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'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _pdbx_entity_src_syn.entity_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_src_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id _pdbx_entity_src_syn.details 3 1 sample 1 120 'synthetic construct' ? 32630 ? 4 1 sample 1 120 'synthetic construct' ? 32630 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP SBCC_ECOLI P13458 ? 1 ;MKILSLRLKNLNSLKGEWKIDFTREPFASNGLFAITGPTGAGKTTLLDAICLALYHETPRLSNVSQSQNDLMTRDTAECL AEVEFEVKGEAYRAFWSQNRARNQPDGNLQVPRVELARCADGKILADKVKDKLELTATLTGLDYGRFTRSMLLSQGQFAA FLNAKPKERAELLEELTGTEIYGQISAMVFEQHKSARTELEKLQAQASGVTLLTPEQVQSLTASLQVLTDEEKQLITAQQ QEQQSLNWLTRQDELQQEASRRQQALQQALAEEEKAQPQLAALSLAQPARNLRPHWERIAEHSAALAHIRQQIEEVNTRL QSTMALRASIRHHAAKQSAELQQQQQSLNTWLQEHDRFRQWNNEPAGWRAQFSQQTSDREHLRQWQQQLTHAEQKLNALA AITLTLTADEVATALAQHAEQRPLRQHLVALHGQIVPQQKRLAQLQVAIQNVTQEQTQRNAALNEMRQRYKEKTQQLADV KTICEQEARIKTLEAQRAQLQAGQPCPLCGSTSHPAVEAYQALEPGVNQSRLLALENEVKKLGEEGATLRGQLDAITKQL QRDENEAQSLRQDEQALTQQWQAVTASLNITLQPLDDIQPWLDAQDEHERQLRLLSQRHELQGQIAAHNQQIIQYQQQIE QRQQLLLTTLTGYALTLPQEDEEESWLATRQQEAQSWQQRQNELTALQNRIQQLTPILETLPQSDELPHCEETVVLENWR QVHEQCLALHSQQQTLQQQDVLAAQSLQKAQAQFDTALQASVFDDQQAFLAALMDEQTLTQLEQLKQNLENQRRQAQTLV TQTAETLAQHQQHRPDDGLALTVTVEQIQQELAQTHQKLRENTTSQGEIRQQLKQDADNRQQQQTLMQQIAQMTQQVEDW GYLNSLIGSKEGDKFRKFAQGLTLDNLVHLANQQLTRLHGRYLLQRKASEALEVEVVDTWQADAVRDTRTLSGGESFLVS LALALALSDLVSHKTRIDSLFLDEGFGTLDSETLDTALDALDALNASGKTIGVISHVEAMKERIPVQIKVKKINGLGYSK LESTFAVK ; 1 2 UNP SBCD_ECOLI P0AG76 ? 2 ;MRILHTSDWHLGQNFYSKSREAEHQAFLDWLLETAQTHQVDAIIVAGDVFDTGSPPSYARTLYNRFVVNLQQTGCHLVVL AGNHDSVATLNESRDIMAFLNTTVVASAGHAPQILPRRDGTPGAVLCPIPFLRPRDIITSQAGLNGIEKQQHLLAAITDY YQQHYADACKLRGDQPLPIIATGHLTTVGASKSDAVRDIYIGTLDAFPAQNFPPADYIALGHIHRAQIIGGMEHVRYCGS PIPLSFDECGKSKYVHLVTFSNGKLESVENLNVPVTQPMAVLKGDLASITAQLEQWRDVSQEPPVWLDIEITTDEYLHDI QRKIQALTESLPVEVLLVRRSREQRERVLASQQRETLSELSVEEVFNRRLALEELDESQQQRLQHLFTTTLHTLAGEHEA ; 1 3 GB MN982376.1 1825215262 ? 3 ;CCAGTTGATCGGCGCGAGATTTAATCGCCGCGACAATTTGCGACGGCGCGTGCAGGGCCAGACTGGAGGTGGCAACGCCA ATCAGCAACGACTGTTTGCCCGCCAGTTGTTGTGCCACGC ; 5199 4 GB MN982376.1 1825215262 ? 4 ;GCGTGGCACAACAACTGGCGGGCAAACAGTCGTTGCTGATTGGCGTTGCCACCTCCAGTCTGGCCCTGCACGCGCCGTCG CAAATTGTCGCGGCGATTAAATCTCGCGCCGATCAACTGG ; 5080 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7Z03 C 1 ? 1048 ? 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'expression tag' 404 5 3 7Z03 HIS A 405 ? UNP P0AG76 ? ? 'expression tag' 405 6 3 7Z03 HIS A 406 ? UNP P0AG76 ? ? 'expression tag' 406 7 3 7Z03 HIS A 407 ? UNP P0AG76 ? ? 'expression tag' 407 8 4 7Z03 GLN B 84 ? UNP P0AG76 HIS 84 'engineered mutation' 84 9 4 7Z03 GLY B 401 ? UNP P0AG76 ? ? 'expression tag' 401 10 4 7Z03 HIS B 402 ? UNP P0AG76 ? ? 'expression tag' 402 11 4 7Z03 HIS B 403 ? UNP P0AG76 ? ? 'expression tag' 403 12 4 7Z03 HIS B 404 ? UNP P0AG76 ? ? 'expression tag' 404 13 4 7Z03 HIS B 405 ? UNP P0AG76 ? ? 