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10 ;MALSMIAQRRAGAFSARQAPRAVRAQAAVRPVWFPGNPPPAHLDGSLAGDYGFDPLFLGQEPQTLKWYVQAELVHGRFAM LGAAGIILTSIGAKVGLGFPEWYDAGKVVVEKNNIDFPTLMVIQFYLMGWAETKRWYDFKNPGSQADGSFLGFTEEFKGL ENGYPGGRFFDPMGLSRGDAAKYQEYKQKEVKNGRLAMIACLGFAAQYAATGKGPLDNLADHLADPNHVNFATNGVSIPI A ; 1 11 UNP Q75VY7_CHLRE Q75VY7 ? 11 ;MALTMKRSGVAARSASSRKSVVTCVARQSWLPGSQIPAHLDTPAAQALAGNFGFDPLGLGKDPVALRWYQQAELIHCRTA MAGVAGILIPGLLTKAGALNVPEWYDAGKVAIENSFAPWGSLLAVQLFLCGFVEAKRWQDIRKPGSQGEPGSFLGFEASL KGTSELGYPGGPFDPLGLSKEADKWADWKLKEVKNGRLAMLAFLGFVAQKYATGAGPVDNLAAHLKDPWHVNYATNGVSL PFL ; 1 12 UNP Q05093_CHLRE Q05093 ? 12 ;MALSMRTLSARTAAPRGFSGRRVAAVSNGSRVTMKAGNWLPGSDAPAWLPDDLPGNYGFDPLSLGKEPASLKRFTESEVI HGRWAMLGVAGSLAVELLGYGNWYDAPLWAVNGGKATWFGIEVPFDLNALLAFEFVAMAAAEGQRGDAGGVVYPGGAFDP LGFAKDSSKSGELKLKEIKNGRLAMVAFLGFVAQHAATGKGPIAALGEHLANPWGANFATNGISVPFF ; 1 13 UNP Q75VZ0_CHLRE Q75VZ0 ? 13 ;MAFVLAKSSAFGVAAKPVSRRSSVAVKASAVPENVKEAREWIDAWKSKSGGAKRDAALPSWMPGADLPGYLNGTLPGDFG FDPLYLGQDPVKLKWYAQAELMNARFAMLAVAGILVPELLSNIGFSWPGAGVAWYDAGKFEYFAPASSLFGVQMLLFAWV EIRRYQDFVKPGSANQDPIFTNNKLPDGNEPGYPGGIFDPFGWSKGDIKSLKLKEIKNGRLAMLAFAGFIGQAYTTGTTP LKNLSTHLADPWSTTVWQNDLARL ; 1 14 UNP Q75VY8_CHLRE Q75VY8 ? 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'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CHL non-polymer . 'CHLOROPHYLL B' ? 'C55 H70 Mg N4 O6 2' 907.472 CL0 non-polymer . 'CHLOROPHYLL A ISOMER' ? 'C55 H72 Mg N4 O5 2' 893.489 CLA non-polymer . 'CHLOROPHYLL A' ? 'C55 H72 Mg N4 O5' 893.489 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 FES non-polymer . 'FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER' ? 'Fe2 S2' 175.820 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PQN non-polymer . PHYLLOQUINONE 'VITAMIN K1; 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE' 'C31 H46 O2' 450.696 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 SF4 non-polymer . 'IRON/SULFUR CLUSTER' ? 'Fe4 S4' 351.640 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 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GLN G 89 TYR G 94 1 ? 6 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role metalc1 metalc ? ? A THR 498 O ? ? ? 1_555 ZA CLA . MG ? ? A THR 498 A CLA 836 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.709 ? ? metalc2 metalc ? ? C CYS 14 N ? ? ? 1_555 CD SF4 . FE3 ? ? C CYS 14 C SF4 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.647 ? ? metalc3 metalc ? ? C CYS 51 N ? ? ? 1_555 BD SF4 . FE1 ? ? C CYS 51 C SF4 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.770 ? ? metalc4 metalc ? ? C LYS 52 N ? ? ? 1_555 BD SF4 . FE1 ? ? C LYS 52 C SF4 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.778 ? ? metalc5 metalc ? ? H TRP 35 O ? ? ? 1_555 GD CHL . MG ? ? 1 TRP 39 1 CHL 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.688 ? ? metalc6 metalc ? ? I VAL 130 O ? ? ? 1_555 YD CLA . MG ? ? 3 VAL 130 3 CLA 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.808 ? ? metalc7 metalc ? ? J TRP 33 O ? ? ? 