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EMDB EMD-33535 ? ? # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Cryo-EM structure of the nucleosome in complex with p53' _pdbx_database_related.db_id EMD-33535 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 7XZZ _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2022-06-03 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBJ _pdbx_database_status.process_site PDBJ _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Nishimura, M.' 1 0000-0002-9673-4230 'Nozawa, K.' 2 0000-0001-6677-7195 'Takizawa, Y.' 3 0000-0002-6265-4830 'Kurumizaka, H.' 4 0000-0001-7412-3722 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'Pnas Nexus' _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 2752-6542 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 1 _citation.language ? _citation.page_first pgac177 _citation.page_last pgac177 _citation.title 'Structural basis for p53 binding to its nucleosomal target DNA sequence.' _citation.year 2022 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1093/pnasnexus/pgac177 _citation.pdbx_database_id_PubMed 36714865 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Nishimura, M.' 1 0000-0002-9673-4230 primary 'Takizawa, Y.' 2 0000-0002-6265-4830 primary 'Nozawa, K.' 3 0000-0001-6677-7195 primary 'Kurumizaka, H.' 4 0000-0001-7412-3722 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Histone H3.1' 15719.445 2 ? ? ? ? 2 polymer man 'Histone H4' 11676.703 2 ? ? ? ? 3 polymer man 'Histone H2A type 1-B/E' 14447.825 2 ? ? ? ? 4 polymer man 'Histone H2B type 1-J' 14217.516 2 ? ? ? ? 5 polymer syn 'DNA (169-MER)' 52032.137 1 ? ? ? ? 6 polymer syn 'DNA (169-MER)' 52312.316 1 ? ? ? ? 7 polymer man 'Cellular tumor antigen p53' 43855.297 4 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 'Histone H3/a,Histone H3/b,Histone H3/c,Histone H3/d,Histone H3/f,Histone H3/h,Histone H3/i,Histone H3/j,Histone H3/k,Histone H3/l' 3 'Histone H2A.2,Histone H2A/a,Histone H2A/m' 4 'Histone H2B.1,Histone H2B.r,H2B/r' 7 'Antigen NY-CO-13,Phosphoprotein p53,Tumor suppressor p53' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;GSHMARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQ DFKTDLRFQSSAVMALQEACEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; ;GSHMARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQ DFKTDLRFQSSAVMALQEACEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; A,E ? 2 'polypeptide(L)' no no ;GSHMSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHA KRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; ;GSHMSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHA KRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; B,F ? 3 'polypeptide(L)' no no ;GSHMSGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKT RIIPRHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; ;GSHMSGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKT RIIPRHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; C,G ? 