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EMDB EMD-14564 ? ? # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Structure of CAND1-SdeldelCF-SKP2 (SKP1 loop deletion mutant)' _pdbx_database_related.db_id EMD-14564 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 7Z8V _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2022-03-18 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Baek, K.' 1 0000-0002-6853-4936 'Schulman, B.A.' 2 0000-0002-3083-1126 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country ? _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Cell _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 1097-4172 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 186 _citation.language ? _citation.page_first 1895 _citation.page_last ? _citation.title 'Systemwide disassembly and assembly of SCF ubiquitin ligase complexes.' _citation.year 2023 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1016/j.cell.2023.02.035 _citation.pdbx_database_id_PubMed 37028429 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Baek, K.' 1 ? primary 'Scott, D.C.' 2 ? primary 'Henneberg, L.T.' 3 ? primary 'King, M.T.' 4 ? primary 'Mann, M.' 5 ? primary 'Schulman, B.A.' 6 ? # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 7Z8V _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.pdbx_esd_method ? # _symmetry.entry_id 7Z8V _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man Cullin-1 89800.367 1 ? ? ? ? 2 polymer man 'Cullin-associated NEDD8-dissociated protein 1' 137386.281 1 ? ? ? ? 3 polymer man 'E3 ubiquitin-protein ligase RBX1, N-terminally processed' 12089.677 1 ? ? ? ? 4 polymer man 'S-phase kinase-associated protein 2' 47961.910 1 ? ? ? ;SKP2 N-terminal region not visible in EM density. The LRR region of SKP2 was wholesale docked from previous structure with all sidechains removed ; 5 polymer man 'S-phase kinase-associated protein 1' 16853.164 1 ? ? ? ? 6 non-polymer syn 'ZINC ION' 65.409 3 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 CUL-1 2 ;Cullin-associated and neddylation-dissociated protein 1,TBP-interacting protein of 120 kDa A,TBP-interacting protein 120A,p120 CAND1 ; 3 'E3 ubiquitin-protein transferase RBX1,N-terminally processed' 4 'Cyclin-A/CDK2-associated protein p45,F-box protein Skp2,F-box/LRR-repeat protein 1,p45skp2' 5 ;Cyclin-A/CDK2-associated protein p19,p19A,Organ of Corti protein 2,OCP-2,Organ of Corti protein II,OCP-II,RNA polymerase II elongation factor-like protein,SIII,Transcription elongation factor B polypeptide 1-like,p19skp1 ; # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MSSTRSQNPHGLKQIGLDQIWDDLRAGIQQVYTRQSMAKSRYMELYTHVYNYCTSVHQSNQARGAGVPPSKSKKGQTPGG AQFVGLELYKRLKEFLKNYLTNLLKDGEDLMDESVLKFYTQQWEDYRFSSKVLNGICAYLNRHWVRRECDEGRKGIYEIY SLALVTWRDCLFRPLNKQVTNAVLKLIEKERNGETINTRLISGVVQSYVELGLNEDDAFAKGPTLTVYKESFESQFLADT ERFYTRESTEFLQQNPVTEYMKKAEARLLEEQRRVQVYLHESTQDELARKCEQVLIEKHLEIFHTEFQNLLDADKNEDLG RMYNLVSRIQDGLGELKKLLETHIHNQGLAAIEKCGEAALNDPKMYVQTVLDVHKKYNALVMSAFNNDAGFVAALDKACG RFINNNAVTKMAQSSSKSPELLARYCDSLLKKSSKNPEEAELEDTLNQVMVVFKYIEDKDVFQKFYAKMLAKRLVHQNSA SDDAEASMISKLKQACGFEYTSKLQRMFQDIGVSKDLNEQFKKHLTNSEPLDLDFSIQVLSSGSWPFQQSCTFALPSELE RSYQRFTAFYASRHSGRKLTWLYQLSKGELVTNCFKNRYTLQASTFQMAILLQYNTEDAYTVQQLTDSTQIKMDILAQVL QILLKSKLLVLEDENANVDEVELKPDTLIKLYLGYKNKKLRVNINVPMKTEQKQEQETTHKNIEEDRKLLIQAAIVRIMK