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EMDB EMD-33617 ? ? # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Cryo-EM structure of F-ATP synthase from Mycolicibacterium smegmatis (rotational state 3) (backbone)' _pdbx_database_related.db_id EMD-33617 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 7Y5D _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2022-06-16 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBJ _pdbx_database_status.process_site PDBJ _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Saw, W.-G.' 1 0000-0002-2510-387X 'Wong, C.F.' 2 0000-0002-3330-4815 'Grueber, G.' 3 0000-0002-5730-8319 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country US _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'Antimicrob.Agents Chemother.' _citation.journal_id_ASTM AMACCQ _citation.journal_id_CSD 0788 _citation.journal_id_ISSN 1098-6596 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 66 _citation.language ? _citation.page_first e0105622 _citation.page_last e0105622 _citation.title ;Structural Elements Involved in ATP Hydrolysis Inhibition and ATP Synthesis of Tuberculosis and Nontuberculous Mycobacterial F-ATP Synthase Decipher New Targets for Inhibitors. ; _citation.year 2022 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1128/aac.01056-22 _citation.pdbx_database_id_PubMed 36445139 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # 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_entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MLAAEEGGAAIHVGHHTLVFELFGMTFNGDTILATAVTAVIVIALAFYLRAKVTSTGVPSGVQLFWEALTIQMRQQIEGS IGMKIAPFVLPLSVTIFVFILISNWLAVLPLQYGGADGAAAELYKAPASDINFVLALALFVFVCYHAAGIWRRGIVGHPI KVVKGHVAFLAPINIVEELAKPISLALRLFGNIFAGGILVALIAMFPWYIQWFPNAVWKTFDLFVGLIQAFIFSLLTILY FSQSMELDHEDH ; ;MLAAEEGGAAIHVGHHTLVFELFGMTFNGDTILATAVTAVIVIALAFYLRAKVTSTGVPSGVQLFWEALTIQMRQQIEGS IGMKIAPFVLPLSVTIFVFILISNWLAVLPLQYGGADGAAAELYKAPASDINFVLALALFVFVCYHAAGIWRRGIVGHPI KVVKGHVAFLAPINIVEELAKPISLALRLFGNIFAGGILVALIAMFPWYIQWFPNAVWKTFDLFVGLIQAFIFSLLTILY FSQSMELDHEDH ; a ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MGEFSATILAASQAAEEGGGGSNFLIPNGTFFAVLIIFLIVLGVISKWVVPPISKVLAEREAMLAKTAADNRKSAEQVAA AQADYEKEMAEARAQASALRDEARAAGRSVVDEKRAQASGEVAQTLTQADQQLSAQGDQVRSGLESSVDGLSAKLASRIL