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EMDB EMD-33385 ? ? # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Cryo-EM structure of the histone methyltransferase SET8 bound to H4K20Ecx-nucleosome' _pdbx_database_related.db_id EMD-33385 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 7XPX _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2022-05-06 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBJ _pdbx_database_status.process_site PDBJ _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Shi, L.X.' 1 0000-0002-5994-9515 'Zhou, Z.' 2 0000-0002-1423-7231 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country US _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'Faseb J.' _citation.journal_id_ASTM FAJOEC _citation.journal_id_CSD 2074 _citation.journal_id_ISSN 1530-6860 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 36 _citation.language ? _citation.page_first e22338 _citation.page_last e22338 _citation.title 'Structural basis of nucleosomal H4K20 methylation by methyltransferase SET8.' _citation.year 2022 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1096/fj.202101821R _citation.pdbx_database_id_PubMed 35532550 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Shi, L.' 1 0000-0002-5994-9515 primary 'Huang, L.' 2 ? primary 'Long, H.' 3 ? primary 'Song, A.' 4 ? primary 'Zhou, Z.' 5 0000-0002-1423-7231 # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 7XPX _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.pdbx_esd_method ? # _symmetry.entry_id 7XPX _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Histone H3' 15303.930 2 ? ? ? ? 2 polymer man 'Histone H4' 11265.247 2 ? ? 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DLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; ;ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKT DLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; A,E ? 2 'polypeptide(L)' no yes ;SGRGKGGKGLGKGGAKRHR(ECX)VLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHA KRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; ;SGRGKGGKGLGKGGAKRHRXVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKT VTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; B,F ? 3 'polypeptide(L)' no no ;SGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESSKSAKSK ; ;SGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESSKSAKSK ; C,G ? 4 'polypeptide(L)' no no ;AKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHY NKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; ;AKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHY NKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; D,H ? 5 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DA)(DC)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG) (DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA) (DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC) (DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DG) (DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA) (DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT) (DG)(DT)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCACAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGGAATCCGTAC GTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTGTGAT ; I ? 