Gctf 1.06 1 ? ? 5 'CTF CORRECTION' 'CTF correction' RELION 3.1 1 ? ? 6 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 8 'MODEL FITTING' ? Coot 0.9.5 ? 1 ? 9 'MODEL FITTING' ? 'UCSF Chimera' 1.15 ? 1 ? 10 OTHER ? ? ? ? ? ? 11 'MODEL REFINEMENT' ? PHENIX 1.19.2-4158 ? 1 ? 12 'MODEL REFINEMENT' ? REFMAC 5.8.0267 ? 1 ? 13 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 14 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 15 CLASSIFICATION ? RELION 3.1 1 ? ? 16 RECONSTRUCTION ? RELION 3.1 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details '~2 micromolar concentration of ribosome+KsgA was used during freezing' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 7V2Q 'double helix' 7V2Q 'a-form double helix' 7V2Q 'z-form double helix' 7V2Q 'parallel strands' 7V2Q 'hairpin loop' 7V2Q tetraloop 7V2Q 'bulge loop' 7V2Q 'mismatched base pair' 7V2Q 'internal loop' 7V2Q 'triple helix' 7V2Q 'quadruple helix' 7V2Q 'three-way junction' 7V2Q 'four-way junction' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 A G 16 1_555 A U 898 1_555 -2.478 -0.525 -0.267 -2.715 1.796 -13.942 1 A_G16:U898_A A 16 ? 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