data_7VB9 # _entry.id 7VB9 # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.358 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 7VB9 pdb_00007vb9 10.2210/pdb7vb9/pdb WWPDB D_1300024412 ? ? EMDB EMD-31875 ? ? # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type EMDB 'same dataset, different 3D class' EMD-31835 'other EM volume' PDB 'different type of the same protein' 7VA9 unspecified EMDB 'Rba sphaeroides PufY-KO dimer type-2' EMD-31875 'associated EM volume' PDB 'same citation' 7VOR unspecified PDB 'same citation' 7VOT unspecified PDB 'same citation' 7VNY unspecified PDB 'same citation' 7VOY unspecified PDB 'same citation' 7VNM unspecified # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 7VB9 _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2021-08-30 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBJ _pdbx_database_status.process_site PDBJ _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible N # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Bracun, L.' 1 0000-0001-7698-3718 'Yamagata, A.' 2 ? 'Liu, L.N.' 3 ? 'Shirouzu, M.' 4 ? # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'Nat Commun' _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 2041-1723 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 13 _citation.language ? _citation.page_first 1977 _citation.page_last 1977 _citation.title 'Structural basis for the assembly and quinone transport mechanisms of the dimeric photosynthetic RC-LH1 supercomplex.' _citation.year 2022 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s41467-022-29563-3 _citation.pdbx_database_id_PubMed 35418573 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Cao, P.' 1 ? primary 'Bracun, L.' 2 0000-0001-7698-3718 primary 'Yamagata, A.' 3 0000-0001-9285-1256 primary 'Christianson, B.M.' 4 ? primary 'Negami, T.' 5 ? primary 'Zou, B.' 6 ? primary 'Terada, T.' 7 0000-0002-7091-0646 primary 'Canniffe, D.P.' 8 ? primary 'Shirouzu, M.' 9 0000-0002-7997-2149 primary 'Li, M.' 10 0000-0002-1742-2360 primary 'Liu, L.N.' 11 0000-0002-8884-4819 # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 7VB9 _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7VB9 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer nat 'Reaction center protein L chain' 31477.584 2 ? ? ? ? 2 polymer nat 'Reaction center protein M chain' 34529.738 2 ? ? ? ? 3 polymer nat 'Reaction center protein H chain' 28066.322 2 ? ? ? ? 