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'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7XFC _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.B_iso_max ? _refine.B_iso_mean ? _refine.B_iso_min ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.details ? _refine.diff_density_max ? _refine.diff_density_max_esd ? _refine.diff_density_min ? _refine.diff_density_min_esd ? _refine.diff_density_rms ? _refine.diff_density_rms_esd ? _refine.entry_id 7XFC _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.ls_abs_structure_details ? _refine.ls_abs_structure_Flack ? _refine.ls_abs_structure_Flack_esd ? _refine.ls_abs_structure_Rogers ? _refine.ls_abs_structure_Rogers_esd ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_extinction_coef ? _refine.ls_extinction_coef_esd ? _refine.ls_extinction_expression ? _refine.ls_extinction_method ? _refine.ls_goodness_of_fit_all ? _refine.ls_goodness_of_fit_all_esd ? _refine.ls_goodness_of_fit_obs ? _refine.ls_goodness_of_fit_obs_esd ? _refine.ls_hydrogen_treatment ? _refine.ls_matrix_type ? _refine.ls_number_constraints ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_work ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_Fsqd_factor_obs ? _refine.ls_R_I_factor_obs ? _refine.ls_redundancy_reflns_all ? _refine.ls_redundancy_reflns_obs ? _refine.ls_restrained_S_all ? _refine.ls_restrained_S_obs ? _refine.ls_shift_over_esd_max ? _refine.ls_shift_over_esd_mean ? _refine.ls_structure_factor_coef ? _refine.ls_weighting_details ? _refine.ls_weighting_scheme ? _refine.ls_wR_factor_all ? _refine.ls_wR_factor_obs ? _refine.ls_wR_factor_R_free ? _refine.ls_wR_factor_R_work ? _refine.occupancy_max ? _refine.occupancy_min ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.pdbx_R_complete ? _refine.ls_R_factor_gt ? _refine.ls_goodness_of_fit_gt ? _refine.ls_goodness_of_fit_ref ? _refine.ls_shift_over_su_max ? _refine.ls_shift_over_su_max_lt ? _refine.ls_shift_over_su_mean ? _refine.ls_shift_over_su_mean_lt ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_ls_sigma_Fsqd ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_real_space_R ? _refine.pdbx_density_correlation ? _refine.pdbx_pd_number_of_powder_patterns ? _refine.pdbx_pd_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_meas_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_R_factor ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_wR_factor ? _refine.pdbx_pd_Marquardt_correlation_coeff ? _refine.pdbx_pd_Fsqrd_R_factor ? _refine.pdbx_pd_ls_matrix_band_width ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? _refine.pdbx_average_fsc_overall ? _refine.pdbx_average_fsc_work ? _refine.pdbx_average_fsc_free ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.005 ? 12594 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.757 ? 18238 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 31.221 ? 3711 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.044 ? 2077 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.007 ? 1319 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 7XFC _struct.title 'Structure of nucleosome-DI complex (-30I, Apo state)' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7XFC _struct_keywords.text 'Nucleosome, AAG, DNA repair, Base excision repair, DNA BINDING PROTEIN, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex' _struct_keywords.pdbx_keywords 'DNA BINDING PROTEIN/DNA' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 1 ? F N N 2 ? G N N 3 ? H N N 4 ? I N N 5 ? J N N 6 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLY A 45 ? SER A 58 ? GLY A 44 SER A 57 1 ? 