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'Using a different transcription start point, the protein has additional five residues in its N-terminus.' 2 polymer syn ;RNA (5'-R(P*GP*GP*GP*GP*CP*AP*GP*AP*AP*AP*AP*UP*UP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*U)-3') ; 14898.929 1 ? ? ? ? 3 polymer man 'RNA (34-MER)' 23741.119 1 ? ? ? ? 4 polymer man 'RAMP superfamily protein' 197823.797 1 ? ? ? ? 5 non-polymer syn 'ZINC ION' 65.409 4 ? ? ? ? # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MNNTEENIDRIQEPTREDIDRKEAERLLDEAFNPRTKPVDRKKIINSALKILIGLYKEKKDDLTSASFISIARAYYLVSI TILPKGTTIPEKKKEALRKGIEFIDRAINKFNGSILDSQRAFRIKSVLSIEFNRIDREKCDNIKLKNLLNEAVDKGCTDF DTYEWDIQIAIRLCELGVDMEGHFDNLIKSNKANDLQKAKAYYFIKKDDHKAKEHMDKCTASLKYTPCSHRLWDETVGFI ERLKGDSSTLWRDFAIKTYRSCRVQEKETGTLRLRWYWSRHRVLYDMAFLAVKEQADDEEPDVNVKQAKIKKLAEISDSL 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'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _pdbx_entity_src_syn.entity_id 2 _pdbx_entity_src_syn.pdbx_src_id 1 _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag sample _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num 1 _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num 46 _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific 'Candidatus Scalindua brodae' _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name ? _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id 237368 _pdbx_entity_src_syn.details ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP A0A0B0EKL4_9BACT A0A0B0EKL4 ? 1 ;MNNTEENIDRIQEPTREDIDRKEAERLLDEAFNPRTKPVDRKKIINSALKILIGLYKEKKDDLTSASFISIARAYYLVSI TILPKGTTIPEKKKEALRKGIEFIDRAINKFNGSILDSQRAFRIKSVLSIEFNRIDREKCDNIKLKNLLNEAVDKGCTDF DTYEWDIQIAIRLCELGVDMEGHFDNLIKSNKANDLQKAKAYYFIKKDDHKAKEHMDKCTASLKYTPCSHRLWDETVGFI ERLKGDSSTLWRDFAIKTYRSCRVQEKETGTLRLRWYWSRHRVLYDMAFLAVKEQADDEEPDVNVKQAKIKKLAEISDSL KSRFSLRLSDMEKMPKSDDESNHEFKKFLDKCVTAYQDGYVINRSEDKEGQGENKSTTSKQPEPRPQAKLLELTQVPEGW VVVHFYLNKLEGMGNAIVFDKCANSWQYKEFQYKELFEVFLTWQANYNLYKENAAEHLVTLCKKIGETMPFLFCDNFIPN GKDVLFVPHDFLHRLPLHGSIENKTNGKLFLENHSCCYLPAWSFASEKEASTSDEYVLLKNFDQGHFETLQNNQIWGTQS VKDGASSDDLENIRNNPRLLTILCHGEANMSNPFRSMLKLANGGITYLEILNSVKGLKGSQVILGACETDLVPPLSDVMD EHYSVATALLLIGAAGVVGTMWKVRSNKTKSLIEWKLENIEYKLNEWQKETGGAAYKDHPPTFYRSIAFRSIGFPL ; 1 2 PDB 7XSS 7XSS ? 2 ? 1 3 PDB 7XSS 7XSS ? 3 ? 1 4 UNP A0A0B0EGF3_9BACT A0A0B0EGF3 ? 4 ;MNITVELTFFEPYRLVEWFDWDARKKSHSAMRGQAFAQWTWKGKGRTAGKSFITGTLVRSAVIKAVEELLSLNNGKWEGV PCCNGSFQTDESKGKKPSFLRKRHTLQWQANNKNICDKEEACPFCILLGRFDNAGKVHERNKDYDIHFSNFDLDHKQEKN DLRLVDIASGRILNRVDFDTGKAKDYFRTWEADYETYGTYTGRITLRNEHAKKLLLASLGFVDKLCGALCRIEVIKKSES PLPSDTKEQSYTKDDTVEVLSEDHNDELRKQAEVIVEAFKQNDKLEKIRILADAIRTLRLHGEGVIEKDELPDGKEERDK GHHLWDIKVQGTALRTKLKELWQSNKDIGWRKFTEMLGSNLYLIYKKETGGVSTRFRILGDTEYYSKAHDSEGSDLFIPV TPPEGIETKEWIIVGRLKAATPFYFGVQQPSDSIPGKEKKSEDSLVINEHTSFNILLDKENRYRIPRSALRGALRRDLRT AFGSGCNVSLGGQILCNCKVCIEMRRITLKDSVSDFSEPPEIRYRIAKNPGTATVEDGSLFDIEVGPEGLTFPFVLRYRG HKFPEQLSSVIRYWEENDGKNGMAWLGGLDSTGKGRFALKDIKIFEWDLNQKINEYIKERGMRGKEKELLEMGESSLPDG LIPYKFFEERECLFPYKENLKPQWSEVQYTIEVGSPLLTADTISALTEPGNRDAIAYKKRVYNDGNNAIEPEPRFAVKSE THRGIFRTAVGRRTGDLGKEDHEDCTCDMCIIFGNEHESSKIRFEDLELINGNEFEKLEKHIDHVAIDRFTGGALDKAKF DTYPLAGSPKKPLKLKGRFWIKKGFSGDHKLLITTALSDIRDGLYPLGSKGGVGYGWVAGISIDDNVPDDFKEMINKTEM