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'principal investigator/group leader' 0000-0002-5526-5343 5 takagi@protein.osaka-u.ac.jp Junichi Takagi ? 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The sample was in a buffer solution of 150mM NaCl, 20mM Tris-HCl at pH 7.5 ; _em_buffer.pH 7.5 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? # loop_ _em_entity_assembly.id _em_entity_assembly.parent_id _em_entity_assembly.details _em_entity_assembly.name _em_entity_assembly.source _em_entity_assembly.type _em_entity_assembly.entity_id_list _em_entity_assembly.synonym _em_entity_assembly.oligomeric_details 1 0 'GroEL complexed with unfolded UGT1A present in two rings' 'Double occupied ring (DOR) of GroEL-UGT1A complex' RECOMBINANT COMPLEX 1 ? ? 2 1 'The model was built in a map at 2.7 Ang. global resolution by FSC 0.143' GroEL RECOMBINANT COMPLEX 1 ? ? 3 1 'Model was not built because of weak density map' 'UDP-glucuronosyltransferase 1A (UGT1A)' RECOMBINANT COMPLEX ? ? ? # _em_imaging.id 1 _em_imaging.entry_id 7XOK _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter 50 _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.calibrated_defocus_min ? 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G GLY 545 160 1 Y 1 G MET 547 ? G MET 546 161 1 Y 1 G MET 548 ? G MET 547 162 1 Y 1 H LYS 526 ? H LYS 525 163 1 Y 1 H ASN 527 ? H ASN 526 164 1 Y 1 H ASP 528 ? H ASP 527 165 1 Y 1 H ALA 529 ? H ALA 528 166 1 Y 1 H ALA 530 ? H ALA 529 167 1 Y 1 H ASP 531 ? H ASP 530 168 1 Y 1 H LEU 532 ? H LEU 531 169 1 Y 1 H GLY 533 ? H GLY 532 170 1 Y 1 H ALA 534 ? H ALA 533 171 1 Y 1 H ALA 535 ? H ALA 534 172 1 Y 1 H GLY 536 ? H GLY 535 173 1 Y 1 H GLY 537 ? H GLY 536 174 1 Y 1 H MET 538 ? H MET 537 175 1 Y 1 H GLY 539 ? H GLY 538 176 1 Y 1 H GLY 540 ? H GLY 539 177 1 Y 1 H MET 541 ? H MET 540 178 1 Y 1 H GLY 542 ? H GLY 541 179 1 Y 1 H GLY 543 ? H GLY 542 180 1 Y 1 H MET 544 ? H MET 543 181 1 Y 1 H GLY 545 ? H GLY 544 182 1 Y 1 H GLY 546 ? H GLY 545 183 1 Y 1 H MET 547 ? H MET 546 184 1 Y 1 H MET 548 ? H MET 547 185 1 Y 1 I LYS 526 ? I LYS 525 186 1 Y 1 I ASN 527 ? I ASN 526 187 1 Y 1 I ASP 528 ? I ASP 527 188 1 Y 1 I ALA 529 ? I ALA 528 189 1 Y 1 I ALA 530 ? I ALA 529 190 1 Y 1 I ASP 531 ? I ASP 530 191 1 Y 1 I LEU 532 ? I LEU 531 192 1 Y 1 I GLY 533 ? I GLY 532 193 1 Y 1 I ALA 534 ? I ALA 533 194 1 Y 1 I ALA 535 ? I ALA 534 195 1 Y 1 I GLY 536 ? I GLY 535 196 1 Y 1 I GLY 537 ? I GLY 536 197 1 Y 1 I MET 538 ? I MET 537 198 1 Y 1 I GLY 539 ? I GLY 538 199 1 Y 1 I GLY 540 ? I GLY 539 200 1 Y 1 I MET 541 ? I MET 540 201 1 Y 1 I GLY 542 ? I GLY 541 202 1 Y 1 I GLY 543 ? I GLY 542 203 1 Y 1 I MET 544 ? I MET 543 204 1 Y 1 I GLY 545 ? I GLY 544 205 1 Y 1 I GLY 546 ? I GLY 545 206 1 Y 1 I MET 547 ? I MET 546 207 1 Y 1 I MET 548 ? I MET 547 208 1 Y 1 J LYS 526 ? J LYS 525 209 1 Y 1 J ASN 527 ? J ASN 526 210 1 Y 1 J ASP 528 ? J ASP 527 211 1 Y 1 J ALA 529 ? J ALA 528 212 1 Y 1 J ALA 530 ? J ALA 529 213 1 Y 1 J ASP 531 ? J ASP 530 214 1 Y 1 J LEU 532 ? J LEU 531 215 1 Y 1 J GLY 533 ? J GLY 532 216 1 Y 1 J ALA 534 ? J ALA 533 217 1 Y 1 J ALA 535 ? J ALA 534 218 1 Y 1 J GLY 536 ? J GLY 535 219 1 Y 1 J GLY 537 ? J GLY 536 220 1 Y 1 J MET 538 ? J MET 537 221 1 Y 1 J GLY 539 ? J GLY 538 222 1 Y 1 J GLY 540 ? J GLY 539 223 1 Y 1 J MET 541 ? J MET 540 224 1 Y 1 J GLY 542 ? J GLY 541 225 1 Y 1 J GLY 543 ? J GLY 542 226 1 Y 1 J MET 544 ? J MET 543 227 1 Y 1 J GLY 545 ? J GLY 544 228 1 Y 1 J GLY 546 ? J GLY 545 229 1 Y 1 J MET 547 ? J MET 546 230 1 Y 1 J MET 548 ? J MET 547 231 1 Y 1 K LYS 526 ? K LYS 525 232 1 Y 1 K ASN 527 ? K