4 polymer nat 'Light-harvesting protein B-875 alpha chain' 6816.169 22 ? ? ? ? 5 polymer nat 'Light-harvesting protein B-875 beta chain' 5592.361 21 ? ? ? ? 6 polymer nat 'Intrinsic membrane protein PufX' 9061.646 2 ? ? ? ? 7 non-polymer syn 'BACTERIOCHLOROPHYLL A' 911.504 51 ? ? ? ? 8 non-polymer syn 'BACTERIOPHEOPHYTIN A' 889.215 4 ? ? ? ? 9 non-polymer syn UBIQUINONE-10 863.343 4 ? ? ? ? 10 non-polymer syn 'FE (II) ION' 55.845 2 ? ? ? ? 11 non-polymer syn SPHEROIDENE 568.914 36 ? ? ? ? 12 non-polymer syn 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE 790.145 9 ? ? ? ? 13 non-polymer syn CARDIOLIPIN 1464.043 1 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 'Photosynthetic reaction center L subunit' 2 'Photosynthetic reaction center M subunit' 3 'Photosynthetic reaction center H subunit' 4 'Antenna pigment protein alpha chain,LH-1' 5 'Antenna pigment protein beta chain,LH-3A' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MALLSFERKYRVPGGTLVGGNLFDFWVGPFYVGFFGVATFFFAALGIILIAWSAVLQGTWNPQLISVYPPALEYGLGGAP LAKGGLWQIITICATGAFVSWALREVEICRKLGIGYHIPFAFAFAILAYLTLVLFRPVMMGAWGYAFPYGIWTHLDWVSN TGYTYGNFHYNPAHMIAISFFFTNALALALHGALVLSAANPEKGKEMRTPDHEDTFFRDLVGYSIGTLGIHRLGLLLSLS AVFFSALCMIITGTIWFDQWVDWWQWWVKLPWWANIPGGING ; ;MALLSFERKYRVPGGTLVGGNLFDFWVGPFYVGFFGVATFFFAALGIILIAWSAVLQGTWNPQLISVYPPALEYGLGGAP LAKGGLWQIITICATGAFVSWALREVEICRKLGIGYHIPFAFAFAILAYLTLVLFRPVMMGAWGYAFPYGIWTHLDWVSN TGYTYGNFHYNPAHMIAISFFFTNALALALHGALVLSAANPEKGKEMRTPDHEDTFFRDLVGYSIGTLGIHRLGLLLSLS AVFFSALCMIITGTIWFDQWVDWWQWWVKLPWWANIPGGING ; L,l ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MAEYQNIFSQVQVRGPADLGMTEDVNLANRSGVGPFSTLLGWFGNAQLGPIYLGSLGVLSLFSGLMWFFTIGIWFWYQAG WNPAVFLRDLFFFSLEPPAPEYGLSFAAPLKEGGLWLIASFFMFVAVWSWWGRTYLRAQALGMGKHTAWAFLSAIWLWMV LGFIRPILMGSWSEAVPYGIFSHLDWTNNFSLVHGNLFYNPFHGLSIAFLYGSALLFAMHGATILAVSRFGGERELEQIA DRGTAAERAALFWRWTMGFNATMEGIHRWAIWMAVLVTLTGGIGILLSGTVVDNWYVWGQNHGMAPLN ; ;MAEYQNIFSQVQVRGPADLGMTEDVNLANRSGVGPFSTLLGWFGNAQLGPIYLGSLGVLSLFSGLMWFFTIGIWFWYQAG WNPAVFLRDLFFFSLEPPAPEYGLSFAAPLKEGGLWLIASFFMFVAVWSWWGRTYLRAQALGMGKHTAWAFLSAIWLWMV LGFIRPILMGSWSEAVPYGIFSHLDWTNNFSLVHGNLFYNPFHGLSIAFLYGSALLFAMHGATILAVSRFGGERELEQIA DRGTAAERAALFWRWTMGFNATMEGIHRWAIWMAVLVTLTGGIGILLSGTVVDNWYVWGQNHGMAPLN ; M,m ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MVGVTAFGNFDLASLAIYSFWIFLAGLIYYLQTENMREGYPLENEDGTPAANQGPFPLPKPKTFILPHGRGTLTVPGPES EDRPIALARTAVSEGFPHAPTGDPMKDGVGPASWVARRDLPELDGHGHNKIKPMKAAAGFHVSAGKNPIGLPVRGCDLEI