14 HELX_P HELX_P2 AA2 ARG A 64 ? GLN A 77 ? ARG A 63 GLN A 76 1 ? 14 HELX_P HELX_P3 AA3 GLN A 86 ? ALA A 115 ? GLN A 85 ALA A 114 1 ? 30 HELX_P HELX_P4 AA4 MET A 121 ? GLY A 133 ? MET A 120 GLY A 132 1 ? 13 HELX_P HELX_P5 AA5 ASP B 25 ? ILE B 30 ? ASP B 24 ILE B 29 5 ? 6 HELX_P HELX_P6 AA6 THR B 31 ? GLY B 42 ? 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GLY E 133 ? MET E 120 GLY E 132 1 ? 13 HELX_P HELX_P22 AC4 ASN F 26 ? ILE F 30 ? ASN F 25 ILE F 29 5 ? 5 HELX_P HELX_P23 AC5 THR F 31 ? GLY F 42 ? THR F 30 GLY F 41 1 ? 12 HELX_P HELX_P24 AC6 LEU F 50 ? ALA F 77 ? LEU F 49 ALA F 76 1 ? 28 HELX_P HELX_P25 AC7 THR F 83 ? GLN F 94 ? THR F 82 GLN F 93 1 ? 12 HELX_P HELX_P26 AC8 THR G 17 ? ALA G 22 ? THR G 16 ALA G 21 1 ? 6 HELX_P HELX_P27 AC9 PRO G 27 ? GLY G 38 ? PRO G 26 GLY G 37 1 ? 12 HELX_P HELX_P28 AD1 ALA G 46 ? ASN G 74 ? ALA G 45 ASN G 73 1 ? 29 HELX_P HELX_P29 AD2 ILE G 80 ? ASN G 90 ? ILE G 79 ASN G 89 1 ? 11 HELX_P HELX_P30 AD3 ASP G 91 ? LEU G 98 ? ASP G 90 LEU G 97 1 ? 8 HELX_P HELX_P31 AD4 TYR H 38 ? HIS H 50 ? TYR H 34 HIS H 46 1 ? 13 HELX_P HELX_P32 AD5 SER H 56 ? ASN H 85 ? SER H 52 ASN H 81 1 ? 30 HELX_P HELX_P33 AD6 THR H 91 ? LEU H 103 ? THR H 87 LEU H 99 1 ? 13 HELX_P HELX_P34 AD7 PRO H 104 ? ALA H 125 ? PRO H 100 ALA H 121 1 ? 22 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role hydrog1 hydrog ? ? 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WATSON-CRICK ? ? ? hydrog10 hydrog ? ? I DT 11 O4 ? ? ? 1_555 J DA 142 N6 ? ? I DT -67 J DA 67 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog11 hydrog ? ? I DG 12 N1 ? ? ? 1_555 J DC 141 N3 ? ? I DG -66 J DC 66 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog12 hydrog ? ? I DG 12 N2 ? ? ? 1_555 J DC 141 O2 ? ? I DG -66 J DC 66 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog13 hydrog ? ? I DG 12 O6 ? ? ? 1_555 J DC 141 N4 ? ? I DG -66 J DC 66 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog14 hydrog ? ? I DT 13 N3 ? ? ? 1_555 J DA 140 N1 ? ? I DT -65 J DA 65 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog15 hydrog ? ? I DT 13 O4 ? ? ? 1_555 J DA 140 N6 ? ? I DT -65 J DA 65 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog16 hydrog ? ? I DA 14 N1 ? ? ? 1_555 J DT 139 N3 ? ? I DA -64 J DT 64 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog17 hydrog ? ? I DA 14 N6 ? ? ? 1_555 J DT 139 O4 ? ? I DA -64 J DT 64 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog18 hydrog ? ? I DT 15 N3 ? ? ? 1_555 J DA 138 N1 ? ? 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J 29 ? 1 I DT 49 1_555 J DA 104 1_555 I DC 50 1_555 J DG 103 1_555 -0.027 -0.203 3.232 3.740 6.066 30.630 -1.491 0.738 3.111 11.291 -6.962 31.428 42 II_DT-29DC-28:DG28DA29_JJ I -29 ? J 29 ? I -28 ? J 28 ? 1 I DC 50 1_555 J DG 103 1_555 I DC 51 1_555 J DG 102 1_555 1.195 1.850 3.408 5.982 -1.749 39.743 2.900 -1.020 3.463 -2.553 -8.734 40.209 43 II_DC-28DC-27:DG27DG28_JJ I -28 ? J 28 ? I -27 ? J 27 ? 1 I DC 53 1_555 J DG 100 1_555 I DT 54 1_555 J DA 99 1_555 -1.294 0.014 3.668 -4.497 -2.293 25.012 0.789 1.444 3.821 -5.228 10.251 25.508 44 II_DC-25DT-24:DA24DG25_JJ I -25 ? J 25 ? I -24 ? J 24 ? 1 I DT 54 1_555 J DA 99 1_555 I DT 55 1_555 J DA 98 1_555 0.894 0.465 3.326 -3.509 2.544 40.257 0.385 -1.689 3.263 3.683 5.081 40.480 45 II_DT-24DT-23:DA23DA24_JJ I -24 ? J 24 ? I -23 ? J 23 ? 1 I DT 55 1_555 J DA 98 1_555 I DG 56 1_555 J DC 97 1_555 -0.046 -0.184 3.205 -2.456 7.090 34.315 -1.342 -0.283 3.102 11.842 4.102 35.102 46 II_DT-23DG-22:DC22DA23_JJ I -23 ? J 23 ? I -22 ? 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