'expression tag' 405 14 4 7Z03 HIS B 406 ? UNP P0AG76 ? ? 'expression tag' 406 15 4 7Z03 HIS B 407 ? UNP P0AG76 ? ? 'expression tag' 407 16 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ADP non-polymer n "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N5 O10 P2' 427.201 ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 DA 'DNA linking' y "2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O6 P' 331.222 DC 'DNA linking' y "2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O7 P' 307.197 DG 'DNA linking' y "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 DT 'DNA linking' y "THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N2 O8 P' 322.208 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 MG non-polymer . 'MAGNESIUM ION' ? 'Mg 2' 24.305 MN non-polymer . 'MANGANESE (II) ION' ? 'Mn 2' 54.938 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7Z03 _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 7Z03 _struct.title 'Endonuclease state of the E. coli Mre11-Rad50 (SbcCD) head complex bound to ADP and extended dsDNA' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7Z03 _struct_keywords.text 'ABC-type ATPase, Nuclease, DNA repair, DNA BINDING PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'DNA BINDING PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 2 ? D N N 2 ? E N N 3 ? F N N 4 ? G N N 5 ? H N N 6 ? I N N 5 ? J N N 6 ? K N N 7 ? L N N 7 ? M N N 7 ? N N N 7 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLY A 42 ? HIS A 56 ? GLY C 42 HIS C 56 1 ? 15 HELX_P HELX_P2 AA2 ALA A 101 ? GLN A 104 ? ALA C 101 GLN C 104 5 ? 4 HELX_P HELX_P3 AA3 LYS A 128 ? GLY A 141 ? LYS C 128 GLY C 141 1 ? 14 HELX_P HELX_P4 AA4 ASP A 143 ? MET A 151 ? ASP C 143 MET C 151 1 ? 9 HELX_P HELX_P5 AA5 ALA A 159 ? ALA A 164 ? ALA C 159 ALA C 164 1 ? 6 HELX_P HELX_P6 AA6 LYS A 165 ? GLY A 178 ? LYS C 165 GLY C 178 1 ? 14 HELX_P HELX_P7 AA7 GLU A 180 ? GLU A 201 ? GLU C 180 GLU C 201 1 ? 22 HELX_P HELX_P8 AA8 GLN A 876 ? ILE A 887 ? GLN C 876 ILE C 887 1 ? 12 HELX_P HELX_P9 AA9 SER A 889 ? GLU A 891 ? SER C 889 GLU C 891 5 ? 3 HELX_P HELX_P10 AB1 GLY A 892 ? GLN A 900 ? GLY C 892 GLN C 900 1 ? 9 HELX_P HELX_P11 AB2 GLN A 900 ? HIS A 919 ? GLN C 900 HIS C 919 1 ? 20 HELX_P HELX_P12 AB3 ASP A 947 ? LEU A 951 ? ASP C 947 LEU C 951 5 ? 5 HELX_P HELX_P13 AB4 SER A 952 ? LEU A 970 ? SER C 952 LEU C 970 1 ? 19 HELX_P HELX_P14 AB5 GLY A 985 ? LEU A 989 ? GLY C 985 LEU C 989 5 ? 5 HELX_P HELX_P15 AB6 ASP A 990 ? ALA A 1006 ? ASP C 990 ALA C 1006 1 ? 17 HELX_P HELX_P16 AB7 VAL A 1017 ? ILE A 1024 ? VAL C 1017 ILE C 1024 1 ? 8 HELX_P HELX_P17 AB8 GLU A 1042 ? ALA A 1046 ? GLU C 1042 ALA C 1046 5 ? 5 HELX_P HELX_P18 AB9 GLY B 42 ? HIS B 56 ? GLY D 42 HIS D 56 1 ? 15 HELX_P HELX_P19 AC1 ALA B 101 ? GLN B 104 ? ALA D 101 GLN D 104 5 ? 4 HELX_P HELX_P20 AC2 LYS B 128 ? GLY B 141 ? LYS D 128 GLY D 141 1 ? 14 HELX_P HELX_P21 AC3 ASP B 143 ? MET B 151 ? ASP D 143 MET D 151 1 ? 