AGKVVDIWVDIPEQMARFLEVELKDGSTRLLPMQMVKVQSNRVHVNALSSDLFAGIPTIKSPTEVTLLEEDKICGYVAGG LMYAAPKRKSVVAAMLAEYA ; ;MVGVTAFGNFDLASLAIYSFWIFLAGLIYYLQTENMREGYPLENEDGTPAANQGPFPLPKPKTFILPHGRGTLTVPGPES EDRPIALARTAVSEGFPHAPTGDPMKDGVGPASWVARRDLPELDGHGHNKIKPMKAAAGFHVSAGKNPIGLPVRGCDLEI AGKVVDIWVDIPEQMARFLEVELKDGSTRLLPMQMVKVQSNRVHVNALSSDLFAGIPTIKSPTEVTLLEEDKICGYVAGG LMYAAPKRKSVVAAMLAEYA ; H,h ? 4 'polypeptide(L)' no no MSKFYKIWMIFDPRRVFVAQGVFLFLLAVMIHLILLSTPSYNWLEISAAKYNRVAVAE MSKFYKIWMIFDPRRVFVAQGVFLFLLAVMIHLILLSTPSYNWLEISAAKYNRVAVAE A,D,F,I,K,O,7,9,a,d,f,i,k,o,q,s,u,w,y,5,6,Q ? 5 'polypeptide(L)' no no MADKSDLGYTGLTDEQAQELHSVYMSGLWLFSAVAIVAHLAVYIWRPWF MADKSDLGYTGLTDEQAQELHSVYMSGLWLFSAVAIVAHLAVYIWRPWF B,E,G,J,N,8,0,b,e,g,j,n,p,r,t,v,x,z,4,aa,ab ? 6 'polypeptide(L)' no no ;MADKTIFNDHLNTNPKTNLRLWVAFQMMKGAGWAGGVFFGTLLLIGFFRVVGRMLPIQENQAPAPNITGALETGIELIKH LV ; ;MADKTIFNDHLNTNPKTNLRLWVAFQMMKGAGWAGGVFFGTLLLIGFFRVVGRMLPIQENQAPAPNITGALETGIELIKH LV ; C,c ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 ALA n 1 3 LEU n 1 4 LEU n 1 5 SER n 1 6 PHE n 1 7 GLU n 1 8 ARG n 1 9 LYS n 1 10 TYR n 1 11 ARG n 1 12 VAL n 1 13 PRO n 1 14 GLY n 1 15 GLY n 1 16 THR n 1 17 LEU n 1 18 VAL n 1 19 GLY n 1 20 GLY n 1 21 ASN n 1 22 LEU n 1 23 PHE n 1 24 ASP n 1 25 PHE n 1 26 TRP n 1 27 VAL n 1 28 GLY n 1 29 PRO n 1 30 PHE n 1 31 TYR n 1 32 VAL n 1 33 GLY n 1 34 PHE n 1 35 PHE n 1 36 GLY n 1 37 VAL n 1 38 ALA n 1 39 THR n 1 40 PHE n 1 41 PHE n 1 42 PHE n 1 43 ALA n 1 44 ALA n 1 45 LEU n 1 46 GLY n 1 47 ILE n 1 48 ILE n 1 49 LEU n 1 50 ILE n 1 51 ALA n 1 52 TRP n 1 53 SER n 1 54 ALA n 1 55 VAL n 1 56 LEU n 1 57 GLN n 1 58 GLY n 1 59 THR n 1 60 TRP n 1 61 ASN n 1 62 PRO n 1 63 GLN n 1 64 LEU n 1 65 ILE n 1 66 SER n 1 67 VAL n 1 68 TYR n 1 69 PRO n 1 70 PRO n 1 71 ALA n 1 72 LEU n 1 73 GLU n 1 74 TYR n 1 75 GLY n 1 76 LEU n 1 77 GLY n 1 78 GLY n 1 79 ALA n 1 80 PRO n 1 81 LEU n 1 82 ALA n 1 83 LYS n 1 84 GLY n 1 85 GLY n 1 86 LEU n 1 87 TRP n 1 88 GLN n 1 89 ILE n 1 90 ILE n 1 91 THR n 1 92 ILE n 1 93 CYS n 1 94 ALA n 1 95 THR n 1 96 GLY n 1 97 ALA n 1 98 PHE n 1 99 VAL n 1 100 SER n 1 101 TRP n 1 102 ALA n 1 103 LEU n 1 104 ARG n 1 105 GLU n 1 106 VAL n 1 107 GLU n 1 108 ILE n 1 109 CYS n 1 110 ARG n 1 111 LYS n 1 112 LEU n 1 113 GLY n 1 114 ILE n 1 115 GLY n 1 116 TYR n 1 117 HIS n 1 118 ILE n 1 119 PRO n 1 120 PHE n 1 121 ALA n 1 122 PHE n 1 123 ALA n 1 124 PHE n 1 125 ALA n 1 126 ILE n 1 