6 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DA)(DC)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG) (DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA) (DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DC)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC) (DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DG) (DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA) (DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT) (DG)(DT)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCACAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGGATTCCGTAC GTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTGTGAT ; J ? 7 'polypeptide(L)' no no ;MGSSHHHHHHSSENLYFQGHMAKQALKKPIKGKQAPRKKAQGKTQQNRKLTDFYPVRRSSRKSKAELQSEERKRIDELIE SGKEEGMKIDLIDGKGRGVIATKQFSRGDFVVEYHGDLIEITDAKKREALYAQDPSTGCYMYYFQYLSKTYCVDATRETN RLGRLINHSKCGNCQTKLHDIDGVPHLILIASRDIAAGEELLYDYGDRSKASIEAHPWLKH ; ;MGSSHHHHHHSSENLYFQGHMAKQALKKPIKGKQAPRKKAQGKTQQNRKLTDFYPVRRSSRKSKAELQSEERKRIDELIE SGKEEGMKIDLIDGKGRGVIATKQFSRGDFVVEYHGDLIEITDAKKREALYAQDPSTGCYMYYFQYLSKTYCVDATRETN RLGRLINHSKCGNCQTKLHDIDGVPHLILIASRDIAAGEELLYDYGDRSKASIEAHPWLKH ; K ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 ALA n 1 2 ARG n 1 3 THR n 1 4 LYS n 1 5 GLN n 1 6 THR n 1 7 ALA n 1 8 ARG n 1 9 LYS n 1 10 SER n 1 11 THR n 1 12 GLY n 1 13 GLY n 1 14 LYS n 1 15 ALA n 1 16 PRO n 1 17 ARG n 1 18 LYS n 1 19 GLN n 1 20 LEU n 1 21 ALA n 1 22 THR n 1 23 LYS n 1 24 ALA n 1 25 ALA n 1 26 ARG n 1 27 LYS n 1 28 SER n 1 29 ALA n 1 30 PRO n 1 31 ALA n 1 32 THR n 1 33 GLY n 1 34 GLY n 1 35 VAL n 1 36 LYS n 1 37 LYS n 1 38 PRO n 1 39 HIS n 1 40 ARG n 1 41 TYR n 1 42 ARG n 1 43 PRO n 1 44 GLY n 1 45 THR n 1 46 VAL n 1 47 ALA n 1 48 LEU n 1 49 ARG n 1 50 GLU n 1 51 ILE n 1 52 ARG n 1 53 ARG n 1 54 TYR n 1 55 GLN n 1 56 LYS n 1 57 SER n 1 58 THR n 1 59 GLU n 1 60 LEU n 1 61 LEU n 1 62 ILE n 1 63 ARG n 1 64 LYS n 1 65 LEU n 1 66 PRO n 1 67 PHE n 1 68 GLN n 1 69 ARG n 1 70 LEU n 1 71 VAL n 1 72 ARG n 1 73 GLU n 1 74 ILE n 1 75 ALA n 1 76 GLN n 1 77 ASP n 1 78 PHE n 1 79 LYS n 1 80 THR n 1 81 ASP n 1 82 LEU n 1 83 ARG n 1 84 PHE n 1 85 GLN n 1 86 SER n 1 87 SER n 1 88 ALA n 1 89 VAL n 1 90 MET n 1 91 ALA n 1 92 LEU n 1 93 GLN n 1 94 GLU n 1 95 ALA n 1 96 SER n 1 97 GLU n 1 98 ALA n 1 99 TYR n 1 100 LEU n 1 101 VAL n 1 102 ALA n 1 103 LEU n 1 104 PHE n 1 105 GLU n 1 106 ASP n 1 107 THR n 1 108 ASN n 1 109 LEU n 1 110 CYS n 1 111 ALA n 1 112 ILE n 1 113 HIS n 1 114 ALA n 1 115 LYS n 1 116 ARG n 1 117 VAL n 1 118 THR n 1 119 ILE n 1 120 MET n 1 121 PRO n 1 122 LYS n 1 123 ASP n 1 124 ILE n 1 125 GLN n 1 126 LEU n 1 127 ALA n 1 128 ARG n 1 129 ARG n 1 130 ILE n 1 131 ARG n 1 132 GLY n 1 133 GLU n 1 134 ARG n 1 135 ALA n 2 1 SER n 2 2 GLY n 2 3 ARG n 2 4 GLY n 2 5 LYS n 2 6 GLY n 2 7 GLY n 2 8 LYS n 2 9 GLY n 2 10 LEU n 2 11 GLY n 2 12 LYS n 2 13 GLY n 2 14 GLY n 2 15 ALA n 2 16 LYS n 2 17 ARG n 2 18 HIS n 2 19 ARG n 2 20 ECX n 2 21 VAL n 2 22 LEU n 2 23 ARG n 2 24 ASP n 2 25 ASN n 2 26 ILE n 2 27 GLN n 2 28 GLY n 2 29 ILE n 2 30 THR n 2 31 LYS n 2 32 PRO n 2 33 ALA n 2 34 ILE n 2 35 ARG n 2 36 ARG n 2 37 LEU n 2 38 ALA n 2 39 ARG n 2 40 ARG n 2 41 GLY n 2 42 GLY n 2 43 VAL n 2 44 