4 'polypeptide(L)' no no ;GSHMPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGE ASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; ;GSHMPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGE ASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; D,H ? 5 polydeoxyribonucleotide no no ;(DC)(DT)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG)(DG) (DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA)(DC) (DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DC) (DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC) (DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG)(DG)(DG) (DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DG) (DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DC)(DA) (DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DC)(DA)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DA)(DA)(DA) (DT)(DT)(DC)(DA)(DT)(DA)(DG)(DA)(DT) ; ;CTGAGAATCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCCCC GCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATAGGGCATGTCCGGGCATGTCCCGAAA TTCATAGAT ; I ? 6 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DT)(DA)(DT)(DG)(DA)(DA)(DT)(DT)(DT)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DT) (DG)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DT)(DG)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC) (DT)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA) (DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG) (DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG) (DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT) (DG)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA) (DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG) (DG)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC)(DA)(DG) ; ;ATCTATGAATTTCGGGACATGCCCGGACATGCCCTATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGG TTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCG GATTCTCAG ; J ? 7 'polypeptide(L)' no no ;GSMEEPQSDPSVEPPLSQETFSDLWKLLPENNVLSPLPSQAMDDLMLSPDDIEQWFTEDPGPDEAPRMPEAAPPVAPAPA APTPAAPAPAPSWPLSSSVPSQKTYQGSYGFRLGFLHSGTAKSVTCTYSPALNKMFCQLAKTCPVQLWVDSTPPPGTRVR AMAIYKQSQHMTEVVRRCPHHERCSDSDGLAPPQHLIRVEGNLRVEYLDDRNTFRHSVVVPYEPPEVGSDCTTIHYNYMC NSSCMGGMNRRPILTIITLEDSSGNLLGRNSFEVRVCACPGRDRRTEEENLRKKGEPHHELPPGSTKRALPNNTSSSPQP KKKPLDGEYFTLQIRGRERFEMFRELNEALELKDAQAGKEPGGSRAHSSHLKSKKGQSTSRHKKLMFKTEGPDSD ; ;GSMEEPQSDPSVEPPLSQETFSDLWKLLPENNVLSPLPSQAMDDLMLSPDDIEQWFTEDPGPDEAPRMPEAAPPVAPAPA APTPAAPAPAPSWPLSSSVPSQKTYQGSYGFRLGFLHSGTAKSVTCTYSPALNKMFCQLAKTCPVQLWVDSTPPPGTRVR AMAIYKQSQHMTEVVRRCPHHERCSDSDGLAPPQHLIRVEGNLRVEYLDDRNTFRHSVVVPYEPPEVGSDCTTIHYNYMC NSSCMGGMNRRPILTIITLEDSSGNLLGRNSFEVRVCACPGRDRRTEEENLRKKGEPHHELPPGSTKRALPNNTSSSPQP KKKPLDGEYFTLQIRGRERFEMFRELNEALELKDAQAGKEPGGSRAHSSHLKSKKGQSTSRHKKLMFKTEGPDSD ; K,L,M,N ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 GLY n 1 2 SER n 1 3 HIS n 1 4 MET n 1 5 ALA n 1 6 ARG n 1 7 THR n 1 8 LYS