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_entity_src_gen.plasmid_details _entity_src_gen.pdbx_description 1 1 sample 'Biological sequence' 1 139 human ? ;H3C1, H3FA, HIST1H3A, H3C2, H3FL, HIST1H3B, H3C3, H3FC HIST1H3C, H3C4, H3FB, HIST1H3D, H3C6, H3FD, HIST1H3E, H3C7, H3FI, HIST1H3F, H3C8, H3FH, HIST1H3G, H3C10, H3FK, HIST1H3H, H3C11, H3FF, HIST1H3I, H3C12, H3FJ, HIST1H3J ; ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 1 sample 'Biological sequence' 1 106 human ? ;H4C1, H4/A, H4FA, HIST1H4A, H4C2, H4/I, H4FI, HIST1H4B, H4C3, H4/G, H4FG, HIST1H4C, H4C4, H4/B, H4FB, HIST1H4D, H4C5, H4/J, H4FJ, HIST1H4E, H4C6, H4/C, H4FC, HIST1H4F, H4C8, H4/H, H4FH, HIST1H4H, H4C9, H4/M, H4FM, HIST1H4I, H4C11, H4/E, H4FE, HIST1H4J, H4C12, H4/D, H4FD, HIST1H4K, H4C13, H4/K, H4FK, HIST1H4L, H4C14, H4/N, H4F2, H4FN, HIST2H4, HIST2H4A, H4C15, H4/O, H4FO, HIST2H4B, H4-16, HIST4H4 ; ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3 1 sample 'Biological sequence' 1 145 ? ? ? ? ? ? ? ? ? 'synthetic construct' 32630 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 4 1 sample 'Biological sequence' 1 145 ? ? ? ? ? ? ? ? ? 'synthetic construct' 32630 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP H31_HUMAN P68431 ? 1 ;ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKT DLRFQSSAVMALQEACEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; 2 2 UNP H4_HUMAN P62805 ? 2 ;SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKT VTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; 2 3 PDB 7X58 7X58 ? 3 ? 1 4 PDB 7X58 7X58 ? 4 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7X58 A 5 ? 139 ? 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'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 DA 'DNA linking' y "2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O6 P' 331.222 DC 'DNA linking' y "2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O7 P' 307.197 DG 'DNA linking' y "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 DT 'DNA linking' y "THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N2 O8 P' 322.208 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7X58 _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 7X58 _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.003 ? 10426 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.533 ? 15097 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 34.412 ? 3098 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.032 ? 1724 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.003 ? 1074 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 7X58 _struct.title 'Cryo-EM structure of human subnucleosome (open form)' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7X58 _struct_keywords.text 'subnucleosome, NUCLEAR PROTEIN, DNA BINDING PROTEIN, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex' _struct_keywords.pdbx_keywords 'DNA BINDING PROTEIN/DNA' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 1 ? D N N 2 ? E N N 1 ? F N N 2 ? G N N 1 ? H N N 2 ? I N N 3 ? 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J 25 ? 1 I DC 46 1_555 J DG 100 1_555 I DT 47 1_555 J DA 99 1_555 0.106 1.245 3.231 5.712 -3.951 36.173 2.493 0.586 3.063 -6.292 -9.096 36.812 37 II_DC-25DT-24:DA24DG25_JJ I -25 ? J 25 ? I -24 ? J 24 ? 