ASN 526 233 1 Y 1 K ASP 528 ? K ASP 527 234 1 Y 1 K ALA 529 ? K ALA 528 235 1 Y 1 K ALA 530 ? K ALA 529 236 1 Y 1 K ASP 531 ? K ASP 530 237 1 Y 1 K LEU 532 ? K LEU 531 238 1 Y 1 K GLY 533 ? K GLY 532 239 1 Y 1 K ALA 534 ? K ALA 533 240 1 Y 1 K ALA 535 ? K ALA 534 241 1 Y 1 K GLY 536 ? K GLY 535 242 1 Y 1 K GLY 537 ? K GLY 536 243 1 Y 1 K MET 538 ? K MET 537 244 1 Y 1 K GLY 539 ? K GLY 538 245 1 Y 1 K GLY 540 ? K GLY 539 246 1 Y 1 K MET 541 ? K MET 540 247 1 Y 1 K GLY 542 ? K GLY 541 248 1 Y 1 K GLY 543 ? K GLY 542 249 1 Y 1 K MET 544 ? K MET 543 250 1 Y 1 K GLY 545 ? K GLY 544 251 1 Y 1 K GLY 546 ? K GLY 545 252 1 Y 1 K MET 547 ? K MET 546 253 1 Y 1 K MET 548 ? K MET 547 254 1 Y 1 L LYS 526 ? L LYS 525 255 1 Y 1 L ASN 527 ? L ASN 526 256 1 Y 1 L ASP 528 ? L ASP 527 257 1 Y 1 L ALA 529 ? L ALA 528 258 1 Y 1 L ALA 530 ? L ALA 529 259 1 Y 1 L ASP 531 ? L ASP 530 260 1 Y 1 L LEU 532 ? L LEU 531 261 1 Y 1 L GLY 533 ? L GLY 532 262 1 Y 1 L ALA 534 ? L ALA 533 263 1 Y 1 L ALA 535 ? L ALA 534 264 1 Y 1 L GLY 536 ? L GLY 535 265 1 Y 1 L GLY 537 ? L GLY 536 266 1 Y 1 L MET 538 ? L MET 537 267 1 Y 1 L GLY 539 ? L GLY 538 268 1 Y 1 L GLY 540 ? L GLY 539 269 1 Y 1 L MET 541 ? L MET 540 270 1 Y 1 L GLY 542 ? L GLY 541 271 1 Y 1 L GLY 543 ? L GLY 542 272 1 Y 1 L MET 544 ? L MET 543 273 1 Y 1 L GLY 545 ? L GLY 544 274 1 Y 1 L GLY 546 ? L GLY 545 275 1 Y 1 L MET 547 ? L MET 546 276 1 Y 1 L MET 548 ? L MET 547 277 1 Y 1 M LYS 526 ? M LYS 525 278 1 Y 1 M ASN 527 ? M ASN 526 279 1 Y 1 M ASP 528 ? M ASP 527 280 1 Y 1 M ALA 529 ? M ALA 528 281 1 Y 1 M ALA 530 ? M ALA 529 282 1 Y 1 M ASP 531 ? M ASP 530 283 1 Y 1 M LEU 532 ? M LEU 531 284 1 Y 1 M GLY 533 ? M GLY 532 285 1 Y 1 M ALA 534 ? M ALA 533 286 1 Y 1 M ALA 535 ? M ALA 534 287 1 Y 1 M GLY 536 ? M GLY 535 288 1 Y 1 M GLY 537 ? M GLY 536 289 1 Y 1 M MET 538 ? M MET 537 290 1 Y 1 M GLY 539 ? M GLY 538 291 1 Y 1 M GLY 540 ? M GLY 539 292 1 Y 1 M MET 541 ? M MET 540 293 1 Y 1 M GLY 542 ? M GLY 541 294 1 Y 1 M GLY 543 ? M GLY 542 295 1 Y 1 M MET 544 ? M MET 543 296 1 Y 1 M GLY 545 ? M GLY 544 297 1 Y 1 M GLY 546 ? M GLY 545 298 1 Y 1 M MET 547 ? M MET 546 299 1 Y 1 M MET 548 ? M MET 547 300 1 Y 1 N LYS 526 ? N LYS 525 301 1 Y 1 N ASN 527 ? N ASN 526 302 1 Y 1 N ASP 528 ? N ASP 527 303 1 Y 1 N ALA 529 ? N ALA 528 304 1 Y 1 N ALA 530 ? N ALA 529 305 1 Y 1 N ASP 531 ? N ASP 530 306 1 Y 1 N LEU 532 ? N LEU 531 307 1 Y 1 N GLY 533 ? N GLY 532 308 1 Y 1 N ALA 534 ? N ALA 533 309 1 Y 1 N ALA 535 ? N ALA 534 310 1 Y 1 N GLY 536 ? N GLY 535 311 1 Y 1 N GLY 537 ? N GLY 536 312 1 Y 1 N MET 538 ? N MET 537 313 1 Y 1 N GLY 539 ? N GLY 538 314 1 Y 1 N GLY 540 ? N GLY 539 315 1 Y 1 N MET 541 ? N MET 540 316 1 Y 1 N GLY 542 ? N GLY 541 317 1 Y 1 N GLY 543 ? N GLY 542 318 1 Y 1 N MET 544 ? N MET 543 319 1 Y 1 N GLY 545 ? N GLY 544 320 1 Y 1 N GLY 546 ? N GLY 545 321 1 Y 1 N MET 547 ? N MET 546 322 1 Y 1 N MET 548 ? N MET 547 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.name 1 1 150 nM NaCl 'sodium chloride' 1 2 20 mM Tris-HCl 'Tris Hydrochloride Acid' # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING ONLY' _em_ctf_correction.details ;Using RELIONs own implementation of CTFFIND4.1 ? --Box 512 --ResMin 30 --ResMax 2 --dFMin 5000 --dFMax 50000 --FStep 250 --dAst 100 ; # loop_ _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id _em_entity_assembly_molwt.id _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag _em_entity_assembly_molwt.units _em_entity_assembly_molwt.value 1 1 NO ? ? 1 2 NO ? ? 