PLPEEVEESNNGPINNDYVHPGHQSPKQDHKNKNIYYPHYFLDSGSKVYREKDIITHEEFTEELLSGKINCKLETLTPLI IPDTSDENGLKLQGNKPGHKNYKFFNINGELMIPGSELRGMLRTHFEALTKSCFAIFGEDSTLSWRMNADEKDYKIDSNS IRKMESQRNPKYRIPDELQKELRNSGNGLFNRLYTSERRFWSDVSNKFENSIDYKREILRCAGRPKNYKGGIIRQRKDSL MAEELKVHRLPLYDNFDIPDSAYKANDHCRKSATCSTSRGCRERFTCGIKVRDKNRVFLNAANNNRQYLNNIKKSNHDLY LQYLKGEKKIRFNSKVITGSERSPIDVIAELNERGRQTGFIKLSGLNNSNKSQGNTGTTFNSGWDRFELNILLDDLETRP SKSDYPRPRLLFTKDQYEYNITKRCERVFEIDKGNKTGYPVDDQIKKNYEDILDSYDGIKDQEVAERFDTFTRGSKLKVG DLVYFHIDGDNKIDSLIPVRISRKCASKTLGGKLDKALHPCTGLSDGLCPGCHLFGTTDYKGRVKFGFAKYENGPEWLIT RGNNPERSLTLGVLESPRPAFSIPDDESEIPGRKFYLHHNGWRIIRQKQLEIRETVQPERNVTTEVMDKGNVFSFDVRFE NLREWELGLLLQSLDPGKNIAHKLGKGKPYGFGSVKIKIDSLHTFKINSNNDKIKRVPQSDIREYINKGYQKLIEWSGNN SIQKGNVLPQWHVIPHIDKLYKLLWVPFLNDSKLEPDVRYPVLNEESKGYIEGSDYTYKKLGDKDNLPYKTRVKGLTTPW SPWNPFQVIAEHEEQEVNVTGSRPSVTDKIERDGKMV ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7XSS C 1 ? 716 ? 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UNP A0A0B0EGF3 ? ? conflict 5 5 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight A 'RNA linking' y "ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 C 'RNA linking' y "CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O8 P' 323.197 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 G 'RNA linking' y "GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O8 P' 363.221 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 U 'RNA linking' y "URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H13 N2 O9 P' 324.181 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 ZN non-polymer . 'ZINC ION' ? 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A G 38 D C 1 1_555 ? ? ? ? ? ? 'G-C PAIR' ? ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference metalc ? ? hydrog ? ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 5 ? AA2 ? 5 ? AA3 ? 10 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 5 ? AA6 ? 5 ? AA7 ? 2 ? AA8 ? 2 ? AA9 ? 2 ? AB1 ? 5 ? AB2 ? 6 ? AB3 ? 2 ? AB4 ? 2 ? AB5 ? 2 ? AB6 ? 5 ? AB7 ? 7 ? AB8 ? 4 ? 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D GLN 1329 470 1 Y 1 B ILE 1330 ? D ILE 1330 471 1 Y 1 B LYS 1331 ? D LYS 1331 472 1 Y 1 B LYS 1332 ? D LYS 1332 473 1 Y 1 B ASN 1333 ? D ASN 1333 474 1 Y 1 B TYR 1334 ? D TYR 1334 475 1 Y 1 B GLU 1335 ? D GLU 1335 476 1 Y 1 B ASP 1336 ? D ASP 1336 477 1 Y 1 B ILE 1337 ? D ILE 1337 478 1 Y 1 B LEU 1338 ? D LEU 1338 479 1 Y 1 B ASP 1339 ? D ASP 1339 480 1 Y 1 B SER 1340 ? D SER 1340 481 1 Y 1 B TYR 1341 ? D TYR 1341 482 1 Y 1 B ASP 1342 ? D ASP 1342 483 1 Y 1 B GLY 1343 ? D GLY 1343 484 1 Y 1 B ILE 1344 ? D ILE 1344 485 1 Y 1 B LYS 1345 ? D LYS 1345 486 1 Y 1 B ASP 1346 ? D ASP 1346 487 1 Y 1 B GLN 1347 ? D GLN 1347 488 1 Y 1 B GLU 1348 ? D GLU 1348 489 1 Y 1 B VAL 1349 ? D VAL 1349 490 1 Y 1 B ALA 1350 ? D ALA 1350 491 1 Y 1 B GLU 1351 ? D GLU 1351 492 1 Y 1 B ARG 1352 ? D ARG 1352 493 1 Y 1 B PHE 1353 ? D PHE 1353 494 1 Y 1 B ASP 1354 ? D ASP 1354 495 1 Y 1 B THR 1355 ? D THR 1355 496 1 Y 1 B PHE 1356 ? D PHE 1356 497 1 Y 1 B THR 1357 ? D THR 1357 498 1 Y 1 B ARG 1358 ? 