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EMDB EMD-32059 ? ? # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type EMDB 'The structure of dimeric photosynthetic RC-LH1 supercomplex in Class-2' EMD-32059 'associated EM volume' PDB 'The structure of dimeric photosynthetic RC-LH1 supercomplex in Class-1' 7VOR unspecified EMDB 'The structure of dimeric photosynthetic RC-LH1 supercomplex in Class-1' EMD-32058 'other EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 7VOT _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2021-10-14 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBJ _pdbx_database_status.process_site PDBJ _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible N # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Cao, P.' 1 ? 'Li, M.' 2 ? 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_citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Cao, P.' 1 ? primary 'Bracun, L.' 2 0000-0001-7698-3718 primary 'Yamagata, A.' 3 0000-0001-9285-1256 primary 'Christianson, B.M.' 4 ? primary 'Negami, T.' 5 ? primary 'Zou, B.' 6 ? primary 'Terada, T.' 7 0000-0002-7091-0646 primary 'Canniffe, D.P.' 8 ? primary 'Shirouzu, M.' 9 0000-0002-7997-2149 primary 'Li, M.' 10 0000-0002-1742-2360 primary 'Liu, L.N.' 11 0000-0002-8884-4819 # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 7VOT _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? 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_entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MALLSFERKYRVPGGTLVGGNLFDFWVGPFYVGFFGVATFFFAALGIILIAWSAVLQGTWNPQLISVYPPALEYGLGGAP LAKGGLWQIITICATGAFVSWALREVEICRKLGIGYHIPFAFAFAILAYLTLVLFRPVMMGAWGYAFPYGIWTHLDWVSN TGYTYGNFHYNPAHMIAISFFFTNALALALHGALVLSAANPEKGKEMRTPDHEDTFFRDLVGYSIGTLGIHRLGLLLSLS AVFFSALCMIITGTIWFDQWVDWWQWWVKLPWWANIPGGING ; ;MALLSFERKYRVPGGTLVGGNLFDFWVGPFYVGFFGVATFFFAALGIILIAWSAVLQGTWNPQLISVYPPALEYGLGGAP LAKGGLWQIITICATGAFVSWALREVEICRKLGIGYHIPFAFAFAILAYLTLVLFRPVMMGAWGYAFPYGIWTHLDWVSN TGYTYGNFHYNPAHMIAISFFFTNALALALHGALVLSAANPEKGKEMRTPDHEDTFFRDLVGYSIGTLGIHRLGLLLSLS AVFFSALCMIITGTIWFDQWVDWWQWWVKLPWWANIPGGING ; L,l ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MAEYQNIFSQVQVRGPADLGMTEDVNLANRSGVGPFSTLLGWFGNAQLGPIYLGSLGVLSLFSGLMWFFTIGIWFWYQAG WNPAVFLRDLFFFSLEPPAPEYGLSFAAPLKEGGLWLIASFFMFVAVWSWWGRTYLRAQALGMGKHTAWAFLSAIWLWMV LGFIRPILMGSWSEAVPYGIFSHLDWTNNFSLVHGNLFYNPFHGLSIAFLYGSALLFAMHGATILAVSRFGGERELEQIA DRGTAAERAALFWRWTMGFNATMEGIHRWAIWMAVLVTLTGGIGILLSGTVVDNWYVWGQNHGMAPLN ; ;MAEYQNIFSQVQVRGPADLGMTEDVNLANRSGVGPFSTLLGWFGNAQLGPIYLGSLGVLSLFSGLMWFFTIGIWFWYQAG WNPAVFLRDLFFFSLEPPAPEYGLSFAAPLKEGGLWLIASFFMFVAVWSWWGRTYLRAQALGMGKHTAWAFLSAIWLWMV LGFIRPILMGSWSEAVPYGIFSHLDWTNNFSLVHGNLFYNPFHGLSIAFLYGSALLFAMHGATILAVSRFGGERELEQIA DRGTAAERAALFWRWTMGFNATMEGIHRWAIWMAVLVTLTGGIGILLSGTVVDNWYVWGQNHGMAPLN ; M,m ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MVGVTAFGNFDLASLAIYSFWIFLAGLIYYLQTENMREGYPLENEDGTPAANQGPFPLPKPKTFILPHGRGTLTVPGPES EDRPIALARTAVSEGFPHAPTGDPMKDGVGPASWVARRDLPELDGHGHNKIKPMKAAAGFHVSAGKNPIGLPVRGCDLEI AGKVVDIWVDIPEQMARFLEVELKDGSTRLLPMQMVKVQSNRVHVNALSSDLFAGIPTIKSPTEVTLLEEDKICGYVAGG LMYAAPKRKSVVAAMLAEYA ; ;MVGVTAFGNFDLASLAIYSFWIFLAGLIYYLQTENMREGYPLENEDGTPAANQGPFPLPKPKTFILPHGRGTLTVPGPES EDRPIALARTAVSEGFPHAPTGDPMKDGVGPASWVARRDLPELDGHGHNKIKPMKAAAGFHVSAGKNPIGLPVRGCDLEI AGKVVDIWVDIPEQMARFLEVELKDGSTRLLPMQMVKVQSNRVHVNALSSDLFAGIPTIKSPTEVTLLEEDKICGYVAGG LMYAAPKRKSVVAAMLAEYA ; H,h ? 