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UNP P0DTC2 ARG 683 deletion ? 8 1 7XU3 ? B ? ? UNP P0DTC2 ALA 684 deletion ? 9 1 7XU3 CYS B 974 ? UNP P0DTC2 VAL 987 'engineered mutation' 987 10 2 7XU3 GLU A 1 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 10 11 2 7XU3 THR A 2 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 11 12 2 7XU3 GLY A 3 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 12 13 2 7XU3 THR A 4 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 13 14 2 7XU3 CYS A 418 ? UNP P0DTC2 ASP 427 'engineered mutation' 427 15 2 7XU3 ? A ? ? UNP P0DTC2 PRO 681 deletion ? 16 2 7XU3 ? A ? ? UNP P0DTC2 ARG 682 deletion ? 17 2 7XU3 ? A ? ? UNP P0DTC2 ARG 683 deletion ? 18 2 7XU3 ? A ? ? UNP P0DTC2 ALA 684 deletion ? 19 2 7XU3 CYS A 974 ? UNP P0DTC2 VAL 987 'engineered mutation' 987 20 3 7XU3 GLU C 1 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 10 21 3 7XU3 THR C 2 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 11 22 3 7XU3 GLY C 3 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 12 23 3 7XU3 THR C 4 ? UNP P0DTC2 ? ? 'expression tag' 13 24 3 7XU3 CYS C 418 ? UNP P0DTC2 ASP 427 'engineered mutation' 427 25 3 7XU3 ? C ? ? UNP P0DTC2 PRO 681 deletion ? 26 3 7XU3 ? C ? ? UNP P0DTC2 ARG 682 deletion ? 27 3 7XU3 ? C ? ? UNP P0DTC2 ARG 683 deletion ? 28 3 7XU3 ? C ? ? UNP P0DTC2 ALA 684 deletion ? 29 3 7XU3 CYS C 974 ? UNP P0DTC2 VAL 987 'engineered mutation' 987 30 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 BLA non-polymer . 'BILIVERDINE IX ALPHA' ? 'C33 H34 N4 O6' 582.646 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 NAG 'D-saccharide, beta linking' . 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;N-acetyl-beta-D-glucosamine; 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-glucose; N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE ; 'C8 H15 N O6' 221.208 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7XU3 _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 7XU3 _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.006 ? 24774 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.822 ? 33717 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 9.548 ? 3576 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.050 ? 3942 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.004 ? 4308 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 7XU3 _struct.title ;Structure of SARS-CoV-2 Spike Protein with Engineered x3 Disulfide (x3(D427C, V987C) and single Arg S1/S2 cleavage site), Closed Conformation ; _struct.pdbx_structure_determination_methodology ? _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7XU3 _struct_keywords.text 'protein engineering, spike protein, SARS-CoV-2, VIRAL PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 2 ? E N N 2 ? F N N 2 ? G N N 2 ? 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GLN B 913 GLU B 918 1 ? 6 HELX_P HELX_P16 AB7 ASN A 906 ? SER A 927 ? ASN B 919 SER B 940 1 ? 22 HELX_P HELX_P17 AB8 ALA A 929 ? ALA A 931 ? ALA B 942 ALA B 944 5 ? 3 HELX_P HELX_P18 AB9 LEU A 932 ? GLN A 952 ? LEU B 945 GLN B 965 1 ? 21 HELX_P HELX_P19 AC1 LEU A 953 ? SER A 955 ? LEU B 966 SER B 968 5 ? 3 HELX_P HELX_P20 AC2 VAL A 963 ? LEU A 971 ? VAL B 976 LEU B 984 1 ? 9 HELX_P HELX_P21 AC3 ASP A 972 ? CYS A 1019 ? ASP B 985 CYS B 1032 1 ? 48 HELX_P HELX_P22 AC4 ASP B 285 ? LYS B 295 ? ASP A 294 LYS A 304 1 ? 11 HELX_P HELX_P23 AC5 PHE B 329 ? PHE B 333 ? PHE A 338 PHE A 342 5 ? 5 HELX_P HELX_P24 AC6 SER B 340 ? TRP B 344 ? SER A 349 TRP A 353 5 ? 5 HELX_P HELX_P25 AC7 TYR B 356 ? SER B 362 ? TYR A 365 SER A 371 1 ? 7 HELX_P HELX_P26 AC8 SER B 374 ? ASP B 380 ? SER A 383 ASP A 389 5 ? 7 HELX_P HELX_P27 AC9 ARG B 394 ? ILE B 401 ? ARG A 403 ILE A 410 5 ? 8 HELX_P HELX_P28 AD1 LYS B 408 ? ASN B 413 ? LYS A 417 ASN A 422 1 ? 6 HELX_P HELX_P29 AD2 ASP B 724 ? ILE B 729 ? ASP A 737 ILE A 742 1 ? 