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'Kidney embryonic cells' ? ? ? ? ? ? pEG-BacMam ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP NMDZ1_HUMAN Q05586 ? 1 ;MSTMRLLTLALLFSCSVARAACDPKIVNIGAVLSTRKHEQMFREAVNQANKRHGSWKIQLNATSVTHKPNAIQMALSVCE DLISSQVYAILVSHPPTPNDHFTPTPVSYTAGFYRIPVLGLTTRMSIYSDKSIHLSFLRTVPPYSHQSSVWFEMMRVYSW NHIILLVSDDHEGRAAQKRLETLLEERESKAEKVLQFDPGTKNVTALLMEAKELEARVIILSASEDDAATVYRAAAMLNM TGSGYVWLVGEREISGNALRYAPDGILGLQLINGKNESAHISDAVGVVAQAVHELLEKENITDPPRGCVGNTNIWKTGPL FKRVLMSSKYADGVTGRVEFNEDGDRKFANYSIMNLQNRKLVQVGIYNGTHVIPNDRKIIWPGGETEKPRGYQMSTRLKI VTIHQEPFVYVKPTLSDGTCKEEFTVNGDPVKKVICTGPNDTSPGSPRHTVPQCCYGFCIDLLIKLARTMNFTYEVHLVA DGKFGTQERVNNSNKKEWNGMMGELLSGQADMIVAPLTINNERAQYIEFSKPFKYQGLTILVKKEIPRSTLDSFMQPFQS TLWLLVGLSVHVVAVMLYLLDRFSPFGRFKVNSEEEEEDALTLSSAMWFSWGVLLNSGIGEGAPRSFSARILGMVWAGFA MIIVASYTANLAAFLVLDRPEERITGINDPRLRNPSDKFIYATVKQSSVDIYFRRQVELSTMYRHMEKHNYESAAEAIQA VRDNKLHAFIWDSAVLEFEASQKCDLVTTGELFFRSGFGIGMRKDSPWKQNVSLSILKSHENGFMEDLDKTWVRYQECDS RSNAPATLTFENMAGVFMLVAGGIVAGIFLIFIEIAYKRHKDARRKQ ; 1 2 UNP NMDE4_HUMAN O15399 ? 2 ;MRGAGGPRGPRGPAKMLLLLALACASPFPEEAPGPGGAGGPGGGLGGARPLNVALVFSGPAYAAEAARLGPAVAAAVRSP GLDVRPVALVLNGSDPRSLVLQLCDLLSGLRVHGVVFEDDSRAPAVAPILDFLSAQTSLPIVAVHGGAALVLTPKEKGST FLQLGSSTEQQLQVIFEVLEEYDWTSFVAVTTRAPGHRAFLSYIEVLTDGSLVGWEHRGALTLDPGAGEAVLSAQLRSVS AQIRLLFCAREEAEPVFRAAEEAGLTGSGYVWFMVGPQLAGGGGSGAPGEPPLLPGGAPLPAGLFAVRSAGWRDDLARRV AAGVAVVARGAQALLRDYGFLPELGHDCRAQNRTHRGESLHRYFMNITWDNRDYSFNEDGFLVNPSLVVISLTRDRTWEV VGSWEQQTLRLKYPLWSRYGRFLQPVDDTQHLTVATLEERPFVIVEPADPISGTCIRDSVPCRSQLNRTHSPPPDAPRPE KRCCKGFCIDILKRLAHTIGFSYDLYLVTNGKHGKKIDGVWNGMIGEVFYQRADMAIGSLTINEERSEIVDFSVPFVETG ISVMVARSNGTVSPSAFLEPYSPAVWVMMFVMCLTVVAVTVFIFEYLSPVGYNRSLATGKRPGGSTFTIGKSIWLLWALV FNNSVPVENPRGTTSKIMVLVWAFFAVIFLASYTANLAAFMIQEEYVDTVSGLSDRKFQRPQEQYPPLKFGTVPNGSTEK NIRSNYPDMHSYMVRYNQPRVEEALTQLKAGKLDAFIYDAAVLNYMARKDEGCKLVTIGSGKVFATTGYGIALHKGSRWK RPIDLALLQFLGDDEIEMLERLWLSGICHNDKIEVMSSKLDIDNMAGVFYMLLVAMGLSLLVFAWEHLVYWRLRHCLGP ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7YFL A 1 ? 847 ? 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'expression tag' 891 24 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 NAG 'D-saccharide, beta linking' . 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;N-acetyl-beta-D-glucosamine; 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-glucose; N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE ; 'C8 H15 N O6' 221.208 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7YFL _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 7YFL _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.004 ? 