9 HELX_P HELX_P22 AC4 LYS B 165 ? GLY B 178 ? LYS D 165 GLY D 178 1 ? 14 HELX_P HELX_P23 AC5 GLU B 180 ? GLU B 199 ? GLU D 180 GLU D 199 1 ? 20 HELX_P HELX_P24 AC6 GLN B 875 ? ILE B 887 ? GLN D 875 ILE D 887 1 ? 13 HELX_P HELX_P25 AC7 SER B 889 ? GLU B 891 ? SER D 889 GLU D 891 5 ? 3 HELX_P HELX_P26 AC8 GLY B 892 ? GLN B 900 ? GLY D 892 GLN D 900 1 ? 9 HELX_P HELX_P27 AC9 GLN B 900 ? HIS B 919 ? GLN D 900 HIS D 919 1 ? 20 HELX_P HELX_P28 AD1 ARG B 949 ? LEU B 951 ? ARG D 949 LEU D 951 5 ? 3 HELX_P HELX_P29 AD2 SER B 952 ? VAL B 971 ? SER D 952 VAL D 971 1 ? 20 HELX_P HELX_P30 AD3 ASP B 990 ? ALA B 1006 ? ASP D 990 ALA D 1006 1 ? 17 HELX_P HELX_P31 AD4 GLU B 1018 ? ILE B 1024 ? GLU D 1018 ILE D 1024 1 ? 7 HELX_P HELX_P32 AD5 SER B 1043 ? ALA B 1046 ? SER D 1043 ALA D 1046 5 ? 4 HELX_P HELX_P33 AD6 ARG C 20 ? GLN C 39 ? ARG A 20 GLN A 39 1 ? 20 HELX_P HELX_P34 AD7 PRO C 56 ? LEU C 70 ? PRO A 56 LEU A 70 1 ? 15 HELX_P HELX_P35 AD8 SER C 86 ? SER C 93 ? SER A 86 SER A 93 1 ? 8 HELX_P HELX_P36 AD9 SER C 93 ? PHE C 99 ? SER A 93 PHE A 99 1 ? 7 HELX_P HELX_P37 AE1 ARG C 133 ? ILE C 138 ? ARG A 133 ILE A 138 1 ? 6 HELX_P HELX_P38 AE2 ASN C 145 ? GLY C 173 ? ASN A 145 GLY A 173 1 ? 29 HELX_P HELX_P39 AE3 PRO C 208 ? PHE C 212 ? PRO A 208 PHE A 212 5 ? 5 HELX_P HELX_P40 AE4 SER C 245 ? CYS C 249 ? SER A 245 CYS A 249 5 ? 5 HELX_P HELX_P41 AE5 ASP C 285 ? GLU C 294 ? ASP A 285 GLU A 294 1 ? 10 HELX_P HELX_P42 AE6 GLN C 295 ? ARG C 297 ? GLN A 295 ARG A 297 5 ? 3 HELX_P HELX_P43 AE7 ASP C 319 ? THR C 328 ? ASP A 319 THR A 328 1 ? 10 HELX_P HELX_P44 AE8 SER C 361 ? LEU C 372 ? SER A 361 LEU A 372 1 ? 12 HELX_P HELX_P45 AE9 ASP C 376 ? LEU C 394 ? ASP A 376 LEU A 394 1 ? 19 HELX_P HELX_P46 AF1 ARG D 20 ? GLN D 39 ? ARG B 20 GLN B 39 1 ? 20 HELX_P HELX_P47 AF2 PRO D 56 ? GLY D 74 ? PRO B 56 GLY B 74 1 ? 19 HELX_P HELX_P48 AF3 SER D 93 ? PHE D 99 ? SER B 93 PHE B 99 1 ? 7 HELX_P HELX_P49 AF4 ARG D 133 ? ILE D 137 ? ARG B 133 ILE B 137 5 ? 5 HELX_P HELX_P50 AF5 LEU D 154 ? GLY D 173 ? LEU B 154 GLY B 173 1 ? 20 HELX_P HELX_P51 AF6 PRO D 208 ? PHE D 212 ? PRO B 208 PHE B 212 5 ? 5 HELX_P HELX_P52 AF7 SER D 245 ? CYS D 249 ? SER B 245 CYS B 249 5 ? 5 HELX_P HELX_P53 AF8 ASP D 285 ? LEU D 293 ? ASP B 285 LEU B 293 1 ? 9 HELX_P HELX_P54 AF9 GLU D 294 ? ARG D 297 ? GLU B 294 ARG B 297 5 ? 4 HELX_P HELX_P55 AG1 TYR D 316 ? GLU D 329 ? TYR B 316 GLU B 329 1 ? 14 HELX_P HELX_P56 AG2 SER D 361 ? GLU D 373 ? SER B 361 GLU B 373 1 ? 13 HELX_P HELX_P57 AG3 ASP D 376 ? ALA D 395 ? ASP B 376 ALA B 395 1 ? 20 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role metalc1 metalc ? ? 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MN ? ? B ASP 48 B MN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.259 ? ? metalc11 metalc ? ? D ASP 48 OD2 ? ? ? 1_555 N MN . MN ? ? B ASP 48 B MN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.931 ? ? metalc12 metalc ? ? D ASN 83 OD1 ? ? ? 1_555 N MN . MN ? ? B ASN 83 B MN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.806 ? ? metalc13 metalc ? ? D HIS 184 NE2 ? ? ? 