6 HELX_P HELX_P30 AD3 SER B 733 ? GLN B 742 ? SER A 746 GLN A 755 1 ? 10 HELX_P HELX_P31 AD4 SER B 745 ? ALA B 770 ? SER A 758 ALA A 783 1 ? 26 HELX_P HELX_P32 AD5 SER B 803 ? ASN B 811 ? SER A 816 ASN A 824 1 ? 9 HELX_P HELX_P33 AD6 THR B 853 ? GLY B 872 ? THR A 866 GLY A 885 1 ? 20 HELX_P HELX_P34 AD7 TRP B 873 ? GLY B 878 ? TRP A 886 GLY A 891 1 ? 6 HELX_P HELX_P35 AD8 PRO B 884 ? GLY B 895 ? PRO A 897 GLY A 908 1 ? 12 HELX_P HELX_P36 AD9 GLN B 900 ? GLU B 905 ? GLN A 913 GLU A 918 1 ? 6 HELX_P HELX_P37 AE1 ASN B 906 ? SER B 927 ? ASN A 919 SER A 940 1 ? 22 HELX_P HELX_P38 AE2 ALA B 929 ? ALA B 931 ? ALA A 942 ALA A 944 5 ? 3 HELX_P HELX_P39 AE3 LEU B 932 ? GLN B 952 ? LEU A 945 GLN A 965 1 ? 21 HELX_P HELX_P40 AE4 LEU B 953 ? SER B 955 ? LEU A 966 SER A 968 5 ? 3 HELX_P HELX_P41 AE5 VAL B 963 ? LEU B 971 ? VAL A 976 LEU A 984 1 ? 9 HELX_P HELX_P42 AE6 ASP B 972 ? CYS B 1019 ? ASP A 985 CYS A 1032 1 ? 48 HELX_P HELX_P43 AE7 ASP C 285 ? LYS C 295 ? ASP C 294 LYS C 304 1 ? 11 HELX_P HELX_P44 AE8 PHE C 329 ? PHE C 333 ? PHE C 338 PHE C 342 5 ? 5 HELX_P HELX_P45 AE9 SER C 340 ? TRP C 344 ? SER C 349 TRP C 353 5 ? 5 HELX_P HELX_P46 AF1 TYR C 356 ? SER C 362 ? TYR C 365 SER C 371 1 ? 7 HELX_P HELX_P47 AF2 SER C 374 ? ASP C 380 ? SER C 383 ASP C 389 5 ? 7 HELX_P HELX_P48 AF3 ARG C 394 ? ILE C 401 ? ARG C 403 ILE C 410 5 ? 8 HELX_P HELX_P49 AF4 LYS C 408 ? ASN C 413 ? LYS C 417 ASN C 422 1 ? 6 HELX_P HELX_P50 AF5 ASP C 724 ? ILE C 729 ? ASP C 737 ILE C 742 1 ? 6 HELX_P HELX_P51 AF6 SER C 733 ? GLN C 742 ? SER C 746 GLN C 755 1 ? 10 HELX_P HELX_P52 AF7 SER C 745 ? ALA C 770 ? SER C 758 ALA C 783 1 ? 26 HELX_P HELX_P53 AF8 SER C 803 ? ASN C 811 ? SER C 816 ASN C 824 1 ? 9 HELX_P HELX_P54 AF9 THR C 853 ? GLY C 872 ? THR C 866 GLY C 885 1 ? 20 HELX_P HELX_P55 AG1 TRP C 873 ? GLY C 878 ? TRP C 886 GLY C 891 1 ? 6 HELX_P HELX_P56 AG2 PRO C 884 ? GLY C 895 ? PRO C 897 GLY C 908 1 ? 12 HELX_P HELX_P57 AG3 GLN C 900 ? GLU C 905 ? 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A CYS 653 SG ? ? ? 1_555 A CYS 662 SG ? ? B CYS 662 B CYS 671 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf11 disulf ? ? A CYS 725 SG ? ? ? 1_555 A CYS 747 SG ? ? B CYS 738 B CYS 760 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.020 ? ? disulf12 disulf ? ? A CYS 730 SG ? ? ? 1_555 A CYS 736 SG ? ? B CYS 743 B CYS 749 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf13 disulf ? ? A CYS 974 SG ? ? ? 1_555 B CYS 418 SG ? ? B CYS 987 A CYS 427 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.014 ? ? disulf14 disulf ? ? A CYS 1019 SG ? ? ? 1_555 A CYS 1030 SG ? ? B CYS 1032 B CYS 1043 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf15 disulf ? ? A CYS 1069 SG ? ? ? 1_555 A CYS 1113 SG ? ? B CYS 1082 B CYS 1126 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? ? disulf16 disulf ? ? B CYS 122 SG ? ? ? 1_555 B CYS 157 SG ? ? A CYS 131 A CYS 166 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf17 disulf ? ? B CYS 282 SG ? ? ? 1_555 B CYS 292 SG ? ? A CYS 291 A CYS 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.061 ? ? disulf18 disulf ? ? B CYS 327 SG ? ? ? 1_555 B CYS 352 SG ? ? A CYS 336 A CYS 361 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf19 disulf ? ? B CYS 370 SG ? ? ? 1_555 B CYS 423 SG ? ? A CYS 379 A CYS 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.055 ? ? disulf20 disulf ? ? B CYS 382 SG ? ? ? 1_555 B CYS 516 SG ? ? A CYS 391 A CYS 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf21 disulf ? ? B CYS 471 SG ? ? ? 1_555 B CYS 479 SG ? ? A CYS 480 A CYS 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf22 disulf ? ? B CYS 529 SG ? ? ? 1_555 B CYS 581 SG ? ? A CYS 538 A CYS 590 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? ? disulf23 disulf ? ? B CYS 608 SG ? ? ? 1_555 B CYS 640 SG ? ? A CYS 617 A CYS 649 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? ? disulf24 disulf ? ? B CYS 653 SG ? ? ? 