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EMDB EMD-32900 ? ? # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type PDB . 7WYU unspecified PDB . 7WYW unspecified PDB . 7WYX unspecified PDB . 7WYY unspecified PDB . 7WYZ unspecified PDB . 7WYV unspecified EMDB 'Cryo-EM structure of Na+,K+-ATPase in the E2P state formed by inorganic phosphate with ouabain' EMD-32900 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 7WZ0 _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2022-02-16 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBJ _pdbx_database_status.process_site PDBJ _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal 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_citation.pdbx_database_id_PubMed 35380894 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Kanai, R.' 1 0000-0002-9213-5193 primary 'Cornelius, F.' 2 0000-0003-1566-0020 primary 'Vilsen, B.' 3 0000-0002-4727-9382 primary 'Toyoshima, C.' 4 0000-0001-9640-0778 # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 7WZ0 _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a 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;MARGKSKETDGGWKKFLWDSEKKEFLGRTGSSWFKIFLFYLIFYGCLAGIFIGTIQVLLLTLSDFEPKYQDRVAPPGLSH APYAIKTEISFSISNPKSYESFVKSMHKLMDLYNESSQAGNSPFEDCSDTPADYIKRGDLDDSQGQKKACRFSRMWLKNC SGLDDTTYGYAEGKPCVVAKLNRIIGFYPKPLKNTTDLPEELQANYNQYVLPLRCAAKREEDREKIGSIEYFGLGGYAGF PLQYYPYYGKRLQKKYLQPLLAIQFTNLTQNMELRIECKVYGENIDYSEKDRFRGRFEVKIEVKS ; B,D ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MLGAATGLMVLVAVTQGVWAMDPEGPDNDERFTYDYYRLRVVGLIVAAVLCVIGIIILLAGKCRCKFNQNKRTRSNSGTA TAQHLLQPGEATEC ; ;MLGAATGLMVLVAVTQGVWAMDPEGPDNDERFTYDYYRLRVVGLIVAAVLCVIGIIILLAGKCRCKFNQNKRTRSNSGTA TAQHLLQPGEATEC ; G,E ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 GLY n 1 3 LYS n 1 4 GLY n 1 5 THR n 1 6 ALA n 1 7 SER n 1 8 ASP n 1 9 LYS n 1 10 TYR n 1 11 GLU n 1 12 PRO n 1 13 ALA n 1 14 ALA n 1 15 THR n 1 16 SER n 1 17 GLU n 1 18 ASN n 1 19 ALA n 1 20 THR n 1 21 LYS n 1 22 SER n 1 23 LYS n 1 24 LYS n 1 25 LYS n 1 26 GLY n 1 27 LYS n 1 28 LYS n 1 29 ASP n 1 30 LYS n 1 31 ILE n 1 32 ASP n 1 33 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_entity_src_nat.pdbx_cell_line _entity_src_nat.pdbx_atcc _entity_src_nat.pdbx_cellular_location _entity_src_nat.pdbx_organ _entity_src_nat.pdbx_organelle _entity_src_nat.pdbx_cell _entity_src_nat.pdbx_plasmid_name _entity_src_nat.pdbx_plasmid_details _entity_src_nat.details 1 1 sample 1 1028 'spiny dogfish' 'Squalus acanthias' 7797 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 1 sample 1 305 'spiny dogfish' 'Squalus acanthias' 7797 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3 1 sample 1 94 'spiny dogfish' 'Squalus acanthias' 7797 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP Q4H132_SQUAC Q4H132 ? 1 ;MGKGTASDKYEPAATSENATKSKKKGKKDKIDKKRDLDELKKEVSMDDHKLSLDELHNKYGTDLTRGLTNARAKEILARD GPNSLTPPPTTPEWIKFCRQLFGGFSILLWIGAILCFLAYGIQAATEDEPANDNLYLGVVLSTVVIVTGCFSYYQEAKSS 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'Mg 2' 24.305 NAG 'D-saccharide, beta linking' . 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;N-acetyl-beta-D-glucosamine; 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-glucose; N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE ; 'C8 H15 N O6' 221.208 OBN non-polymer . OUABAIN ? 'C29 H44 O12' 584.652 PCW non-polymer . 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE '(Z,Z)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-10-OXO-7-[(1-OXO-9-OCTADECENYL)OXY]-3,5,9-TRIOXA-4-PHOSPHAHEPTACOS-18-EN-1-AMINIUM-4-OXIDE' 'C44 H85 N O8 P 1' 787.121 PHD 'L-peptide linking' n 'ASPARTYL PHOSPHATE' ? 'C4 H8 N O7 P' 213.083 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 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ASP E 15 ALA E 40 1 ? 26 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? B CYS 127 SG ? ? ? 1_555 B CYS 150 SG ? ? B CYS 127 B CYS 150 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.040 ? ? disulf2 disulf ? ? B CYS 160 SG ? ? ? 1_555 B CYS 176 SG ? ? B CYS 160 B CYS 176 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? ? disulf3 disulf ? ? B CYS 215 SG ? ? ? 1_555 B CYS 278 SG ? ? B CYS 215 B CYS 278 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf4 disulf ? ? E CYS 127 SG ? ? ? 