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'Structural basis of adhesion GPCR GPR110 activation by stalk peptide and G-proteins coupling' 2022 ? 10.1038/s41467-022-33173 ? ? ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Zhu, X.' 1 ? primary 'Qian, Y.' 2 ? primary 'Li, X.' 3 ? primary 'Xu, Z.' 4 ? primary 'Xia, R.' 5 ? primary 'Wang, N.' 6 ? primary 'Liang, J.' 7 ? primary 'Yin, H.' 8 ? primary 'Zhang, A.' 9 ? primary 'Guo, C.' 10 ? primary 'Wang, G.' 11 ? primary 'He, Y.' 12 0000-0001-9131-140X 1 'Zhu, X.' 13 ? 1 'Qian, Y.' 14 ? 1 'Li, X.' 15 ? 1 'Xu, Z.' 16 ? 1 'Xia, R.' 17 ? 1 'Wang, N.' 18 ? 1 'Liang, J.' 19 ? 1 'Yin, H.' 20 ? 1 'Zhang, A.' 21 ? 1 'Guo, C.' 22 ? 1 'Wang, G.' 23 ? 1 'He, Y.' 24 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Guanine nucleotide-binding 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'Insect BA phytoplasma' 1286942 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP GBG2_HUMAN P59768 ? 1 MASNNTASIAQARKLVEQLKMEANIDRIKVSKAAADLMAYCEAHAKEDPLLTPVPASENPFREKKFFCAIL 1 2 UNP GNAI1_HUMAN P63096 ? 2 ;MGCTLSAEDKAAVERSKMIDRNLREDGEKAAREVKLLLLGAGESGKSTIVKQMKIIHEAGYSEEECKQYKAVVYSNTIQS IIAIIRAMGRLKIDFGDSARADDARQLFVLAGAAEEGFMTAELAGVIKRLWKDSGVQACFNRSREYQLNDSAAYYLNDLD RIAQPNYIPTQQDVLRTRVKTTGIVETHFTFKDLHFKMFDVGGQRSERKKWIHCFEGVTAIIFCVALSDYDLVLAEDEEM NRMHESMKLFDSICNNKWFTDTSIILFLNKKDLFEEKIKKSPLTICYPEYAGSNTYEEAAAYIQCQFEDLNKRKDTKEIY THFTCATDTKNVQFVFDAVTDVIIKNNLKDCGLF ; 1 3 PDB 7X2V 7X2V ? 3 ? 1 4 UNP AGRF1_HUMAN Q5T601 ? 4 ;MKVGVLWLISFFTFTDGHGGFLGKNDGIKTKKELIVNKKKHLGPVEEYQLLLQVTYRDSKEKRDLRNFLKLLKPPLLWSH GLIRIIRAKATTDCNSLNGVLQCTCEDSYTWFPPSCLDPQNCYLHTAGALPSCECHLNNLSQSVNFCERTKIWGTFKINE RFTNDLLNSSSAIYSKYANGIEIQLKKAYERIQGFESVQVTQFRNGSIVAGYEVVGSSSASELLSAIEHVAEKAKTALHK LFPLEDGSFRVFGKAQCNDIVFGFGSKDDEYTLPCSSGYRGNITAKCESSGWQVIRETCVLSLLEELNKNFSMIVGNATE AAVSSFVQNLSVIIRQNPSTTVGNLASVVSILSNISSLSLASHFRVSNSTMEDVISIADNILNSASVTNWTVLLREEKYA SSRLLETLENISTLVPPTALPLNFSRKFIDWKGIPVNKSQLKRGYSYQIKMCPQNTSIPIRGRVLIGSDQFQRSLPETII SMASLTLGNILPVSKNGNAQVNGPVISTVIQNYSINEVFLFFSKIESNLSQPHCVFWDFSHLQWNDAGCHLVNETQDIVT CQCTHLTSFSILMSPFVPSTIFPVVKWITYVGLGISIGSLILCLIIEALFWKQIKKSQTSHTRRICMVNIALSLLIADVW FIVGATVDTTVNPSGVCTAAVFFTHFFYLSLFFWMLMLGILLAYRIILVFHHMAQHLMMAVGFCLGYGCPLIISVITIAV TQPSNTYKRKDVCWLNWSNGSKPLLAFVVPALAIVAVNFVVVLLVLTKLWRPTVGERLSRDDKATIIRVGKSLLILTPLL GLTWGFGIGTIVDSQNLAWHVIFALLNAFQGFFILCFGILLDSKLRQLLFNKLSALSSWKQTEKQNSSDLSAKPKFSKPF NPLQNKGHYAFSHTGDSSDNIMLTQFVSNE ; 1 5 UNP GBB1_HUMAN P62873 ? 5 ;SELDQLRQEAEQLKNQIRDARKACADATLSQITNNIDPVGRIQMRTRRTLRGHLAKIYAMHWGTDSRLLVSASQDGKLII WDSYTTNKVHAIPLRSSWVMTCAYAPSGNYVACGGLDNICSIYNLKTREGNVRVSRELAGHTGYLSCCRFLDDNQIVTSS GDTTCALWDIETGQQTTTFTGHTGDVMSLSLAPDTRLFVSGACDASAKLWDVREGMCRQTFTGHESDINAICFFPNGNAF ATGSDDATCRLFDLRADQELMTYSHDNIICGITSVSFSKSGRLLLAGYDDFNCNVWDALKADRAGVLAGHDNRVSCLGVT DDGMAVATGSWDSFLKIWN ; 2 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7X2V D 1 ? 