LYS n 2 45 ARG n 2 46 ILE n 2 47 SER n 2 48 GLY n 2 49 LEU n 2 50 ILE n 2 51 TYR n 2 52 GLU n 2 53 GLU n 2 54 THR n 2 55 ARG n 2 56 GLY n 2 57 VAL n 2 58 LEU n 2 59 LYS n 2 60 VAL n 2 61 PHE n 2 62 LEU n 2 63 GLU n 2 64 ASN n 2 65 VAL n 2 66 ILE n 2 67 ARG n 2 68 ASP n 2 69 ALA n 2 70 VAL n 2 71 THR n 2 72 TYR n 2 73 THR n 2 74 GLU n 2 75 HIS n 2 76 ALA n 2 77 LYS n 2 78 ARG n 2 79 LYS n 2 80 THR n 2 81 VAL n 2 82 THR n 2 83 ALA n 2 84 MET n 2 85 ASP n 2 86 VAL n 2 87 VAL n 2 88 TYR n 2 89 ALA n 2 90 LEU n 2 91 LYS n 2 92 ARG n 2 93 GLN n 2 94 GLY n 2 95 ARG n 2 96 THR n 2 97 LEU n 2 98 TYR n 2 99 GLY n 2 100 PHE n 2 101 GLY n 2 102 GLY n 3 1 SER n 3 2 GLY n 3 3 ARG n 3 4 GLY n 3 5 LYS n 3 6 GLN n 3 7 GLY n 3 8 GLY n 3 9 LYS n 3 10 THR n 3 11 ARG n 3 12 ALA n 3 13 LYS n 3 14 ALA n 3 15 LYS n 3 16 THR n 3 17 ARG n 3 18 SER n 3 19 SER n 3 20 ARG n 3 21 ALA n 3 22 GLY n 3 23 LEU n 3 24 GLN n 3 25 PHE n 3 26 PRO n 3 27 VAL n 3 28 GLY n 3 29 ARG n 3 30 VAL n 3 31 HIS n 3 32 ARG n 3 33 LEU n 3 34 LEU n 3 35 ARG n 3 36 LYS n 3 37 GLY n 3 38 ASN n 3 39 TYR n 3 40 ALA n 3 41 GLU n 3 42 ARG n 3 43 VAL n 3 44 GLY n 3 45 ALA n 3 46 GLY n 3 47 ALA n 3 48 PRO n 3 49 VAL n 3 50 TYR n 3 51 LEU n 3 52 ALA n 3 53 ALA n 3 54 VAL n 3 55 LEU n 3 56 GLU n 3 57 TYR n 3 58 LEU n 3 59 THR n 3 60 ALA n 3 61 GLU n 3 62 ILE n 3 63 LEU n 3 64 GLU n 3 65 LEU n 3 66 ALA n 3 67 GLY n 3 68 ASN n 3 69 ALA n 3 70 ALA n 3 71 ARG n 3 72 ASP n 3 73 ASN n 3 74 LYS n 3 75 LYS n 3 76 THR n 3 77 ARG n 3 78 ILE n 3 79 ILE n 3 80 PRO n 3 81 ARG n 3 82 HIS n 3 83 LEU n 3 84 GLN n 3 85 LEU n 3 86 ALA n 3 87 VAL n 3 88 ARG n 3 89 ASN n 3 90 ASP n 3 91 GLU n 3 92 GLU n 3 93 LEU n 3 94 ASN n 3 95 LYS n 3 96 LEU n 3 97 LEU n 3 98 GLY n 3 99 ARG n 3 100 VAL n 3 101 THR n 3 102 ILE n 3 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_entity_src_gen.pdbx_gene_src_cell _entity_src_gen.pdbx_gene_src_cellular_location _entity_src_gen.host_org_common_name _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id _entity_src_gen.host_org_genus _entity_src_gen.pdbx_host_org_gene _entity_src_gen.pdbx_host_org_organ _entity_src_gen.host_org_species _entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue _entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue_fraction _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line _entity_src_gen.pdbx_host_org_atcc _entity_src_gen.pdbx_host_org_culture_collection _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell _entity_src_gen.pdbx_host_org_organelle _entity_src_gen.pdbx_host_org_cellular_location _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector_type _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector _entity_src_gen.host_org_details _entity_src_gen.expression_system_id _entity_src_gen.plasmid_name _entity_src_gen.plasmid_details _entity_src_gen.pdbx_description 1 1 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'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP A0A310TTQ1_XENLA A0A310TTQ1 ? 1 ;ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKT DLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; 2 2 PDB 7XPX 7XPX ? 2 ? 1 3 UNP Q6AZJ8_XENLA Q6AZJ8 ? 3 ;SGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESSKSAKSK ; 2 4 UNP H2B11_XENLA P02281 ? 