n 1 9 GLN n 1 10 THR n 1 11 ALA n 1 12 ARG n 1 13 LYS n 1 14 SER n 1 15 THR n 1 16 GLY n 1 17 GLY n 1 18 LYS n 1 19 ALA n 1 20 PRO n 1 21 ARG n 1 22 LYS n 1 23 GLN n 1 24 LEU n 1 25 ALA n 1 26 THR n 1 27 LYS n 1 28 ALA n 1 29 ALA n 1 30 ARG n 1 31 LYS n 1 32 SER n 1 33 ALA n 1 34 PRO n 1 35 ALA n 1 36 THR n 1 37 GLY n 1 38 GLY n 1 39 VAL n 1 40 LYS n 1 41 LYS n 1 42 PRO n 1 43 HIS n 1 44 ARG n 1 45 TYR n 1 46 ARG n 1 47 PRO n 1 48 GLY n 1 49 THR n 1 50 VAL n 1 51 ALA n 1 52 LEU n 1 53 ARG n 1 54 GLU n 1 55 ILE n 1 56 ARG n 1 57 ARG n 1 58 TYR n 1 59 GLN n 1 60 LYS n 1 61 SER n 1 62 THR n 1 63 GLU n 1 64 LEU n 1 65 LEU n 1 66 ILE n 1 67 ARG n 1 68 LYS n 1 69 LEU n 1 70 PRO n 1 71 PHE n 1 72 GLN n 1 73 ARG n 1 74 LEU n 1 75 VAL n 1 76 ARG n 1 77 GLU n 1 78 ILE n 1 79 ALA n 1 80 GLN n 1 81 ASP n 1 82 PHE n 1 83 LYS n 1 84 THR n 1 85 ASP n 1 86 LEU n 1 87 ARG n 1 88 PHE n 1 89 GLN n 1 90 SER n 1 91 SER n 1 92 ALA n 1 93 VAL n 1 94 MET n 1 95 ALA n 1 96 LEU n 1 97 GLN n 1 98 GLU n 1 99 ALA n 1 100 CYS n 1 101 GLU n 1 102 ALA n 1 103 TYR n 1 104 LEU n 1 105 VAL n 1 106 GLY n 1 107 LEU n 1 108 PHE n 1 109 GLU n 1 110 ASP n 1 111 THR n 1 112 ASN n 1 113 LEU n 1 114 CYS n 1 115 ALA n 1 116 ILE n 1 117 HIS n 1 118 ALA n 1 119 LYS n 1 120 ARG n 1 121 VAL n 1 122 THR n 1 123 ILE n 1 124 MET n 1 125 PRO n 1 126 LYS n 1 127 ASP n 1 128 ILE n 1 129 GLN n 1 130 LEU n 1 131 ALA n 1 132 ARG n 1 133 ARG n 1 134 ILE n 1 135 ARG n 1 136 GLY n 1 137 GLU n 1 138 ARG n 1 139 ALA n 2 1 GLY n 2 2 SER n 2 3 HIS n 2 4 MET n 2 5 SER n 2 6 GLY n 2 7 ARG n 2 8 GLY n 2 9 LYS n 2 10 GLY n 2 11 GLY n 2 12 LYS n 2 13 GLY n 2 14 LEU n 2 15 GLY n 2 16 LYS n 2 17 GLY n 2 18 GLY n 2 19 ALA n 2 20 LYS n 2 21 ARG n 2 22 HIS n 2 23 ARG n 2 24 LYS n 2 25 VAL n 2 26 LEU n 2 27 ARG n 2 28 ASP n 2 29 ASN n 2 30 ILE n 2 31 GLN n 2 32 GLY n 2 33 ILE n 2 34 THR n 2 35 LYS n 2 36 PRO n 2 37 ALA n 2 38 ILE n 2 39 ARG n 2 40 ARG n 2 41 LEU n 2 42 ALA n 2 43 ARG n 2 44 ARG n 2 45 GLY n 2 46 GLY n 2 47 VAL n 2 48 LYS n 2 49 ARG n 2 50 ILE n 2 51 SER n 2 52 GLY n 2 53 LEU n 2 54 ILE n 2 55 TYR n 2 56 GLU n 2 57 GLU n 2 58 THR n 2 59 ARG n 2 60 GLY n 2 61 VAL n 2 62 LEU n 2 63 LYS n 2 64 VAL n 2 65 PHE n 2 66 LEU n 2 67 GLU n 2 68 ASN n 2 69 VAL n 2 70 ILE n 2 71 ARG n 2 72 ASP n 2 73 ALA n 2 74 VAL n 2 75 THR n 2 76 TYR n 2 77 THR n 2 78 GLU n 2 79 HIS n 2 80 ALA n 2 81 LYS n 2 82 ARG n 2 83 LYS n 2 84 THR n 2 85 VAL n 2 86 THR n 2 87 ALA n 2 88 MET n 2 89 ASP n 2 90 VAL n 2 91 VAL n 2 92 TYR n 2 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'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _pdbx_entity_src_syn.entity_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_src_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id _pdbx_entity_src_syn.details 5 1 sample 1 169 'synthetic construct' ? 32630 ? 6 1 sample 1 169 'synthetic construct' ? 32630 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP H31_HUMAN P68431 ? 