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D GLU 1716 557 1 Y 1 B ARG 1717 ? D ARG 1717 558 1 Y 1 B ASP 1718 ? D ASP 1718 559 1 Y 1 B GLY 1719 ? D GLY 1719 560 1 Y 1 B LYS 1720 ? D LYS 1720 561 1 Y 1 B MET 1721 ? D MET 1721 562 1 Y 1 B VAL 1722 ? D VAL 1722 # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details ? # loop_ _em_entity_assembly_naturalsource.id _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id _em_entity_assembly_naturalsource.cell _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_naturalsource.organ _em_entity_assembly_naturalsource.organelle _em_entity_assembly_naturalsource.organism _em_entity_assembly_naturalsource.strain _em_entity_assembly_naturalsource.tissue 2 1 ? ? 237368 ? ? 'Candidatus Scalindua brodae' ? ? 3 2 ? ? 237368 ? ? 'Candidatus Scalindua brodae' ? ? # loop_ _em_entity_assembly_recombinant.id _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id _em_entity_assembly_recombinant.cell _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_recombinant.organism _em_entity_assembly_recombinant.plasmid _em_entity_assembly_recombinant.strain 2 1 ? 562 'Escherichia coli' ? ? 3 2 ? 562 'Escherichia coli' ? ? # _em_entity_assembly_synthetic.cell ? _em_entity_assembly_synthetic.cellular_location ? _em_entity_assembly_synthetic.entity_assembly_id 3 _em_entity_assembly_synthetic.id 1 _em_entity_assembly_synthetic.ncbi_tax_id 237368 _em_entity_assembly_synthetic.organ ? _em_entity_assembly_synthetic.organelle ? _em_entity_assembly_synthetic.organism 'Candidatus Scalindua brodae' _em_entity_assembly_synthetic.strain ? _em_entity_assembly_synthetic.tissue ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 50 _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K3 (6k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? ? ? 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ? ? ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? ? ? 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? ? ? ? ? ? 8 'MODEL REFINEMENT' ? ? ? ? ? ? 9 OTHER ? ? ? ? ? ? 10 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 11 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 12 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 13 RECONSTRUCTION ? ? ? 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 7XSS 'double helix' 7XSS 'a-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 B G 25 1_555 C C 50 1_555 -2.673 1.766 1.924 34.146 -18.716 32.001 1 A_G25:C14_D A 25 ? D 14 ? ? ? 1 B G 26 1_555 C C 49 1_555 -0.215 -0.098 -0.591 -6.750 -8.456 4.974 2 A_G26:C13_D A 26 ? D 13 ? 19 1 1 B G 27 1_555 C C 48 1_555 -0.927 0.886 0.218 -29.452 17.487 -13.382 3 A_G27:C12_D A 27 ? D 12 ? ? ? 1 B C 28 1_555 C G 47 1_555 0.727 0.150 -0.701 -4.205 53.699 18.327 4 A_C28:G11_D A 28 ? D 11 ? 22 1 1 B G 30 1_555 C C 45 1_555 0.708 0.700 -0.299 -26.562 19.540 -1.767 5 A_G30:C9_D A 30 ? D 9 ? 19 1 1 B A 31 1_555 C U 44 1_555 0.252 0.322 0.165 -5.599 -3.134 -1.986 6 A_A31:U8_D A 31 ? D 8 ? 20 1 1 B A 32 1_555 C U 43 1_555 0.074 -0.169 0.630 -6.045 24.242 3.857 7 A_A32:U7_D A 32 ? D 7 ? 20 1 1 B A 34 1_555 C U 41 1_555 -0.755 0.898 -1.406 16.508 59.457 27.015 8 A_A34:U5_D A 34 ? D 5 ? ? 1 1 B U 36 1_555 C A 39 1_555 -0.092 -0.236 -0.762 -10.199 15.468 -2.968 9 A_U36:A3_D A 36 ? D 3 ? 20 1 1 B G 37 1_555 C C 38 1_555 -0.711 0.322 -0.540 0.091 -3.536 5.363 10 A_G37:C2_D A 37 ? D 2 ? 19 1 1 B G 38 1_555 C C 37 1_555 0.844 0.957 -0.301 6.926 -7.332 18.543 11 A_G38:C1_D A 38 ? 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