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EMDB EMD-14563 ? ? # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Structure of CAND1-SCF-SKP2 Class2' _pdbx_database_related.db_id EMD-14563 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 7Z8T _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2022-03-18 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Baek, K.' 1 0000-0002-6853-4936 'Schulman, B.A.' 2 0000-0002-3083-1126 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country ? _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Cell _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 1097-4172 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 186 _citation.language ? _citation.page_first 1895 _citation.page_last ? _citation.title 'Systemwide disassembly and assembly of SCF ubiquitin ligase complexes.' _citation.year 2023 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1016/j.cell.2023.02.035 _citation.pdbx_database_id_PubMed 37028429 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Baek, K.' 1 ? primary 'Scott, D.C.' 2 ? primary 'Henneberg, L.T.' 3 ? primary 'King, M.T.' 4 ? primary 'Mann, M.' 5 ? primary 'Schulman, B.A.' 6 ? # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 7Z8T _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.pdbx_esd_method ? # _symmetry.entry_id 7Z8T _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man Cullin-1 89800.367 1 ? ? ? ? 2 polymer man 'Cullin-associated NEDD8-dissociated protein 1' 137386.281 1 ? ? ? ? 3 polymer man 'E3 ubiquitin-protein ligase RBX1, N-terminally processed' 12089.677 1 ? ? ? ? 4 polymer man 'S-phase kinase-associated protein 2' 47961.910 1 ? ? ? ;SKP2 N-terminal region not visible in EM density. The LRR region of SKP2 was wholesale docked from previous structure with all sidechains removed. ; 5 polymer man 'S-phase kinase-associated protein 1' 18679.965 1 ? ? ? ? 6 non-polymer syn 'ZINC ION' 65.409 3 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 CUL-1 2 ;Cullin-associated and neddylation-dissociated protein 1,TBP-interacting protein of 120 kDa A,TBP-interacting protein 120A,p120 CAND1 ; 3 'E3 ubiquitin-protein transferase RBX1,N-terminally processed' 4 'Cyclin-A/CDK2-associated protein p45,F-box protein Skp2,F-box/LRR-repeat protein 1,p45skp2' 5 ;Cyclin-A/CDK2-associated protein p19,p19A,Organ of Corti protein 2,OCP-2,Organ of Corti protein II,OCP-II,RNA polymerase II elongation factor-like protein,SIII,Transcription elongation factor B polypeptide 1-like,p19skp1 ; # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MSSTRSQNPHGLKQIGLDQIWDDLRAGIQQVYTRQSMAKSRYMELYTHVYNYCTSVHQSNQARGAGVPPSKSKKGQTPGG AQFVGLELYKRLKEFLKNYLTNLLKDGEDLMDESVLKFYTQQWEDYRFSSKVLNGICAYLNRHWVRRECDEGRKGIYEIY SLALVTWRDCLFRPLNKQVTNAVLKLIEKERNGETINTRLISGVVQSYVELGLNEDDAFAKGPTLTVYKESFESQFLADT ERFYTRESTEFLQQNPVTEYMKKAEARLLEEQRRVQVYLHESTQDELARKCEQVLIEKHLEIFHTEFQNLLDADKNEDLG RMYNLVSRIQDGLGELKKLLETHIHNQGLAAIEKCGEAALNDPKMYVQTVLDVHKKYNALVMSAFNNDAGFVAALDKACG RFINNNAVTKMAQSSSKSPELLARYCDSLLKKSSKNPEEAELEDTLNQVMVVFKYIEDKDVFQKFYAKMLAKRLVHQNSA SDDAEASMISKLKQACGFEYTSKLQRMFQDIGVSKDLNEQFKKHLTNSEPLDLDFSIQVLSSGSWPFQQSCTFALPSELE RSYQRFTAFYASRHSGRKLTWLYQLSKGELVTNCFKNRYTLQASTFQMAILLQYNTEDAYTVQQLTDSTQIKMDILAQVL QILLKSKLLVLEDENANVDEVELKPDTLIKLYLGYKNKKLRVNINVPMKTEQKQEQETTHKNIEEDRKLLIQAAIVRIMK MRKVLKHQQLLGEVLTQLSSRFKPRVPVIKKCIDILIEKEYLERVDGEKDTYSYLA ; ;MSSTRSQNPHGLKQIGLDQIWDDLRAGIQQVYTRQSMAKSRYMELYTHVYNYCTSVHQSNQARGAGVPPSKSKKGQTPGG 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