4 'polypeptide(L)' no no MSKFYKIWMIFDPRRVFVAQGVFLFLLAVMIHLILLSTPSYNWLEISAAKYNRVAVAE MSKFYKIWMIFDPRRVFVAQGVFLFLLAVMIHLILLSTPSYNWLEISAAKYNRVAVAE A,D,F,I,K,O,Q,S,U,W,3,1,7,9,a,d,f,i,k,o,q,s,u,w,5,b1,6,b9 ? 5 'polypeptide(L)' no no MADKSDLGYTGLTDEQAQELHSVYMSGLWLFSAVAIVAHLAVYIWRPWF MADKSDLGYTGLTDEQAQELHSVYMSGLWLFSAVAIVAHLAVYIWRPWF B,E,G,J,N,P,R,T,V,C,Z,2,8,0,b,e,g,j,n,p,r,t,v,c,z,4,b8,b0 ? 6 'polypeptide(L)' no no ;MADKTIFNDHLNTNPKTNLRLWVAFQMMKGAGWAGGVFFGTLLLIGFFRVVGRMLPIQENQAPAPNITGALETGIELIKH LV ; ;MADKTIFNDHLNTNPKTNLRLWVAFQMMKGAGWAGGVFFGTLLLIGFFRVVGRMLPIQENQAPAPNITGALETGIELIKH LV ; X,x ? 7 'polypeptide(L)' no no MPEVSEFAFRLMMAAVIFVGVGIMFAFAGGHWFVGLVVGGLVAAFFAATPNSN MPEVSEFAFRLMMAAVIFVGVGIMFAFAGGHWFVGLVVGGLVAAFFAATPNSN Y,y ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 ALA n 1 3 LEU n 1 4 LEU n 1 5 SER n 1 6 PHE n 1 7 GLU n 1 8 ARG n 1 9 LYS n 1 10 TYR n 1 11 ARG n 1 12 VAL n 1 13 PRO n 1 14 GLY n 1 15 GLY n 1 16 THR n 1 17 LEU n 1 18 VAL n 1 19 GLY n 1 20 GLY n 1 21 ASN n 1 22 LEU n 1 23 PHE n 1 24 ASP n 1 25 PHE n 1 26 TRP n 1 27 VAL n 1 28 GLY n 1 29 PRO n 1 30 PHE n 1 31 TYR n 1 32 VAL n 1 33 GLY n 1 34 PHE n 1 35 PHE n 1 36 GLY n 1 37 VAL n 1 38 ALA n 1 39 THR n 1 40 PHE n 1 41 PHE n 1 42 PHE n 1 43 ALA n 1 44 ALA n 1 45 LEU n 1 46 GLY n 1 47 ILE n 1 48 ILE n 1 49 LEU n 1 50 ILE n 1 51 ALA n 1 52 TRP n 1 53 SER n 1 54 ALA n 1 55 VAL n 1 56 LEU n 1 57 GLN n 1 58 GLY n 1 59 THR n 1 60 TRP n 1 61 ASN n 1 62 PRO n 1 63 GLN n 1 64 LEU n 1 65 ILE n 1 66 SER n 1 67 VAL n 1 68 TYR n 1 69 PRO n 1 70 PRO n 1 71 ALA n 1 72 LEU n 1 73 GLU n 1 74 TYR n 1 75 GLY n 1 76 LEU n 1 77 GLY n 1 78 GLY n 1 79 ALA n 1 80 PRO n 1 81 LEU n 1 82 ALA n 1 83 LYS n 1 84 GLY n 1 85 GLY n 1 86 LEU n 1 87 TRP n 1 88 GLN n 1 89 ILE n 1 90 ILE n 1 91 THR n 1 92 ILE n 1 93 CYS n 1 94 ALA n 1 95 THR n 1 96 GLY n 1 97 ALA n 1 98 PHE n 1 99 VAL n 1 100 SER n 1 101 TRP n 1 102 ALA n 1 103 LEU n 1 104 ARG n 1 105 GLU n 1 106 VAL n 1 107 GLU n 1 108 ILE n 1 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GLY n 1 193 ALA n 1 194 LEU n 1 195 VAL n 1 196 LEU n 1 197 SER n 1 198 ALA n 1 199 ALA n 1 200 ASN n 1 201 PRO n 1 202 GLU n 1 203 LYS n 1 204 GLY n 1 205 LYS n 1 206 GLU n 1 207 MET n 1 208 ARG n 1 209 THR n 1 210 PRO n 1 211 ASP n 1 212 HIS n 1 213 GLU n 1 214 ASP n 1 215 THR n 1 216 PHE n 1 217 PHE n 1 218 ARG n 1 219 ASP n 1 220 LEU n 1 221 VAL n 1 222 GLY n 1 223 TYR n 1 224 SER n 1 225 ILE n 1 226 GLY n 1 227 THR n 1 228 LEU n 1 229 GLY n 1 230 ILE n 1 231 HIS n 1 232 ARG n 1 233 LEU n 1 234 GLY n 1 235 LEU n 1 236 LEU n 1 237 LEU n 1 238 SER n 1 239 LEU n 1 240 SER n 1 241 ALA n 1 242 VAL n 1 243 PHE n 1 244 PHE n 1 245 SER n 1 246 ALA n 1 247 LEU n 1 248 CYS n 1 249 MET n 1 250 ILE n 1 251 ILE n 1 252 THR n 1 253 GLY n 1 254 THR n 1 255 ILE n 1 256 TRP n 1 257 PHE n 1 258 ASP n 1 259 GLN n 1 260 TRP n 1 261 VAL n 1 262 ASP n 1 263 TRP n 1 264 TRP n 1 265 GLN n 1 266 TRP n 1 267 TRP n 1 268 VAL n 1 269 LYS n 1 270 LEU n 1 271 PRO n 1 272 TRP n 1 273 TRP n 1 274 ALA n 1 275 ASN 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'Rhodobacter sphaeroides 2.4.1' 272943 ? ? 