1_555 IE CLA . MG ? ? 7 TRP 33 7 CLA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.816 ? ? metalc8 metalc ? ? J SER 237 O ? ? ? 1_555 VE CLA . MG ? ? 7 SER 237 7 CLA 614 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.854 ? ? metalc9 metalc ? ? K TRP 30 O ? ? ? 1_555 WE CLA . MG ? ? 8 TRP 30 8 CLA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.813 ? ? metalc10 metalc ? ? L TRP 39 O ? ? ? 1_555 LF CHL . MG ? ? Z TRP 39 Z CHL 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.687 ? ? metalc11 metalc ? ? M TRP 61 O ? ? ? 1_555 YF CLA . MG ? ? 4 TRP 61 4 CLA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.786 ? ? metalc12 metalc ? ? N TRP 35 O ? ? ? 1_555 KG CLA . MG ? ? 5 TRP 35 5 CLA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.567 ? ? metalc13 metalc ? ? N LEU 252 O ? ? ? 1_555 XG CLA . MG ? ? 5 LEU 252 5 CLA 614 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.882 ? ? metalc14 metalc ? ? O VAL 223 O ? ? ? 1_555 OH CLA . MG ? ? 6 VAL 223 6 CLA 314 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.945 ? ? # _struct_conn_type.id metalc _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 2 ? AA2 ? 3 ? AA3 ? 2 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 2 ? AA6 ? 2 ? AA7 ? 2 ? AA8 ? 3 ? AA9 ? 2 ? AB1 ? 5 ? AB2 ? 2 ? AB3 ? 2 ? AB4 ? 2 ? AB5 ? 5 ? 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THR E 85 TYR E 88 AB1 2 VAL E 71 ? ARG E 74 ? VAL E 71 ARG E 74 AB1 3 VAL E 56 ? VAL E 62 ? VAL E 56 VAL E 62 AB1 4 LEU E 42 ? ILE E 45 ? LEU E 42 ILE E 45 AB1 5 VAL E 93 ? VAL E 94 ? VAL E 93 VAL E 94 AB2 1 THR H 113 ? TRP H 114 ? THR 1 117 TRP 1 118 AB2 2 ILE H 117 ? GLU H 118 ? ILE 1 121 GLU 1 122 AB3 1 THR L 117 ? TRP L 118 ? THR Z 117 TRP Z 118 AB3 2 ILE L 121 ? GLU L 122 ? ILE Z 121 GLU Z 122 AB4 1 ALA O 222 ? VAL O 223 ? ALA 6 222 VAL 6 223 AB4 2 ALA O 228 ? VAL O 229 ? ALA 6 228 VAL 6 229 AB5 1 GLY P 42 ? CYS P 48 ? GLY G 10 CYS G 16 AB5 2 TYR P 33 ? THR P 39 ? TYR G 1 THR G 7 AB5 3 CYS P 115 ? GLN P 118 ? CYS G 83 GLN G 86 AB5 4 ALA P 78 ? ALA P 83 ? ALA G 46 ALA G 51 AB5 5 PHE P 103 ? LEU P 105 ? PHE G 71 LEU G 73 AB6 1 VAL P 86 ? ASP P 87 ? VAL G 54 ASP G 55 AB6 2 TYR P 110 ? PRO P 111 ? TYR G 78 PRO G 79 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 N ASP A 18 ? N ASP A 18 O ALA A 185 ? O ALA A 185 AA2 1 2 N ALA A 115 ? N ALA A 115 O ILE A 138 ? O ILE A 138 AA2 2 3 O GLY A 137 ? O GLY A 137 N GLY A 129 ? N GLY A 129 AA3 1 2 N VAL A 515 ? N VAL A 515 O MET A 523 ? O MET A 523 AA4 1 2 N THR A 621 ? N THR A 621 O SER A 628 ? O SER A 628 AA5 1 2 N ALA B 89 ? N ALA B 89 O ASN B 115 ? O ASN B 115 AA6 1 2 N ILE C 4 ? N ILE C 4 O TYR C 68 ? O TYR C 68 AA7 1 2 N GLU C 27 ? N GLU C 27 O SER C 41 ? O SER C 41 AA8 1 2 O PHE D 115 ? O PHE D 115 N TYR D 84 ? N TYR D 84 AA8 2 3 N PHE D 83 ? N PHE D 83 O VAL D 141 ? O VAL D 141 AA9 1 2 N PHE D 96 ? N PHE D 96 O ALA D 104 ? O ALA D 104 AB1 1 2 O TYR E 88 ? O TYR E 88 N