1 I DT 47 1_555 J DA 99 1_555 I DA 48 1_555 J DT 98 1_555 -1.241 2.067 4.256 -8.793 7.163 40.273 1.849 0.451 4.700 10.162 12.474 41.775 38 II_DT-24DA-23:DT23DA24_JJ I -24 ? J 24 ? I -23 ? J 23 ? 1 I DA 48 1_555 J DT 98 1_555 I DG 49 1_555 J DC 97 1_555 0.419 -0.105 3.047 -8.291 7.267 33.033 -1.190 -1.859 2.780 12.359 14.101 34.775 39 II_DA-23DG-22:DC22DT23_JJ I -23 ? J 23 ? I -22 ? J 22 ? 1 I DG 49 1_555 J DC 97 1_555 I DC 50 1_555 J DG 96 1_555 -0.616 -0.258 3.019 -1.031 -1.204 33.071 -0.265 0.919 3.044 -2.113 1.809 33.108 40 II_DG-22DC-21:DG21DC22_JJ I -22 ? J 22 ? I -21 ? J 21 ? 1 I DC 50 1_555 J DG 96 1_555 I DA 51 1_555 J DT 95 1_555 0.558 -0.362 3.546 3.219 22.906 34.917 -3.100 -0.419 2.840 33.965 -4.773 41.684 41 II_DC-21DA-20:DT20DG21_JJ I -21 ? J 21 ? I -20 ? J 20 ? 1 I DA 51 1_555 J DT 95 1_555 I DC 52 1_555 J DG 94 1_555 -0.236 -0.154 2.955 -1.824 -1.201 27.260 -0.055 0.087 2.968 -2.543 3.863 27.345 42 II_DA-20DC-19:DG19DT20_JJ I -20 ? J 20 ? I -19 ? J 19 ? 1 I DC 52 1_555 J DG 94 1_555 I DC 53 1_555 J DG 93 1_555 0.772 -0.119 3.336 1.664 -2.200 38.357 0.100 -0.961 3.367 -3.343 -2.529 38.452 43 II_DC-19DC-18:DG18DG19_JJ I -19 ? J 19 ? I -18 ? J 18 ? 1 I DC 53 1_555 J DG 93 1_555 I DG 54 1_555 J DC 92 1_555 0.932 0.112 3.272 2.444 -2.051 35.599 0.481 -1.164 3.316 -3.346 -3.988 35.737 44 II_DC-18DG-17:DC17DG18_JJ I -18 ? J 18 ? I -17 ? J 17 ? 1 I DG 54 1_555 J DC 92 1_555 I DC 55 1_555 J DG 91 1_555 0.413 -0.528 3.449 2.978 2.776 38.686 -1.148 -0.239 3.426 4.177 -4.479 38.892 45 II_DG-17DC-16:DG16DC17_JJ I -17 ? J 17 ? I -16 ? J 16 ? 1 I DC 55 1_555 J DG 91 1_555 I DT 56 1_555 J DA 90 1_555 0.027 2.254 3.163 8.474 -15.918 40.810 4.231 0.631 2.147 -21.602 -11.500 44.461 46 II_DC-16DT-15:DA15DG16_JJ I -16 ? J 16 ? I -15 ? J 15 ? 1 I DT 56 1_555 J DA 90 1_555 I DT 57 1_555 J DA 89 1_555 -1.412 0.005 3.383 -4.050 12.254 27.877 -2.567 1.817 3.267 23.881 7.894 30.666 47 II_DT-15DT-14:DA14DA15_JJ I -15 ? J 15 ? I -14 ? J 14 ? 1 I DT 57 1_555 J DA 89 1_555 I DA 58 1_555 J DT 88 1_555 0.416 1.628 3.770 -2.443 3.492 46.683 1.709 -0.759 3.850 4.396 3.075 46.867 48 II_DT-14DA-13:DT13DA14_JJ I -14 ? J 14 ? I -13 ? J 13 ? 1 I DA 58 1_555 J DT 88 1_555 I DA 59 1_555 J DT 87 1_555 -0.250 0.191 3.163 -5.653 11.378 27.348 -1.935 -0.661 2.996 22.584 11.220 30.104 49 II_DA-13DA-12:DT12DT13_JJ I -13 ? J 13 ? I -12 ? J 12 ? 1 I DA 59 1_555 J DT 87 1_555 I DA 60 1_555 J DT 86 1_555 -0.078 0.735 3.165 -1.116 12.682 29.637 -0.975 -0.062 3.205 23.476 2.065 32.199 50 II_DA-12DA-11:DT11DT12_JJ I -12 ? J 12 ? I -11 ? J 11 ? 1 I DA 60 1_555 J DT 86 1_555 I DC 61 1_555 J DG 85 1_555 0.468 -0.041 3.270 -1.035 1.222 25.219 -0.447 -1.370 3.243 2.795 2.367 25.269 51 II_DA-11DC-10:DG10DT11_JJ I -11 ? J 11 ? I -10 ? J 10 ? 1 I DC 61 1_555 J DG 85 1_555 I DG 62 1_555 J DC 84 1_555 0.176 -0.634 3.169 -2.960 18.153 23.532 -4.678 -0.903 2.116 37.947 6.188 29.788 52 II_DC-10DG-9:DC9DG10_JJ I -10 ? J 10 ? I -9 ? J 9 ? 1 I DG 62 1_555 J DC 84 1_555 I DC 63 1_555 J DG 83 1_555 0.127 -0.192 2.910 1.554 7.090 35.207 -1.208 -0.009 2.822 11.569 -2.536 35.924 53 II_DG-9DC-8:DG8DC9_JJ I -9 ? J 9 ? I -8 ? J 8 ? 1 I DC 63 1_555 J DG 83 1_555 I DA 64 1_555 J DT 82 1_555 -0.189 -0.510 3.616 5.881 16.187 32.581 -3.178 1.161 2.971 26.658 -9.686 36.744 54 II_DC-8DA-7:DT7DG8_JJ I -8 ? J 8 ? I -7 ? J 7 ? 