2.4.1. ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 1 sample 1 308 ? 'Rhodobacter sphaeroides 2.4.1' 272943 ? ? 2.4.1. ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3 1 sample 1 260 ? 'Rhodobacter sphaeroides 2.4.1' 272943 ? ? 2.4.1. ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 4 1 sample 1 58 ? 'Rhodobacter sphaeroides 2.4.1' 272943 ? ? 2.4.1. ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 5 1 sample 1 49 ? 'Rhodobacter sphaeroides 2.4.1' 272943 ? ? 2.4.1. ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 6 1 sample 1 82 ? 'Rhodobacter sphaeroides 2.4.1' 272943 ? ? 2.4.1. ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 7 1 sample 1 53 ? 'Rhodobacter sphaeroides 2.4.1' 272943 ? ? 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U5NME9 1 ? 53 ? 1 53 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 BCL non-polymer . 'BACTERIOCHLOROPHYLL A' ? 'C55 H74 Mg N4 O6' 911.504 BPB non-polymer . 'BACTERIOPHEOPHYTIN B' ? 'C55 H74 N4 O6' 887.199 CDL non-polymer . CARDIOLIPIN ;DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL; BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL ; 'C81 H156 O17 P2 -2' 1464.043 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 FE2 non-polymer . 'FE (II) ION' ? 'Fe 2' 55.845 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 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ASP d 12 THR d 38 1 ? 27 HELX_P HELX_P159 AR6 ASN MA 42 ? TYR MA 51 ? ASN d 42 TYR d 51 1 ? 10 HELX_P HELX_P160 AR7 THR NA 13 ? ARG NA 46 ? THR e 13 ARG e 46 1 ? 34 HELX_P HELX_P161 AR8 MET OA 1 ? TYR OA 5 ? MET f 1 TYR f 5 5 ? 5 HELX_P HELX_P162 AR9 LYS OA 6 ? PHE OA 11 ? LYS f 6 PHE f 11 1 ? 6 HELX_P HELX_P163 AS1 ASP OA 12 ? THR OA 38 ? ASP f 12 THR f 38 1 ? 27 HELX_P HELX_P164 AS2 ASN OA 42 ? TYR OA 51 ? ASN f 42 TYR f 51 1 ? 10 HELX_P HELX_P165 AS3 THR PA 13 ? ARG PA 46 ? THR g 13 ARG g 46 1 ? 34 HELX_P HELX_P166 AS4 LYS QA 3 ? ILE QA 10 ? LYS i 3 ILE i 10 5 ? 8 HELX_P HELX_P167 AS5 ASP QA 12 ? THR QA 38 ? ASP i 12 THR i 38 1 ? 27 HELX_P HELX_P168 AS6 ASN QA 42 ? ASN QA 52 ? ASN i 42 ASN i 52 1 ? 11 HELX_P HELX_P169 AS7 THR RA 13 ? ARG RA 46 ? THR j 13 ARG j 46 1 ? 34 HELX_P HELX_P170 AS8 LYS SA 3 ? TYR SA 5 ? LYS k 3 TYR k 5 5 ? 3 HELX_P HELX_P171 AS9 LYS SA 6 ? PHE SA 11 ? LYS k 6 PHE k 11 1 ? 6 HELX_P HELX_P172 AT1 ASP SA 12 ? THR SA 38 ? 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FE ? ? m HIS 266 m FE2 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.217 ? ? # _struct_conn_type.id metalc _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 GLY 49 B . ? GLY 48 M PRO 50 B ? PRO 49 M 1 0.91 2 TYR 40 C . ? TYR 40 H PRO 41 C ? PRO 41 H 1 2.50 3 VAL 75 C . ? VAL 75 H PRO 76 C ? PRO 76 H 1 -1.17 4 GLY 49 IA . ? 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