1_555 N MN . MN ? ? B HIS 184 B MN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.462 ? ? metalc14 metalc ? ? M MN . MN ? ? ? 1_555 N MN . MN ? ? B MN 501 B MN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.969 ? ? hydrog1 hydrog ? ? E DG 55 N1 ? ? ? 1_555 F DC 66 N3 ? ? E DG -42 F DC 66 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog2 hydrog ? ? E DG 55 N2 ? ? ? 1_555 F DC 66 O2 ? ? E DG -42 F DC 66 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog3 hydrog ? ? E DG 55 O6 ? ? ? 1_555 F DC 66 N4 ? ? E DG -42 F DC 66 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog4 hydrog ? ? E DG 56 N1 ? ? ? 1_555 F DC 65 N3 ? ? E DG -41 F DC 65 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog5 hydrog ? ? E DG 56 N2 ? ? ? 1_555 F DC 65 O2 ? ? E DG -41 F DC 65 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog6 hydrog ? ? E DG 56 O6 ? ? ? 1_555 F DC 65 N4 ? ? E DG -41 F DC 65 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog7 hydrog ? ? E DG 57 N1 ? ? ? 1_555 F DC 64 N3 ? ? E DG -40 F DC 64 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog8 hydrog ? ? E DG 57 N2 ? ? ? 1_555 F DC 64 O2 ? ? E DG -40 F DC 64 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog9 hydrog ? ? E DG 57 O6 ? ? ? 1_555 F DC 64 N4 ? ? E DG -40 F DC 64 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog10 hydrog ? ? E DC 58 N3 ? ? ? 1_555 F DG 63 N1 ? ? E DC -39 F DG 63 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog11 hydrog ? ? E DC 58 N4 ? ? ? 1_555 F DG 63 O6 ? ? E DC -39 F DG 63 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog12 hydrog ? ? E DC 58 O2 ? ? ? 1_555 F DG 63 N2 ? ? E DC -39 F DG 63 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog13 hydrog ? ? E DC 59 N3 ? ? ? 1_555 F DG 62 N1 ? ? E DC -38 F DG 62 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog14 hydrog ? ? 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WATSON-CRICK ? ? ? hydrog49 hydrog ? ? E DG 72 N1 ? ? ? 1_555 F DC 49 N3 ? ? E DG -25 F DC 49 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog50 hydrog ? ? E DG 72 N2 ? ? ? 1_555 F DC 49 O2 ? ? E DG -25 F DC 49 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog51 hydrog ? ? E DG 72 O6 ? ? ? 1_555 F DC 49 N4 ? ? E DG -25 F DC 49 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog52 hydrog ? ? E DC 73 N3 ? ? ? 1_555 F DG 48 N1 ? ? E DC -24 F DG 48 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog53 hydrog ? ? E DC 73 N4 ? ? ? 1_555 F DG 48 O6 ? ? E DC -24 F DG 48 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog54 hydrog ? ? E DC 73 O2 ? ? ? 1_555 F DG 48 N2 ? ? E DC -24 F DG 48 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog55 hydrog ? ? E DA 74 N1 ? ? ? 1_555 F DT 47 N3 ? ? E DA -23 F DT 47 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog56 hydrog ? ? E DA 74 N6 ? ? ? 