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EMDB EMD-32192 ? ? # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'STRUCTURE OF PHOTOSYNTHETIC LH1-RC SUPER-COMPLEX OF RHODOBACTER SPHAEROIDES DIMER' _pdbx_database_related.db_id EMD-32192 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 7VY2 _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2021-11-13 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBJ _pdbx_database_status.process_site PDBJ _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible N # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Tani, K.' 1 ? 'Kanno, R.' 2 ? 'Kawamura, S.' 3 ? 'Kikuchi, R.' 4 ? 'Nagashima, K.V.P.' 5 ? 'Hall, M.' 6 ? 'Takahashi, A.' 7 ? 'Yu, L.-J.' 8 ? 'Kimura, Y.' 9 ? 'Madigan, M.T.' 10 ? 'Mizoguchi, A.' 11 ? 'Humbel, B.M.' 12 ? 'Wang-Otomo, Z.-Y.' 13 ? # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'Nat Commun' _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 2041-1723 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 13 _citation.language ? _citation.page_first 1904 _citation.page_last 1904 _citation.title 'Asymmetric structure of the native Rhodobacter sphaeroides dimeric LH1-RC complex.' _citation.year 2022 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s41467-022-29453-8 _citation.pdbx_database_id_PubMed 35393413 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Tani, K.' 1 0000-0003-4835-154X primary 'Kanno, R.' 2 ? primary 'Kikuchi, R.' 3 ? primary 'Kawamura, S.' 4 ? primary 'Nagashima, K.V.P.' 5 ? primary 'Hall, M.' 6 ? primary 'Takahashi, A.' 7 ? primary 'Yu, L.J.' 8 0000-0002-4962-1049 primary 'Kimura, Y.' 9 0000-0003-3747-0367 primary 'Madigan, M.T.' 10 ? primary 'Mizoguchi, A.' 11 ? primary 'Humbel, B.M.' 12 ? primary 'Wang-Otomo, Z.Y.' 13 0000-0003-1676-2002 # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 7VY2 _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? 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_entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;ALLSFERKYRVPGGTLVGGNLFDFWVGPFYVGFFGVATFFFAALGIILIAWSAVLQGTWNPQLISVYPPALEYGLGGAPL AKGGLWQIITICATGAFVSWALREVEICRKLGIGYHIPFAFAFAILAYLTLVLFRPVMMGAWGYAFPYGIWTHLDWVSNT GYTYGNFHYNPAHMIAITFFFTNALALALHGALVLSAANPEKGKEMRTPDHEDTFFRDLVGYSIGTLGIHRLGLLLSLSA VFFSALCMIITGTIWFDQWVDWWQWWVKLPWWANIPGGING ; ;ALLSFERKYRVPGGTLVGGNLFDFWVGPFYVGFFGVATFFFAALGIILIAWSAVLQGTWNPQLISVYPPALEYGLGGAPL AKGGLWQIITICATGAFVSWALREVEICRKLGIGYHIPFAFAFAILAYLTLVLFRPVMMGAWGYAFPYGIWTHLDWVSNT GYTYGNFHYNPAHMIAITFFFTNALALALHGALVLSAANPEKGKEMRTPDHEDTFFRDLVGYSIGTLGIHRLGLLLSLSA VFFSALCMIITGTIWFDQWVDWWQWWVKLPWWANIPGGING ; L,l ? 2 'polypeptide(L)' no no ;AEYQNIFTQVQVRGPADLGMTEDVNLANRSGVGPFSTLLGWFGNAQLGPIYLGSLGVLSLFSGLMWFFTIGIWFWYQAGW NPAVFLRDLFFFSLEPPAPEYGLSFAAPLKEGGLWLIASFFMFVAVWSWWGRTYLRAQALGMGKHTAWAFLSAIWLWMVL 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AGKVVDIWVDIPEQMARFLEVELKDGSTRLLPMQMVKVQSNRVHVNALSSDLFAGIPTIKSPTEVTLLEEDKICGYVAGG LMYAAPKRKSVVAAMLAEYA ; H,h ? 4 'polypeptide(L)' no yes '(FME)SKFYKIWMIFDPRRVFVAQGVFLFLLAVMIHLILLSTPSYNWLEISAAKYNRV' MSKFYKIWMIFDPRRVFVAQGVFLFLLAVMIHLILLSTPSYNWLEISAAKYNRV A,D,F,I,K,O,Q,S,V,Y,1,3,5,7,a,d,f,i,k,o,q,s,v,y,01,03,05,07 ? 