4 ;AKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKSRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHY NKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; 5 5 PDB 7XPX 7XPX ? 5 ? 1 6 PDB 7XPX 7XPX ? 6 ? 1 7 UNP KMT5A_HUMAN Q9NQR1 ? 7 ;AKQALKKPIKGKQAPRKKAQGKTQQNRKLTDFYPVRRSSRKSKAELQSEERKRIDELIESGKEEGMKIDLIDGKGRGVIA TKQFSRGDFVVEYHGDLIEITDAKKREALYAQDPSTGCYMYYFQYLSKTYCVDATRETNRLGRLINHSKCGNCQTKLHDI DGVPHLILIASRDIAAGEELLYDYGDRSKASIEAHPWLKH ; 194 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7XPX A 1 ? 135 ? 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'C9 H14 N3 O7 P' 307.197 DG 'DNA linking' y "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 DT 'DNA linking' y "THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N2 O8 P' 322.208 ECX 'L-peptide linking' n S-ethyl-L-cysteine ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SAM non-polymer . S-ADENOSYLMETHIONINE ? 'C15 H22 N6 O5 S' 398.437 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 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'Homo sapiens' ? ? # loop_ _em_entity_assembly_recombinant.id _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id _em_entity_assembly_recombinant.cell _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_recombinant.organism _em_entity_assembly_recombinant.plasmid _em_entity_assembly_recombinant.strain 2 1 ? 562 'Escherichia coli' ? ? 3 2 ? 562 'Escherichia coli' ? ? 4 3 ? 562 'Escherichia coli' ? ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 50 _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details ? _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 2227867 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? ? ? 1 ? 1 2 'IMAGE ACQUISITION' ? ? ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? ? ? 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? ? ? ? ? ? 8 'MODEL REFINEMENT' ? ? ? ? ? ? 9 OTHER ? ? ? ? ? ? 10 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 11 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 12 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 13 RECONSTRUCTION ? ? ? 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 7XPX 'double helix' 7XPX 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 I DA 1 1_555 J DT 145 1_555 0.128 -0.475 -1.448 -0.525 -9.668 2.073 1 I_DA-72:DT72_J I -72 ? 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J 61 ? 1 I DG 12 1_555 J DC 134 1_555 I DG 13 1_555 J DC 133 1_555 -1.551 -0.289 3.493 -4.723 3.031 35.845 -0.928 1.768 3.626 4.887 7.616 36.267 12 II_DG-61DG-60:DC60DC61_JJ I -61 ? J 61 ? I -60 ? J 60 ? 1 I DG 13 1_555 J DC 133 1_555 I DT 14 1_555 J DA 132 1_555 0.291 -0.287 3.230 -3.284 3.186 27.268 -1.358 -1.389 3.121 6.698 6.904 27.642 13 II_DG-60DT-59:DA59DC60_JJ I -60 ? J 60 ? I -59 ? J 59 ? 1 I DT 14 1_555 J DA 132 1_555 I DG 15 1_555 J DC 131 1_555 0.184 0.957 3.387 0.852 8.890 41.333 0.355 -0.162 3.513 12.420 -1.190 42.246 14 II_DT-59DG-58:DC58DA59_JJ I -59 ? J 59 ? I -58 ? J 58 ? 1 I DG 15 1_555 J DC 131 1_555 I DC 16 1_555 J DG 130 1_555 -0.845 0.214 3.155 -2.348 0.098 37.121 0.323 1.021 3.201 0.153 3.684 37.192 15 II_DG-58DC-57:DG57DC58_JJ I -58 ? J 58 ? I -57 ? J 57 ? 