127 LEU n 1 128 ALA n 1 129 TYR n 1 130 LEU n 1 131 THR n 1 132 LEU n 1 133 VAL n 1 134 LEU n 1 135 PHE n 1 136 ARG n 1 137 PRO n 1 138 VAL n 1 139 MET n 1 140 MET n 1 141 GLY n 1 142 ALA n 1 143 TRP n 1 144 GLY n 1 145 TYR n 1 146 ALA n 1 147 PHE n 1 148 PRO n 1 149 TYR n 1 150 GLY n 1 151 ILE n 1 152 TRP n 1 153 THR n 1 154 HIS n 1 155 LEU n 1 156 ASP n 1 157 TRP n 1 158 VAL n 1 159 SER n 1 160 ASN n 1 161 THR n 1 162 GLY n 1 163 TYR n 1 164 THR n 1 165 TYR n 1 166 GLY n 1 167 ASN n 1 168 PHE n 1 169 HIS n 1 170 TYR n 1 171 ASN n 1 172 PRO n 1 173 ALA n 1 174 HIS n 1 175 MET n 1 176 ILE n 1 177 ALA n 1 178 ILE n 1 179 SER n 1 180 PHE n 1 181 PHE n 1 182 PHE n 1 183 THR n 1 184 ASN n 1 185 ALA n 1 186 LEU n 1 187 ALA n 1 188 LEU n 1 189 ALA n 1 190 LEU n 1 191 HIS n 1 192 GLY n 1 193 ALA n 1 194 LEU n 1 195 VAL n 1 196 LEU n 1 197 SER n 1 198 ALA n 1 199 ALA n 1 200 ASN n 1 201 PRO n 1 202 GLU n 1 203 LYS n 1 204 GLY n 1 205 LYS n 1 206 GLU n 1 207 MET n 1 208 ARG n 1 209 THR n 1 210 PRO n 1 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ARG n 2 15 GLY n 2 16 PRO n 2 17 ALA n 2 18 ASP n 2 19 LEU n 2 20 GLY n 2 21 MET n 2 22 THR n 2 23 GLU n 2 24 ASP n 2 25 VAL n 2 26 ASN n 2 27 LEU n 2 28 ALA n 2 29 ASN n 2 30 ARG n 2 31 SER n 2 32 GLY n 2 33 VAL n 2 34 GLY n 2 35 PRO n 2 36 PHE n 2 37 SER n 2 38 THR n 2 39 LEU n 2 40 LEU n 2 41 GLY n 2 42 TRP n 2 43 PHE n 2 44 GLY n 2 45 ASN n 2 46 ALA n 2 47 GLN n 2 48 LEU n 2 49 GLY n 2 50 PRO n 2 51 ILE n 2 52 TYR n 2 53 LEU n 2 54 GLY n 2 55 SER n 2 56 LEU n 2 57 GLY n 2 58 VAL n 2 59 LEU n 2 60 SER n 2 61 LEU n 2 62 PHE n 2 63 SER n 2 64 GLY n 2 65 LEU n 2 66 MET n 2 67 TRP n 2 68 PHE n 2 69 PHE n 2 70 THR n 2 71 ILE n 2 72 GLY n 2 73 ILE n 2 74 TRP n 2 75 PHE n 2 76 TRP n 2 77 TYR n 2 78 GLN n 2 79 ALA n 2 80 GLY n 2 81 TRP n 2 82 ASN n 2 83 PRO n 2 84 ALA n 2 85 VAL n 2 86 PHE n 2 87 LEU n 2 88 ARG n 2 89 ASP n 2 90 LEU n 2 91 PHE n 2 92 PHE n 2 93 PHE n 2 94 SER n 2 95 LEU n 2 96 GLU n 2 97 PRO n 2 98 PRO n 2 99 ALA n 2 100 PRO n 2 101 GLU n 2 102 TYR n 2 103 GLY n 2 104 LEU n 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'Cereibacter sphaeroides 2.4.1' 272943 ? ? 2.4.1. ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP RCEL_RHOS4 Q3J1A5 ? 1 ;MALLSFERKYRVPGGTLVGGNLFDFWVGPFYVGFFGVATFFFAALGIILIAWSAVLQGTWNPQLISVYPPALEYGLGGAP LAKGGLWQIITICATGAFVSWALREVEICRKLGIGYHIPFAFAFAILAYLTLVLFRPVMMGAWGYAFPYGIWTHLDWVSN TGYTYGNFHYNPAHMIAISFFFTNALALALHGALVLSAANPEKGKEMRTPDHEDTFFRDLVGYSIGTLGIHRLGLLLSLS AVFFSALCMIITGTIWFDQWVDWWQWWVKLPWWANIPGGING ; 1 2 UNP RCEM_RHOS4 Q3J1A6 ? 