1_555 E CYS 150 SG ? ? D CYS 127 D CYS 150 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.040 ? ? disulf5 disulf ? ? E CYS 160 SG ? ? ? 1_555 E CYS 176 SG ? ? D CYS 160 D CYS 176 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? ? disulf6 disulf ? ? E CYS 215 SG ? ? ? 1_555 E CYS 278 SG ? ? D CYS 215 D CYS 278 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? covale1 covale both ? A SER 380 C ? ? ? 1_555 A PHD 381 N ? ? A SER 375 A PHD 376 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? ? covale2 covale both ? A PHD 381 C ? ? ? 1_555 A LYS 382 N ? ? A PHD 376 A LYS 377 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? ? covale3 covale one ? B ASN 114 ND2 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? B ASN 114 F NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.462 ? 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N-Glycosylation covale12 covale one ? E ASN 267 ND2 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? D ASN 267 N NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale13 covale both ? G NAG . O4 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? F NAG 1 F NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.459 ? ? covale14 covale both ? G NAG . O6 ? ? ? 1_555 G FUC . C1 ? ? F NAG 1 F FUC 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.432 ? ? covale15 covale both ? G NAG . O4 ? ? ? 1_555 G BMA . C1 ? ? F NAG 2 F BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.451 ? ? covale16 covale both ? G BMA . O3 ? ? ? 1_555 G MAN . C1 ? ? F BMA 3 F MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? ? covale17 covale both ? G BMA . O6 ? ? ? 1_555 G MAN . C1 ? ? F BMA 3 F MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale18 covale both ? H NAG . O4 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? H NAG 1 H NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.450 ? ? covale19 covale both ? H NAG . O4 ? ? ? 1_555 H BMA . C1 ? ? H NAG 2 H BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.454 ? ? covale20 covale both ? H BMA . O3 ? ? ? 1_555 H MAN . C1 ? ? H BMA 3 H MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? ? covale21 covale both ? H BMA . O6 ? ? ? 1_555 H MAN . C1 ? ? H BMA 3 H MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.451 ? ? covale22 covale both ? H MAN . O2 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? H MAN 4 H NAG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? ? covale23 covale both ? I NAG . O4 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? I NAG 1 I NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? ? covale24 covale both ? I NAG . O6 ? ? ? 1_555 I FUC . C1 ? ? I NAG 1 I FUC 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? covale25 covale both ? I NAG . O4 ? ? ? 1_555 I BMA . C1 ? ? I NAG 2 I BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale26 covale both ? I BMA . O3 ? ? ? 1_555 I MAN . C1 ? ? I BMA 3 I MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? ? covale27 covale both ? J NAG . O4 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? J NAG 1 J NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale28 covale both ? K NAG . O4 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? K NAG 1 K NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.460 ? ? covale29 covale both ? K NAG . O6 ? ? ? 1_555 K FUC . C1 ? ? K NAG 1 K FUC 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.431 ? ? covale30 covale both ? K NAG . O4 ? ? ? 1_555 K BMA . C1 ? ? K NAG 2 K BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.452 ? ? covale31 covale both ? K BMA . O3 ? ? ? 1_555 K MAN . C1 ? ? K BMA 3 K MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? ? covale32 covale both ? K BMA . O6 ? ? ? 1_555 K MAN . C1 ? ? K BMA 3 K MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale33 covale both ? L NAG . O4 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? L NAG 1 L NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? ? covale34 covale both ? L NAG . O4 ? ? ? 1_555 L BMA . C1 ? ? L NAG 2 L BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.453 ? ? covale35 covale both ? L BMA . O3 ? ? ? 1_555 L MAN . C1 ? ? L BMA 3 L MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? ? covale36 covale both ? L BMA . O6 ? ? ? 