1 I DC 16 1_555 J DG 130 1_555 I DC 17 1_555 J DG 129 1_555 0.733 1.390 3.412 -1.644 0.315 36.373 2.179 -1.411 3.388 0.504 2.631 36.411 16 II_DC-57DC-56:DG56DG57_JJ I -57 ? J 57 ? I -56 ? J 56 ? 1 I DC 17 1_555 J DG 129 1_555 I DG 18 1_555 J DC 128 1_555 0.143 2.259 3.482 0.315 -3.461 41.378 3.568 -0.167 3.292 -4.888 -0.445 41.517 17 II_DC-56DG-55:DC55DG56_JJ I -56 ? J 56 ? I -55 ? J 55 ? 1 I DG 18 1_555 J DC 128 1_555 I DA 19 1_555 J DT 127 1_555 -1.093 2.003 3.465 -3.531 1.553 42.103 2.605 1.123 3.609 2.156 4.903 42.271 18 II_DG-55DA-54:DT54DC55_JJ I -55 ? J 55 ? I -54 ? J 54 ? 1 I DA 19 1_555 J DT 127 1_555 I DG 20 1_555 J DC 126 1_555 0.032 0.354 3.187 -3.762 4.649 30.306 -0.221 -0.777 3.178 8.785 7.109 30.877 19 II_DA-54DG-53:DC53DT54_JJ I -54 ? J 54 ? I -53 ? J 53 ? 1 I DG 20 1_555 J DC 126 1_555 I DG 21 1_555 J DC 125 1_555 -0.134 0.483 3.191 -4.760 4.531 34.512 0.131 -0.482 3.216 7.553 7.935 35.113 20 II_DG-53DG-52:DC52DC53_JJ I -53 ? J 53 ? I -52 ? J 52 ? 1 I DG 21 1_555 J DC 125 1_555 I DC 22 1_555 J DG 124 1_555 -0.232 -0.387 3.158 -3.214 4.831 35.798 -1.274 -0.061 3.090 7.796 5.187 36.250 21 II_DG-52DC-51:DG51DC52_JJ I -52 ? J 52 ? I -51 ? J 51 ? 1 I DC 22 1_555 J DG 124 1_555 I DC 23 1_555 J DG 123 1_555 0.148 -0.234 3.222 1.308 5.357 35.707 -1.119 -0.058 3.159 8.672 -2.117 36.117 22 II_DC-51DC-50:DG50DG51_JJ I -51 ? J 51 ? I -50 ? J 50 ? 1 I DC 23 1_555 J DG 123 1_555 I DG 24 1_555 J DC 122 1_555 -0.453 -0.019 3.129 -1.861 20.385 35.194 -2.228 0.452 2.740 30.719 2.805 40.551 23 II_DC-50DG-49:DC49DG50_JJ I -50 ? J 50 ? I -49 ? J 49 ? 1 I DG 24 1_555 J DC 122 1_555 I DC 25 1_555 J DG 121 1_555 0.056 0.401 3.287 1.841 -2.002 39.180 0.835 0.137 3.262 -2.981 -2.741 39.270 24 II_DG-49DC-48:DG48DC49_JJ I -49 ? J 49 ? I -48 ? J 48 ? 1 I DC 25 1_555 J DG 121 1_555 I DT 26 1_555 J DA 120 1_555 -0.586 0.701 3.275 -1.978 0.340 31.173 1.237 0.710 3.313 0.632 3.675 31.236 25 II_DC-48DT-47:DA47DG48_JJ I -48 ? J 48 ? I -47 ? J 47 ? 1 I DT 26 1_555 J DA 120 1_555 I DC 27 1_555 J DG 119 1_555 0.680 2.356 3.377 -0.978 -6.574 45.567 3.569 -0.953 3.013 -8.435 1.255 46.024 26 II_DT-47DC-46:DG46DA47_JJ I -47 ? J 47 ? I -46 ? J 46 ? 1 I DC 27 1_555 J DG 119 1_555 I DA 28 1_555 J DT 118 1_555 -0.085 2.393 3.668 -1.687 -3.210 42.034 3.687 -0.072 3.485 -4.465 2.346 42.183 27 II_DC-46DA-45:DT45DG46_JJ I -46 ? J 46 ? I -45 ? J 45 ? 1 I DA 28 1_555 J DT 118 1_555 I DA 29 1_555 J DT 117 1_555 -1.360 0.988 3.298 -5.014 2.401 35.365 1.246 1.458 3.510 3.922 8.192 35.785 28 II_DA-45DA-44:DT44DT45_JJ I -45 ? J 45 ? I -44 ? J 44 ? 1 I DA 29 1_555 J DT 117 1_555 I DT 30 1_555 J DA 116 1_555 0.065 -0.338 3.170 -4.218 1.310 33.930 -0.773 -0.754 3.125 2.233 7.189 34.208 29 II_DA-44DT-43:DA43DT44_JJ I -44 ? J 44 ? I -43 ? J 43 ? 1 I DT 30 1_555 J DA 116 1_555 I DT 31 1_555 J DA 115 1_555 -0.151 -0.281 3.348 -6.051 7.679 32.261 -1.761 -0.745 3.176 13.438 10.591 33.673 30 II_DT-43DT-42:DA42DA43_JJ I -43 ? J 43 ? I -42 ? J 42 ? 1 I DT 31 1_555 J DA 115 1_555 I DG 32 1_555 J DC 114 1_555 0.424 0.192 3.349 1.333 19.598 33.583 -2.231 -0.467 3.024 30.861 -2.099 38.763 31 II_DT-42DG-41:DC41DA42_JJ I -42 ? J 42 ? I -41 ? 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