VAL E 71 ? N VAL E 71 AB1 2 3 O VAL E 72 ? O VAL E 72 N SER E 61 ? N SER E 61 AB1 3 4 O GLY E 57 ? O GLY E 57 N VAL E 43 ? N VAL E 43 AB1 4 5 N LYS E 44 ? N LYS E 44 O VAL E 94 ? O VAL E 94 AB2 1 2 N TRP H 114 ? N TRP 1 118 O ILE H 117 ? O ILE 1 121 AB3 1 2 N TRP L 118 ? N TRP Z 118 O ILE L 121 ? O ILE Z 121 AB4 1 2 N ALA O 222 ? N ALA 6 222 O VAL O 229 ? O VAL 6 229 AB5 1 2 O ILE P 46 ? O ILE G 14 N VAL P 35 ? N VAL G 3 AB5 2 3 N THR P 36 ? N THR G 4 O CYS P 115 ? O CYS G 83 AB5 3 4 O THR P 116 ? O THR G 84 N ALA P 82 ? N ALA G 50 AB5 4 5 N GLY P 79 ? N GLY G 47 O VAL P 104 ? O VAL G 72 AB6 1 2 N ASP P 87 ? N ASP G 55 O TYR P 110 ? 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Chloroplast 'Chlamydomonas reinhardtii' ? ? # _em_entity_assembly_recombinant.id 1 _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id 3 _em_entity_assembly_recombinant.cell ? _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id 511693 _em_entity_assembly_recombinant.organism 'Escherichia coli BL21' _em_entity_assembly_recombinant.plasmid ? _em_entity_assembly_recombinant.strain ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 91 _em_image_recording.average_exposure_time 2 _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode INTEGRATING _em_image_recording.film_or_detector_model 'FEI FALCON II (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 1 _em_image_recording.num_real_images 2646 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details ? _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 857909 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? ? ? 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ? EPU ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? Gctf ? 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? 'UCSF Chimera' ? ? 1 ? 8 'MODEL FITTING' ? Coot ? ? 1 ? 9 OTHER ? ? ? ? ? ? 10 'MODEL REFINEMENT' ? PHENIX ? ? 1 ? 11 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? cryoSPARC 2 1 ? ? 12 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? cryoSPARC 2 1 ? ? 13 CLASSIFICATION ? cryoSPARC 2 1 ? ? 14 RECONSTRUCTION ? cryoSPARC 2 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 7.0 _em_specimen.details 'The sample was monodisperse with a low level of contaminants and excess free detergent removed using the GraDeR approach.' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'Japan Science and Technology' Japan JPMJCR13M4 1 'Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)' Japan 'Nanotechnology Platform' 2 # loop_ _pdbx_entity_instance_feature.ordinal _pdbx_entity_instance_feature.comp_id _pdbx_entity_instance_feature.asym_id _pdbx_entity_instance_feature.seq_num _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id _pdbx_entity_instance_feature.auth_asym_id _pdbx_entity_instance_feature.auth_seq_num _pdbx_entity_instance_feature.feature_type _pdbx_entity_instance_feature.details 1 CHL ? ? 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