1_555 L MAN . C1 ? ? L BMA 3 L MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.450 ? ? covale37 covale both ? L MAN . O2 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? L MAN 4 L NAG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? ? covale38 covale both ? M NAG . O4 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? M NAG 1 M NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? ? covale39 covale both ? M NAG . O6 ? ? ? 1_555 M FUC . C1 ? ? M NAG 1 M FUC 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? covale40 covale both ? M NAG . O4 ? ? ? 1_555 M BMA . C1 ? ? M NAG 2 M BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale41 covale both ? M BMA . O3 ? ? ? 1_555 M MAN . C1 ? ? M BMA 3 M MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.450 ? ? covale42 covale both ? N NAG . O4 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? N NAG 1 N NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? metalc1 metalc ? ? A GLU 339 OE2 ? ? ? 1_555 Q MG . MG ? ? A GLU 334 A MG 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.802 ? ? metalc2 metalc ? ? A PHD 381 OD2 ? ? ? 1_555 O MG . MG ? ? A PHD 376 A MG 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.246 ? ? metalc3 metalc ? ? A PHD 381 OP3 ? ? ? 1_555 O MG . MG ? ? A PHD 376 A MG 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.829 ? ? metalc4 metalc ? ? A THR 383 O ? ? ? 1_555 O MG . MG ? ? A THR 378 A MG 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.010 ? ? metalc5 metalc ? ? A ASP 722 OD1 ? ? ? 1_555 O MG . MG ? ? A ASP 717 A MG 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.063 ? ? metalc6 metalc ? ? A ASP 752 OD2 ? ? ? 1_555 P MG . MG ? ? A ASP 747 A MG 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.099 ? ? metalc7 metalc ? ? A GLU 791 OE1 ? ? ? 1_555 Q MG . MG ? ? A GLU 786 A MG 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.683 ? ? metalc8 metalc ? ? A ASP 816 OD1 ? ? ? 1_555 Q MG . MG ? ? A ASP 811 A MG 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? ? metalc9 metalc ? ? A ASP 816 OD2 ? ? ? 1_555 Q MG . MG ? ? A ASP 811 A MG 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.249 ? ? metalc10 metalc ? ? O MG . MG ? ? ? 1_555 CB HOH . O ? ? A MG 1101 A HOH 1204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.976 ? ? metalc11 metalc ? ? O MG . MG ? ? ? 1_555 CB HOH . O ? ? A MG 1101 A HOH 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.153 ? ? metalc12 metalc ? ? Q MG . MG ? ? ? 1_555 CB HOH . O ? ? A MG 1103 A HOH 1201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.394 ? ? metalc13 metalc ? ? Q MG . MG ? ? ? 1_555 CB HOH . O ? ? A MG 1103 A HOH 1202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.261 ? ? metalc14 metalc ? ? Q MG . MG ? ? ? 1_555 CB HOH . O ? ? A MG 1103 A HOH 1203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.128 ? ? metalc15 metalc ? ? D GLU 339 OE2 ? ? ? 1_555 KA MG . MG ? ? C GLU 334 C MG 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.802 ? ? metalc16 metalc ? ? D PHD 381 OD2 ? ? ? 1_555 IA MG . MG ? ? C PHD 376 C MG 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.245 ? ? metalc17 metalc ? ? D PHD 381 OP3 ? ? ? 1_555 IA MG . MG ? ? C PHD 376 C MG 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.828 ? ? metalc18 metalc ? ? D THR 383 O ? ? ? 1_555 IA MG . MG ? ? C THR 378 C MG 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.010 ? ? metalc19 metalc ? ? D ASP 722 OD1 ? ? ? 1_555 IA MG . MG ? ? C ASP 717 C MG 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.063 ? ? metalc20 metalc ? ? D ASP 752 OD2 ? ? ? 1_555 JA MG . MG ? ? C ASP 747 C MG 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.099 ? ? metalc21 metalc ? ? D GLU 791 OE1 ? ? ? 1_555 KA MG . MG ? ? C GLU 786 C MG 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.683 ? ? metalc22 metalc ? ? D ASP 816 OD1 ? ? ? 1_555 KA MG . MG ? ? C ASP 811 C MG 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? ? metalc23 metalc ? ? D ASP 816 OD2 ? ? ? 1_555 KA MG . MG ? ? C ASP 811 C MG 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.249 ? ? metalc24 metalc ? ? IA MG . MG ? ? ? 1_555 DB HOH . O ? ? C MG 1101 C HOH 1204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.969 ? ? metalc25 metalc ? ? IA MG . MG ? ? ? 1_555 DB HOH . O ? ? C MG 1101 C HOH 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.152 ? ? metalc26 metalc ? ? KA MG . MG ? ? ? 