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'Structural basis of adhesion GPCR GPR110 activation by stalk peptide and G-proteins coupling' 2022 ? 10.1038/s41467-022-33173 ? ? ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Zhu, X.' 1 ? primary 'Qian, Y.' 2 ? primary 'Li, X.' 3 ? primary 'Xu, Z.' 4 ? primary 'Xia, R.' 5 ? primary 'Wang, N.' 6 ? primary 'Liang, J.' 7 ? primary 'Yin, H.' 8 ? primary 'Zhang, A.' 9 ? primary 'Guo, C.' 10 ? primary 'Wang, G.' 11 ? primary 'He, Y.' 12 0000-0001-9131-140X 1 'Zhu, X.' 13 ? 1 'Qian, Y.' 14 ? 1 'Li, X.' 15 ? 1 'Xu, Z.' 16 ? 1 'Xia, R.' 17 ? 1 'Wang, N.' 18 ? 1 'Liang, J.' 19 ? 1 'Yin, H.' 20 ? 1 'Zhang, A.' 21 ? 1 'Guo, C.' 22 ? 1 'Wang, G.' 23 ? 1 'He, Y.' 24 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Engineered G alpha 13 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'Insect BA phytoplasma' 1286942 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 PDB 7WY0 7WY0 ? 1 ? 1 2 UNP GBB1_HUMAN P62873 ? 2 ;SELDQLRQEAEQLKNQIRDARKACADATLSQITNNIDPVGRIQMRTRRTLRGHLAKIYAMHWGTDSRLLVSASQDGKLII WDSYTTNKVHAIPLRSSWVMTCAYAPSGNYVACGGLDNICSIYNLKTREGNVRVSRELAGHTGYLSCCRFLDDNQIVTSS GDTTCALWDIETGQQTTTFTGHTGDVMSLSLAPDTRLFVSGACDASAKLWDVREGMCRQTFTGHESDINAICFFPNGNAF ATGSDDATCRLFDLRADQELMTYSHDNIICGITSVSFSKSGRLLLAGYDDFNCNVWDALKADRAGVLAGHDNRVSCLGVT DDGMAVATGSWDSFLKIWN ; 2 3 PDB 7WY0 7WY0 ? 3 ? 1 4 UNP GBG2_HUMAN P59768 ? 4 MASNNTASIAQARKLVEQLKMEANIDRIKVSKAAADLMAYCEAHAKEDPLLTPVPASENPFREKKFFCAIL 1 5 UNP AGRF1_HUMAN Q5T601 ? 5 ;MKVGVLWLISFFTFTDGHGGFLGKNDGIKTKKELIVNKKKHLGPVEEYQLLLQVTYRDSKEKRDLRNFLKLLKPPLLWSH GLIRIIRAKATTDCNSLNGVLQCTCEDSYTWFPPSCLDPQNCYLHTAGALPSCECHLNNLSQSVNFCERTKIWGTFKINE RFTNDLLNSSSAIYSKYANGIEIQLKKAYERIQGFESVQVTQFRNGSIVAGYEVVGSSSASELLSAIEHVAEKAKTALHK LFPLEDGSFRVFGKAQCNDIVFGFGSKDDEYTLPCSSGYRGNITAKCESSGWQVIRETCVLSLLEELNKNFSMIVGNATE AAVSSFVQNLSVIIRQNPSTTVGNLASVVSILSNISSLSLASHFRVSNSTMEDVISIADNILNSASVTNWTVLLREEKYA SSRLLETLENISTLVPPTALPLNFSRKFIDWKGIPVNKSQLKRGYSYQIKMCPQNTSIPIRGRVLIGSDQFQRSLPETII SMASLTLGNILPVSKNGNAQVNGPVISTVIQNYSINEVFLFFSKIESNLSQPHCVFWDFSHLQWNDAGCHLVNETQDIVT CQCTHLTSFSILMSPFVPSTIFPVVKWITYVGLGISIGSLILCLIIEALFWKQIKKSQTSHTRRICMVNIALSLLIADVW FIVGATVDTTVNPSGVCTAAVFFTHFFYLSLFFWMLMLGILLAYRIILVFHHMAQHLMMAVGFCLGYGCPLIISVITIAV TQPSNTYKRKDVCWLNWSNGSKPLLAFVVPALAIVAVNFVVVLLVLTKLWRPTVGERLSRDDKATIIRVGKSLLILTPLL GLTWGFGIGTIVDSQNLAWHVIFALLNAFQGFFILCFGILLDSKLRQLLFNKLSALSSWKQTEKQNSSDLSAKPKFSKPF NPLQNKGHYAFSHTGDSSDNIMLTQFVSNE ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7WY0 A 1 ? 355 ? 7WY0 8 ? 378 ? 8 378 2 2 7WY0 B 7 ? 345 ? P62873 2 ? 340 ? 2 340 3 3 7WY0 C 1 ? 247 ? 7WY0 2 ? 249 ? 2 249 4 4 7WY0 D 1 ? 71 ? P59768 1 ? 71 ? 1 71 5 5 7WY0 R 1 ? 910 ? Q5T601 1 ? 910 ? 1 910 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 2 7WY0 MET B 1 ? UNP P62873 ? ? 'initiating methionine' -4 1 2 7WY0 GLY B 2 ? UNP P62873 ? ? 'expression tag' -3 2 2 7WY0 SER B 3 ? UNP P62873 ? ? 'expression tag' -2 3 2 7WY0 LEU B 4 ? UNP P62873 ? ? 'expression tag' -1 4 2 7WY0 LEU B 5 ? UNP P62873 ? ? 'expression tag' 0 5 2 7WY0 GLN B 6 ? UNP P62873 ? ? 'expression tag' 1 6 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7WY0 _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 7WY0 _struct.title 'GPR110/G13 complex' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7WY0 _struct_keywords.text 'GPCR, MEMBRANE PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'MEMBRANE PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ALA A 7 ? LEU A 33 ? ALA A 14 LEU A 40 1 ? 