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UNP P0DTC2 ALA 899 'engineered mutation' 899 21 5 7Y71 PRO C 927 ? UNP P0DTC2 ALA 942 'engineered mutation' 942 22 5 7Y71 PRO C 971 ? UNP P0DTC2 LYS 986 'engineered mutation' 986 23 5 7Y71 PRO C 972 ? UNP P0DTC2 VAL 987 'engineered mutation' 987 24 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 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E CYS 276 SG ? ? ? 1_555 E CYS 286 SG ? ? C CYS 291 C CYS 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf28 disulf ? ? E CYS 321 SG ? ? ? 1_555 E CYS 346 SG ? ? C CYS 336 C CYS 361 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf29 disulf ? ? E CYS 364 SG ? ? ? 1_555 E CYS 417 SG ? ? C CYS 379 C CYS 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? ? disulf30 disulf ? ? E CYS 376 SG ? ? ? 1_555 E CYS 510 SG ? ? C CYS 391 C CYS 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.016 ? ? disulf31 disulf ? ? E CYS 523 SG ? ? ? 1_555 E CYS 575 SG ? ? C CYS 538 C CYS 590 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? ? disulf32 disulf ? ? E CYS 602 SG ? ? ? 1_555 E CYS 634 SG ? ? C CYS 617 C CYS 649 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf33 disulf ? ? E CYS 647 SG ? ? ? 1_555 E CYS 656 SG ? ? C CYS 662 C CYS 671 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf34 disulf ? ? E CYS 723 SG ? ? ? 1_555 E CYS 745 SG ? ? C CYS 738 C CYS 760 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf35 disulf ? ? E CYS 728 SG ? ? ? 1_555 E CYS 734 SG ? ? C CYS 743 C CYS 749 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf36 disulf ? ? E CYS 1017 SG ? ? ? 1_555 E CYS 1028 SG ? ? C CYS 1032 C CYS 1043 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? ? disulf37 disulf ? ? E CYS 1067 SG ? ? ? 1_555 E CYS 1111 SG ? ? C CYS 1082 C CYS 1126 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? covale1 covale one ? C ASN 316 ND2 ? ? ? 1_555 F NAG . C1 ? ? A ASN 331 D NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? C ASN 694 ND2 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? A ASN 709 A NAG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? C ASN 1083 ND2 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? A ASN 1098 I NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? D ASN 267 ND2 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? B ASN 282 B NAG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? D ASN 601 ND2 ? ? ? 1_555 O NAG . C1 ? ? B ASN 616 B NAG 1302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? D ASN 642 ND2 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? B ASN 657 B NAG 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale7 covale one ? D ASN 694 ND2 ? ? ? 1_555 Q NAG . C1 ? ? B ASN 709 B NAG 1304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale8 covale one ? D ASN 702 ND2 ? ? ? 1_555 R NAG . C1 ? ? B ASN 717 B NAG 1305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale9 covale one ? D ASN 786 ND2 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? B ASN 801 J NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale10 covale one ? D ASN 1059 ND2 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? B ASN 1074 K NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale11 covale one ? D ASN 1083 ND2 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? B ASN 1098 B NAG 1306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale12 covale one ? D ASN 1119 ND2 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? B ASN 1134 B NAG 1307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale13 covale one ? E ASN 267 ND2 ? ? ? 1_555 U NAG . C1 ? ? C ASN 282 C NAG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale14 covale one ? E ASN 601 ND2 ? ? ? 1_555 V NAG . C1 ? ? C ASN 616 C NAG 1302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation covale15 covale one ? E ASN 642 ND2 ? ? ? 1_555 W NAG . C1 ? ? C ASN 657 C NAG 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale16 covale one ? E ASN 694 ND2 ? ? ? 1_555 X NAG . C1 ? ? C ASN 709 C NAG 1304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale17 covale one ? E ASN 702 ND2 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? C ASN 717 L NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale18 covale one ? E ASN 786 ND2 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? C ASN 801 M NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale19 covale one ? E ASN 1059 ND2 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? C ASN 1074 N NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation covale20 covale one ? E ASN 1083 ND2 ? ? ? 1_555 Y NAG . C1 ? ? C ASN 1098 C NAG 1305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale21 covale one ? E ASN 1119 ND2 ? ? ? 1_555 Z NAG . C1 ? ? C ASN 1134 C NAG 1306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale22 covale both ? F NAG . O4 ? ? ? 1_555 F NAG . C1 ? ? D NAG 1 D NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? ? covale23 covale both ? G NAG . O4 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? I NAG 1 I NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale24 covale both ? H NAG . O4 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? J NAG 1 J NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? ? covale25 covale both ? I NAG . O4 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? K NAG 1 K NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? ? covale26 covale both ? J NAG . O4 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? L NAG 1 L NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale27 covale both ? K NAG . O4 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? M NAG 1 M NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale28 covale both ? L NAG . O4 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? N NAG 1 N NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 SER 7 A . ? SER 7 P PRO 8 A ? PRO 8 P 1 -1.04 2 ILE 99 A . ? ILE 99 P PRO 100 A ? PRO 100 P 1 -4.06 3 TYR 145 A . ? TYR 145 P PRO 146 A ? 