71 ? P59768 1 ? 71 ? 1 71 2 2 7X2V B 1 ? 354 ? P63096 1 ? 354 ? 1 354 3 3 7X2V E 1 ? 247 ? 7X2V 2 ? 235 ? 2 235 4 4 7X2V R 1 ? 910 ? Q5T601 1 ? 910 ? 1 910 5 5 7X2V C 7 ? 345 ? P62873 2 ? 340 ? 2 340 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 2 7X2V ALA B 203 ? UNP P63096 GLY 203 conflict 203 1 2 7X2V SER B 326 ? UNP P63096 ALA 326 conflict 326 2 5 7X2V MET C 1 ? UNP P62873 ? ? 'initiating methionine' -4 3 5 7X2V GLY C 2 ? UNP P62873 ? ? 'expression tag' -3 4 5 7X2V SER C 3 ? UNP P62873 ? ? 'expression tag' -2 5 5 7X2V LEU C 4 ? UNP P62873 ? ? 'expression tag' -1 6 5 7X2V LEU C 5 ? UNP P62873 ? ? 'expression tag' 0 7 5 7X2V GLN C 6 ? UNP P62873 ? ? 'expression tag' 1 8 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7X2V _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 7X2V _struct.title 'GPR110/Gi complex' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7X2V _struct_keywords.text 'GPCR, MEMBRANE PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'MEMBRANE PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ASN A 5 ? ASN A 24 ? ASN D 5 ASN D 24 1 ? 20 HELX_P HELX_P2 AA2 LYS A 29 ? HIS A 44 ? LYS D 29 HIS D 44 1 ? 16 HELX_P HELX_P3 AA3 SER B 6 ? ALA B 30 ? SER B 6 ALA B 30 1 ? 25 HELX_P HELX_P4 AA4 GLY B 45 ? LYS B 54 ? GLY B 45 LYS B 54 1 ? 10 HELX_P HELX_P5 AA5 ILE B 212 ? GLU B 216 ? ILE B 212 GLU B 216 5 ? 5 HELX_P HELX_P6 AA6 ASN B 241 ? ASN B 255 ? ASN B 241 ASN B 255 1 ? 15 HELX_P HELX_P7 AA7 ASN B 256 ? THR B 260 ? ASN B 256 THR B 260 5 ? 5 HELX_P HELX_P8 AA8 LYS B 271 ? ILE B 278 ? LYS B 271 ILE B 278 1 ? 8 HELX_P HELX_P9 AA9 THR B 295 ? ASP B 309 ? THR B 295 ASP B 309 1 ? 15 HELX_P HELX_P10 AB1 THR B 329 ? ASP B 350 ? THR B 329 ASP B 350 1 ? 22 HELX_P HELX_P11 AB2 ALA C 27 ? PHE C 31 ? ALA E 28 PHE E 32 5 ? 5 HELX_P HELX_P12 AB3 ARG C 86 ? THR C 90 ? ARG E 87 THR E 91 5 ? 5 HELX_P HELX_P13 AB4 SER D 568 ? LEU D 572 ? SER R 568 LEU R 572 5 ? 5 HELX_P HELX_P14 AB5 PRO D 578 ? THR D 580 ? PRO R 578 THR R 580 5 ? 3 HELX_P HELX_P15 AB6 ILE D 581 ? PHE D 610 ? ILE R 581 PHE R 610 1 ? 30 HELX_P HELX_P16 AB7 TRP D 611 ? ILE D 614 ? TRP R 611 ILE R 614 5 ? 4 HELX_P HELX_P17 AB8 SER D 617 ? VAL D 647 ? SER R 617 VAL R 647 1 ? 31 HELX_P HELX_P18 AB9 GLY D 655 ? LEU D 688 ? GLY R 655 LEU R 688 1 ? 34 HELX_P HELX_P19 AC1 ALA D 694 ? TYR D 707 ? ALA R 694 TYR R 707 1 ? 14 HELX_P HELX_P20 AC2 CYS D 709 ? GLN D 722 ? CYS R 709 GLN R 722 1 ? 14 HELX_P HELX_P21 AC3 PRO D 723 ? ASN D 725 ? PRO R 723 ASN R 725 5 ? 3 HELX_P HELX_P22 AC4 PRO D 743 ? ALA D 746 ? PRO R 743 ALA R 746 5 ? 4 HELX_P HELX_P23 AC5 PHE D 747 ? ILE D 754 ? PHE R 747 ILE R 754 1 ? 8 HELX_P HELX_P24 AC6 ILE D 754 ? TRP D 770 ? ILE R 754 TRP R 770 1 ? 17 HELX_P HELX_P25 AC7 THR D 785 ? THR D 797 ? THR R 785 THR R 797 1 ? 13 HELX_P HELX_P26 AC8 LEU D 802 ? THR D 810 ? LEU R 802 THR R 810 5 ? 