GVDVNSGGTQ ; ;MGEFSATILAASQAAEEGGGGSNFLIPNGTFFAVLIIFLIVLGVISKWVVPPISKVLAEREAMLAKTAADNRKSAEQVAA AQADYEKEMAEARAQASALRDEARAAGRSVVDEKRAQASGEVAQTLTQADQQLSAQGDQVRSGLESSVDGLSAKLASRIL GVDVNSGGTQ ; b ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MSIFIGQLIGFAVIAFIIVKWVVPPVRTLMRNQQEAVRAALAESAEAAKKLADADAMHAKALADAKAESEKVTEEAKQDS ERIAAQLSEQAGSEAERIKAQGAQQIQLMRQQLIRQLRTGLGAEAVNKAAEIVRAHVADPQAQSATVDRFLSELEQMAPS SVVIDTAATSRLRAASRQSLAALVEKFDSVAGGLDADGLTNLADELASVAKLLLSETALNKHLAEPTDDSAPKVRLLERL LSDKVSATTLDLLRTAVSNRWSTESNLIDAVEHTARLALLKRAEIAGEVDEVEEQLFRFGRVLDAEPRLSALLSDYTTPA EGRVALLDKALTGRPGVNQTAAALLSQTVGLLRGERADEAVIDLAELAVSRRGEVVAHVSAAAELSDAQRTRLTEVLSRI YGRPVSVQLHVDPELLGGLSITVGDEVIDGSIASRLAAAQTGLPD ; ;MSIFIGQLIGFAVIAFIIVKWVVPPVRTLMRNQQEAVRAALAESAEAAKKLADADAMHAKALADAKAESEKVTEEAKQDS ERIAAQLSEQAGSEAERIKAQGAQQIQLMRQQLIRQLRTGLGAEAVNKAAEIVRAHVADPQAQSATVDRFLSELEQMAPS SVVIDTAATSRLRAASRQSLAALVEKFDSVAGGLDADGLTNLADELASVAKLLLSETALNKHLAEPTDDSAPKVRLLERL LSDKVSATTLDLLRTAVSNRWSTESNLIDAVEHTARLALLKRAEIAGEVDEVEEQLFRFGRVLDAEPRLSALLSDYTTPA EGRVALLDKALTGRPGVNQTAAALLSQTVGLLRGERADEAVIDLAELAVSRRGEVVAHVSAAAELSDAQRTRLTEVLSRI 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FMAGADDEGDDAGADGILGVDELHIVFTEFRSMLSQTAVARRAAPMEVEYVGEVETGPRTLYSFEPDPETLFDALLPRYI ATRVYAALLEAAASESASRRRAMKSATDNADDLIKALTLAANRERQAQITQEISEIVGGANALAGSK ; ;MAATLRELRGRIRSAGSIKKITKAQELIATSRIAKAQARVEAARPYAAEITNMLTELAGASALDHPLLVERKQPKRAGVL VVSSDRGLCGAYNANVLRRAEELFSLLRDEGKDPVLYVVGRKALGYFSFRQRTVVESWTGFSERPTYENAREIADTLVNA FMAGADDEGDDAGADGILGVDELHIVFTEFRSMLSQTAVARRAAPMEVEYVGEVETGPRTLYSFEPDPETLFDALLPRYI ATRVYAALLEAAASESASRRRAMKSATDNADDLIKALTLAANRERQAQITQEISEIVGGANALAGSK ; G ? 9 'polypeptide(L)' no no ;MADLNVEIVAVERELWSGPATFVFTRTTAGEIGILPRHIPLVAQLVDDAMVRVEREGEDDLRIAVDGGFLSVTEETVRIL VENAQFESEIDADAAKEDAASDDERTAAWGRARLRALGQID ; ;MADLNVEIVAVERELWSGPATFVFTRTTAGEIGILPRHIPLVAQLVDDAMVRVEREGEDDLRIAVDGGFLSVTEETVRIL VENAQFESEIDADAAKEDAASDDERTAAWGRARLRALGQID ; H ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 LEU n 1 3 ALA n 1 4 ALA n 1 5 GLU n 1 6 GLU n 1 7 GLY n 1 8 GLY n 1 9 ALA n 1 10 ALA n 1 11 ILE n 1 12 HIS n 1 13 VAL n 1 14 GLY n 1 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'Mycolicibacterium smegmatis' 1772 ? ? ? ? ? ? 