MRKVLKHQQLLGEVLTQLSSRFKPRVPVIKKCIDILIEKEYLERVDGEKDTYSYLA ; ;MSSTRSQNPHGLKQIGLDQIWDDLRAGIQQVYTRQSMAKSRYMELYTHVYNYCTSVHQSNQARGAGVPPSKSKKGQTPGG 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1 2 SER n 1 3 SER n 1 4 THR n 1 5 ARG n 1 6 SER n 1 7 GLN n 1 8 ASN n 1 9 PRO n 1 10 HIS n 1 11 GLY n 1 12 LEU n 1 13 LYS n 1 14 GLN n 1 15 ILE n 1 16 GLY n 1 17 LEU n 1 18 ASP n 1 19 GLN n 1 20 ILE n 1 21 TRP n 1 22 ASP n 1 23 ASP n 1 24 LEU n 1 25 ARG n 1 26 ALA n 1 27 GLY n 1 28 ILE n 1 29 GLN n 1 30 GLN n 1 31 VAL n 1 32 TYR n 1 33 THR n 1 34 ARG n 1 35 GLN n 1 36 SER n 1 37 MET n 1 38 ALA n 1 39 LYS n 1 40 SER n 1 41 ARG n 1 42 TYR n 1 43 MET n 1 44 GLU n 1 45 LEU n 1 46 TYR n 1 47 THR n 1 48 HIS n 1 49 VAL n 1 50 TYR n 1 51 ASN n 1 52 TYR n 1 53 CYS n 1 54 THR n 1 55 SER n 1 56 VAL n 1 57 HIS n 1 58 GLN n 1 59 SER n 1 60 ASN n 1 61 GLN n 1 62 ALA n 1 63 ARG n 1 64 GLY n 1 65 ALA n 1 66 GLY n 1 67 VAL n 1 68 PRO n 1 69 PRO n 1 70 SER n 1 71 LYS n 1 72 SER n 1 73 LYS n 1 74 LYS n 1 75 GLY n 1 76 GLN n 1 77 THR n 1 78 PRO n 1 79 GLY n 1 80 GLY n 1 81 ALA n 1 82 GLN n 1 83 PHE n 1 84 VAL n 1 85 GLY n 1 86 LEU n 1 87 GLU n 1 88 LEU n 1 89 TYR n 1 90 LYS n 1 91 ARG n 1 92 LEU n 1 93 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_entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id _entity_src_gen.host_org_genus _entity_src_gen.pdbx_host_org_gene _entity_src_gen.pdbx_host_org_organ _entity_src_gen.host_org_species _entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue _entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue_fraction _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line _entity_src_gen.pdbx_host_org_atcc _entity_src_gen.pdbx_host_org_culture_collection _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell _entity_src_gen.pdbx_host_org_organelle _entity_src_gen.pdbx_host_org_cellular_location _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector_type _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector _entity_src_gen.host_org_details _entity_src_gen.expression_system_id _entity_src_gen.plasmid_name _entity_src_gen.plasmid_details _entity_src_gen.pdbx_description 1 1 sample 'Biological sequence' 1 776 human ? 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THR S 146 ASN S 157 1 ? 12 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role metalc1 metalc ? ? 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R CYS 83 R ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? ? metalc11 metalc ? ? C CYS 92 SG ? ? ? 1_555 G ZN . ZN ? ? R CYS 94 R ZN 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.310 ? ? metalc12 metalc ? ? C ASP 95 OD2 ? ? ? 1_555 G ZN . ZN ? ? R ASP 97 R ZN 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.989 ? ? # _struct_conn_type.id metalc _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 5 ? AA2 ? 3 ? AA3 ? 3 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 3 ? AA6 ? 4 ? AA7 ? 2 ? AA8 ? 3 ? AA9 ? 3 ? 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O HIS F 314 AA9 1 2 N LEU D 342 ? N LEU F 340 O GLN D 368 ? O GLN F 366 AA9 2 3 N LEU D 367 ? N LEU F 365 O GLN D 389 ? O GLN F 387 AB1 1 2 O PHE E 14 ? O PHE S 14 N LEU E 6 ? N LEU S 6 AB1 2 3 N GLN E 7 ? N GLN S 7 O VAL E 39 ? 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