2 ;MAEYQNIFSQVQVRGPADLGMTEDVNLANRSGVGPFSTLLGWFGNAQLGPIYLGSLGVLSLFSGLMWFFTIGIWFWYQAG WNPAVFLRDLFFFSLEPPAPEYGLSFAAPLKEGGLWLIASFFMFVAVWSWWGRTYLRAQALGMGKHTAWAFLSAIWLWMV LGFIRPILMGSWSEAVPYGIFSHLDWTNNFSLVHGNLFYNPFHGLSIAFLYGSALLFAMHGATILAVSRFGGERELEQIA DRGTAAERAALFWRWTMGFNATMEGIHRWAIWMAVLVTLTGGIGILLSGTVVDNWYVWGQNHGMAPLN ; 1 3 UNP RCEH_RHOS4 Q3J170 ? 3 ;MVGVTAFGNFDLASLAIYSFWIFLAGLIYYLQTENMREGYPLENEDGTPAANQGPFPLPKPKTFILPHGRGTLTVPGPES EDRPIALARTAVSEGFPHAPTGDPMKDGVGPASWVARRDLPELDGHGHNKIKPMKAAAGFHVSAGKNPIGLPVRGCDLEI AGKVVDIWVDIPEQMARFLEVELKDGSTRLLPMQMVKVQSNRVHVNALSSDLFAGIPTIKSPTEVTLLEEDKICGYVAGG LMYAAPKRKSVVAAMLAEYA ; 1 4 UNP LHA1_RHOS4 Q3J1A4 ? 4 MSKFYKIWMIFDPRRVFVAQGVFLFLLAVMIHLILLSTPSYNWLEISAAKYNRVAVAE 1 5 UNP LHB1_RHOS4 Q3J1A3 ? 5 MADKSDLGYTGLTDEQAQELHSVYMSGLWLFSAVAIVAHLAVYIWRPWF 1 6 UNP PUFX_RHOS4 P13402 ? 6 ;MADKTIFNDHLNTNPKTNLRLWVAFQMMKGAGWAGGVFFGTLLLIGFFRVVGRMLPIQENQAPAPNITGALETGIELIKH LV ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7VB9 L 1 ? 282 ? 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'Fe 2' 55.845 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PC1 non-polymer . 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE 3-SN-PHOSPHATIDYLCHOLINE 'C44 H88 N O8 P' 790.145 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 SPO non-polymer . SPHEROIDENE ? 'C41 H60 O' 568.914 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 U10 non-polymer . UBIQUINONE-10 'Coenzyme Q10' 'C59 H90 O4' 863.343 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.8433 ? 52075 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0417 ? 5347 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0038 ? 6155 ? f_plane_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 20.2620 ? 12813 ? f_dihedral_angle_d ? ? # _struct.entry_id 7VB9 _struct.title 'Rba sphaeroides PufY-KO RC-LH1 dimer type-2' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7VB9 _struct_keywords.text 'dimer, PufY-KO, mutant, photosystem, PHOTOSYNTHESIS' _struct_keywords.pdbx_keywords PHOTOSYNTHESIS # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 4 ? G N N 5 ? H N N 4 ? I N N 5 ? J N N 4 ? K N N 5 ? L N N 4 ? M N N 5 ? N N N 4 ? O N N 4 ? P N N 5 ? Q N N 4 ? R N N 5 ? S N N 6 ? T N N 1 ? U N N 2 ? V N N 3 ? W N N 4 ? 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ASN c 14 LEU c 55 1 ? 