5 'polypeptide(L)' no no ADKSDLGYTGLTDEQAQELHSVYMSGLWLFSAVAIVAHLAVYIWRPWF ADKSDLGYTGLTDEQAQELHSVYMSGLWLFSAVAIVAHLAVYIWRPWF B,E,G,J,N,P,R,T,W,Z,2,4,6,8,b,e,g,j,n,p,r,t,w,z,02,04,06,08 ? 6 'polypeptide(L)' no no ;ADKTIFNDHLNTNPKTNLRLWVAFQMMKGAGWAGGVFFGTLLLIGFFRVVGRMLPIDENPAPAPNITGALETGIELIKHL V ; ;ADKTIFNDHLNTNPKTNLRLWVAFQMMKGAGWAGGVFFGTLLLIGFFRVVGRMLPIDENPAPAPNITGALETGIELIKHL V ; X,x ? 7 'polypeptide(L)' no no MPEVSEFAFRLMMAAVIFVGVGIMFAFAGGHWFVGLVVGGLVAAFFAATPNSN MPEVSEFAFRLMMAAVIFVGVGIMFAFAGGHWFVGLVVGGLVAAFFAATPNSN U,u ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 ALA n 1 2 LEU n 1 3 LEU n 1 4 SER n 1 5 PHE n 1 6 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1 181 PHE n 1 182 THR n 1 183 ASN n 1 184 ALA n 1 185 LEU n 1 186 ALA n 1 187 LEU n 1 188 ALA n 1 189 LEU n 1 190 HIS n 1 191 GLY n 1 192 ALA n 1 193 LEU n 1 194 VAL n 1 195 LEU n 1 196 SER n 1 197 ALA n 1 198 ALA n 1 199 ASN n 1 200 PRO n 1 201 GLU n 1 202 LYS n 1 203 GLY n 1 204 LYS n 1 205 GLU n 1 206 MET n 1 207 ARG n 1 208 THR n 1 209 PRO n 1 210 ASP n 1 211 HIS n 1 212 GLU n 1 213 ASP n 1 214 THR n 1 215 PHE n 1 216 PHE n 1 217 ARG n 1 218 ASP n 1 219 LEU n 1 220 VAL n 1 221 GLY n 1 222 TYR n 1 223 SER n 1 224 ILE n 1 225 GLY n 1 226 THR n 1 227 LEU n 1 228 GLY n 1 229 ILE n 1 230 HIS n 1 231 ARG n 1 232 LEU n 1 233 GLY n 1 234 LEU n 1 235 LEU n 1 236 LEU n 1 237 SER n 1 238 LEU n 1 239 SER n 1 240 ALA n 1 241 VAL n 1 242 PHE n 1 243 PHE n 1 244 SER n 1 245 ALA n 1 246 LEU n 1 247 CYS n 1 248 MET n 1 249 ILE n 1 250 ILE n 1 251 THR n 1 252 GLY n 1 253 THR n 1 254 ILE n 1 255 TRP n 1 256 PHE n 1 257 ASP n 1 258 GLN n 1 259 TRP n 1 260 VAL n 1 261 ASP n 1 262 TRP n 1 263 TRP n 1 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ASP h 103 GLY h 108 1 ? 6 HELX_P HELX_P136 AP1 VAL JA 109 ? SER JA 113 ? VAL h 109 SER h 113 5 ? 5 HELX_P HELX_P137 AP2 GLN JA 194 ? VAL JA 196 ? GLN h 194 VAL h 196 5 ? 3 HELX_P HELX_P138 AP3 SER JA 209 ? PHE JA 213 ? SER h 209 PHE h 213 5 ? 5 HELX_P HELX_P139 AP4 THR JA 226 ? ALA JA 244 ? THR h 226 ALA h 244 1 ? 19 HELX_P HELX_P140 AP5 SER KA 2 ? ILE KA 10 ? SER a 2 ILE a 10 5 ? 9 HELX_P HELX_P141 AP6 ASP KA 12 ? THR KA 38 ? ASP a 12 THR a 38 1 ? 27 HELX_P HELX_P142 AP7 THR LA 12 ? ARG LA 45 ? THR b 12 ARG b 45 1 ? 34 HELX_P HELX_P143 AP8 SER MA 2 ? ILE MA 10 ? SER d 2 ILE d 10 5 ? 9 HELX_P HELX_P144 AP9 ASP MA 12 ? THR MA 38 ? ASP d 12 THR d 38 1 ? 27 HELX_P HELX_P145 AQ1 ASN MA 42 ? TYR MA 51 ? ASN d 42 TYR d 51 1 ? 10 HELX_P HELX_P146 AQ2 THR NA 12 ? ARG NA 45 ? THR e 12 ARG e 45 1 ? 34 HELX_P HELX_P147 AQ3 FME OA 1 ? ILE OA 10 ? FME f 1 ILE f 10 5 ? 10 HELX_P HELX_P148 AQ4 ASP OA 12 ? THR OA 38 ? ASP f 12 THR f 38 1 ? 27 HELX_P HELX_P149 AQ5 ASN OA 42 ? TYR OA 51 ? 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FE ? ? m HIS 266 m FE 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.333 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference covale ? ? metalc ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 GLY 48 B . ? GLY 48 M PRO 49 B ? PRO 49 M 1 0.23 2 TYR 40 C . ? TYR 40 H PRO 41 C ? PRO 41 H 1 2.54 3 VAL 75 C . ? VAL 75 H PRO 76 C ? 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