'mc(2)4517' ? ? ? ? ? ? ? Plasmid ? ? ? pYUB1049 ? ? 9 1 sample 'Biological sequence' 1 121 ? ? 'atpC, MSMEG_4935, MSMEI_4808' ? 'ATCC 700084 / mc(2)155' ? ? ? ? 'Mycolicibacterium smegmatis' 1772 ? ? 700084 ? ? ? ? ? 'Mycolicibacterium smegmatis' 1772 ? ? ? ? ? ? 'mc(2)4517' ? ? ? ? ? ? ? Plasmid ? ? ? pYUB1049 ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP A0R206_MYCS2 A0R206 ? 1 ;MLAAEEGGAAIHVGHHTLVFELFGMTFNGDTILATAVTAVIVIALAFYLRAKVTSTGVPSGVQLFWEALTIQMRQQIEGS IGMKIAPFVLPLSVTIFVFILISNWLAVLPLQYGGADGAAAELYKAPASDINFVLALALFVFVCYHAAGIWRRGIVGHPI KVVKGHVAFLAPINIVEELAKPISLALRLFGNIFAGGILVALIAMFPWYIQWFPNAVWKTFDLFVGLIQAFIFSLLTILY FSQSMELDHEDH ; 1 2 UNP ATPF_MYCS2 A0R204 ? 2 ;MGEFSATILAASQAAEEGGGGSNFLIPNGTFFAVLIIFLIVLGVISKWVVPPISKVLAEREAMLAKTAADNRKSAEQVAA AQADYEKEMAEARAQASALRDEARAAGRSVVDEKRAQASGEVAQTLTQADQQLSAQGDQVRSGLESSVDGLSAKLASRIL GVDVNSGGTQ ; 1 3 UNP ATPFD_MYCS2 A0R203 ? 3 ;MSIFIGQLIGFAVIAFIIVKWVVPPVRTLMRNQQEAVRAALAESAEAAKKLADADAMHAKALADAKAESEKVTEEAKQDS ERIAAQLSEQAGSEAERIKAQGAQQIQLMRQQLIRQLRTGLGAEAVNKAAEIVRAHVADPQAQSATVDRFLSELEQMAPS SVVIDTAATSRLRAASRQSLAALVEKFDSVAGGLDADGLTNLADELASVAKLLLSETALNKHLAEPTDDSAPKVRLLERL LSDKVSATTLDLLRTAVSNRWSTESNLIDAVEHTARLALLKRAEIAGEVDEVEEQLFRFGRVLDAEPRLSALLSDYTTPA EGRVALLDKALTGRPGVNQTAAALLSQTVGLLRGERADEAVIDLAELAVSRRGEVVAHVSAAAELSDAQRTRLTEVLSRI YGRPVSVQLHVDPELLGGLSITVGDEVIDGSIASRLAAAQTGLPD ; 1 4 UNP A0R205_MYCS2 A0R205 ? 4 ;MDLDPNAIITAGALIGGGLIMGGGAIGAGIGDGIAGNALISGIARQPEAQGRLFTPFFITVGLVEAAYFINLAFMALFVF ATPGLQ ; 1 5 UNP ATPA_MYCS2 A0R202 ? 5 ;MAELTISAADIEGAIEDYVSSFSADTEREEIGTVIDAGDGIAHVEGLPSVMTQELLEFPGGVLGVALNLDEHSVGAVILG EFEKIEEGQQVKRTGEVLSVPVGDAFLGRVVNPLGQPIDGQGDIAAETRRALELQAPSVVQRQSVSEPLQTGIKAIDAMT PIGRGQRQLIIGDRKTGKTAVCVDTILNQREAWLTGDPKQQVRCVYVAIGQKGTTIASVKRALEEGGAMEYTTIVAAPAS DAAGFKWLAPYTGSAIGQHWMYNGKHVLIVFDDLSKQADAYRAISLLLRRPPGREAFPGDVFYLHSRLLERCAKLSDELG GGSMTGLPIIETKANDISAFIPTNVISITDGQCFLESDLFNQGVRPAINVGVSVSRVGGAAQIKAMKEVAGSLRLDLSQY RELEAFAAFASDLDAASKAQLDRGARLVELLKQPQYSPLAVEEQVVAIFLGTQGHLDSVPVEDVQRFESELLEHVKASHS DIFDGIRETKKLSEEAEEKLVSVINEFKKGFQASDGSSVVVSENAEALDPEDLEKESVKVRKPAPKKA ; 1 6 UNP ATPA_MYCS2 A0R202 ? 