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'Kidney embryonic cells' ? ? ? ? ? ? pEG-BacMam ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP NMDZ1_HUMAN Q05586 ? 1 ;MSTMRLLTLALLFSCSVARAACDPKIVNIGAVLSTRKHEQMFREAVNQANKRHGSWKIQLNATSVTHKPNAIQMALSVCE DLISSQVYAILVSHPPTPNDHFTPTPVSYTAGFYRIPVLGLTTRMSIYSDKSIHLSFLRTVPPYSHQSSVWFEMMRVYSW NHIILLVSDDHEGRAAQKRLETLLEERESKAEKVLQFDPGTKNVTALLMEAKELEARVIILSASEDDAATVYRAAAMLNM TGSGYVWLVGEREISGNALRYAPDGILGLQLINGKNESAHISDAVGVVAQAVHELLEKENITDPPRGCVGNTNIWKTGPL FKRVLMSSKYADGVTGRVEFNEDGDRKFANYSIMNLQNRKLVQVGIYNGTHVIPNDRKIIWPGGETEKPRGYQMSTRLKI VTIHQEPFVYVKPTLSDGTCKEEFTVNGDPVKKVICTGPNDTSPGSPRHTVPQCCYGFCIDLLIKLARTMNFTYEVHLVA DGKFGTQERVNNSNKKEWNGMMGELLSGQADMIVAPLTINNERAQYIEFSKPFKYQGLTILVKKEIPRSTLDSFMQPFQS TLWLLVGLSVHVVAVMLYLLDRFSPFGRFKVNSEEEEEDALTLSSAMWFSWGVLLNSGIGEGAPRSFSARILGMVWAGFA MIIVASYTANLAAFLVLDRPEERITGINDPRLRNPSDKFIYATVKQSSVDIYFRRQVELSTMYRHMEKHNYESAAEAIQA VRDNKLHAFIWDSAVLEFEASQKCDLVTTGELFFRSGFGIGMRKDSPWKQNVSLSILKSHENGFMEDLDKTWVRYQECDS RSNAPATLTFENMAGVFMLVAGGIVAGIFLIFIEIAYKRH ; 1 2 UNP NMDE4_HUMAN O15399 ? 2 ;MRGAGGPRGPRGPAKMLLLLALACASPFPEEAPGPGGAGGPGGGLGGARPLNVALVFSGPAYAAEAARLGPAVAAAVRSP GLDVRPVALVLNGSDPRSLVLQLCDLLSGLRVHGVVFEDDSRAPAVAPILDFLSAQTSLPIVAVHGGAALVLTPKEKGST FLQLGSSTEQQLQVIFEVLEEYDWTSFVAVTTRAPGHRAFLSYIEVLTDGSLVGWEHRGALTLDPGAGEAVLSAQLRSVS AQIRLLFCAREEAEPVFRAAEEAGLTGSGYVWFMVGPQLAGGGGSGAPGEPPLLPGGAPLPAGLFAVRSAGWRDDLARRV AAGVAVVARGAQALLRDYGFLPELGHDCRAQNRTHRGESLHRYFMNITWDNRDYSFNEDGFLVNPSLVVISLTRDRTWEV VGSWEQQTLRLKYPLWSRYGRFLQPVDDTQHLTVATLEERPFVIVEPADPISGTCIRDSVPCRSQLNRTHSPPPDAPRPE KRCCKGFCIDILKRLAHTIGFSYDLYLVTNGKHGKKIDGVWNGMIGEVFYQRADMAIGSLTINEERSEIVDFSVPFVETG ISVMVARSNGTVSPSAFLEPYSPAVWVMMFVMCLTVVAVTVFIFEYLSPVGYNRSLATGKRPGGSTFTIGKSIWLLWALV FNNSVPVENPRGTTSKIMVLVWAFFAVIFLASYTANLAAFMIQEEYVDTVSGLSDRKFQRPQEQYPPLKFGTVPNGSTEK NIRSNYPDMHSYMVRYNQPRVEEALTQLKAGKLDAFIYDAAVLNYMARKDEGCKLVTIGSGKVFATTGYGIALHKGSRWK RPIDLALLQFLGDDEIEMLERLWLSGICHNDKIEVMSSKLDIDNMAGVFYMLLVAMGLSLLVFAWEHLVYWRLRHCLGP ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7YFF A 1 ? 840 ? 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'expression tag' 891 24 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight 7RC non-polymer . '(2R)-4-(3-phosphonopropyl)piperazine-2-carboxylic acid' ? 'C8 H17 N2 O5 P' 252.205 ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 NAG 'D-saccharide, beta linking' . 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;N-acetyl-beta-D-glucosamine; 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-glucose; N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE ; 'C8 H15 N O6' 221.208 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.368 ? 30362 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 3.564 ? 3246 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.037 ? 3608 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.002 ? 3870 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 7YFF _struct.title 'Structure of GluN1a-GluN2D NMDA receptor in complex with agonist glycine and competitive antagonist CPP.' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7YFF _struct_keywords.text 'ion channel, cryo-EM structure, glutamate receptor, synaptic protein, ELECTRON TRANSPORT' _struct_keywords.pdbx_keywords 'ELECTRON TRANSPORT' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 1 ? D N N 2 ? E N N 3 ? F N N 3 ? G N N 3 ? H N N 4 ? I N N 4 ? J N N 5 ? K N N 4 ? L N N 6 ? M N N 4 ? N N N 4 ? O N N 4 ? P N N 5 ? Q N N 4 ? R N N 6 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 HIS A 38 ? HIS A 53 ? HIS A 38 HIS A 53 1 ? 16 HELX_P HELX_P2 AA2 ASN A 70 ? GLN A 86 ? ASN A 70 GLN A 86 1 ? 17 HELX_P HELX_P3 AA3 PRO A 104 ? PHE A 113 ? PRO A 104 PHE A 113 1 ? 10 HELX_P HELX_P4 AA4 TYR A 114 ? ILE A 116 ? TYR A 114 ILE A 116 5 ? 3 HELX_P HELX_P5 AA5 MET A 125 ? SER A 129 ? 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ASP D 841 VAL D 869 1 ? 29 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? 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N-Glycosylation covale3 covale one ? A ASN 368 ND2 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? A ASN 368 A NAG 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.425 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? A ASN 471 ND2 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? A ASN 471 A NAG 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.430 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? A ASN 771 ND2 ? ? ? 1_555 F NAG . C1 ? ? A ASN 771 F NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.415 ? N-Glycosylation covale6 covale none ? B TYR 758 CE1 ? ? ? 1_555 L 7RC . O02 ? ? B TYR 758 B 7RC 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.374 ? ? covale7 covale one ? C ASN 61 ND2 ? ? ? 1_555 O NAG . C1 ? ? C ASN 61 C NAG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale8 covale one ? C ASN 276 ND2 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? C ASN 276 C NAG 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale9 covale one ? C ASN 368 ND2 ? ? ? 1_555 Q NAG . C1 ? ? C ASN 368 C NAG 905 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.425 ? N-Glycosylation covale10 covale one ? C ASN 471 ND2 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? C ASN 471 C NAG 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale11 covale one ? C ASN 771 ND2 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? C ASN 771 G NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale12 covale none ? D TYR 758 CE1 ? ? ? 1_555 R 7RC . O02 ? ? D TYR 758 D 7RC 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.373 ? ? covale13 covale both ? E NAG . O4 ? ? ? 1_555 E NAG . C1 ? ? E NAG 1 E NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? ? covale14 covale both ? F NAG . O4 ? ? ? 1_555 F NAG . C1 ? ? F NAG 1 F NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.433 ? ? covale15 covale both ? G NAG . O4 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? G NAG 1 G NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 3 ? AA2 ? 7 ? AA3 ? 2 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 3 ? AA6 ? 2 ? AA7 ? 2 ? AA8 ? 4 ? AA9 ? 2 ? AB1 ? 6 ? AB2 ? 2 ? AB3 ? 3 ? AB4 ? 2 ? AB5 ? 2 ? AB6 ? 3 ? AB7 ? 2 ? AB8 ? 3 ? AB9 ? 7 ? AC1 ? 2 ? AC2 ? 2 ? AC3 ? 3 ? AC4 ? 2 ? 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