42 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role metalc1 metalc ? ? 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U GLU 235 OE2 ? ? ? 1_555 VC FE2 . FE ? ? m GLU 234 m FE2 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.463 ? ? metalc11 metalc ? ? U HIS 267 NE2 ? ? ? 1_555 VC FE2 . FE ? ? m HIS 266 m FE2 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.470 ? ? # _struct_conn_type.id metalc _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 LYS 203 A . ? LYS 202 L GLY 204 A ? GLY 203 L 1 -2.47 2 GLY 49 B . ? GLY 48 M PRO 50 B ? PRO 49 M 1 0.64 3 TYR 40 C . ? TYR 40 H PRO 41 C ? PRO 41 H 1 4.22 4 VAL 75 C . ? VAL 75 H PRO 76 C ? PRO 76 H 1 -2.23 5 GLY 49 U . ? GLY 48 m PRO 50 U ? PRO 49 m 1 0.66 6 TYR 40 V . ? TYR 40 h PRO 41 V ? PRO 41 h 1 4.17 7 VAL 75 V . ? VAL 75 h PRO 76 V ? PRO 76 h 1 -2.31 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 2 ? AA2 ? 2 ? AA3 ? 2 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 4 ? AA6 ? 5 ? AA7 ? 2 ? AA8 ? 2 ? AA9 ? 2 ? AB1 ? 2 ? AB2 ? 4 ? AB3 ? 5 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA5 3 4 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? parallel AA6 4 5 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB2 3 4 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB3 2 3 ? anti-parallel AB3 3 4 ? parallel AB3 4 5 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 TRP A 26 ? VAL A 27 ? TRP L 25 VAL L 26 AA1 2 PHE A 30 ? TYR A 31 ? PHE L 29 TYR L 30 AA2 1 GLN B 12 ? ARG B 14 ? GLN M 11 ARG M 13 AA2 2 HIS C 141 ? ALA C 144 ? HIS H 141 ALA H 144 AA3 1 LYS C 62 ? LEU C 66 ? LYS H 62 LEU H 66 AA3 2 GLY C 71 ? VAL C 75 ? GLY H 71 VAL H 75 AA4 1 LEU C 87 ? ARG C 89 ? LEU H 87 ARG H 89 AA4 2 HIS C 98 ? PRO C 100 ? HIS H 98 PRO H 100 AA5 1 ILE C 131 ? PRO C 133 ? ILE H 131 PRO H 133 AA5 2 ILE C 160 ? ASP C 170 ? ILE H 160 ASP H 170 AA5 3 MET C 175 ? GLU C 182 ? MET H 175 GLU H 182 AA5 4 THR C 188 ? PRO C 192 ? THR H 188 PRO H 192 AA6 1 ILE C 131 ? PRO C 133 ? ILE H 131 PRO H 133 AA6 2 ILE C 160 ? ASP C 170 ? ILE H 160 ASP H 170 AA6 3 PRO C 152 ? ARG C 154 ? PRO H 152 ARG H 154 AA6 4 VAL C 203 ? VAL C 205 ? VAL H 203 VAL H 205 AA6 5 VAL C 196 ? VAL C 198 ? VAL H 196 VAL H 198 AA7 1 TRP T 26 ? VAL T 27 ? TRP l 25 VAL l 26 AA7 2 PHE T 30 ? TYR T 31 ? PHE l 29 TYR l 30 AA8 1 GLN U 12 ? ARG U 14 ? GLN m 11 ARG m 13 AA8 2 HIS V 141 ? ALA V 144 ? HIS h 141 