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'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP SPIKE_SARS2 P0DTC2 ? 1 ;QCVNLTTRTQLPPAYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSNVTWFHAIHVSGTNGTKRFDNPVLPFNDGVYFA STEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLGVYYHKNNKSWMESEFRVYSSANNCTFEYVSQ PFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLVRDLPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQTLLALHRSYLTPGD SSSGWTAGAAAYYVGYLQPRTFLLKYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFPNIT NLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPG QTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQ SYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNFNFNGLTGTGVLTESNKKFLPFQQFGRDIADTT DAVRDPQTLEILDITPCSFGGVSVITPGTNTSNQVAVLYQDVNCTEVPVAIHADQLTPTWRVYSTGSNVFQTRAGCLIGA EHVNNSYECDIPIGAGICASYQTQTNSPRRARSVASQSIIAYTMSLGAENSVAYSNNSIAIPTNFTISVTTEILPVSMTK TSVDCTMYICGDSTECSNLLLQYGSFCTQLNRALTGIAVEQDKNTQEVFAQVKQIYKTPPIKDFGGFNFSQILPDPSKPS KRSFIEDLLFNKVTLADAGFIKQYGDCLGDIAARDLICAQKFNGLTVLPPLLTDEMIAQYTSALLAGTITSGWTFGAGAA LQIPFAMQMAYRFNGIGVTQNVLYENQKLIANQFNSAIGKIQDSLSSTASALGKLQDVVNQNAQALNTLVKQLSSNFGAI SSVLNDILSRLDKVEAEVQIDRLITGRLQSLQTYVTQQLIRAAEIRASANLAATKMSECVLGQSKRVDFCGKGYHLMSFP QSAPHGVVFLHVTYVPAQEKNFTTAPAICHDGKAHFPREGVFVSNGTHWFVTQRNFYEPQIITTDNTFVSGNCDVVIGIV NNTVYDPLQPELD ; 14 2 UNP ACE2_HUMAN Q9BYF1 ? 2 ;STIEEQAKTFLDKFNHEAEDLFYQSSLASWNYNTNITEENVQNMNNAGDKWSAFLKEQSTLAQMYPLQEIQNLTVKLQLQ ALQQNGSSVLSEDKSKRLNTILNTMSTIYSTGKVCNPDNPQECLLLEPGLNEIMANSLDYNERLWAWESWRSEVGKQLRP LYEEYVVLKNEMARANHYEDYGDYWRGDYEVNGVDGYDYSRGQLIEDVEHTFEEIKPLYEHLHAYVRAKLMNAYPSYISP IGCLPAHLLGDMWGRFWTNLYSLTVPFGQKPNIDVTDAMVDQAWDAQRIFKEAEKFFVSVGLPNMTQGFWENSMLTDPGN VQKAVCHPTAWDLGKGDFRILMCTKVTMDDFLTAHHEMGHIQYDMAYAAQPFLLRNGANEGFHEAVGEIMSLSAATPKHL KSIGLLSPDFQEDNETEINFLLKQALTIVGTLPFTYMLEKWRWMVFKGEIPKDQWMKKWWEMKREIVGVVEPVPHDETYC DPASLFHVSNDYSFIRYYTRTLYQFQFQEALCQAAKHEGPLHKCDISNSTEAGQKLFNMLRLGKSEPWTLALENVVGAKN MNVRPLLNYFEPLFTWLKDQNKNSFVGWSTDWSPYAD ; 19 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7VX9 A 1 ? 1133 ? 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'expression tag' 1147 7 2 7VX9 LYS B 141 ? UNP P0DTC2 GLU 154 variant 154 8 2 7VX9 ARG B 439 ? UNP P0DTC2 LEU 452 variant 452 9 2 7VX9 GLN B 471 ? UNP P0DTC2 GLU 484 variant 484 10 2 7VX9 GLY B 601 ? UNP P0DTC2 ASP 614 variant 614 11 2 7VX9 PRO B 973 ? UNP P0DTC2 LYS 986 variant 986 12 2 7VX9 PRO B 974 ? UNP P0DTC2 VAL 987 variant 987 13 2 7VX9 SER B 1134 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1147 14 3 7VX9 LYS D 141 ? UNP P0DTC2 GLU 154 variant 154 15 3 7VX9 ARG D 439 ? UNP P0DTC2 LEU 452 variant 452 16 3 7VX9 GLN D 471 ? UNP P0DTC2 GLU 484 variant 484 17 3 7VX9 GLY D 601 ? UNP P0DTC2 ASP 614 variant 614 18 3 7VX9 PRO D 973 ? UNP P0DTC2 LYS 986 variant 986 19 3 7VX9 PRO D 974 ? UNP P0DTC2 VAL 987 variant 987 20 3 7VX9 SER D 1134 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 1147 21 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7VX9 _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 7VX9 _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.001 ? 47212 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.423 ? 78941 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 9.467 ? 28321 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.040 ? 4758 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.002 ? 7720 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 7VX9 _struct.title 'SARS-CoV-2 Kappa variant spike protein in complex wth ACE2, state C1' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7VX9 _struct_keywords.text 'SARS-CoV-2, coronavirus, Kappa variant, B.1.617.1 lineage, spike protein, VIRAL PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 2 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ASP A 281 ? LYS A 291 ? ASP A 294 LYS A 304 1 ? 11 HELX_P HELX_P2 AA2 TYR A 352 ? SER A 358 ? TYR A 365 SER A 371 1 ? 7 HELX_P HELX_P3 AA3 THR A 372 ? LEU A 377 ? THR A 385 LEU A 390 1 ? 6 HELX_P HELX_P4 AA4 ARG A 390 ? ILE A 397 ? ARG A 403 ILE A 410 5 ? 8 HELX_P HELX_P5 AA5 GLY A 403 ? TYR A 408 ? GLY A 416 TYR A 421 1 ? 6 HELX_P HELX_P6 AA6 SER A 425 ? SER A 430 ? SER A 438 SER A 443 1 ? 6 HELX_P HELX_P7 AA7 ASP A 724 ? CYS A 730 ? ASP A 737 CYS A 743 1 ? 7 HELX_P HELX_P8 AA8 SER A 733 ? GLN A 742 ? SER A 746 GLN A 755 1 ? 10 HELX_P HELX_P9 AA9 SER A 745 ? ALA A 770 ? SER A 758 ALA A 783 1 ? 26 HELX_P HELX_P10 AB1 SER A 803 ? LYS A 812 ? SER A 816 LYS A 825 1 ? 10 HELX_P HELX_P11 AB2 THR A 853 ? GLY A 872 ? THR A 866 GLY A 885 1 ? 20 HELX_P HELX_P12 AB3 TRP A 873 ? GLY A 878 ? TRP A 886 GLY A 891 1 ? 6 HELX_P HELX_P13 AB4 PRO A 884 ? ILE A 896 ? PRO A 897 ILE A 909 1 ? 13 HELX_P HELX_P14 AB5 GLN A 900 ? THR A 928 ? GLN A 913 THR A 941 1 ? 29 HELX_P HELX_P15 AB6 ALA A 929 ? ALA A 931 ? ALA A 942 ALA A 944 5 ? 3 HELX_P HELX_P16 AB7 LEU A 932 ? GLN A 952 ? LEU A 945 GLN A 965 1 ? 21 HELX_P HELX_P17 AB8 LEU A 953 ? SER A 955 ? LEU A 966 SER A 968 5 ? 3 HELX_P HELX_P18 AB9 VAL A 963 ? SER A 969 ? VAL A 976 SER A 982 1 ? 7 HELX_P HELX_P19 AC1 ASP A 972 ? CYS A 1019 ? ASP A 985 CYS A 1032 1 ? 48 HELX_P HELX_P20 AC2 PRO A 1127 ? 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