1_555 B CYS 662 SG ? ? A CYS 662 A CYS 671 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf25 disulf ? ? B CYS 725 SG ? ? ? 1_555 B CYS 747 SG ? ? A CYS 738 A CYS 760 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.019 ? ? disulf26 disulf ? ? B CYS 730 SG ? ? ? 1_555 B CYS 736 SG ? ? A CYS 743 A CYS 749 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf27 disulf ? ? 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B ASN 273 ND2 ? ? ? 1_555 Y NAG . C1 ? ? A ASN 282 A NAG 1403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale19 covale one ? B ASN 322 ND2 ? ? ? 1_555 Z NAG . C1 ? ? A ASN 331 A NAG 1404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.451 ? N-Glycosylation covale20 covale one ? B ASN 334 ND2 ? ? ? 1_555 AA NAG . C1 ? ? A ASN 343 A NAG 1405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale21 covale one ? B ASN 607 ND2 ? ? ? 1_555 BA NAG . C1 ? ? A ASN 616 A NAG 1406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.432 ? N-Glycosylation covale22 covale one ? B ASN 648 ND2 ? ? ? 1_555 CA NAG . C1 ? ? A ASN 657 A NAG 1407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale23 covale one ? B ASN 696 ND2 ? ? ? 1_555 DA NAG . C1 ? ? A ASN 709 A NAG 1408 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? N-Glycosylation covale24 covale one ? B ASN 704 ND2 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? A ASN 717 a NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.432 ? N-Glycosylation covale25 covale one ? B ASN 788 ND2 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? A ASN 801 c NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.429 ? 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C ASN 1085 ND2 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? C ASN 1098 v NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? N-Glycosylation covale42 covale one ? C ASN 1121 ND2 ? ? ? 1_555 PA NAG . C1 ? ? C ASN 1134 C NAG 1410 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.433 ? N-Glycosylation covale43 covale both ? D NAG . O4 ? ? ? 1_555 D NAG . C1 ? ? K NAG 1 K NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.433 ? ? covale44 covale both ? E NAG . O4 ? ? ? 1_555 E NAG . C1 ? ? M NAG 1 M NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.434 ? ? covale45 covale both ? F NAG . O4 ? ? ? 1_555 F NAG . C1 ? ? P NAG 1 P NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? ? covale46 covale both ? G NAG . O4 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? a NAG 1 a NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.434 ? ? covale47 covale both ? H NAG . O4 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? c NAG 1 c NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.434 ? ? covale48 covale both ? I NAG . O4 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? f NAG 1 f NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? ? covale49 covale both ? J NAG . O4 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? q NAG 1 q NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.433 ? ? covale50 covale both ? K NAG . O4 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? s NAG 1 s NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.434 ? ? covale51 covale both ? L NAG . O4 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? v NAG 1 v NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 8 ? AA2 ? 2 ? AA3 ? 3 ? AA4 ? 5 ? AA5 ? 5 ? AA6 ? 5 ? AA7 ? 5 ? AA8 ? 3 ? AA9 ? 2 ? AB1 ? 2 ? AB2 ? 4 ? AB3 ? 5 ? AB4 ? 3 ? AB5 ? 2 ? AB6 ? 2 ? AB7 ? 4 ? AB8 ? 8 ? AB9 ? 3 ? AC1 ? 5 ? AC2 ? 5 ? AC3 ? 5 ? AC4 ? 5 ? AC5 ? 3 ? AC6 ? 2 ? AC7 ? 2 ? AC8 ? 4 ? AC9 ? 2 ? AD1 ? 5 ? AD2 ? 3 ? AD3 ? 2 ? AD4 ? 4 ? AD5 ? 8 ? AD6 ? 3 ? AD7 ? 5 ? AD8 ? 5 ? AD9 ? 5 ? AE1 ? 5 ? AE2 ? 3 ? AE3 ? 2 ? AE4 ? 4 ? AE5 ? 5 ? AE6 ? 3 ? AE7 ? 2 ? 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