20360 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.586 ? 27792 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 4.911 ? 3008 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.044 ? 3340 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.005 ? 3552 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 7YFL _struct.title 'Structure of GluN1a-GluN2D NMDA receptor in complex with agonists glycine and glutamate.' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7YFL _struct_keywords.text 'ion channel, cryo-EM structure, glutamate receptor, synaptic protein, ELECTRON TRANSPORT' _struct_keywords.pdbx_keywords 'ELECTRON TRANSPORT' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 1 ? D N N 2 ? E N N 3 ? F N N 3 ? G N N 3 ? H N N 3 ? I N N 4 ? J N N 5 ? K N N 5 ? L N N 5 ? M N N 5 ? N N N 5 ? O N N 6 ? P N N 4 ? Q N N 5 ? R N N 5 ? S N N 5 ? T N N 5 ? U N N 5 ? V N N 6 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 LYS A 37 ? LYS A 51 ? LYS A 37 LYS A 51 1 ? 15 HELX_P HELX_P2 AA2 ILE A 72 ? SER A 84 ? ILE A 72 SER A 84 1 ? 13 HELX_P HELX_P3 AA3 THR A 103 ? ARG A 115 ? THR A 103 ARG A 115 1 ? 13 HELX_P HELX_P4 AA4 MET A 125 ? ASP A 130 ? MET A 125 ASP A 130 5 ? 6 HELX_P HELX_P5 AA5 PRO A 143 ? SER A 145 ? 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ALA A 629 VAL A 656 1 ? 28 HELX_P HELX_P20 AC2 ASP A 669 ? ASN A 674 ? ASP A 669 ASN A 674 1 ? 6 HELX_P HELX_P21 AC3 SER A 687 ? PHE A 693 ? SER A 687 PHE A 693 1 ? 7 HELX_P HELX_P22 AC4 ARG A 694 ? ARG A 695 ? ARG A 694 ARG A 695 5 ? 2 HELX_P HELX_P23 AC5 GLN A 696 ? GLU A 698 ? GLN A 696 GLU A 698 5 ? 3 HELX_P HELX_P24 AC6 LEU A 699 ? HIS A 709 ? LEU A 699 HIS A 709 1 ? 11 HELX_P HELX_P25 AC7 ALA A 714 ? ASP A 723 ? ALA A 714 ASP A 723 1 ? 10 HELX_P HELX_P26 AC8 SER A 733 ? CYS A 744 ? SER A 733 CYS A 744 1 ? 12 HELX_P HELX_P27 AC9 PRO A 767 ? ASN A 782 ? PRO A 767 ASN A 782 1 ? 16 HELX_P HELX_P28 AD1 GLY A 783 ? VAL A 793 ? GLY A 783 VAL A 793 1 ? 11 HELX_P HELX_P29 AD2 ALA B 64 ? GLY B 70 ? ALA B 64 GLY B 70 1 ? 7 HELX_P HELX_P30 AD3 GLY B 70 ? ALA B 76 ? GLY B 70 ALA B 76 1 ? 7 HELX_P HELX_P31 AD4 ASP B 95 ? ARG B 111 ? ASP B 95 ARG B 111 1 ? 17 HELX_P HELX_P32 AD5 VAL B 126 ? THR B 137 ? VAL B 126 THR B 137 1 ? 12 HELX_P HELX_P33 AD6 SER B 167 ? LEU B 179 ? 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LEU D 840 LEU D 853 1 ? 14 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? 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