1_555 DB HOH . O ? ? C MG 1103 C HOH 1201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.391 ? ? metalc27 metalc ? ? KA MG . MG ? ? ? 1_555 DB HOH . O ? ? C MG 1103 C HOH 1202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? ? metalc28 metalc ? ? KA MG . MG ? ? ? 1_555 DB HOH . O ? ? C MG 1103 C HOH 1203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.124 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? metalc ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 SER 122 B . ? SER 122 B PRO 123 B ? PRO 123 B 1 -1.45 2 TYR 245 B . ? TYR 245 B PRO 246 B ? PRO 246 B 1 -0.45 3 SER 122 E . ? SER 122 D PRO 123 E ? PRO 123 D 1 -1.45 4 TYR 245 E . ? TYR 245 D PRO 246 E ? PRO 246 D 1 -0.36 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 6 ? AA2 ? 3 ? AA3 ? 8 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 2 ? AA6 ? 7 ? AA7 ? 2 ? AA8 ? 2 ? AA9 ? 4 ? AB1 ? 5 ? AB2 ? 2 ? AB3 ? 6 ? AB4 ? 3 ? AB5 ? 8 ? AB6 ? 2 ? AB7 ? 2 ? AB8 ? 7 ? AB9 ? 2 ? AC1 ? 2 ? AC2 ? 4 ? AC3 ? 5 ? 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F CYS 94 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.name 1 1 3 mM H3PO4 'inorganic phosphate' 1 2 8 mM MgCl2 'magnesium chloride' 1 3 20 mM C6H13NO4S MES 1 4 1 mM C4H10O2S2 DTT 1 5 0.01 % C28H58O9 C12E8 1 6 0.5 mM C29H44O12 ouabain # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details ? # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.units ? _em_entity_assembly_molwt.value ? # _em_entity_assembly_naturalsource.id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.cell ? _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location ? _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 7797 _em_entity_assembly_naturalsource.organ ? _em_entity_assembly_naturalsource.organelle ? _em_entity_assembly_naturalsource.organism 'Squalus acanthias' _em_entity_assembly_naturalsource.strain ? _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 60 _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K3 (6k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? 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RELION 3.1.3 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 1.5 _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)' Japan 19H00975 1 'Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)' Japan 18K06148 2 'Danish Council for Independent Research' Denmark DFF7016-00193B 3 'Danish Council for Independent Research' Denmark DFF4183-00011A 4 'Novo Nordisk Foundation' Denmark NNF14OC0013409 5 'Novo Nordisk Foundation' Denmark NNF13OC0006555 6 # loop_ _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.hetero G 4 NAG 1 F NAG 1 B NAG 411 n G 4 NAG 2 F NAG 2 B NAG 412 n G 4 BMA 3 F BMA 3 B BMA 414 n G 4 MAN 4 F MAN 4 B MAN 415 n G 4 MAN 5 F MAN 5 B MAN 416 n G 4 FUC 6 F FUC 6 B FUC 413 n H 5 NAG 1 H NAG 1 B NAG 421 n H 5 NAG 2 H NAG 2 B NAG 422 n H 5 BMA 3 H BMA 3 B BMA 423 n H 5 MAN 4 H MAN 4 B MAN 425 n H 5 NAG 5 H NAG 5 B NAG 426 n H 5 MAN 6 H MAN 6 B MAN 424 n I 6 NAG 1 I NAG 1 B NAG 431 n I 6 NAG 2 I NAG 2 B NAG 432 n I 6 BMA 3 I BMA 3 B BMA 434 n I 6 MAN 4 I MAN 4 B MAN 435 n I 6 FUC 5 I FUC 5 B FUC 433 n J 7 NAG 1 J NAG 1 B NAG 441 n J 7 NAG 2 J NAG 2 B NAG 442 n K 4 NAG 1 K NAG 1 D NAG 411 n K 4 NAG 2 K NAG 2 D NAG 412 n K 4 BMA 3 K BMA 3 D BMA 414 n K 4 MAN 4 K MAN 4 D MAN 415 n K 4 MAN 5 K MAN 5 D MAN 416 n K 4 FUC 6 K FUC 6 D FUC 413 n L 5 NAG 1 L NAG 1 D NAG 421 n L 5 NAG 2 L NAG 2 D NAG 422 n L 5 BMA 3 L BMA 3 D BMA 423 n L 5 MAN 4 L MAN 4 D MAN 425 n L 5 NAG 5 L NAG 5 D NAG 426 n L 5 MAN 6 L MAN 6 D MAN 424 n M 6 NAG 1 M NAG 1 D NAG 431 n M 6 NAG 2 M NAG 2 D NAG 432 n M 6 BMA 3 M BMA 3 D BMA 434 n M 6 MAN 4 M MAN 4 D MAN 435 n M 6 FUC 5 M FUC 5 D FUC 433 n N 7 NAG 1 N NAG 1 D NAG 441 n N 7 NAG 2 N NAG 2 D NAG 442 n # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version _pdbx_chem_comp_identifier.identifier BMA 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpb BMA 'COMMON NAME' GMML 1.0 b-D-mannopyranose BMA 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-Manp BMA 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man FUC 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 LFucpa FUC 'COMMON NAME' GMML 1.0 a-L-fucopyranose FUC 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 