ALA h 144 AA9 1 LYS V 62 ? LEU V 66 ? LYS h 62 LEU h 66 AA9 2 GLY V 71 ? VAL V 75 ? GLY h 71 VAL h 75 AB1 1 LEU V 87 ? ARG V 89 ? LEU h 87 ARG h 89 AB1 2 HIS V 98 ? PRO V 100 ? HIS h 98 PRO h 100 AB2 1 ILE V 131 ? PRO V 133 ? ILE h 131 PRO h 133 AB2 2 ILE V 160 ? ASP V 170 ? ILE h 160 ASP h 170 AB2 3 MET V 175 ? GLU V 182 ? MET h 175 GLU h 182 AB2 4 THR V 188 ? PRO V 192 ? THR h 188 PRO h 192 AB3 1 ILE V 131 ? PRO V 133 ? ILE h 131 PRO h 133 AB3 2 ILE V 160 ? ASP V 170 ? ILE h 160 ASP h 170 AB3 3 PRO V 152 ? ARG V 154 ? PRO h 152 ARG h 154 AB3 4 VAL V 203 ? VAL V 205 ? VAL h 203 VAL h 205 AB3 5 VAL V 196 ? VAL V 198 ? VAL h 196 VAL h 198 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 N VAL A 27 ? N VAL L 26 O PHE A 30 ? O PHE L 29 AA2 1 2 N GLN B 12 ? N GLN M 11 O SER C 143 ? O SER H 143 AA3 1 2 N LYS C 62 ? N LYS H 62 O VAL C 75 ? O VAL H 75 AA4 1 2 N ALA C 88 ? N ALA H 88 O ALA C 99 ? O ALA H 99 AA5 1 2 N LYS C 132 ? N LYS H 132 O VAL C 169 ? O VAL H 169 AA5 2 3 N TRP C 168 ? N TRP H 168 O PHE C 178 ? O PHE H 178 AA5 3 4 N LEU C 179 ? N LEU H 179 O LEU C 191 ? O LEU H 191 AA6 1 2 N LYS C 132 ? N LYS H 132 O VAL C 169 ? O VAL H 169 AA6 2 3 O GLY C 162 ? O GLY H 162 N VAL C 153 ? N VAL H 153 AA6 3 4 N ARG C 154 ? N ARG H 154 O VAL C 203 ? O VAL H 203 AA6 4 5 O HIS C 204 ? O HIS H 204 N LYS C 197 ? N LYS H 197 AA7 1 2 N VAL T 27 ? N VAL l 26 O PHE T 30 ? O PHE l 29 AA8 1 2 N GLN U 12 ? N GLN m 11 O SER V 143 ? O SER h 143 AA9 1 2 N LYS V 62 ? N LYS h 62 O VAL V 75 ? O VAL h 75 AB1 1 2 N ALA V 88 ? N ALA h 88 O ALA V 99 ? O ALA h 99 AB2 1 2 N LYS V 132 ? N LYS h 132 O VAL V 169 ? O VAL h 169 AB2 2 3 N TRP V 168 ? N TRP h 168 O PHE V 178 ? O PHE h 178 AB2 3 4 N LEU V 179 ? N LEU h 179 O LEU V 191 ? O LEU h 191 AB3 1 2 N LYS V 132 ? N LYS h 132 O VAL V 169 ? O VAL h 169 AB3 2 3 O GLY V 162 ? O GLY h 162 N VAL V 153 ? N VAL h 153 AB3 3 4 N ARG V 154 ? N ARG h 154 O VAL V 203 ? O VAL h 203 AB3 4 5 O HIS V 204 ? O HIS h 204 N LYS V 197 ? N LYS h 197 # _atom_sites.entry_id 7VB9 _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[1] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[2] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[3] ? _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0.00000 _atom_sites.solution_primary ? _atom_sites.solution_secondary ? _atom_sites.solution_hydrogens ? _atom_sites.special_details ? # loop_ _atom_type.symbol C FE MG N O P S # loop_ _pdbx_poly_seq_scheme.asym_id _pdbx_poly_seq_scheme.entity_id _pdbx_poly_seq_scheme.seq_id _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id _pdbx_poly_seq_scheme.ndb_seq_num _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_strand_id _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_ins_code _pdbx_poly_seq_scheme.hetero A 1 1 MET 1 0 ? ? ? L . n A 1 2 ALA 2 1 1 ALA ALA L . n A 1 3 LEU 3 2 2 LEU LEU L . n A 1 4 LEU 4 3 3 LEU LEU L . n A 1 5 SER 5 4 4 SER SER L . n A 1 6 PHE 6 5 5 PHE PHE L . n A 1 7 GLU 7 6 6 GLU GLU L . n A 1 8 ARG 8 7 7 ARG ARG L . n A 1 9 LYS 9 8 8 LYS LYS L . n A 1 10 TYR 10 9 9 TYR TYR L . n A 1 11 ARG 11 10 10 ARG ARG L . n A 1 12 VAL 12 11 11 VAL VAL L . n A 1 13 PRO 13 12 12 PRO PRO L . n A 1 14 GLY 14 13 13 GLY GLY L . n A 1 15 GLY 15 14 14 GLY GLY L . n A 1 16 THR 16 15 15 THR THR L . n A 1 17 LEU 17 16 16 LEU LEU L . n A 1 18 VAL 18 17 17 VAL VAL L . n A 1 19 GLY 19 18 18 GLY GLY L . n A 1 20 GLY 20 19 19 GLY GLY L . n A 1 21 ASN 21 20 20 ASN ASN L . n A 1 22 LEU 22 21 21 LEU LEU L . n A 1 23 PHE 23 22 22 PHE PHE L . n A 1 24 ASP 24 23 23 ASP ASP L . n A 1 25 PHE 25 24 24 PHE PHE L . n A 1 26 TRP 26 25 25 TRP TRP L . n A 1 27 VAL 27 26 26 VAL VAL L . n A 1 28 GLY 28 27 27 GLY GLY L . n A 1 29 PRO 29 28 28 PRO PRO L . n A 1 30 PHE 30 29 29 PHE PHE L . n A 1 31 TYR 31 30 30 TYR TYR L . n A 1 32 VAL 32 31 31 VAL VAL L . n A 1 33 GLY 33 32 32 GLY GLY L . n A 1 34 PHE 34 33 33 PHE PHE L . n A 1 35 PHE 35 34 34 PHE PHE L . n A 1 36 GLY 36 35 35 GLY GLY L . n A 1 37 VAL 37 36 36 VAL VAL L . n A 1 38 ALA 38 37 37 ALA ALA L . n A 1 39 THR 39 38 38 THR THR L . n A 1 40 PHE 40 39 39 PHE PHE L . n A 1 41 PHE 41 40 40 PHE PHE L . n A 1 42 PHE 42 41 41 PHE PHE L . n A 1 43 ALA 43 42 42 ALA ALA L . n A 1 44 ALA 44 43 43 ALA ALA L . n A 1 45 LEU 45 44 44 LEU LEU L . n A 1 46 GLY 46 45 45 GLY GLY L . n A 1 47 ILE 47 46 46 ILE ILE L . n A 1 48 ILE 48 47 47 ILE ILE L . n A 1 49 LEU 49 48 48 LEU LEU L . n A 1 50 ILE 50 49 49 ILE ILE L . n A 1 51 ALA 51 50 50 ALA ALA L . n A 1 52 TRP 52 51 51 TRP TRP L . n A 1 53 SER 53 52 52 SER SER L . n A 1 54 ALA 54 53 53 ALA ALA L . n A 1 55 VAL 55 54 54 VAL VAL L . n A 1 56 LEU 56 55 55 LEU LEU L . n A 1 57 GLN 57 56 56 GLN GLN L . n A 1 58 GLY 58 57 57 GLY GLY L . n A 1 59 THR 59 58 58 THR THR L . n A 1 60 TRP 60 59 59 TRP TRP L . n A 1 61 ASN 61 60 60 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