9 HELX_P HELX_P27 AC9 ALA D 818 ? ALA D 828 ? ALA R 818 ALA R 828 1 ? 11 HELX_P HELX_P28 AD1 PHE D 829 ? GLY D 838 ? PHE R 829 GLY R 838 1 ? 10 HELX_P HELX_P29 AD2 ASP D 842 ? LEU D 853 ? ASP R 842 LEU R 853 1 ? 12 HELX_P HELX_P30 AD3 ASP E 10 ? CYS E 30 ? ASP C 5 CYS C 25 1 ? 21 HELX_P HELX_P31 AD4 THR E 34 ? ILE E 38 ? THR C 29 ILE C 33 5 ? 5 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? C CYS 159 SG ? ? ? 1_555 C CYS 229 SG ? ? E CYS 147 E CYS 217 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.046 ? ? disulf2 disulf ? ? D CYS 657 SG ? ? ? 1_555 D CYS 733 SG ? ? R CYS 657 R CYS 733 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? # _struct_conn_type.id disulf _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # _struct_mon_prot_cis.pdbx_id 1 _struct_mon_prot_cis.label_comp_id TYR _struct_mon_prot_cis.label_seq_id 235 _struct_mon_prot_cis.label_asym_id C _struct_mon_prot_cis.label_alt_id . _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code ? _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id TYR _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id 223 _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id E _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 PRO _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 236 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 C _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 ? _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 PRO _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 224 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 E _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num 1 _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 0.91 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 6 ? AA2 ? 4 ? AA3 ? 6 ? AA4 ? 4 ? AA5 ? 6 ? AA6 ? 4 ? AA7 ? 4 ? AA8 ? 4 ? AA9 ? 4 ? AB1 ? 4 ? AB2 ? 4 ? AB3 ? 4 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? parallel AA1 3 4 ? parallel AA1 4 5 ? parallel AA1 5 6 ? parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? anti-parallel AA3 1 2 ? parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA3 3 4 ? anti-parallel AA3 4 5 ? anti-parallel AA3 5 6 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA4 3 4 ? anti-parallel AA5 1 2 ? parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA5 3 4 ? anti-parallel AA5 4 5 ? anti-parallel AA5 5 6 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA7 3 4 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA8 3 4 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AA9 3 4 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB1 3 4 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB2 3 4 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB3 2 3 ? anti-parallel AB3 3 4 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 VAL B 185 ? 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