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UNP P0DTC2 CYS 166 'engineered mutation' 166 7 3 7Y42 PRO D 960 ? UNP P0DTC2 LYS 986 'engineered mutation' 986 8 3 7Y42 PRO D 961 ? UNP P0DTC2 VAL 987 'engineered mutation' 987 9 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 NAG 'D-saccharide, beta linking' . 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;N-acetyl-beta-D-glucosamine; 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-glucose; N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE ; 'C8 H15 N O6' 221.208 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 REA non-polymer . 'RETINOIC ACID' ? 'C20 H28 O2' 300.435 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7Y42 _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 7Y42 _struct.title 'Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 spike glycoprotein in complex with all-trans retinoic acid' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7Y42 _struct_keywords.text 'VIRAL PROTEIN-INHIBITOR COMPLEX' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN/INHIBITOR' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 2 ? E N N 2 ? F N N 2 ? G N N 2 ? H N N 2 ? I N N 2 ? J N N 2 ? K N N 2 ? L N N 2 ? M N N 3 ? N N N 2 ? O N N 2 ? P N N 2 ? Q N N 2 ? R N N 2 ? S N N 2 ? T N N 2 ? U N N 2 ? V N N 2 ? W N N 3 ? X N N 2 ? Y N N 2 ? Z N N 2 ? AA N N 2 ? BA N N 2 ? CA N N 2 ? DA N N 2 ? EA N N 2 ? FA N N 2 ? GA N N 3 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ASP A 268 ? LYS A 278 ? ASP A 294 LYS A 304 1 ? 11 HELX_P HELX_P2 AA2 PRO A 311 ? PHE A 316 ? PRO A 337 PHE A 342 1 ? 6 HELX_P HELX_P3 AA3 SER A 323 ? 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TYR B 636 THR B 638 5 ? 3 HELX_P HELX_P32 AD5 ASP B 711 ? CYS B 717 ? ASP B 737 CYS B 743 1 ? 7 HELX_P HELX_P33 AD6 SER B 720 ? GLN B 729 ? SER B 746 GLN B 755 1 ? 10 HELX_P HELX_P34 AD7 SER B 732 ? ALA B 757 ? SER B 758 ALA B 783 1 ? 26 HELX_P HELX_P35 AD8 ILE B 792 ? ASN B 798 ? ILE B 818 ASN B 824 1 ? 7 HELX_P HELX_P36 AD9 LEU B 823 ? ASN B 830 ? LEU B 849 ASN B 856 1 ? 8 HELX_P HELX_P37 AE1 MET B 843 ? THR B 848 ? MET B 869 THR B 874 1 ? 6 HELX_P HELX_P38 AE2 PRO B 871 ? ASN B 881 ? PRO B 897 ASN B 907 1 ? 11 HELX_P HELX_P39 AE3 THR B 886 ? GLU B 892 ? THR B 912 GLU B 918 1 ? 7 HELX_P HELX_P40 AE4 ASN B 893 ? SER B 913 ? ASN B 919 SER B 939 1 ? 21 HELX_P HELX_P41 AE5 LEU B 919 ? GLN B 939 ? LEU B 945 GLN B 965 1 ? 21 HELX_P HELX_P42 AE6 VAL B 950 ? LEU B 958 ? VAL B 976 LEU B 984 1 ? 9 HELX_P HELX_P43 AE7 ASP B 959 ? CYS B 1006 ? ASP B 985 CYS B 1032 1 ? 48 HELX_P HELX_P44 AE8 PRO B 1114 ? ASP B 1120 ? PRO B 1140 ASP B 1146 1 ? 7 HELX_P HELX_P45 AE9 ASP C 268 ? LYS C 278 ? 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