6 ;MAELTISAADIEGAIEDYVSSFSADTEREEIGTVIDAGDGIAHVEGLPSVMTQELLEFPGGVLGVALNLDEHSVGAVILG EFEKIEEGQQVKRTGEVLSVPVGDAFLGRVVNPLGQPIDGQGDIAAETRRALELQAPSVVQRQSVSEPLQTGIKAIDAMT PIGRGQRQLIIGDRKTGKTAVCVDTILNQREAWLTGDPKQQVRCVYVAIGQKGTTIASVKRALEEGGAMEYTTIVAAPAS DAAGFKWLAPYTGSAIGQHWMYNGKHVLIVFDDLSKQADAYRAISLLLRRPPGREAFPGDVFYLHSRLLERCAKLSDELG GGSMTGLPIIETKANDISAFIPTNVISITDGQCFLESDLFNQGVRPAINVGVSVSRVGGAAQIKAMKEVAGSLRLDLSQY RELEAFAAFASDLDAASKAQLDRGARLVELLKQPQYSPLAVEEQVVAIFLGTQGHLDSVPVEDVQRFESELLEHVKASHS DIFDGIRETKKLSEEAEEKLVSVINEFKKGFQASDGSSVVVSENAEALDPEDLEKESVKVRKPAPKKA ; 1 7 UNP ATPB_MYCS2 A0R200 ? 7 ;TATAEKTAGRVVRITGPVVDVEFPRGSVPELFNALHAEITFGALAKTLTLEVAQHLGDSLVRCISMQPTDGLVRGVEVTD TGASISVPVGDGVKGHVFNALGDCLDDPGYGKDFEHWSIHRKPPAFSDLEPRTEMLETGLKVVDLLTPYVRGGKIALFGG AGVGKTVLIQEMINRIARNFGGTSVFAGVGERTREGNDLWVELADANVLKDTALVFGQMDEPPGTRMRVALSALTMAEFF RDEQGQDVLLFIDNIFRFTQAGSEVSTLLGRMPSAVGYQPTLADEMGELQERITSTRGRSITSMQAVYVPADDYTDPAPA TTFAHLDATTELSRAVFSKGIFPAVDPLASSSTILDPAIVGDEHYRVAQEVIRILQRYKDLQDIIAILGIDELSEEDKQL VNRARRIERFLSQNMMAAEQFTGQPGSTVPLKETIEAFDKLTKGEFDHLPEQAFFLIGGLDDLAKKAESLGAKL ; 2 8 UNP ATPG_MYCS2 A0R201 ? 8 ;MAATLRELRGRIRSAGSIKKITKAQELIATSRIAKAQARVEAARPYAAEITNMLTELAGASALDHPLLVERKQPKRAGVL VVSSDRGLCGAYNANVLRRAEELFSLLRDEGKDPVLYVVGRKALGYFSFRQRTVVESWTGFSERPTYENAREIADTLVNA FMAGADDEGDDAGADGILGVDELHIVFTEFRSMLSQTAVARRAAPMEVEYVGEVETGPRTLYSFEPDPETLFDALLPRYI ATRVYAALLEAAASESASRRRAMKSATDNADDLIKALTLAANRERQAQITQEISEIVGGANALAGSK ; 1 9 UNP ATPE_MYCS2 A0R1Z9 ? 9 ;MADLNVEIVAVERELWSGPATFVFTRTTAGEIGILPRHIPLVAQLVDDAMVRVEREGEDDLRIAVDGGFLSVTEETVRIL VENAQFESEIDADAAKEDAASDDERTAAWGRARLRALGQID ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7Y5D a 1 ? 252 ? 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'expression tag' 1 65 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 UNK 'L-peptide linking' . UNKNOWN ? 'C4 H9 N O2' 103.120 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7Y5D _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 7Y5D _struct.title 'Cryo-EM structure of F-ATP synthase from Mycolicibacterium smegmatis (rotational state 3) (backbone)' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7Y5D _struct_keywords.text 'Complex, F-ATP synthase, cryo-EM, mycobacteria, HYDROLASE' _struct_keywords.pdbx_keywords HYDROLASE # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 4 ? F N N 4 ? G N N 4 ? H N N 4 ? I N N 4 ? 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