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E PRO 1198 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.name 1 1 50 mM 'NH2C(CH2OH)3' 'Tris buffer' 1 2 300 mM NaCl 'Sodium chloride' # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details ? # _em_entity_assembly_naturalsource.id 2 _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.cell ? _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location ? _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 9606 _em_entity_assembly_naturalsource.organ ? _em_entity_assembly_naturalsource.organelle ? _em_entity_assembly_naturalsource.organism 'Homo sapiens' _em_entity_assembly_naturalsource.strain ? _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? # _em_entity_assembly_recombinant.id 2 _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_recombinant.cell EXPI293 _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id 9606 _em_entity_assembly_recombinant.organism 'Homo sapiens' _em_entity_assembly_recombinant.plasmid ? _em_entity_assembly_recombinant.strain ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 31.6 _em_image_recording.average_exposure_time 4.76 _em_image_recording.details 'Images were collected in counting mode at 25 frames per movie with an exposure time of 4.76 s per movie.' _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K3 (6k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 1 _em_image_recording.num_real_images ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? # _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_name ? _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.energyfilter_slit_width 20 _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.details ? # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details ? _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 402809 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? Warp 1.0.9 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ? SerialEM 3.8.6 ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? CTFFIND 4.1.14 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' 'Initial rigid body docking was done in UCSF Chimera.' 'UCSF Chimera' 1.16 ? 1 ? 8 'MODEL FITTING' ? Coot 0.8.9.2-pre ? 1 ? 9 OTHER ? ? ? ? ? ? 10 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 4.0-beta-2-commit-543db0 1 ? ? 11 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? cryoSPARC 3.3.1+220215 1 ? ? 12 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 13 RECONSTRUCTION ? cryoSPARC 3.3.1+220215 1 ? ? 14 'MODEL REFINEMENT' ? Coot 0.8.9.2-pre ? 1 ? 15 'MODEL REFINEMENT' 'Real space refinement was done in PHENIX.' PHENIX 1.20.1-4487 ? 1 ? 16 'VOLUME SELECTION' ? ? ? 1 1 1 17 'SERIES ALIGNMENT' ? ? ? 1 1 1 18 'MOLECULAR REPLACEMENT' ? ? ? 1 1 1 19 'LATTICE DISTORTION CORRECTION' ? ? ? 1 1 1 20 'SYMMETRY DETERMINATION' ? ? ? 1 1 1 21 'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? ? ? 1 1 1 # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details 'SARS-CoV-2 spike glycoprotein trimer complexed with Fab fragment of anti-RBD antibody E7' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'National Research Foundation (NRF, Singapore)' Singapore NRF2016NRF-NSFC002-013 1 'Other government' ? STPRG-FY19-001 2 'Other government' ? COVID19RF-003 3 'Other government' ? COVID19RF-060 4 'Other government' ? MOH-000535/MOH-OFYIRG19nov-0002 5 'Other government' ? OFLCG19May-0034 6 'National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)' Australia 'GNT 2008092' 7 'Damon Runyon Cancer Research Foundation' 'United States' ? 8 # loop_ _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.hetero F 4 NAG 1 D NAG 1 D NAG 1 n F 4 NAG 2 D NAG 2 D NAG 2 n G 4 NAG 1 I NAG 1 I NAG 1 n G 4 NAG 2 I NAG 2 I NAG 2 n H 4 NAG 1 J NAG 1 J NAG 1 n H 4 NAG 2 J NAG 2 J NAG 2 n I 4 NAG 1 K NAG 1 K NAG 1 n I 4 NAG 2 K NAG 2 K NAG 2 n J 4 NAG 1 L NAG 1 L NAG 1 n J 4 NAG 2 L NAG 2 L NAG 2 n K 4 NAG 1 M NAG 1 M NAG 1 n K 4 NAG 2 M NAG 2 M NAG 2 n L 4 NAG 1 N NAG 1 N NAG 1 n L 4 NAG 2 N NAG 2 N NAG 2 n # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version _pdbx_chem_comp_identifier.identifier NAG 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DGlcpNAcb NAG 'COMMON NAME' GMML 1.0 N-acetyl-b-D-glucopyranosamine NAG 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-GlcpNAc NAG 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 GlcNAc # _pdbx_entity_branch.entity_id 4 _pdbx_entity_branch.type oligosaccharide # loop_ _pdbx_entity_branch_descriptor.ordinal _pdbx_entity_branch_descriptor.entity_id _pdbx_entity_branch_descriptor.descriptor _pdbx_entity_branch_descriptor.type _pdbx_entity_branch_descriptor.program _pdbx_entity_branch_descriptor.program_version 1 4 DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 2 4 'WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 3 4 '[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}' LINUCS PDB-CARE ? # _pdbx_entity_branch_link.link_id 1 _pdbx_entity_branch_link.entity_id 4 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 2 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 NAG _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 C1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 O1 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 NAG _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 O4 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 HO4 _pdbx_entity_branch_link.value_order sing _pdbx_entity_branch_link.details ? # loop_ _pdbx_entity_branch_list.entity_id _pdbx_entity_branch_list.comp_id _pdbx_entity_branch_list.num _pdbx_entity_branch_list.hetero 4 NAG 1 n 4 NAG 2 n # _pdbx_entity_nonpoly.entity_id 5 _pdbx_entity_nonpoly.name 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose _pdbx_entity_nonpoly.comp_id NAG # loop_ _pdbx_initial_refinement_model.id _pdbx_initial_refinement_model.type _pdbx_initial_refinement_model.source_name _pdbx_initial_refinement_model.accession_code 1 'experimental model' PDB 6XKL 2 'experimental model' PDB 6N16 # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? #