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;MKTIIALSYIFCLVFADYKDDDDKADLEDNWETLNDNLKVIEKADNAAQVKDALTKMRAAALDAQKATPPKLEDKSPDSP EMKDFRHGFDILVGQIDDALKLANEGKVKEAQAAAEQLKTTRNAYIQKYLNSSGTVESALNYSRGSTVHTAYLVLSSLAM FTCLCGMAGNSMVIWLLGFRMHRNPFCIYILNLAAADLLFLFSMASTLSLETQPLVNTTDKVHELMKRLMYFAYTVGLSL LTAISTQRCLSVLFPIWFKCHRPRHLSAWVCGLLWTLCLLMNGLTSSFCSKFLKFNEDRCFRVDMVQAALIMGVLTPVMT LSSLTLFVWVRRSSQQWRRQPTRLFVVVLASVLVFLICSLPLSIYWFVLYWLSLPPEMQVLCFSLSRLSSSVSSSANPVI YFLVGSRRSHRLPTRSLGTVLQQALREEPELEGGETPTVGTNEMGA ; R ? 5 'polypeptide(L)' no no ;LLVNQSHQGFNKEHTSKMVSAIVLYVLLAAAAHSAFADVQLVESGGGLVQPGGSRKLSCSASGFAFSSFGMHWVRQAPEK GLEWVAYISSGSGTIYYADTVKGRFTISRDDPKNTLFLQMTSLRSEDTAMYYCVRSIYYYGSSPFDFWGQGTTLTVSSGG GGSGGGGSGGGGSDIVMTQATSSVPVTPGESVSISCRSSKSLLHSNGNTYLYWFLQRPGQSPQLLIYRMSNLASGVPDRF SGSGSGTAFTLTISRLEAEDVGVYYCMQHLEYPLTFGAGTKLELKAAAHHHHHHHH ; ;LLVNQSHQGFNKEHTSKMVSAIVLYVLLAAAAHSAFADVQLVESGGGLVQPGGSRKLSCSASGFAFSSFGMHWVRQAPEK GLEWVAYISSGSGTIYYADTVKGRFTISRDDPKNTLFLQMTSLRSEDTAMYYCVRSIYYYGSSPFDFWGQGTTLTVSSGG 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_entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id _entity_src_gen.host_org_genus _entity_src_gen.pdbx_host_org_gene _entity_src_gen.pdbx_host_org_organ _entity_src_gen.host_org_species _entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue _entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue_fraction _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line _entity_src_gen.pdbx_host_org_atcc _entity_src_gen.pdbx_host_org_culture_collection _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell _entity_src_gen.pdbx_host_org_organelle _entity_src_gen.pdbx_host_org_cellular_location _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector_type _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector _entity_src_gen.host_org_details _entity_src_gen.expression_system_id _entity_src_gen.plasmid_name _entity_src_gen.plasmid_details _entity_src_gen.pdbx_description 1 1 sample 'Biological sequence' 1 354 human ? 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'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PLM non-polymer . 'PALMITIC ACID' ? 'C16 H32 O2' 256.424 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7Y12 _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 7Y12 _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.003 ? 8683 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.510 ? 11767 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 4.926 ? 1238 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.040 ? 1359 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.003 ? 1469 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 7Y12 _struct.title 'Cryo-EM structure of MrgD-Gi complex with beta-alanine' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7Y12 _struct_keywords.text 'GPCR, Complex, SIGNALING PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'SIGNALING PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 6 ? G N N 7 ? H N N 7 ? I N N 7 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 SER A 6 ? ALA A 31 ? SER A 6 ALA A 31 1 ? 26 HELX_P HELX_P2 AA2 GLY A 45 ? LYS A 51 ? GLY A 45 LYS A 51 1 ? 7 HELX_P HELX_P3 AA3 GLY A 202 ? ARG A 205 ? GLY A 202 ARG A 205 5 ? 4 HELX_P HELX_P4 AA4 GLU A 207 ? ILE A 212 ? GLU A 207 ILE A 212 1 ? 6 HELX_P HELX_P5 AA5 HIS A 213 ? GLU A 216 ? HIS A 213 GLU A 216 5 ? 4 HELX_P HELX_P6 AA6 ASN A 241 ? ASN A 255 ? ASN A 241 ASN A 255 1 ? 15 HELX_P HELX_P7 AA7 LYS A 270 ? SER A 281 ? LYS A 270 SER A 281 1 ? 