1 ;ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKT DLRFQSSAVMALQEACEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; 2 2 UNP H4_HUMAN P62805 ? 2 ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; 1 3 UNP H2A1B_HUMAN P04908 ? 3 ;MSGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRII PRHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; 1 4 UNP H2B1J_HUMAN P06899 ? 4 ;MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASR LAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; 1 5 PDB 7XZZ 7XZZ ? 5 ? 1 6 PDB 7XZZ 7XZZ ? 6 ? 1 7 UNP P53_HUMAN P04637 ? 7 ;MEEPQSDPSVEPPLSQETFSDLWKLLPENNVLSPLPSQAMDDLMLSPDDIEQWFTEDPGPDEAPRMPEAAPPVAPAPAAP TPAAPAPAPSWPLSSSVPSQKTYQGSYGFRLGFLHSGTAKSVTCTYSPALNKMFCQLAKTCPVQLWVDSTPPPGTRVRAM AIYKQSQHMTEVVRRCPHHERCSDSDGLAPPQHLIRVEGNLRVEYLDDRNTFRHSVVVPYEPPEVGSDCTTIHYNYMCNS SCMGGMNRRPILTIITLEDSSGNLLGRNSFEVRVCACPGRDRRTEEENLRKKGEPHHELPPGSTKRALPNNTSSSPQPKK KPLDGEYFTLQIRGRERFEMFRELNEALELKDAQAGKEPGGSRAHSSHLKSKKGQSTSRHKKLMFKTEGPDSD ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7XZZ A 5 ? 139 ? 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P04637 1 ? 393 ? 1 393 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 7XZZ GLY A 1 ? UNP P68431 ? ? 'expression tag' -3 1 1 7XZZ SER A 2 ? UNP P68431 ? ? 'expression tag' -2 2 1 7XZZ HIS A 3 ? UNP P68431 ? ? 'expression tag' -1 3 1 7XZZ MET A 4 ? UNP P68431 ? ? 'expression tag' 0 4 2 7XZZ GLY B 1 ? UNP P62805 ? ? 'expression tag' -3 5 2 7XZZ SER B 2 ? UNP P62805 ? ? 'expression tag' -2 6 2 7XZZ HIS B 3 ? UNP P62805 ? ? 'expression tag' -1 7 3 7XZZ GLY C 1 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -3 8 3 7XZZ SER C 2 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -2 9 3 7XZZ HIS C 3 ? UNP P04908 ? ? 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'C9 H14 N3 O7 P' 307.197 DG 'DNA linking' y "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 DT 'DNA linking' y "THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N2 O8 P' 322.208 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7XZZ _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 7XZZ _struct.title 'Cryo-EM structure of the nucleosome in complex with p53' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7XZZ _struct_keywords.text 'Transcription factor, Tumor-suppressor, GENE REGULATION-DNA COMPLEX' _struct_keywords.pdbx_keywords 'GENE REGULATION/DNA' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 1 ? F N N 2 ? G N N 3 ? H N N 4 ? I N N 5 ? J N N 6 ? K N N 7 ? L N N 7 ? M N N 7 ? N N N 7 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLY A 48 ? SER A 61 ? GLY A 44 SER A 57 1 ? 14 HELX_P HELX_P2 AA2 ARG A 67 ? ASP A 81 ? ARG A 63 ASP A 77 1 ? 15 HELX_P HELX_P3 AA3 GLN A 89 ? ALA A 118 ? GLN A 85 ALA A 114 1 ? 30 HELX_P HELX_P4 AA4 MET A 124 ? ARG A 135 ? MET A 120 ARG A 131 1 ? 12 HELX_P HELX_P5 AA5 ASN B 29 ? ILE B 33 ? ASN B 25 ILE B 29 5 ? 5 HELX_P HELX_P6 AA6 THR B 34 ? GLY B 45 ? THR B 30 GLY B 41 1 ? 