27 HELX_P HELX_P2 AA2 GLU A 43 ? ASN A 59 ? GLU A 50 ASN A 66 1 ? 17 HELX_P HELX_P3 AA3 GLU A 213 ? VAL A 218 ? GLU A 236 VAL A 241 5 ? 6 HELX_P HELX_P4 AA4 THR A 244 ? ASN A 255 ? THR A 267 ASN A 278 1 ? 12 HELX_P HELX_P5 AA5 ASN A 256 ? SER A 260 ? ASN A 279 SER A 283 5 ? 5 HELX_P HELX_P6 AA6 LYS A 270 ? ILE A 280 ? LYS A 293 ILE A 303 1 ? 11 HELX_P HELX_P7 AA7 LEU A 297 ? ARG A 309 ? LEU A 320 ARG A 332 1 ? 13 HELX_P HELX_P8 AA8 ASN A 332 ? LEU A 352 ? ASN A 355 LEU A 375 1 ? 21 HELX_P HELX_P9 AA9 LEU B 9 ? ALA B 31 ? LEU B 4 ALA B 26 1 ? 23 HELX_P HELX_P10 AB1 THR B 34 ? THR B 39 ? THR B 29 THR B 34 1 ? 6 HELX_P HELX_P11 AB2 ALA C 27 ? PHE C 31 ? ALA C 28 PHE C 32 5 ? 5 HELX_P HELX_P12 AB3 ARG C 86 ? THR C 90 ? ARG C 87 THR C 91 5 ? 5 HELX_P HELX_P13 AB4 ALA D 7 ? ASN D 24 ? ALA D 7 ASN D 24 1 ? 18 HELX_P HELX_P14 AB5 LYS D 29 ? HIS D 44 ? LYS D 29 HIS D 44 1 ? 16 HELX_P HELX_P15 AB6 SER E 568 ? MET E 573 ? SER R 568 MET R 573 5 ? 6 HELX_P HELX_P16 AB7 ILE E 581 ? PHE E 610 ? ILE R 581 PHE R 610 1 ? 30 HELX_P HELX_P17 AB8 TRP E 611 ? ILE E 614 ? TRP R 611 ILE R 614 5 ? 4 HELX_P HELX_P18 AB9 SER E 617 ? VAL E 647 ? SER R 617 VAL R 647 1 ? 31 HELX_P HELX_P19 AC1 THR E 658 ? ILE E 687 ? THR R 658 ILE R 687 1 ? 30 HELX_P HELX_P20 AC2 ALA E 694 ? TYR E 707 ? ALA R 694 TYR R 707 1 ? 14 HELX_P HELX_P21 AC3 TYR E 707 ? GLN E 722 ? TYR R 707 GLN R 722 1 ? 16 HELX_P HELX_P22 AC4 PRO E 723 ? ASN E 725 ? PRO R 723 ASN R 725 5 ? 3 HELX_P HELX_P23 AC5 LYS E 742 ? ALA E 746 ? LYS R 742 ALA R 746 5 ? 5 HELX_P HELX_P24 AC6 PHE E 747 ? TRP E 770 ? PHE R 747 TRP R 770 1 ? 24 HELX_P HELX_P25 AC7 THR E 785 ? LEU E 800 ? THR R 785 LEU R 800 1 ? 16 HELX_P HELX_P26 AC8 LEU E 802 ? GLY E 805 ? LEU R 802 GLY R 805 5 ? 4 HELX_P HELX_P27 AC9 PHE E 806 ? ASP E 813 ? PHE R 806 ASP R 813 1 ? 8 HELX_P HELX_P28 AD1 TRP E 819 ? ALA E 828 ? TRP R 819 ALA R 828 1 ? 10 HELX_P HELX_P29 AD2 PHE E 829 ? GLY E 838 ? PHE R 829 GLY R 838 1 ? 10 HELX_P HELX_P30 AD3 ASP E 842 ? SER E 854 ? ASP R 842 SER R 854 1 ? 13 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? 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AA4 ? 4 ? AA5 ? 4 ? AA6 ? 4 ? AA7 ? 4 ? AA8 ? 4 ? AA9 ? 4 ? AB1 ? 6 ? AB2 ? 4 ? AB3 ? 4 ? AB4 ? 6 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? parallel AA1 3 4 ? parallel AA1 4 5 ? parallel AA1 5 6 ? parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA3 3 4 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA4 3 4 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA5 3 4 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA7 3 4 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA8 3 4 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AA9 3 4 ? anti-parallel AB1 1 2 ? parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB1 3 4 ? anti-parallel AB1 4 5 ? anti-parallel AB1 5 6 ? anti-parallel AB2 1 2 ? parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB2 3 4 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB3 2 3 ? anti-parallel AB3 3 4 ? anti-parallel AB4 1 2 ? parallel AB4 2 3 ? anti-parallel AB4 3 4 ? anti-parallel AB4 4 5 ? anti-parallel AB4 5 6 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 TYR A 187 ? 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