12 HELX_P HELX_P8 AA8 PRO A 282 ? CYS A 286 ? PRO A 282 CYS A 286 5 ? 5 HELX_P HELX_P9 AA9 THR A 295 ? ASP A 309 ? THR A 295 ASP A 309 1 ? 15 HELX_P HELX_P10 AB1 LYS A 330 ? GLY A 352 ? LYS A 330 GLY A 352 1 ? 23 HELX_P HELX_P11 AB2 LEU B 20 ? CYS B 41 ? LEU B 4 CYS B 25 1 ? 22 HELX_P HELX_P12 AB3 THR B 45 ? THR B 50 ? THR B 29 THR B 34 1 ? 6 HELX_P HELX_P13 AB4 LYS B 296 ? GLY B 298 ? LYS B 280 GLY B 282 5 ? 3 HELX_P HELX_P14 AB5 ILE C 9 ? ASN C 24 ? ILE C 9 ASN C 24 1 ? 16 HELX_P HELX_P15 AB6 LYS C 29 ? HIS C 44 ? LYS C 29 HIS C 44 1 ? 16 HELX_P HELX_P16 AB7 VAL D 148 ? LEU D 177 ? VAL R 23 LEU R 52 1 ? 30 HELX_P HELX_P17 AB8 CYS D 187 ? GLN D 213 ? CYS R 62 GLN R 88 1 ? 27 HELX_P HELX_P18 AB9 ASN D 217 ? PHE D 254 ? ASN R 92 PHE R 129 1 ? 38 HELX_P HELX_P19 AC1 PHE D 254 ? HIS D 261 ? PHE R 129 HIS R 136 1 ? 8 HELX_P HELX_P20 AC2 HIS D 265 ? SER D 290 ? 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ARG S 87 THR S 91 5 ? 5 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? 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S CYS 147 S CYS 217 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? ? # _struct_conn_type.id disulf _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # _struct_mon_prot_cis.pdbx_id 1 _struct_mon_prot_cis.label_comp_id TYR _struct_mon_prot_cis.label_seq_id 272 _struct_mon_prot_cis.label_asym_id E _struct_mon_prot_cis.label_alt_id . _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code ? _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id TYR _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id 223 _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id S _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 PRO _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 273 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 E _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 ? _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 PRO _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 224 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 S _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num 1 _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1.07 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 6 ? AA2 ? 4 ? AA3 ? 4 ? AA4 ? 4 ? AA5 ? 4 ? AA6 ? 4 ? AA7 ? 4 ? AA8 ? 4 ? AA9 ? 4 ? AB1 ? 6 ? AB2 ? 4 ? AB3 ? 4 ? AB4 ? 2 ? 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PHENIX ? ? 1 ? 11 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 12 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 13 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 14 RECONSTRUCTION ? ? ? 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 10 _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)' Japan JP19H03165 1 'Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)' Japan JP21am0101074 2 # _pdbx_entity_instance_feature.ordinal 1 _pdbx_entity_instance_feature.comp_id BAL _pdbx_entity_instance_feature.asym_id ? _pdbx_entity_instance_feature.seq_num ? _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id BAL _pdbx_entity_instance_feature.auth_asym_id ? _pdbx_entity_instance_feature.auth_seq_num ? _pdbx_entity_instance_feature.feature_type 'SUBJECT OF INVESTIGATION' _pdbx_entity_instance_feature.details ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 6 BETA-ALANINE BAL 7 'PALMITIC ACID' PLM # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'gel filtration' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? #