12 HELX_P HELX_P7 AA7 LEU B 53 ? ALA B 80 ? LEU B 49 ALA B 76 1 ? 28 HELX_P HELX_P8 AA8 THR B 86 ? GLN B 97 ? THR B 82 GLN B 93 1 ? 12 HELX_P HELX_P9 AA9 THR C 20 ? GLY C 26 ? THR C 16 GLY C 22 1 ? 7 HELX_P HELX_P10 AB1 PRO C 30 ? GLY C 41 ? PRO C 26 GLY C 37 1 ? 12 HELX_P HELX_P11 AB2 ALA C 49 ? ASN C 77 ? ALA C 45 ASN C 73 1 ? 29 HELX_P HELX_P12 AB3 ILE C 83 ? ASN C 93 ? ILE C 79 ASN C 89 1 ? 11 HELX_P HELX_P13 AB4 ASP C 94 ? LEU C 101 ? ASP C 90 LEU C 97 1 ? 8 HELX_P HELX_P14 AB5 GLN C 116 ? LEU C 120 ? GLN C 112 LEU C 116 5 ? 5 HELX_P HELX_P15 AB6 TYR D 41 ? HIS D 53 ? TYR D 34 HIS D 46 1 ? 13 HELX_P HELX_P16 AB7 SER D 59 ? ASN D 88 ? SER D 52 ASN D 81 1 ? 30 HELX_P HELX_P17 AB8 THR D 94 ? LEU D 106 ? THR D 87 LEU D 99 1 ? 13 HELX_P HELX_P18 AB9 PRO D 107 ? ALA D 128 ? PRO D 100 ALA D 121 1 ? 22 HELX_P HELX_P19 AC1 GLY E 48 ? SER E 61 ? GLY E 44 SER E 57 1 ? 14 HELX_P HELX_P20 AC2 ARG E 67 ? ASP E 81 ? ARG E 63 ASP E 77 1 ? 15 HELX_P HELX_P21 AC3 GLN E 89 ? ALA E 118 ? GLN E 85 ALA E 114 1 ? 30 HELX_P HELX_P22 AC4 MET E 124 ? GLY E 136 ? MET E 120 GLY E 132 1 ? 13 HELX_P HELX_P23 AC5 ASP F 28 ? ILE F 33 ? ASP F 24 ILE F 29 5 ? 6 HELX_P HELX_P24 AC6 THR F 34 ? GLY F 45 ? THR F 30 GLY F 41 1 ? 12 HELX_P HELX_P25 AC7 LEU F 53 ? ALA F 80 ? LEU F 49 ALA F 76 1 ? 28 HELX_P HELX_P26 AC8 THR F 86 ? GLY F 98 ? THR F 82 GLY F 94 1 ? 13 HELX_P HELX_P27 AC9 THR G 20 ? GLY G 26 ? THR G 16 GLY G 22 1 ? 7 HELX_P HELX_P28 AD1 PRO G 30 ? LYS G 40 ? PRO G 26 LYS G 36 1 ? 11 HELX_P HELX_P29 AD2 ALA G 49 ? ASN G 77 ? ALA G 45 ASN G 73 1 ? 29 HELX_P HELX_P30 AD3 ILE G 83 ? ASP G 94 ? ILE G 79 ASP G 90 1 ? 12 HELX_P HELX_P31 AD4 ASP G 94 ? LEU G 101 ? ASP G 90 LEU G 97 1 ? 8 HELX_P HELX_P32 AD5 GLN G 116 ? LEU G 120 ? GLN G 112 LEU G 116 5 ? 5 HELX_P HELX_P33 AD6 TYR H 41 ? HIS H 53 ? TYR H 34 HIS H 46 1 ? 13 HELX_P HELX_P34 AD7 SER H 59 ? ASN H 88 ? SER H 52 ASN H 81 1 ? 30 HELX_P HELX_P35 AD8 THR H 94 ? LEU H 106 ? 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J 15 ? ? 1 # loop_ _ndb_struct_na_base_pair_step.model_number _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.shift _ndb_struct_na_base_pair_step.slide _ndb_struct_na_base_pair_step.rise _ndb_struct_na_base_pair_step.tilt _ndb_struct_na_base_pair_step.roll _ndb_struct_na_base_pair_step.twist _ndb_struct_na_base_pair_step.x_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.y_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_rise _ndb_struct_na_base_pair_step.inclination _ndb_struct_na_base_pair_step.tip _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_twist _ndb_struct_na_base_pair_step.step_number _ndb_struct_na_base_pair_step.step_name _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_2 1 I DC 1 1_555 J DG 169 1_555 I DT 2 1_555 J DA 168 1_555 0.189 0.664 3.640 0.462 0.115 32.630 1.159 -0.247 3.645 0.204 -0.821 32.633 1 II_DC1DT2:DA168DG169_JJ I 1 ? 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