1_555 F DT 47 O4 ? ? E DA -23 F DT 47 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog57 hydrog ? ? E DA 75 N1 ? ? ? 1_555 F DT 46 N3 ? ? 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WATSON-CRICK ? ? ? hydrog75 hydrog ? ? E DT 82 N3 ? ? ? 1_555 F DA 39 N1 ? ? E DT -15 F DA 39 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog76 hydrog ? ? E DT 82 O4 ? ? ? 1_555 F DA 39 N6 ? ? E DT -15 F DA 39 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog77 hydrog ? ? E DC 83 N3 ? ? ? 1_555 F DG 38 N1 ? ? E DC -14 F DG 38 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog78 hydrog ? ? E DC 83 N4 ? ? ? 1_555 F DG 38 O6 ? ? E DC -14 F DG 38 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog79 hydrog ? ? E DC 83 O2 ? ? ? 1_555 F DG 38 N2 ? ? E DC -14 F DG 38 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog80 hydrog ? ? E DA 84 N1 ? ? ? 1_555 F DT 37 N3 ? ? E DA -13 F DT 37 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog81 hydrog ? ? E DA 84 N6 ? ? ? 1_555 F DT 37 O4 ? ? E DA -13 F DT 37 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog82 hydrog ? ? E DG 85 N1 ? ? ? 1_555 F DC 36 N3 ? ? E DG -12 F DC 36 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog83 hydrog ? ? E DG 85 N2 ? ? ? 1_555 F DC 36 O2 ? ? 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WATSON-CRICK ? ? ? hydrog101 hydrog ? ? E DA 91 N6 ? ? ? 1_555 F DT 30 O4 ? ? E DA -6 F DT 30 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog102 hydrog ? ? E DC 92 N3 ? ? ? 1_555 F DG 29 N1 ? ? E DC -5 F DG 29 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog103 hydrog ? ? E DC 92 N4 ? ? ? 1_555 F DG 29 O6 ? ? E DC -5 F DG 29 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog104 hydrog ? ? E DC 92 O2 ? ? ? 1_555 F DG 29 N2 ? ? E DC -5 F DG 29 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog105 hydrog ? ? E DT 93 N3 ? ? ? 1_555 F DA 28 N1 ? ? E DT -4 F DA 28 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog106 hydrog ? ? E DT 93 O4 ? ? ? 1_555 F DA 28 N6 ? ? E DT -4 F DA 28 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference metalc ? ? hydrog ? ? # _struct_mon_prot_cis.pdbx_id 1 _struct_mon_prot_cis.label_comp_id GLU _struct_mon_prot_cis.label_seq_id 302 _struct_mon_prot_cis.label_asym_id C _struct_mon_prot_cis.label_alt_id . _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code ? _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id GLU _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id 302 _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id A _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 PRO _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 303 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 C _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 ? _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 PRO _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 303 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 A _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num 1 _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle -5.50 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 6 ? AA2 ? 