a-L-Fucp FUC 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Fuc MAN 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpa MAN 'COMMON NAME' GMML 1.0 a-D-mannopyranose MAN 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 a-D-Manp MAN 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man NAG 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DGlcpNAcb NAG 'COMMON NAME' GMML 1.0 N-acetyl-b-D-glucopyranosamine NAG 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-GlcpNAc NAG 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 GlcNAc # loop_ _pdbx_entity_branch.entity_id _pdbx_entity_branch.type 4 oligosaccharide 5 oligosaccharide 6 oligosaccharide 7 oligosaccharide # loop_ _pdbx_entity_branch_descriptor.ordinal _pdbx_entity_branch_descriptor.entity_id _pdbx_entity_branch_descriptor.descriptor _pdbx_entity_branch_descriptor.type _pdbx_entity_branch_descriptor.program _pdbx_entity_branch_descriptor.program_version 1 4 'DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-' 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 2 4 'WURCS=2.0/4,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-3-4/a4-b1_a6-f1_b4-c1_c3-d1_c6-e1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 3 4 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}' LINUCS PDB-CARE ? 4 5 'DGlcpNAcb1-2DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-' 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 5 5 'WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-1-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 6 5 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}' LINUCS PDB-CARE ? 7 6 'DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-' 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 8 6 'WURCS=2.0/4,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-4/a4-b1_a6-e1_b4-c1_c3-d1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 9 6 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}' LINUCS PDB-CARE ? 10 7 DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1- 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 11 7 'WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 12 7 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}' LINUCS PDB-CARE ? # loop_ _pdbx_entity_branch_link.link_id _pdbx_entity_branch_link.entity_id _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.value_order _pdbx_entity_branch_link.details 1 4 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 2 4 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 3 4 4 MAN C1 O1 3 BMA O3 HO3 sing ? 4 4 5 MAN C1 O1 3 BMA O6 HO6 sing ? 5 4 6 FUC C1 O1 1 NAG O6 HO6 sing ? 6 5 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 7 5 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 8 5 4 MAN C1 O1 3 BMA O3 HO3 sing ? 9 5 5 NAG C1 O1 4 MAN O2 HO2 sing ? 10 5 6 MAN C1 O1 3 BMA O6 HO6 sing ? 11 6 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 12 6 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 13 6 4 MAN C1 O1 3 BMA O3 HO3 sing ? 14 6 5 FUC C1 O1 1 NAG O6 HO6 sing ? 15 7 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? # loop_ _pdbx_entity_branch_list.entity_id _pdbx_entity_branch_list.comp_id _pdbx_entity_branch_list.num _pdbx_entity_branch_list.hetero 4 NAG 1 n 4 NAG 2 n 4 BMA 3 n 4 MAN 4 n 4 MAN 5 n 4 FUC 6 n 5 NAG 1 n 5 NAG 2 n 5 BMA 3 n 5 MAN 4 n 5 NAG 5 n 5 MAN 6 n 6 NAG 1 n 6 NAG 2 n 6 BMA 3 n 6 MAN 4 n 6 FUC 5 n 7 NAG 1 n 7 NAG 2 n # _pdbx_entity_instance_feature.ordinal 1 _pdbx_entity_instance_feature.comp_id OBN _pdbx_entity_instance_feature.asym_id ? _pdbx_entity_instance_feature.seq_num ? _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id OBN _pdbx_entity_instance_feature.auth_asym_id ? _pdbx_entity_instance_feature.auth_seq_num ? _pdbx_entity_instance_feature.feature_type 'SUBJECT OF INVESTIGATION' _pdbx_entity_instance_feature.details ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 8 'MAGNESIUM ION' MG 9 OUABAIN OBN 10 CHOLESTEROL CLR 11 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE PCW 12 water HOH # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'gel filtration' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? # _space_group.crystal_system triclinic _space_group.name_H-M_alt 'P 1' _space_group.IT_number 1 _space_group.name_Hall 'P 1' _space_group.id 1 #