1 I DA 64 1_555 J DT 82 1_555 I DC 65 1_555 J DG 81 1_555 1.955 0.201 2.852 -3.468 -5.801 34.069 1.082 -3.722 2.578 -9.782 5.848 34.713 55 II_DA-7DC-6:DG6DT7_JJ I -7 ? J 7 ? I -6 ? J 6 ? 1 I DC 65 1_555 J DG 81 1_555 I DG 66 1_555 J DC 80 1_555 -2.685 0.176 3.645 -6.073 4.432 33.044 -0.548 3.445 4.050 7.669 10.508 33.865 56 II_DC-6DG-5:DC5DG6_JJ I -6 ? J 6 ? I -5 ? J 5 ? 1 I DG 66 1_555 J DC 80 1_555 I DT 67 1_555 J DA 79 1_555 1.542 0.082 2.944 2.097 1.234 33.556 -0.042 -2.352 3.033 2.135 -3.625 33.641 57 II_DG-5DT-4:DA4DC5_JJ I -5 ? J 5 ? I -4 ? J 4 ? 1 I DT 67 1_555 J DA 79 1_555 I DA 68 1_555 J DT 78 1_555 -1.484 2.194 3.844 0.902 -12.437 42.473 4.176 2.064 3.084 -16.740 -1.213 44.185 58 II_DT-4DA-3:DT3DA4_JJ I -4 ? J 4 ? I -3 ? J 3 ? 1 I DA 68 1_555 J DT 78 1_555 I DC 69 1_555 J DG 77 1_555 -0.636 0.359 3.339 -12.162 9.700 33.801 -0.827 -0.746 3.343 15.693 19.676 37.113 59 II_DA-3DC-2:DG2DT3_JJ I -3 ? J 3 ? I -2 ? J 2 ? 1 I DC 69 1_555 J DG 77 1_555 I DG 70 1_555 J DC 76 1_555 0.954 0.207 3.202 -1.717 1.214 34.266 0.165 -1.877 3.157 2.057 2.910 34.329 60 II_DC-2DG-1:DC1DG2_JJ I -2 ? J 2 ? I -1 ? J 1 ? 1 I DG 70 1_555 J DC 76 1_555 I DC 71 1_555 J DG 75 1_555 0.056 -0.355 3.077 -0.277 5.427 34.813 -1.340 -0.131 2.989 9.003 0.459 35.222 61 II_DG-1DC0:DG0DC1_JJ I -1 ? J 1 ? I 0 ? J 0 ? 1 I DC 71 1_555 J DG 75 1_555 I DG 72 1_555 J DC 74 1_555 0.259 -0.176 3.013 -0.012 6.188 31.933 -1.307 -0.465 2.928 11.117 0.021 32.512 62 II_DC0DG1:DC-1DG0_JJ I 0 ? J 0 ? I 1 ? J -1 ? 1 I DG 72 1_555 J DC 74 1_555 I DC 73 1_555 J DG 73 1_555 -0.390 -0.573 3.231 -0.600 1.299 35.428 -1.128 0.554 3.214 2.133 0.986 35.456 63 II_DG1DC2:DG-2DC-1_JJ I 1 ? J -1 ? I 2 ? J -2 ? 1 I DC 73 1_555 J DG 73 1_555 I DT 74 1_555 J DA 72 1_555 -0.159 -0.443 3.161 4.894 0.529 37.515 -0.749 0.850 3.110 0.818 -7.570 37.825 64 II_DC2DT3:DA-3DG-2_JJ I 2 ? J -2 ? I 3 ? J -3 ? 1 I DT 74 1_555 J DA 72 1_555 I DG 75 1_555 J DC 71 1_555 1.744 0.453 3.345 1.986 -7.372 37.555 1.638 -2.403 3.286 -11.308 -3.046 38.296 65 II_DT3DG4:DC-4DA-3_JJ I 3 ? J -3 ? I 4 ? J -4 ? 1 I DG 75 1_555 J DC 71 1_555 I DT 76 1_555 J DA 70 1_555 -1.117 0.105 2.817 8.335 5.756 31.400 -0.621 3.136 2.430 10.304 -14.922 32.954 66 II_DG4DT5:DA-5DC-4_JJ I 4 ? J -4 ? I 5 ? J -5 ? 1 I DT 76 1_555 J DA 70 1_555 I DC 77 1_555 J DG 69 1_555 1.660 2.184 3.572 6.215 -15.754 42.933 4.178 -1.578 2.846 -20.592 -8.124 46.006 67 II_DT5DC6:DG-6DA-5_JJ I 5 ? J -5 ? I 6 ? J -6 ? 1 I DC 77 1_555 J DG 69 1_555 I DC 78 1_555 J DG 68 1_555 -1.736 0.293 3.828 -10.694 13.236 33.609 -1.742 0.921 4.017 21.281 17.194 37.560 68 II_DC6DC7:DG-7DG-6_JJ I 6 ? J -6 ? I 7 ? J -7 ? 1 I DC 78 1_555 J DG 68 1_555 I DC 79 1_555 J DG 67 1_555 0.263 -0.541 3.224 -1.561 1.102 30.313 -1.250 -0.809 3.185 2.105 2.982 30.372 69 II_DC7DC8:DG-8DG-7_JJ I 7 ? J -7 ? I 8 ? J -8 ? 1 I DC 79 1_555 J DG 67 1_555 I DC 80 1_555 J DG 66 1_555 0.180 -1.129 3.115 1.257 7.575 28.909 -3.620 -0.112 2.743 14.845 -2.463 29.891 70 II_DC8DC9:DG-9DG-8_JJ I 8 ? J -8 ? I 9 ? J -9 ? 1 I DC 80 1_555 J DG 66 1_555 I DC 81 1_555 J DG 65 1_555 1.297 0.201 2.964 8.980 10.086 28.352 -1.488 -0.745 3.114 19.270 -17.157 31.345 71 II_DC9DC10:DG-10DG-9_JJ I 9 ? J -9 ? I 10 ? 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