5 ? AA3 ? 3 ? AA4 ? 2 ? 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F DG 120 # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details ? # _em_entity_assembly_naturalsource.id 2 _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.cell ? _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location ? _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 562 _em_entity_assembly_naturalsource.organ ? _em_entity_assembly_naturalsource.organelle ? _em_entity_assembly_naturalsource.organism 'Escherichia coli' _em_entity_assembly_naturalsource.strain ? _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? # _em_entity_assembly_recombinant.id 2 _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_recombinant.cell ? _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id 562 _em_entity_assembly_recombinant.organism 'Escherichia coli' _em_entity_assembly_recombinant.plasmid ? _em_entity_assembly_recombinant.strain ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 43.19 _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode COUNTING _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? ? ? 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ? ? ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? ? ? 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? ? ? ? ? ? 8 'MODEL REFINEMENT' ? ? ? ? ? ? 9 OTHER ? ? ? ? ? ? 10 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 11 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 12 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 13 RECONSTRUCTION ? ? ? 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 7Z03 'double helix' 7Z03 'a-form double helix' 7Z03 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 E DG 55 1_555 F DC 66 1_555 -0.179 -0.258 -0.904 -1.758 -1.307 0.920 1 E_DG-42:DC66_F E -42 ? F 66 ? 19 1 1 E DG 56 1_555 F DC 65 1_555 -0.169 -0.304 -1.046 -2.003 -1.265 0.411 2 E_DG-41:DC65_F E -41 ? F 65 ? 19 1 1 E DG 57 1_555 F DC 64 1_555 -0.166 -0.330 -1.119 -2.012 -1.247 0.027 3 E_DG-40:DC64_F E -40 ? F 64 ? 19 1 1 E DC 58 1_555 F DG 63 1_555 0.172 -0.275 -0.927 -0.736 -0.807 0.149 4 E_DC-39:DG63_F E -39 ? F 63 ? 19 1 1 E DC 59 1_555 F DG 62 1_555 0.190 -0.155 -0.439 -0.108 -0.697 0.303 5 E_DC-38:DG62_F E -38 ? F 62 ? 19 1 1 E DA 60 1_555 F DT 61 1_555 0.063 -0.144 0.168 -0.164 -0.998 3.486 6 E_DA-37:DT61_F E -37 ? F 61 ? 20 1 1 E DG 61 1_555 F DC 60 1_555 -0.190 -0.139 -0.010 -0.072 -2.039 0.205 7 E_DG-36:DC60_F E -36 ? F 60 ? 19 1 1 E DA 62 1_555 F DT 59 1_555 0.094 -0.115 0.077 0.967 0.252 1.268 8 E_DA-35:DT59_F E -35 ? F 59 ? 20 1 1 E DC 63 1_555 F DG 58 1_555 0.198 -0.140 0.047 0.417 -0.422 0.185 9 E_DC-34:DG58_F E -34 ? F 58 ? 19 1 1 E DT 64 1_555 F DA 57 1_555 -0.089 -0.284 0.934 -0.551 -0.086 1.878 10 E_DT-33:DA57_F E -33 ? 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