3 1 ? ? ? # loop_ _em_entity_assembly_naturalsource.id _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id _em_entity_assembly_naturalsource.cell _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_naturalsource.organ _em_entity_assembly_naturalsource.organelle _em_entity_assembly_naturalsource.organism _em_entity_assembly_naturalsource.strain _em_entity_assembly_naturalsource.tissue 2 1 ? ? 562 ? ? 'Escherichia coli' ? ? 3 2 ? ? 562 ? ? 'Escherichia coli' ? ? 4 3 ? ? 9606 ? ? 'Homo sapiens' ? ? # loop_ _em_entity_assembly_recombinant.id _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id _em_entity_assembly_recombinant.cell _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_recombinant.organism _em_entity_assembly_recombinant.plasmid _em_entity_assembly_recombinant.strain 2 1 ? 562 'Escherichia coli' pKY206 ? 3 2 ? 562 'Escherichia coli' pKY206 ? 4 3 ? 562 'Escherichia coli' pTAT6 ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 40 _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.details ;Using a Titan KRIOS TEM operated at 300 kV, 2,951 movies were collected using the Falcon III DED in Counting mode at a magnification of 75000x corresponding to a pixel size of 0.87 Pixel/A at the specimen level. All 2,951 movies were imported into the RELION pipeline and prepared for single-particle analysis ; _em_image_recording.detector_mode COUNTING _em_image_recording.film_or_detector_model 'FEI FALCON III (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 1 _em_image_recording.num_real_images 2951 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? # _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_name ? _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.energyfilter_slit_width 20 _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.details ? # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details ;Parameters for auto picking (LoG) single particles from motion-corrected micrographs with estimated CTF parameters resulted in 1,289,236 particles picked (an average of 437 particles per micrograph). All particle images were then extracted with a box size of 300 pixels and a spherical mask diameter of 240 A for 2D classification. ; _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 1289236 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' 'Laplacian Of Gaussian (LoG)' RELION 3.1 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' 'Used to callobrate and collect raw movies' EPU ? ? ? 1 3 'IMAGE ACQUISITION' 'All processing of movies and particles was performed in RELION' RELION 3.1 ? ? 1 4 MASKING ? ? ? ? ? ? 5 'CTF CORRECTION' ? CTFFIND 4.1 1 ? ? 6 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 8 'MODEL FITTING' ? 'UCSF ChimeraX' 1.2.5 ? 1 ? 9 OTHER ? ? ? ? ? ? 10 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 3.1 1 ? ? 11 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 12 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 13 RECONSTRUCTION ? RELION 3.1 1 ? ? 14 'MODEL REFINEMENT' ? PHENIX 1.19.2-4158 ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 33 _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)' Japan 21am0101075 1 'Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)' Japan 22ama121025j0001 2 'Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)' Japan JP21am0101066 3 'Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)' Japan JP19K06513 4 'Japan Science and Technology' Japan JPMJPR17GB 5 'Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)' Japan 19H05780 6 'New Energy and Industrial Technology Development Organization (NEDO)' Japan JPNP18016 7 # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? #